Computational resources for MHC ligand identification

Molecular Informatics

Volumn 32, Issue 4, 2013, Pages 326-336

  Koch, Christian P ^a   Pillong, Max ^a   Hiss, Jan A ^a   Schneider, Gisbert ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

Bioinformatics; Epitope; Immunology; Major histocompatibility complex; Peptide design; Prediction; Vaccine

Indexed keywords

EPITOPES; FORECASTING; PEPTIDES; VACCINES;

COMPUTATIONAL PREDICTIONS; COMPUTATIONAL RESOURCES; HIGH-THROUGHPUT; IMMUNE RESPONSE; IMMUNOMODULATORY; MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX; MOLECULAR MECHANISM; PEPTIDE DESIGN; RATIONAL DESIGN; REVERSE VACCINOLOGY;

LIGANDS;

MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN; MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN CLASS 1; MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN CLASS 2;

ANALYTIC METHOD; BINDING ASSAY; BIOINFORMATICS; BIOTECHNOLOGY; CELLULAR IMMUNITY; COMPUTER MODEL; EPITOPE MAPPING; HIDDEN MARKOV MODEL; HUMAN; HUMORAL IMMUNITY; IMMUNE RESPONSE; MACHINE LEARNING; MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX; MATHEMATICAL MODEL; NONHUMAN; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DATABASE; REVIEW; STRUCTURE ANALYSIS;

EID: 84876487418     PISSN: 18681743     EISSN: 18681751     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/minf.201300042     Document Type: Review

References (114)

