Bioinformatics challenges in de novo transcriptome assembly using short read sequences in the absence of a reference genome sequence

Natural Product Reports

Volumn 30, Issue 4, 2013, Pages 490-500

  Góngora Castillo, Elsa ^a   Buell, C Robin ^a  

^a MICHIGAN STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL PRODUCT; TRANSCRIPTOME;

BIOLOGY; GENETICS; GENOMICS; MEDICINAL PLANT; REVIEW; SEQUENCE ANALYSIS;

BIOLOGICAL AGENTS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; GENOMICS; PLANTS, MEDICINAL; SEQUENCE ANALYSIS, RNA; TRANSCRIPTOME;

EID: 84874985051     PISSN: 02650568     EISSN: 14604752     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3np20099j     Document Type: Review

References (61)

1. S. Chen H. Luo Y. Li Y. Sun Q. Wu Y. Niu J. Song A. Lv Y. Zhu C. Sun A. Steinmetz Z. Qian Plant Cell Rep. 2011 30 1593 1601
2. G. A. Garzon-Martinez Z. I. Zhu D. Landsman L. S. Barrero L. Marino-Ramirez BMC Genomics 2012 13 151
3. P. Gahlan H. R. Singh R. Shankar N. Sharma A. Kumari V. Chawla P. S. Ahuja S. Kumar BMC Genomics 2012 13 126
4. B. Wu Y. Li H. Yan Y. Ma H. Luo L. Yuan S. Chen S. Lu BMC Genomics 2012 13 15
5. R. A. Barrero B. Chapman Y. Yang P. Moolhuijzen G. Keeble-Gagnere N. Zhang Q. Tang M. I. Bellgard D. Qiu BMC Genomics 2011 12 600
6. C. Sui J. Zhang J. Wei S. Chen Y. Li J. Xu Y. Jin C. Xie Z. Gao H. Chen C. Yang Z. Zhang Y. Xu BMC Genomics 2011 12 539
7. Y. Sun H. Luo Y. Li C. Sun J. Song Y. Niu Y. Zhu L. Dong A. Lv E. Tramontano S. Chen BMC Genomics 2011 12 533
8. I. Desgagne-Penix S. C. Farrow D. Cram J. Nowak P. J. Facchini Plant Mol. Biol. 2012 79 295 313
9. L. A. Giddings D. K. Liscombe J. P. Hamilton K. L. Childs D. DellaPenna C. R. Buell S. E. O'Connor J. Biol. Chem. 2011 286 16751 16757
10. Z. Wang M. Gerstein M. Snyder Nat. Rev. Genet. 2009 10 57 63
11. A. N. Massa K. L. Childs H. Lin G. J. Bryan G. Giuliano C. R. Buell PLoS One 2011 6 e26801
12. D. V. Dugas M. K. Monaco A. Olsen R. R. Klein S. Kumari D. Ware P. E. Klein BMC Genomics 2011 12 514
13. S. A. Filichkin H. D. Priest S. A. Givan R. Shen D. W. Bryant S. E. Fox W. K. Wong T. C. Mockler Genome Res. 2010 20 45 58
14. G. Zhang G. Guo X. Hu Y. Zhang Q. Li R. Li R. Zhuang Z. Lu Z. He X. Fang L. Chen W. Tian Y. Tao K. Kristiansen X. Zhang S. Li H. Yang J. Wang Genome Res. 2010 20 646 654
15. C. N. Hansey B. Vaillancourt R. S. Sekhon N. de Leon S. M. Kaeppler C. R. Buell PLoS One 2012 7 e33071
16. K. Lai C. Duran P. J. Berkman M. T. Lorenc J. Stiller S. Manoli M. J. Hayden K. L. Forrest D. Fleury U. Baumann M. Zander A. S. Mason J. Batley D. Edwards Plant Biotechnol. J. 2012 10 743 749
17. G. Haseneyer T. Schmutzer M. Seidel R. Zhou M. Mascher C. C. Schon S. Taudien U. Scholz N. Stein K. F. Mayer E. Bauer BMC Plant Biol. 2011 11 131
18. Y. Wang A. P. Alonso C. G. Wilkerson K. Keegstra Plant Mol. Biol. 2012 79 243 258
19. J. K. Jensen A. Schultink K. Keegstra C. G. Wilkerson M. Pauly Mol. Plant 2012 5 984 992
20. M. He Y. Wang W. Hua Y. Zhang Z. Wang PLoS One 2012 7 e42081
