LacI-DNA-IPTG loops: Equilibria among conformations by single-molecule FRET

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 16, 2013, Pages 4713-4722

  Goodson, Kathy A ^a   Wang, Zifan ^b   Haeusler, Aaron R ^a,c   Kahn, Jason D ^a   English, Douglas S ^b  

^a Bldg 142   (United States)

^b WICHITA STATE UNIVERSITY   (United States)

^c JOHNS HOPKINS BLOOMBERG SCHOOL OF PUBLIC HEALTH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; ENERGY TRANSFER; ESCHERICHIA COLI; MOLECULES; OLIGOMERS; POPULATION DISTRIBUTION; TITRATION;

CONFORMATIONAL DYNAMICS; DNA BINDING SITE; FLUCTUATION ANALYSIS; HIGH-EFFICIENCY; OPERATOR FUNCTION; RE-EQUILIBRATION; SINGLE-MOLECULE FLUORESCENCES; SINGLE-MOLECULE FRETS;

CONFORMATIONS;

EID: 84876746960     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp308930c     Document Type: Article

References (50)

1. Jacob, F.; Monod, J. J. Mol. Biol. 1961, 3, 318-356
2. Friedman, A. M.; Fischmann, T. O.; Steitz, T. A. Science 1995, 268, 1721-1727
3. Lewis, M.; Chang, G.; Horton, N. C.; Kercher, M. A.; Pace, H. C.; Schumacher, M. A.; Brennan, R. G.; Lu, P. Science 1996, 271, 1247-1254
4. Oehler, S.; Amouyal, M.; Kolkhof, P.; von Wilcken-Bergmann, B.; Müller-Hill, B. EMBO J. 1994, 13, 3348-3355
5. Phillips, R.; Kondev, J.; Theriot, J. Physical Biology of the Cell; Garland Science: New York, 2008.
6. Sanyal, A.; Lajoie, B. R.; Jain, G.; Dekker, J. Nature 2012, 489, 109-113
7. Becker, N. A.; Kahn, J. D.; Maher, L. J., III. J. Mol. Biol. 2005, 349, 716-730
8. O'Gorman, R. B.; Rosenberg, J. M.; Kallai, O. B.; Dickerson, R. E.; Itakura, K.; Riggs, A. D.; Matthews, K. S. J. Biol. Chem. 1980, 255, 10107-10114
9. Donner, J.; Caruthers, M. H.; Gill, S. J. J. Biol. Chem. 1982, 257, 14826-14829
10. Ohshima, Y.; Mizokoshi, T.; Horiuchi, T. J. Mol. Biol. 1974, 89, 127-136
11. Bell, C. E.; Lewis, M. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 209-214
12. Lewis, M. C. R. Biol. 2005, 328, 521-548
13. Kao-Huang, Y.; Revzin, A.; Butler, A. P.; O'Conner, P.; Noble, D. W.; von Hippel, P. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1977, 74, 4228-4232
14. Yagil, G.; Yagil, E. Biophys. J. 1971, 11, 11-27
15. Boezi, J. A.; Cowie, D. B. Biophys. J. 1961, 1, 639-647
16. Oehler, S.; Alberti, S.; Müller-Hill, B. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 606-612
17. Mossing, M. C.; Record, M. T. Science 1986, 233, 889-892
18. Bell, C. E.; Barry, J.; Matthews, K. S.; Lewis, M. J. Mol. Biol. 2001, 313, 99-109
19. Daber, R.; Sharp, K.; Lewis, M. J. Mol. Biol. 2009, 392, 1133-1144
20. Semsey, S.; Virnik, K.; Adhya, S. Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 334-341
21. Lillian, T. D.; Goyal, S.; Kahn, J. D.; Meyhöfer, E.; Perkins, N. C. Biophys. J. 2008, 95, 5832-5842
22. Kahn, J. D.; Cheong, R.; Mehta, R. A.; Edelman, L. M.; Morgan, M. A. Biophys. Rev. Lett. 2006, 1, 327-341
23. Kramer, H.; Amouyal, M.; Nordheim, A.; Müller-Hill, B. EMBO J. 1988, 7, 547-556
24. Whitson, P. A.; Hsieh, W. T.; Wells, R. D.; Matthews, K. S. J. Biol. Chem. 1987, 262, 14592-14599
25. McKay, D. B.; Pickover, C. A.; Steitz, T. A. J. Mol. Biol. 1982, 156, 175-183
26. Ruben, G. C.; Roos, T. B. Microsc. Res. Technol. 1997, 36, 400-416
27. Wong, O. K.; Guthold, M.; Erie, D. A.; Gelles, J. PLoS Biol. 2008, 6, e232
28. Mehta, R. A.; Kahn, J. D. J. Mol. Biol. 1999, 294, 67-77
29. Crothers, D. M.; Haran, T. E.; Nadeau, J. G. J. Biol. Chem. 1990, 265, 7093-7096
30. Edelman, L. M.; Cheong, R.; Kahn, J. D. Biophys. J. 2003, 84, 1131-1145
31. Morgan, M. A.; Okamoto, K.; Kahn, J. D.; English, D. S. Biophys. J. 2005, 89, 2588-2596
32. Haeusler, A. R.; Goodson, K. A.; Lillian, T. D.; Wang, X.; Goyal, S.; Perkins, N. C.; Kahn, J. D. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 4432-4445
33. Brenowitz, M.; Mandal, N.; Pickar, A.; Jamison, E.; Adhya, S. J. Biol. Chem. 1991, 266, 1281-1288
34. Wilson, C. J.; Zhan, H.; Swint-Kruse, L.; Matthews, K. S. Biophys. Chem. 2007, 126, 94-105
35. Deniz, A. A.; Laurence, T. A.; Dahan, M.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 233-253
36. Schuler, B.; Lipman, E. A.; Eaton, W. A. Nature 2002, 419, 743-747
37. Dahan, M.; Deniz, A. A.; Ha, T.; Chemla, D. S.; Schulz, P. G.; Weiss, S. Chem. Phys. 2001, 247, 85-106
38. Bates, M.; Blosser, T. R.; Zhuang, X. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 108101
39. Lobell, R. B.; Schleif, R. F. J. Mol. Biol. 1991, 218, 45-54
40. Dalma-Weiszhausz, D. D.; Brenowitz, M. Biochemistry 1992, 31, 6980-6989
41. Hoover, T. R.; Santero, E.; Porter, S.; Kustu, S. Cell 1990, 63, 11-22
42. Finzi, L.; Gelles, J. Science 1995, 267, 378-380
43. Maher, L. J.; Bond, L. M.; Peters, J. P.; Becker, N. A.; Kahn, J. D. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 8072-8082
44. Schleif, R. Nature 1987, 327, 369-370
45. Carmona, M.; Magasanik, B. J. Mol. Biol. 1996, 261, 348-356
46. Lobell, R. B.; Schleif, R. F. Science 1990, 250, 528-532
47. Vilar, J. M.; Leibler, S. J. Mol. Biol. 2003, 331, 981-989
48. Elf, J.; Li, G. W.; Xie, X. S. Science 2007, 316, 1191-1194
49. Koo, H. S.; Drak, J.; Rice, J. A.; Crothers, D. M. Biochemistry 1990, 29, 4227-4234
50. von Hippel, P. H.; Berg, O. G. J. Biol. Chem. 1989, 264, 675-678