Molecular energetics in the capsomere of virus-like particle revealed by molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 18, 2013, Pages 5411-5421

  Zhang, Lin ^a   Tang, Ronghong ^a   Bai, Shu ^a   Connors, Natalie K ^b   Lua, Linda H L ^b   Chuan, Yap P ^b   Middelberg, Anton P J ^b   Sun, Yan ^a  

^a TIANJIN UNIVERSITY   (China)

^b UNIVERSITY OF QUEENSLAND   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; COVALENT BONDS; DRUG DELIVERY; HYDROPHOBICITY; IONIC STRENGTH; PARTICLES (PARTICULATE MATTER); REACTION KINETICS; STABILIZATION; VIRUSES;

AMINO ACID RESIDUES; CALORIMETRY EXPERIMENT; COMPREHENSIVE ANALYSIS; ENERGY DECOMPOSITION; HYDROPHOBIC INTERACTIONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SOLUTION CONDITIONS; VIRUS-LIKE PARTICLES;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 84877688114     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp311170w     Document Type: Article

References (54)

1. Stehle, T.; Yan, Y.; Benjamin, T. L.; Harrison, S. C. Nature 1994, 369, 160-163
2. McAleer, W. J.; Buynak, E. B.; Maigetter, R. Z.; Wampler, D. E.; Miller, W. J.; Hilleman, M. R. Nature 1984, 307, 178-180
3. Koutsky, L. A.; Ault, K. A.; Wheeler, C. M.; Brown, D. R.; Barr, E.; Alvarez, F. B.; Chiacchierini, L. M.; Jansen, K. U. New Engl. J. Med. 2002, 347, 1645-1651
4. Villa, L. L.; Costa, R.; Petta, C. A.; Andrade, R. P.; Paavonen, J.; Iversen, O. E.; Olsson, S. E.; Hoye, J.; Steinwall, M.; Riis-Johannessen, G. Br. J. Cancer 2006, 95, 1459-1466
5. Pattenden, L. K.; Middelberg, A.; Niebert, M.; Lipin, D. I. Trends Biotechnol. 2005, 23, 523-529
6. Schwartz, R.; Shor, P. W.; Prevelige, P. E., Jr; Berger, B. Biophys. J. 1998, 75, 2626-2636
7. Zlotnick, A. J. Mol. Recognit. 2005, 18, 479-490
8. Katen, S.; Zlotnick, A. Method. Enzymol. 2009, 455, 395-417
9. Salunke, D. M.; Caspar, D. L. D.; Garcea, R. L. Cell 1986, 46, 895-904
10. Schmidt, U.; Rudolph, R.; Bohm, G. J. Virol. 2000, 74, 1658-1662
11. Chuan, Y. P.; Fan, Y. Y.; Lua, L.; Middelberg, A. J. R. Soc. Interface 2010, 7, 409-421
12. Joshi, H.; Singharoy, A.; Sereda, Y. V.; Cheluvaraja, S. C.; Ortoleva, P. J. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2011, 107, 200-217
13. Nguyen, H. D.; Reddy, V. S.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2606-2614
14. Hagan, M. F.; Elrad, O. M.; Jack, R. L. J. Chem. Phys. 2011, 135, 104115-13
15. Stehle, T.; Harrison, S. C. Structure 1996, 4, 183-194
16. Stehle, T.; Harrison, S. C. EMBO J. 1997, 16, 5139-5148
17. Salunke, D. M.; Caspar, D. L.; Garcea, R. L. Biophys. J. 1989, 56, 887-900
18. Middelberg, A.; Rivera-Hernandez, T.; Wibowo, N.; Lua, L.; Fan, Y. Y.; Magor, G.; Chang, C.; Chuan, Y. P.; Good, M. F.; Batzloff, M. R. Vaccine 2011, 29, 7154-7162
19. Ding, Y.; Chuan, Y. P.; He, L.; Middelberg, A. P. Biotechnol. Bioeng. 2010, 107, 550-560
20. Karplus, M.; McCammon, J. A. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 646-652
21. Daggett, V. Chem. Rev. 2006, 106, 1898-1916
