Remodeling a β-peptide bundle

Chemical Science

Volumn 4, Issue 1, 2013, Pages 319-324

  Molski, Matthew A ^a   Goodman, Jessica L ^b   Chou, Fang Chieh ^c   Baker, David ^d   Das, Rhiju ^c   Schepartz, Alanna ^a  

^a YALE UNIVERSITY   (United States)

^b WHITEHEAD INSTITUTE FOR BIOMEDICAL RESEARCH   (United States)

^c STANFORD UNIVERSITY   (United States)

^d UNIVERSITY OF WASHINGTON SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDE PROTON; ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION; COMPUTATIONAL DESIGN; HIGH RESOLUTION; HYDROPHOBIC CORE; NATURAL BIOPOLYMERS; NATURAL PROTEINS; PEPTIDE OLIGOMERS; RATIONAL DESIGN; ROSETTA; SEQUENCE DIVERSITY; SEQUENCE VARIATIONS; SIDE-CHAINS;

AMIDES; AMINO ACIDS; BIOPOLYMERS; CENTRIFUGATION; CIRCULAR DICHROISM SPECTROSCOPY; HYDROPHOBICITY; OLIGOMERS; PROTONS; STOICHIOMETRY; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

PEPTIDES;

EID: 84874429404     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2sc21117c     Document Type: Article

References (61)