21. Y. Wang X. Zeng N. J. Iyer D. W. Bryant T. C. Mockler R. Mahalingam PLoS One 2012 7 e34225
22. S. Guo J. Liu Y. Zheng M. Huang H. Zhang G. Gong H. He Y. Ren S. Zhong Z. Fei Y. Xu BMC Genomics 2011 12 454
23. J. Lu Z. X. Du J. Kong L. N. Chen Y. H. Qiu G. F. Li X. H. Meng S. F. Zhu PLoS One 2012 7 e43447
24. M. Nicolai C. Pisani J. P. Bouchet M. Vuylsteke A. Palloix GMR, Genet. Mol. Res. 2012 11 2295 2300
25. J. Shendure H. Ji Nat. Biotechnol. 2008 26 1135 1145
26. D. MacLean J. D. Jones D. J. Studholme Nat. Rev. Microbiol. 2009 7 287 296
27. M. L. Metzker Nat. Rev. Genet. 2010 11 31 46
28. M. Margulies M. Egholm W. E. Altman S. Attiya J. S. Bader L. A. Bemben J. Berka M. S. Braverman Y. J. Chen Z. Chen S. B. Dewell L. Du J. M. Fierro X. V. Gomes B. C. Godwin W. He S. Helgesen C. H. Ho G. P. Irzyk S. C. Jando M. L. Alenquer T. P. Jarvie K. B. Jirage J. B. Kim J. R. Knight J. R. Lanza J. H. Leamon S. M. Lefkowitz M. Lei J. Li K. L. Lohman H. Lu V. B. Makhijani K. E. McDade M. P. McKenna E. W. Myers E. Nickerson J. R. Nobile R. Plant B. P. Puc M. T. Ronan G. T. Roth G. J. Sarkis J. F. Simons J. W. Simpson M. Srinivasan K. R. Tartaro A. Tomasz K. A. Vogt G. A. Volkmer S. H. Wang Y. Wang M. P. Weiner P. Yu R. F. Begley J. M. Rothberg Nature 2005 437 376 380
29. D. R. Bentley S. Balasubramanian H. P. Swerdlow G. P. Smith J. Milton C. G. Brown K. P. Hall D. J. Evers C. L. Barnes H. R. Bignell J. M. Boutell J. Bryant R. J. Carter R. Keira Cheetham A. J. Cox D. J. Ellis M. R. Flatbush N. A. Gormley S. J. Humphray L. J. Irving M. S. Karbelashvili S. M. Kirk H. Li X. Liu K. S. Maisinger L. J. Murray B. Obradovic T. Ost M. L. Parkinson M. R. Pratt I. M. Rasolonjatovo M. T. Reed R. Rigatti C. Rodighiero M. T. Ross A. Sabot S. V. Sankar A. Scally G. P. Schroth M. E. Smith V. P. Smith A. Spiridou P. E. Torrance S. S. Tzonev E. H. Vermaas K. Walter X. Wu L. Zhang M. D. Alam C. Anastasi I. C. Aniebo D. M. Bailey I. R. Bancarz S. Banerjee S. G. Barbour P. A. Baybayan V. A. Benoit K. F. Benson C. Bevis P. J. Black A. Boodhun J. S. Brennan J. A. Bridgham R. C. Brown A. A. Brown D. H. Buermann A. A. Bundu J. C. Burrows N. P. Carter N. Castillo E. C. M. Chiara S. Chang R. Neil Cooley N. R. Crake O. O. Dada K. D. Diakoumakos B. Dominguez-Fernandez D. J. Earnshaw U. C. Egbujor D. W. Elmore S. S. Etchin M. R. Ewan M. Fedurco L. J. Fraser K. V. Fuentes Fajardo W. Scott Furey D. George K. J. Gietzen C. P. Goddard G. S. Golda P. A. Granieri D. E. Green D. L. Gustafson N. F. Hansen K. Harnish C. D. Haudenschild N. I. Heyer M. M. Hims J. T. Ho A. M. Horgan K. Hoschler S. Hurwitz D. V. Ivanov M. Q. Johnson T. James T. A. Huw Jones G. D. Kang T. H. Kerelska A. D. Kersey I. Khrebtukova A. P. Kindwall Z. Kingsbury P. I. Kokko-Gonzales A. Kumar M. A. Laurent C. T. Lawley S. E. Lee X. Lee A. K. Liao J. A. Loch M. Lok S. Luo R. M. Mammen J. W. Martin P. G. McCauley P. McNitt P. Mehta K. W. Moon J. W. Mullens T. Newington Z. Ning B. Ling Ng S. M. Novo M. J. O'Neill M. A. Osborne A. Osnowski O. Ostadan