22. Zheng, J.; Jang, H.; Ma, B.; Nussinov, R. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6856-6865
23. Zheng, J.; Yu, X.; Wang, J.; Yang, J.; Wang, Q. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 463-470
24. Straub, J. E.; Thirumalai, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 187-195
25. Sgourakis, N. G.; Merced-Serrano, M.; Boutsidis, C.; Drineas, P.; Du, Z.; Wang, C.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2011, 405, 570-583
26. Buchete, N. V.; Tycko, R.; Hummer, G. J. Mol. Biol. 2005, 353, 804-821
27. de, P. M.; de, M. G.; Serrano, L.; Colombo, G. J. Mol. Biol. 2005, 349, 583-596
28. Takeda, T.; Klimov, D. K. J. Mol. Biol. 2007, 368, 1202-1213
29. Tarus, B.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. J. Mol. Biol. 2008, 379, 815-829
30. Gsponer, J.; Ferrara, P.; Caflisch, A. J. Mol. Graph. Modell. 2001, 20, 169-182
31. Wibowo, N.; Chuan, Y. P.; Lua, L. H. L.; Middelberg, A. P. J. Chem. Eng. Sci. 2012, 10.1016/j.ces.2012.04.001
32. Berendsen, H. J.; Vanderspoel, D.; Vandrunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
33. Lindahl, E.; Hess, B.; van, S. D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
34. Mackerell, A. D. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584-1604
35. Bussi, G.; Donadio, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2007, 126
36. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
37. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
38. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
39. Huang, B.; Liu, F. F.; Dong, X. Y.; Sun, Y. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 4168-4176
40. Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545-1614
41. Zoete, V.; Meuwly, M.; Karplus, M. Proteins 2005, 61, 79-93
42. Gorfe, A. A.; Jelesarov, I. Biochemistry 2003, 42, 11568-11576
43. Li, J.; Zhang, L.; Sun, Y. J. Mol. Graph. Model. 2012, 37, 49-58
44. Lafont, V.; Schaefer, M.; Stote, R. H.; Altschuh, D.; Dejaegere, A. Proteins 2007, 67, 418-434
45. Richardson, M. J.; Savill, N. G. Polymer 1977, 18, 413-414
46. Bruylants, G.; Wouters, J.; Michaux, C. Curr. Med. Chem. 2005, 12, 2011-2020
47. Brady, J. N.; Consigli, R. A. J. Virol. 1978, 27, 436-442
48. Yan, C. L.; Kaoud, T.; Lee, S. B.; Dalby, K. N.; Ren, P. Y. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 1491-1502
49. Muzzioli, E.; Del Rio, A.; Rastelli, G. Chem. Biol. Drug Des. 2011, 78, 252-259
50. Joshi, M.; Ebalunode, J. O.; Briggs, J. M. Proteins 2009, 75, 323-335
51. Chi, E. Y.; Krishnan, S.; Kendrick, B. S.; Chang, B. S.; Carpenter, J. F.; Randolph, T. W. Protein Sci. 2003, 12, 903-913
52. Ross, P. D.; Conway, J. F.; Cheng, N. Q.; Dierkes, L.; Firek, B. A.; Hendrix, R. W.; Steven, A. C.; Duda, R. L. J. Mol. Biol. 2006, 364, 512-525
53. Galisteo, M. L.; Gordon, C. L.; King, J. J. Biol. Chem. 1995, 270, 16595-16601
54. Deschuyteneer, M.; Elouahabi, A.; Plainchamp, D.; Plisnier, M.; Soete, D.; Corazza, Y.; Lockman, L.; Giannini, S.; Deschamps, M. Human Vaccines 2010, 6, 407-419