1. R. Koch, Mitteilungen aus dem Kaiserl. Gesundheitsamte 1881, 1, 112.
2. P. J. Delves, S. J. Martin, D. R. Burton, I. M. Roitt, Roitt's Essential Immunology, Wiley-Blackwell, New York, 2011.
3. K. Murphy, Janeway's Immunobiology, Garland Science, New York, 2011.
4. G. S. Getz, J. Lipid. Res. 2005, 46, 619.
5. G. W. Litman, J. P. Rast, S. D. Fugmann, Nat. Rev. Immunol. 2010, 10, 543.
6. J. Kurtz, S. A. Armitage, Trends Immunol. 2006, 27, 493.
7. K. Rajewsky, Nature 1996, 381, 751.
8. H. Cantor, E. A. Boyse, Immunol. Rev. 1977, 33, 105.
9. A. Chess, Science 1998, 279, 2067.
10. S. Roy, M. T. Scherer, T. J. Briner, J. A. Smith, M. L. Gefter, Science 1989, 244, 572.
11. G. Hauptmann, S. Bahram, Curr. Opin. Immunol. 2004, 16, 668.
12. R. Paus, S. Eichmüller, U. Hofmann, B. M. Czarnetzki, P. Robinson, Brit. J. Dermatol. 1994, 131, 177.
13. N. M. Choi, P. Majumder, J. M. Boss, Curr. Opin. Immunol. 2011, 23, 81.
14. A. K. Abbas, A. H. Lichtman, Basic Immunology, Saunders, Philadelphia, 2006.
15. S. Naik, Indian J. Rheumatol. 2003, 11, 79.
16. J. E. Niederhuber, J. A. Frelinger, E. Dugan, D. C. Shreffler, J. Surg. Rev. 1976, 20, 563.
17. D. H. Fremont, E. A. Stura, M. Matsumura, P. A. Peterson, I. A. Wilson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 2479.
18. L. Wang, Y. Zhao, Z. Li, Y. Guo, L. L. Jones, D. M. Kranz, W. Mourad, H. Li, Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 169.
19. J. E. Smith-Garvin, G. A. Koretzky, M. S. Jordan, Annu. Rev. Immunol. 2009, 27, 591.
20. A. M. Hebert, J. Strohmaier, M. C. Whitman, T. Chen, E. Gubina, D. M. Hill, M. S. Lewis, S. Kozlowski, Biochemistry 2001, 40, 5233.
21. M. Raghavan, N. Del Cid, S. M. Rizvi, L. R. Peters, Trends Immunol. 2008, 29, 436.
22. M. H. Andersen, D. Schrama, P. thor Straten, J. C. Becker, J. Invest. Dermatol. 2006, 126, 32.
23. J. A. M. Borghans, J. B. Beltman, R. J. Boer, Immunogenetics 2004, 55, 732.
24. J. Sidney, B. Peters, N. Frahm, C. Brander, A. Sette, BMC Immunol. 2008, 9, 1.
25. H. G. Rammensee, K. Falk, O. Rötzschke, Annu. Rev. Immunol. 1993, 11, 213.
26. B. Mach, V. Steimle, E. Martinez-Soria, W. Reith, Annu. Rev. Immunol. 1996, 14, 301.
27. D. C. Parker, Annu. Rev. Immunol. 1993, 11, 331.
28. O. J. B. Landsverk, O. Bakke, T. F. Gregers, Scand. J. Immunol. 2009, 70, 184.
29. J. I. Bell, D. W. Denny Jr, H. O. Mcdevitt, Immunol. Rev. 1985, 84, 51.
30. Y. Kim, J. Ponomarenko, Z. Zhu, D. Tamang, P. Wang, J. Greenbaum, C. Lundegaard, A. Sette, O. Lund, P. E. Bourne, M. Nielsen, B. Peters, Nucleic Acids Res. 2012, 40, W 525.
31. D. R. Madden, Annu. Rev. Immunol. 1995, 13, 587.
32. H. G. Rammensee, J. Bachmann, N. P. N. Emmerich, O. A. Bachor, S. Stevanovic̈, Immunogenetics 1999, 50, 213.
33. N. Petrovsky, V. Brusic, Immunol. Cell. Biol. 2002, 80, 248.
34. T. Cohen, L. Moise, W. Martin, A. S. Groot, Infectious Disease Inform. 2010, 23.
35. B. Peters, H. H. Bui, S. Frankild, M. Nielsen, C. Lundegaard, E. Kostem, D. Basch, K. Lamberth, M. Harndahl, W. Fleri, PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e 65.
36. V. Brusic, N. Petrovsky, G. Zhang, V. B. Bajic, Immunol. Cell Biol. 2002, 80, 280.
37. H. Noguchi, R. Kato, T. Hanai, Y. Matsubara, H. Honda, V. Brusic, T. Kobayashi, J. Biosci. Bioeng. 2002, 94, 264.
38. H. P. Adams, J. A. Koziol, J. Immunol. Methods 1995, 185, 181.