L. L. Paraschos L. Pickering A. C. Pike D. Chris Pinkard D. P. Pliskin J. Podhasky V. J. Quijano C. Raczy V. H. Rae S. R. Rawlings A. Chiva Rodriguez P. M. Roe J. Rogers M. C. Rogert Bacigalupo N. Romanov A. Romieu R. K. Roth N. J. Rourke S. T. Ruediger E. Rusman R. M. Sanches-Kuiper M. R. Schenker J. M. Seoane R. J. Shaw M. K. Shiver S. W. Short N. L. Sizto J. P. Sluis M. A. Smith J. Ernest Sohna Sohna E. J. Spence K. Stevens N. Sutton L. Szajkowski C. L. Tregidgo G. Turcatti S. Vandevondele Y. Verhovsky S. M. Virk S. Wakelin G. C. Walcott J. Wang G. J. Worsley J. Yan L. Yau M. Zuerlein J. C. Mullikin M. E. Hurles N. J. McCooke J. S. West F. L. Oaks P. L. Lundberg D. Klenerman R. Durbin A. J. Smith Nature 2008 456 53 59
30. K. J. McKernan H. E. Peckham G. L. Costa S. F. McLaughlin Y. Fu E. F. Tsung C. R. Clouser C. Duncan J. K. Ichikawa C. C. Lee Z. Zhang S. S. Ranade E. T. Dimalanta F. C. Hyland T. D. Sokolsky L. Zhang A. Sheridan H. Fu C. L. Hendrickson B. Li L. Kotler J. R. Stuart J. A. Malek J. M. Manning A. A. Antipova D. S. Perez M. P. Moore K. C. Hayashibara M. R. Lyons R. E. Beaudoin B. E. Coleman M. W. Laptewicz A. E. Sannicandro M. D. Rhodes R. K. Gottimukkala S. Yang V. Bafna A. Bashir A. MacBride C. Alkan J. M. Kidd E. E. Eichler M. G. Reese F. M. De La Vega A. P. Blanchard Genome Res. 2009 19 1527 1541
31. J. M. Rothberg W. Hinz T. M. Rearick J. Schultz W. Mileski M. Davey J. H. Leamon K. Johnson M. J. Milgrew M. Edwards J. Hoon J. F. Simons D. Marran J. W. Myers J. F. Davidson A. Branting J. R. Nobile B. P. Puc D. Light T. A. Clark M. Huber J. T. Branciforte I. B. Stoner S. E. Cawley M. Lyons Y. Fu N. Homer M. Sedova X. Miao B. Reed J. Sabina E. Feierstein M. Schorn M. Alanjary E. Dimalanta D. Dressman R. Kasinskas T. Sokolsky J. A. Fidanza E. Namsaraev K. J. McKernan A. Williams G. T. Roth J. Bustillo Nature 2011 475 348 352
32. E. Góngora-Castillo G. Fedewa Y. Yeo J. Chappell D. DellaPenna C. R. Buell Methods Enzymol. 2012 517 139 159
33. T. C. Glenn Mol. Ecol. Resour. 2011 11 759 769
34. M. A. Quail M. Smith P. Coupland T. D. Otto S. R. Harris T. R. Connor A. Bertoni H. P. Swerdlow Y. Gu BMC Genomics 2012 13 341
35. B. Ewing L. Hillier M. C. Wendl P. Green Genome Res. 1998 8 175 185
36. R. M. Ewing A. Ben Kahla O. Poirot F. Lopez S. Audic J. M. Claverie Genome Res. 1999 9 950 959
37. M. H. Schulz D. R. Zerbino M. Vingron E. Birney Bioinformatics 2012 15 1086 1092
38. I. Birol S. D. Jackman C. B. Nielsen J. Q. Qian R. Varhol G. Stazyk R. D. Morin Y. Zhao M. Hirst J. E. Schein D. E. Horsman J. M. Connors R. D. Gascoyne M. A. Marra S. J. Jones Bioinformatics 2009 25 2872 2877
39. M. G. Grabherr B. J. Haas M. Yassour J. Z. Levin D. A. Thompson I. Amit X. Adiconis L. Fan R. Raychowdhury Q. Zeng Z. Chen E. Mauceli N. Hacohen A. Gnirke N. Rhind F. di Palma B. W. Birren C. Nusbaum K. Lindblad-Toh N. Friedman A. Regev Nat. Biotechnol. 2011 29 644 652
40. P. A. Pevzner H. Tang M. S. Waterman Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 9748 9753
