Charting microbial phenotypes in multiplex nanoliter batch bioreactors

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 12, 2013, Pages 5892-5899

  Dai, Jing ^a   Yoon, Sung Ho ^b   Sim, Hye Young ^a   Yang, Yoon Sun ^a,d   Oh, Tae Kwang ^b   Kim, Jihyun F ^b,c   Hong, Jong Wook ^a  

^a AUBURN UNIVERSITY   (United States)

^b Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)   (South Korea)

^c Yonsei University   (South Korea)

^d UNIVERSITY OF TWENTE   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONVENTIONAL METHODS; CULTURE CONDITIONS; CULTURE ENVIRONMENTS; ENVIRONMENTAL CHANGE; MICRO FLUIDIC SYSTEM; MICROBIOLOGICAL ASSAYS; PSEUDOMONAS AERUGINOSA; SINGLECELL ANALYSIS;

BATCH CELL CULTURE; ESCHERICHIA COLI; EVAPORATION; FLUIDIC DEVICES; PHASE TRANSITIONS;

MULTIPLEXING;

ARTICLE; BATCH CELL CULTURE; BIOREACTOR; ESCHERICHIA COLI; METHODOLOGY; NANOTECHNOLOGY; PHENOTYPE; PHYSIOLOGY; PSEUDOMONAS AERUGINOSA;

BATCH CELL CULTURE TECHNIQUES; BIOREACTORS; ESCHERICHIA COLI; NANOTECHNOLOGY; PHENOTYPE; PSEUDOMONAS AERUGINOSA;

EID: 84879246834     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac400648z     Document Type: Article

References (48)