39. P. Dönnes, A. Elofsson, BMC Bioinformatics 2002, 3, 25.
40. J. A. Hiss, A. Bredenbeck, F. O. Losch, P. Wrede, P. Walden, G. Schneider, Protein Eng. Des. Sel. 2007, 20, 99.
41. J. D'Amaro, J. G. A. Houbiers, J. W. Drijfhout, R. M. P. Brandt, R. Schipper, J. N. Bouwes Bavinck, C. J. M. Melief, W. M. Kast, Hum. Immunol. 1995, 43, 13.
42. K. Gulukota, J. Sidney, A. Sette, C. DeLisi, J. Mol. Biol. 1997, 267, 1258.
43. B. Peters, A. Sette, BMC Bioinformatics 2005, 6, 132.
44. D. Rognan, L. Scapozza, G. Folkers, A. Daser, Biochemistry 1994, 33, 11476.
45. D. Rognan, S. L. Lauemøller, A. Holm, S. Buus, V. Tschinke, J. Med. Chem. 1999, 42, 4650.
46. M. Pizza, V. Scarlato, V. Masignani, M. M. Giuliani, B. Arico, M. Comanducci, G. T. Jennings, L. Baldi, E. Bartolini, B. Capecchi, Science 2000, 287, 1816.
47. H. H. Lin, S. Ray, S. Tongchusak, E. L. Reinherz, V. Brusic, BMC Immunol. 2008, 9, 8.
48. S. S. Young, F. Yuan, M. Zhu, Mol. Inf. 2012, 31, 707.
49. R. Vita, L. Zarebski, J. A. Greenbaum, H. Emami, I. Hoof, N. Salimi, R. Damle, A. Sette, B. Peters, Nucleic Acids Res. 2010, 38, D 854.
50. B. Peters, J. Sidney, P. Bourne, H. H. Bui, S. Buus, G. Doh, W. Fleri, M. Kronenberg, R. Kubo, O. Lund, PLoS Biol. 2005, 3, e 91.
51. Y. Wang, M. Sun, M. He, H. Cui, J. Zhang, L. Shi, W. Wang, W. Xu, B. Gao, J. Ding, Microb. Pathogenesis 2012, 53, 162.
52. B. Zhao, K. R. Sakharkar, C. S. Lim, P. Kangueane, M. K. Sakharkar, Int. J. Integr. Biol. 2007, 1, 127.
53. R. R. Mallios, Bioinformatics 1999, 15, 432.
54. G. E. Meister, C. G. P. Roberts, B. T. Edelson, Vaccine 1995, 13, 581.
55. V. Brusic, V. B. Bajic, N. Petrovsky, Methods 2004, 34, 436.
56. K. C. Parker, M. A. Bednarek, J. E. Coligan, J. Immunol. 1994, 152, 163.
57. J. R. A. Schafer, B. M. Jesdale, J. A. George, N. M. Kouttab, A. S. De Groot, Vaccine 1998, 16, 1880.
58. H. H. Bui, J. Sidney, B. Peters, M. Sathiamurthy, A. Sinichi, K. A. Purton, B. R. Mothé, F. V. Chisari, D. I. Watkins, A. Sette, Immunogenetics 2005, 57, 304.
59. V. Brusic, G. Rudy, G. Honeyman, J. Hammer, L. Harrison, Bioinformatics 1998, 14, 121.
60. L. Raddrizzani, J. Hammer, Brief. Bioinform. 2000, 1, 179.
61. T. Sturniolo, E. Bono, J. Ding, L. Raddrizzani, O. Tuereci, U. Sahin, M. Braxenthaler, F. Gallazzi, M. P. Protti, F. Sinigaglia, Nat. Biotechnol. 1999, 17, 555.
62. P. Werbos, PhD Thesis, Cambridge, Harvard University, 1974.
63. P. Baldi, S. Brunak, Bioinformatics: The Machine Learning Approach, 2nd ed., MIT-Press, Cambridge, 2001.
64. Y. Huang, Algorithms 2009, 2, 973.
65. M. W. Gardner, S. R. Dorling, Atmos. Environ. 1998, 32, 2627.
66. M. Milik, D. Sauer, A. P. Brunmark, L. Yuan, A. Vitiello, M. R. Jackson, P. A. Peterson, J. Skolnick, C. A. Glass, Nat. Biotechnol. 1998, 16, 753.
67. F. Borrás-Cuesta, J. J. Golvano, M. Garci'a-Granero, P. Sarobe, J. I. Riezu-Boj, E. Huarte, J. J. Lasarte, Hum. Immunol. 2000, 61, 266.
68. C. Lundegaard, K. Lamberth, M. Harndahl, S. Buus, O. Lund, M. Nielsen, Nucleic Acids Res. 2008, 36, W 509.
69. G. L. Zhang, A. M. Khan, K. N. Srinivasan, J. T. August, V. Brusic, Nucleic Acids Res. 2005, 33, W 172.
70. B. E. Boser, I. M. Guyon, V. N. Vapnik, in Proc. 5th Ann. Workshop on Computat. Learning Theory 1992, 144.
71. C. Cortes, V. Vapnik, Mach. Learn. 1995, 20, 273.
72. M. Bhasin, G. P. S. Raghava, Bioinformatics 2004, 20, 421.