1. J. X. Qiu E. J. Petersson E. E. Matthews A. Schepartz J. Am. Chem. Soc. 2006 128 11338
2. A. D. Bautista C. J. Craig E. A. Harker A. Schepartz Curr. Opin. Chem. Biol. 2007 11 685
3. D. S. Daniels E. J. Petersson J. X. Qiu A. Schepartz J. Am. Chem. Soc. 2007 129 1532
4. J. L. Goodman E. J. Petersson D. S. Daniels J. X. Qiu A. Schepartz J. Am. Chem. Soc. 2007 129 14746
5. E. J. Petersson C. J. Craig D. S. Daniels J. X. Qiu A. Schepartz J. Am. Chem. Soc. 2007 129 5344
6. J. L. Goodman M. A. Molski J. Qiu A. Schepartz ChemBioChem 2008 9 1576
7. E. J. Petersson A. Schepartz J. Am. Chem. Soc. 2008 130 821
8. M. A. Molski J. L. Goodman C. J. Craig H. Meng K. Kumar A. Schepartz J. Am. Chem. Soc. 2010 132 3658
9. C. J. Craig J. L. Goodman A. Schepartz ChemBioChem 2011 12 1035
10. V. Nanda R. L. Koder Nat. Chem. 2009 2 15
11. J. W. Bryson S. F. Betz H. S. Lu D. J. Suich H. X. Zhou K. T. O'Neil W. F. DeGrado Science 1995 270 935
12. P. B. Harbury J. J. Plecs B. Tidor T. Alber P. S. Kim Science 1998 282 1462
13. I. V. Korendovych Y. H. Kim A. H. Ryan J. D. Lear W. F. Degrado S. J. Shandler Org. Lett. 2010 12 5142
14. S. Azeroual J. Surprenant T. D. Lazzara M. Kocun Y. Tao L. A. Cuccia J. M. Lehn Chem. Commun. 2012 48 2292
15. L. Fischer G. Guichard Org. Biomol. Chem. 2010 8 3101
16. J. M. Fletcher A. L. Boyle M. Bruning G. J. Bartlett T. L. Vincent N. R. Zaccai C. T. Armstrong E. H. C. Bromley P. J. Booth R. L. Brady A. R. Thomson D. N. Woolfson ACS Synth. Biol. 2012 1 240
17. M. W. Giuliano W. S. Horne S. H. Gellman J. Am. Chem. Soc. 2009 131 9860
18. W. S. Horne J. L. Price J. L. Keck S. H. Gellman J. Am. Chem. Soc. 2007 129 4178
19. R. Kudirka H. Tran B. Sanii K. T. Nam P. H. Choi N. Venkateswaran R. Chen S. Whitelam R. N. Zuckermann Biopolymers 2011 96 586
20. S. Kwon A. Jeon S. H. Yoo I. S. Chung H. S. Lee Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 8232
21. S. Kwon K. Kang A. Jeon J. H. Park I. S. Choi H. S. Lee Tetrahedron 2012 68 4368
22. S. Kwon H. S. Shin J. Gong J. H. Eom A. Jeon S. H. Yoo I. S. Chung S. J. Cho H. S. Lee J. Am. Chem. Soc. 2011 133 17618
23. I. M. Mandity L. Fulop E. Vass G. K. Toth T. A. Martinek F. Fulop Org. Lett. 2010 12 5584
24. W. C. Pomerantz V. M. Yuwono R. Drake J. D. Hartgerink N. L. Abbott S. H. Gellman J. Am. Chem. Soc. 2011 133 13604
25. J. L. Price W. S. Horne S. H. Gellman J. Am. Chem. Soc. 2007 129 6376
26. S. Segman-Magidovich M. R. Lee V. Vaiser B. Struth S. H. Gellman H. Rapaport Chem.-Eur. J. 2011 17 14857
27. E. Torres E. Gorrea K. K. Burusco E. Da Silva P. Nolis F. Rua S. Boussert I. Diez-Perez S. Dannenberg S. Izquierdo E. Giralt C. Jaime V. Branchadell R. M. Ortuno Org. Biomol. Chem. 2010 8 564
28. E. Torres J. Puigmarti-Luis A. P. del Pino R. M. Ortuno D. B. Amabilino Org. Biomol. Chem. 2010 8 1661
29. R. Das D. Baker Annu. Rev. Biochem. 2008 77 363
30. A. Leaver-Fay M. Tyka S. M. Lewis O. F. Lange J. Thompson R. Jacak K. W. Kaufmann P. D. Renfrew C. A. Smith W. Sheffler I. W. Davis S. Cooper A. Treuille D. J. Mandell F. Richter Y.-E. Ban S. J. Fleishman J. E. Corn D. E. Kim S. Lyskov M. Berrondo S. Mentzer Z. Popovic J. J. Havranek J. Karanicolas R. Das J. Meiler T. Kortemme J. J. Gray B. Kuhlman D. Baker P. Bradley Methods Enzymol. 2011 487 545
31. B. Bilgicer K. Kumar Tetrahedron 2002 58 4105
32. B. Bilgicer X. Xing K. Kumar J. Am. Chem. Soc. 2001 123 11815
33. B. C. Buer R. de la Salud-Bea H. M. A. Hashimi E. N. G. Marsh Biochemistry 2009 48 10810
34. B. C. Buer J. L. Meagher J. A. Stuckey E. N. G. Marsh Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 4810
35. H. Y. Lee K. H. Lee H. M. Al-Hashimi E. N. G. Marsh J. Am. Chem. Soc. 2006 128 337
36. K. H. Lee H. Y. Lee M. M. Slutsky J. T. Anderson E. N. G. Marsh Biochemistry 2004 43 16277
37. A. J. Link M. L. Mock D. A. Tirrell Curr. Opin. Biotechnol. 2003 14 603
38. E. Neil G. Marsh Chem. Biol. 2000 7 R153
39. Y. Tang G. Ghirlanda W. A. Petka T. Nakajima W. F. DeGrado D. A. Tirrell Angew. Chem., Int. Ed. 2001 40 1494
40. N. C. Yoder D. Yuksel L. Dafik K. Kumar Curr. Opin. Chem. Biol. 2006 10 576
41. G. Dantas B. Kuhlman D. Callender M. Wong D. Baker J. Mol. Biol. 2003 332 449
42. B. Kuhlman G. Dantas G. C. Ireton G. Varani B. L. Stoddard D. Baker Science 2003 302 1364
43. J. B. Siegel A. Zanghellini H. M. Lovick G. Kiss A. R. Lambert J. L. St.Clair J. L. Gallaher D. Hilvert M. H. Gelb B. L. Stoddard K. N. Houk F. E. Michael D. Baker Science 2010 329 309
44. P. Barth J. Schonbrun D. Baker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 15682
45. R. Das D. Baker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 14664
46. R. Das J. Karanicolas D. Baker Nat. Methods 2010 7 291
47. I. André P. Bradley C. Wang D. Baker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 17656
48. R. P. Cheng S. H. Gellman W. F. DeGrado Chem. Rev. 2001 101 3219
49. S. F. Betz D. P. Raleigh W. F. Degrado Curr. Opin. Struct. Biol. 1993 3 601
50. V. H. Dalvi P. J. Rossky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 13603
51. G. Cornilescu E. B. Hadley M. G. Woll J. L. Markley S. H. Gellman C. C. Cornilescu Protein Sci. 2006 16 14
52. H. Zheng K. Comeforo J. M. Gao J. Am. Chem. Soc. 2009 131 18
53. H. Zheng J. M. Gao Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 8635
54. B. C. Gorske H. E. Blackwell J. Am. Chem. Soc. 2006 128 14378
55. M. G. Woll E. B. Hadley S. Mecozzi S. H. Gellman J. Am. Chem. Soc. 2006 128 15932
56. R. Li R. Gorelik V. Nanda P. B. Law J. D. Lear W. F. DeGrado J. S. Bennett J. Biol. Chem. 2004 279 26666
57. K. J. Lumb P. S. Kim Biochemistry 1995 34 8642
58. K. H. Lee H. Y. Lee M. M. Slutsky J. T. Anderson E. N. Marsh Biochemistry 2004 43 16277
59. J. W. Bryson J. R. Desjarlais T. M. Handel W. F. DeGrado Protein Sci. 1998 7 1404
60. S. A. Sievers J. Karanicolas H. W. Chang A. Zhao L. Jiang O. Zirafi J. T. Stevens J. Münch D. Baker D. Eisenberg Nature 2011 475 96
61. P. D. Renfrew E. J. Choi R. Bonneau B. Kuhlman PLoS One 2012 7 e32637