1. Bochner, B. R. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 309-314
2. Yoon, S. H.; Han, M. J.; Jeong, H.; Lee, C. H.; Xia, X. X.; Lee, D. H.; Shim, J. H.; Lee, S. Y.; Oh, T. K.; Kim, J. F. Genome Biol. 2012, 13, R37
3. Schneider, M. V.; Orchard, S. Methods Mol. Biol. 2011, 719, 3-30
4. Lee, S. Y.; Lee, D. Y.; Kim, T. Y. Trends Biotechnol. 2005, 23, 349-358
5. Buescher, J. M.; Liebermeister, W.; Jules, M.; Uhr, M.; Muntel, J.; Botella, E.; Hessling, B.; Kleijn, R. J.; Le Chat, L.; Lecointe, F.; Mader, U.; Nicolas, P.; Piersma, S.; Rugheimer, F.; Becher, D.; Bessieres, P.; Bidnenko, E.; Denham, E. L.; Dervyn, E.; Devine, K. M.; Doherty, G.; Drulhe, S.; Felicori, L.; Fogg, M. J.; Goelzer, A.; Hansen, A.; Harwood, C. R.; Hecker, M.; Hubner, S.; Hultschig, C.; Jarmer, H.; Klipp, E.; Leduc, A.; Lewis, P.; Molina, F.; Noirot, P.; Peres, S.; Pigeonneau, N.; Pohl, S.; Rasmussen, S.; Rinn, B.; Schaffer, M.; Schnidder, J.; Schwikowski, B.; Van Dijl, J. M.; Veiga, P.; Walsh, S.; Wilkinson, A. J.; Stelling, J.; Aymerich, S.; Sauer, U. Science 2012, 335, 1099-1103
6. Bochner, B. R. FEMS Microbiol. Rev. 2009, 33, 191-205
7. Karr, J. R.; Sanghvi, J. C.; Macklin, D. N.; Gutschow, M. V.; Jacobs, J. M.; Bolival, B.; Assad-Garcia, N.; Glass, J. I.; Covert, M. W. Cell 2012, 150, 389-401
8. Covert, M. W.; Knight, E. M.; Reed, J. L.; Herrgard, M. J.; Palsson, B. O. Nature 2004, 429, 92-96
9. Yoon, S. H.; Reiss, D. J.; Bare, J. C.; Tenenbaum, D.; Pan, M.; Slagel, J.; Moritz, R. L.; Lim, S.; Hackett, M.; Menon, A. L.; Adams, M. W.; Barnebey, A.; Yannone, S. M.; Leigh, J. A.; Baliga, N. S. Genome Res. 2011, 21, 1892-1904
10. Duetz, W. A. Trends Microbiol. 2007, 15, 469-475
11. Kumar, S.; Wittmann, C.; Heinzle, E. Biotechnol. Lett. 2004, 26, 1-10
12. Marques, M. P.; Cabral, J. M.; Fernandes, P. Recent Pat. Biotechnol. 2009, 3, 124-140
13. Li, N.; Tourovskaia, A.; Folch, A. Crit. Rev. Biomed. Eng. 2003, 31, 423-488
14. Bochner, B. R.; Gadzinski, P.; Panomitros, E. Genome Res. 2001, 11, 1246-1255
15. Funke, M.; Buchenauer, A.; Mokwa, W.; Kluge, S.; Hein, L.; Muller, C.; Kensy, F.; Buchs, J. Microb. Cell. Fact. 2010, 9, 86
16. Kensy, F.; Engelbrecht, C.; Buchs, J. Microb. Cell. Fact. 2009, 8, 68
17. Zhang, Z.; Boccazzi, P.; Choi, H. G.; Perozziello, G.; Sinskey, A. J.; Jensen, K. F. Lab Chip 2006, 6, 906-913
18. Weibel, D. B.; Diluzio, W. R.; Whitesides, G. M. Nat. Rev. Microbiol. 2007, 5, 209-218
19. Yeo, L. Y.; Chang, H. C.; Chan, P. P.; Friend, J. R. Small 2011, 7, 12-48
20. Velve-Casquillas, G.; Le Berre, M.; Piel, M.; Tran, P. T. Nano Today 2010, 5, 28-47
21. Gan, M.; Tang, Y.; Shu, Y.; Wu, H.; Chen, L. Small 2012, 8, 863-867
22. Dai, W.; Zheng, Y.; Luo, K. Q.; Wu, H. Biomicrofluidics 2010, 4, 024101
23. Sun, P.; Liu, Y.; Sha, J.; Zhang, Z.; Tu, Q.; Chen, P.; Wang, J. Biosens. Bioelectron. 2011, 26, 1993-1999
24. Günberger, A.; Paczia, N.; Probst, C.; Schendzielorz, G.; Eggeling, L.; Noack, S.; Wiechert, W.; Kohlheyer, D. Lab Chip 2012, 12, 2060-2068
25. Unger, M. A.; Chou, H. P.; Thorsen, T.; Scherer, A.; Quake, S. R. Science 2000, 288, 113-116
26. Vyawahare, S.; Griffiths, A. D.; Merten, C. A. Chem. Biol. 2010, 17, 1052-1065
27. Balagadde, F. K.; You, L.; Hansen, C. L.; Arnold, F. H.; Quake, S. R. Science 2005, 309, 137-140
28. Groisman, A.; Lobo, C.; Cho, H.; Campbell, J. K.; Dufour, Y. S.; Stevens, A. M.; Levchenko, A. Nat. Methods 2005, 2, 685-689
29. Lecault, V.; Vaninsberghe, M.; Sekulovic, S.; Knapp, D. J.; Wohrer, S.; Bowden, W.; Viel, F.; McLaughlin, T.; Jarandehei, A.; Miller, M.; Falconnet, D.; White, A. K.; Kent, D. G.; Copley, M. R.; Taghipour, F.; Eaves, C. J.; Humphries, R. K.; Piret, J. M.; Hansen, C. L. Nat. Methods 2011, 8, 581-586
30. Young, E. W.; Beebe, D. J. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 1036-1048
31. Lee, W.; Jambovane, S.; Kim, D.; Hong, J. Microfluid. Nanofluid. 2009, 7, 431-438
32. Jambovane, S.; Duin, E. C.; Kim, S. K.; Hong, J. W. Anal. Chem. 2009, 81, 3239-3245
33. Cook, A.; Lederberg, J. Genetics 1962, 47, 1335-1353
34. Sambrook, J.; Russell, D. W., Molecular Cloning: A Laboratory Manual; Cold Spring Harbor Laboratory Press: New York, 2001.
35. Urbanski, J. P.; Thies, W.; Rhodes, C.; Amarasinghe, S.; Thorsen, T. Lab Chip 2006, 6, 96-104
36. Liu, J.; Hansen, C.; Quake, S. R. Anal. Chem. 2003, 75, 4718-4723
37. Heo, Y. S.; Cabrera, L. M.; Song, J. W.; Futai, N.; Tung, Y. C.; Smith, G. D.; Takayama, S. Anal. Chem. 2007, 79, 1126-1134
38. Reichenbach, H. Environ. Microbiol. 1999, 1, 15-21
39. Paguirigan, A. L.; Beebe, D. J. Bioessays 2008, 30, 811-821
40. Monod, J. Annu. Rev. Microbiol. 1949, 3, 371-394
41. Garau, J.; Gomez, L. Curr. Opin. Infect. Dis. 2003, 16, 135-143
42. Banning, N.; Toze, S.; Mee, B. J. J. Appl. Microbiol. 2002, 93, 69-76
43. Szita, N.; Boccazzi, P.; Zhang, Z.; Boyle, P.; Sinskey, A. J.; Jensen, K. F. Lab Chip 2005, 5, 819-826
44. Lee, H. L. T.; Boccazzi, P.; Ram, R. J.; Sinskey, A. J. Lab Chip 2006, 6, 1229-1235
45. Zuluaga, A. F.; Agudelo, M.; Rodriguez, C. A.; Vesga, O. BMC Clin. Pharmacol. 2009, 9, 1
46. Silva, E.; Diaz, J. A.; Arias, M. J.; Hernandez, A. P.; de la Torre, A. BMC Clin. Pharmacol. 2010, 10, 3
47. Yu, H.; Meyvantsson, I.; Shkel, I. A.; Beebe, D. J. Lab Chip 2005, 5, 1089-1095
48. Raty, S.; Walters, E. M.; Davis, J.; Zeringue, H.; Beebe, D. J.; Rodriguez-Zas, S. L.; Wheeler, M. B. Lab Chip 2004, 4, 186-190 Center