73. J. Cui, L. Y. Han, H. H. Lin, Z. Q. Tang, L. Jiang, Z. W. Cao, Y. Z. Chen, Immunogenetics 2006, 58, 607.
74. J. Cui, L. Y. Han, H. H. Lin, H. L. Zhang, Z. Q. Tang, C. J. Zheng, Z. W. Cao, Y. Z. Chen, Mol. Immunol. 2007, 44, 866.
75. W. Liu, X. Meng, Q. Xu, D. R. Flower, T. Li, BMC Bioinformatics 2006, 7, 182.
76. L. Rokach, Artif. Intell. Rev. 2010, 33, 1.
77. R. Maclin, D. Opitz, J. Artif. Intell. Res. 1999, 11, 169.
78. Y. Freund, R. Schapire, J. Comput. Syst. Sci. 1997, 55, 119.
79. L. Breiman, Mach. Learn. 1996, 24, 123.
80. R. S. DeFries, J. C. W. Chan, Remote Sens. Environ. 2000, 74, 503.
81. D. H. Wolpert, Neural Networks 1992, 5, 241.
82. H. Zhang, C. Lundegaard, M. Nielsen, Bioinformatics 2009, 25, 83.
83. I. Hoof, B. Peters, J. Sidney, L. E. Pedersen, A. Sette, O. Lund, S. Buus, M. Nielsen, Immunogenetics 2009, 61, 1.
84. B. Trost, M. Bickis, A. Kusalik, Immunome Res. 2007, 3, 5.
85. X. Hu, W. Zhou, K. Udaka, H. Mamitsuka, S. Zhu, Nucleic Acids Res. 2010, 38, W 474.
86. M. Moutaftsi, B. Peters, V. Pasquetto, D. C. Tscharke, J. Sidney, H. H. Bui, H. Grey, A. Sette, Nat. Biotechnol. 2006, 24, 817.
87. O. Karpenko, L. Huang, Y. Dai, Immunogenetics 2008, 60, 25.
88. A. Jain, K. Nandakumar, A. Ross, Pattern Recogn. 2005, 38, 2270.
89. L. Jacob, J. P. Vert, Bioinformatics 2008, 24, 358.
90. L. E. Baum, T. Petrie, Ann. Math. Stat. 1966, 37, 1554.
91. R. Hughey, A. Krogh, Comput. Appl. Biosci. 1996, 12, 95.
92. H. Mamitsuka, Proteins 1998, 33, 460.
93. C. Zhang, G. B. Mikelis, W. U. Fang-xiang, J. K. Anthony, J. Bioinform. Comput. Biol. 2006, 4, 959.
94. M. Nielsen, C. Lundegaard, P. Worning, C. S. Hvid, K. Lamberth, S. Buus, S. Brunak, O. Lund, Bioinformatics 2004, 20, 1388.
95. I. A. Doytchinova, M. J. Blythe, D. R. Flower, J. Proteome Res. 2002, 1, 263.
96. M. Bhasin, G. P. S. Raghava, J. Biosci. 2007, 32, 31.
97. K. Udaka, K. H. Wiesmüller, S. Kienle, G. Jung, P. Walden, J. Exp. Med. 1995, 181, 2097.
98. A. Caflisch, P. Niederer, M. Anliker, Proteins 2004, 13, 223.
99. U. Sezerman, S. Vajda, J. Cornette, C. Delisi, Protein Sci. 1993, 2, 1827.
100. U. Sezerman, S. Vajda, C. Delisi, Protein Sci. 2008, 5, 1272.
101. O. Schueler-Furman, R. Elber, H. Margalit, Fold. Des. 1998, 3, 549.
102. A. J. Bordner, PloS One 2010, 5, e 14383.
103. O. Schueler-Furman, Y. Altuvia, A. Sette, H. Margalit, Protein Sci. 2008, 9, 1838.
104. W. W. P. Liao, J. W. Arthur, PloS One 2011, 6, e 25055.
105. I. A. Doytchinova, D. R. Flower, J. Med. Chem. 2001, 44, 3572.
106. R. L. Jernigan, I. Bahar, Curr. Opin. Struc. Biol. 1996, 6, 195.
107. D. T. Jones, J. M. Thornton, Curr. Opin. Struc. Biol. 1996, 6, 210.
108. Y. Altuvia, O. Schueler, H. Margalit, J. Mol. Biol. 1995, 249, 244.
109. Y. Altuvia, A. Sette, J. Sidney, S. Southwood, H. Margalit, Hum. Immunol. 1997, 58, 1.
110. A. Logean, D. Rognan, J. Comput. Aid. Mol. Des. 2002, 16, 229.
111. A. Logean, A. Sette, D. Rognan, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2001, 11, 675.
112. C. Lundegaard, O. Lund, M. Nielsen, Expert. Rev. Vaccines 2012, 11, 43.
113. A. Fridman, A. C. Finnefrock, D. Peruzzi, I. Pak, N. La Monica, A. Bagchi, D. R. Casimiro, G. Ciliberto, L. Aurisicchio, OncoImmunology 2012, 1, 1258.
114. G. Li Pira, F. Ivaldi, P. Moretti, F. Manca, J. Biomed. Biotechnol. 2010, 2010.