41. G. Narzisi B. Mishra PLoS One 2011 6 e19175
42. P. E. Compeau P. A. Pevzner G. Tesler Nat. Biotechnol. 2011 29 987 991
43. J. A. Martin Z. Wang Nat. Rev. Genet. 2011 12 671 682
44. Y. Surget-Groba J. I. Montoya-Burgos Genome Res. 2010 20 1432 1440
45. N. Gruenheit O. Deusch C. Esser M. Becker C. Voelckel P. Lockhart BMC Genomics 2012 13 92
46. C. Luo D. Tsementzi N. Kyrpides T. Read K. T. Konstantinidis PLoS One 2012 7 e30087
47. B. J. Haas J. R. Wortman C. M. Ronning L. I. Hannick R. K. Smith, Jr. R. Maiti A. P. Chan C. Yu M. Farzad D. Wu O. White C. D. Town BMC Biol. 2005 3 7
48. R. S. Sekhon H. Lin K. L. Childs C. N. Hansey C. R. Buell N. de Leon S. M. Kaeppler Plant J. 2011 66 553 563
49. C. M. Ronning S. S. Stegalkina R. A. Ascenzi O. Bougri A. L. Hart T. R. Utterbach S. E. Vanaken S. B. Riedmuller J. A. White J. Cho G. M. Pertea Y. Lee S. Karamycheva R. Sultana J. Tsai J. Quackenbush H. M. Griffiths S. Restrepo C. D. Smart W. E. Fry R. Van Der Hoeven S. Tanksley P. Zhang H. Jin M. L. Yamamoto B. J. Baker C. R. Buell Plant Physiol. 2003 131 419 429
50. E. Góngora-Castillo K. L. Childs G. Fedewa J. P. Hamilton D. K. Liscombe M. Magallanes K. K. Mandadi E. Nims W. Runguphan B. Vaillancourt M. Varbanova-Herde D. DellaPenna T. D. McKnight S. O'Connor C. R. Buell PLoS One 2012 7 e52506
51. B. E. Suzek H. Huang P. McGarvey R. Mazumder C. H. Wu Bioinformatics 2007 23 1282 1288
52. P. Li L. Ponnala N. Gandotra L. Wang Y. Si S. L. Tausta T. H. Kebrom N. Provart R. Patel C. R. Myers E. J. Reidel R. Turgeon P. Liu Q. Sun T. Nelson T. P. Brutnell Nat. Genet. 2010 42 1060 1067
53. S. Torti F. Fornara C. Vincent F. Andres K. Nordstrom U. Gobel D. Knoll H. Schoof G. Coupland Plant Cell 2012 24 444 462
54. A. J. Matas T. H. Yeats G. J. Buda Y. Zheng S. Chatterjee T. Tohge L. Ponnala A. Adato A. Aharoni R. Stark A. R. Fernie Z. Fei J. J. Giovannoni J. K. Rose Plant Cell 2011 23 3893 3910
55. S. M. Brady D. A. Orlando J. Y. Lee J. Y. Wang J. Koch J. R. Dinneny D. Mace U. Ohler P. N. Benfey Science 2007 318 801 806
56. J. C. Vega-Arreguin E. Ibarra-Laclette B. Jimenez-Moraila O. Martinez J. P. Vielle-Calzada L. Herrera-Estrella A. Herrera-Estrella BMC Genomics 2009 10 299
57. A. Bashir A. A. Klammer W. P. Robins C. S. Chin D. Webster E. Paxinos D. Hsu M. Ashby S. Wang P. Peluso R. Sebra J. Sorenson J. Bullard J. Yen M. Valdovino E. Mollova K. Luong S. Lin B. Lamay A. Joshi L. Rowe M. Frace C. L. Tarr M. Turnsek B. M. Davis A. Kasarskis J. J. Mekalanos M. K. Waldor E. E. Schadt Nat. Biotechnol. 2012 30 701 707
58. C. Trapnell L. Pachter S. L. Salzberg Bioinformatics 2009 25 1105 1111
59. C. Trapnell B. A. Williams G. Pertea A. Mortazavi G. Kwan M. J. van Baren S. L. Salzberg B. J. Wold L. Pachter Nat. Biotechnol. 2010 28 511 515
60. S. F. Altschul W. Gish W. Miller E. W. Meyers D. J. Lipman J. Mol. Biol. 1990 215 403 410
61. R. D. Finn J. Tate J. Mistry P. C. Coggill S. J. Sammut H. R. Hotz G. Ceric K. Forslund S. R. Eddy E. L. Sonnhammer A. Bateman Nucleic Acids Res. 2008 36 D281 288