Distance measurements on orthogonally spin-labeled membrane spanning WALP23 polypeptides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 7, 2013, Pages 2061-2068

  Lueders, Petra ^a   Jäger, Heidrun ^b   Hemminga, Marcus A ^b   Jeschke, Gunnar ^a   Yulikov, Maxim ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

^b WAGENINGEN UNIVERSITY   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISTANCE MEASUREMENT; EXPERIMENTS; GADOLINIUM; PARAMAGNETISM; POLYPEPTIDES;

DETECTION FREQUENCY; DISTANCE DISTRIBUTIONS; EPR EXPERIMENTS; HELICAL PITCH; INDEPENDENT CHECKS; LOCAL ENVIRONMENTS; MEASUREMENTS OF; MEMBRANE SPANNING; NITROXIDE RADICALS; NITROXIDE SPIN LABELS; NITROXIDES; PARAMAGNETIC SPECIES; SPECTROSCOPIC PROPERTY; SPIN LABEL;

ELECTRON SPIN RESONANCE SPECTROSCOPY;

EID: 84874170579     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp311287t     Document Type: Article

References (82)

1. Milov, A. D.; Salikhov, K. M.; Shirov, M. D. Fiz. Tverd. Tela (Leningrad) 1981, 23, 957-982
2. Milov, A. D.; Ponomarev, A. B.; Tsvetkov, Yu. D. Chem. Phys. Lett. 1984, 110, 67-72
3. Martin, R. E.; Pannier, M.; Diederich, F.; Gramlich, V.; Hubrich, M.; Spiess, H. W. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1998, 37, 2834-2837
4. Pannier, M.; Veit, S.; Godt, A.; Jeschke, G.; Spiess, H. W. J. Magn. Reson. 2000, 142, 331-340
5. Saxena, S.; Freed, J. H. Chem. Phys. Lett. 1996, 251, 102-110
6. Borbat, P. P.; Freed, J. H. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 145-154
7. Kulik, L. V.; Dzuba, S. A.; Grigoryev, I. A.; Tsvetkov, Yu. D. Chem. Phys. Lett. 2001, 343, 315-324
8. Zaripov, R. B.; Dzhabarov, V. I.; Knyazev, A. A.; Galyametdinov, Yu. G.; Kulik, L. V. Appl. Magn. Reson. 2011, 40, 11-19
9. Milikisyants, S.; Scarpelli, F.; Finiguerra, M. G.; Ubbink, M.; Huber, M. J. Magn. Reson. 2009, 201, 48-56
10. Lueders, P.; Jeschke, G.; Yulikov, M. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 604-609
11. Maryasov, A. G.; Bowman, M. K.; Tsvetkov, Yu. D. Appl. Magn. Reson. 2006, 30, 683-702
12. Yulikov, M.; Lueders, P.; Warsi, M. F.; Chechik, V.; Jeschke, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 10732-10746
13. Jeschke, G.; Polyhach, Ye. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 1895-1910
14. Schiemann, O.; Prisner, T. F. Q. Rev. Biophys. 2007, 40, 1-53
15. Bordignon, E. Curr. Top. Chem. 2012, 321, 121-157
16. Krstić, I.; Edenward, B.; Margraf, D.; Marko, A.; Prisner, T. Curr. Top. Chem. 2012, 321, 159-198
17. Jeschke, G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2012, 63, 419-446
18. Kaminker, I.; Yagi, H.; Huber, T.; Feintuch, A.; Otting, G.; Goldfarb, D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 4355-4358
19. Su, X.-C.; Otting, G. J. Biomol. NMR 2010, 46, 101-112
20. Keizers, P. H. J.; Ubbink, M. Prog. NMR Spectrosc. 2011, 58, 88-96
21. Killian, J.; Salemink, I.; dePlanque, M.; Lindblom, G.; Koeppe, R.; Greathouse, D. Biochemistry 1996, 35, 1037-1045
22. Morein, S.; Strandberg, E.; Killian, J.; Persson, S.; Arvidson, G.; Koeppe, R.; Lindblom, G. Biophys. J. 1997, 73, 3078-3088
23. de Planque, M.; Goormaghtigh, E.; Greathouse, D.; Koeppe, R.; Kruijtzer, J.; Liskamp, R.; de Kruijff, B.; Killian, J. Biochemistry 2001, 40, 5000-5010
24. Killian, J. Biochim. Biophys. Acta, Rev. Biomembr. 1998, 1376, 401-416
25. Lueders, P.; Jäger, H.; Hemminga, M. A.; Jeschke, G.; Yulikov, M. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 1336-1340
26. Jäger, H.; Koch, A.; Maus, V.; Spiess, H.; Jeschke, G. J. Magn. Reson. 2008, 194, 254-263
27. Nielsen, R.; Che, K.; Gelb, M.; Robinson, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6430-6442
28. Su, X.-C.; Otting, G. J. Biomol. NMR 2010, 46, 101-112
29. Keizers, P. H. J.; Ubbink, M. Prog. NMR Spectrosc. 2011, 58, 88-96
30. Liu, Y.; Nagle, J. F. Phys. Rev. E 2004, 69, 040901(R)
31. Tristram-Nagle, S.; Petrache, H. I.; Nagle, J. F. Biophys. J. 1998, 75, 917-925
32. Wang, X. Y.; Jin, T.; Comblin, V.; Lopez-Mut, A.; Merciny, E.; Desreux, J. F. Inorg. Chem. 1992, 31, 1095-1099
33. Prosser, R. S.; Hunt, S. A.; DiNatale, J. A.; Vold, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 269-270
34. Prosser, R. S.; Bryant, H.; Bryant, R. G.; Vold, R. R. J. Magn. Reson. 1999, 141, 256-260
35. Gromov, I.; Shane, J.; Forrer, J.; Rakhmatoullin, R.; Rozentzwaig, Y.; Schweiger, A. J. Magn. Reson. 2001, 149, 196-203
36. Tschaggelar, R.; Kasumaj, B.; Santangelo, M. G.; Forrer, J.; Leger, P.; Dube, H.; Diederich, F.; Harmer, J.; Schuhmann, R.; García-Rubio, I. J. Magn. Reson. 2009, 200, 81-87
37. Tsvetkov, Yu. D.; Grishin, Yu. A. Instrum. Exp. Tech. 2009, 52, 615-636
38. Tkach, I.; Sicoli, G.; Höbartner, C.; Bennati, M. J. Magn. Reson. 2011, 209, 341-346
39. Cruickshank, P. A. S.; Bolton, D. R.; Robertson, D. A.; Hunter, R. I.; Wylde, R. J.; Smith, G. M. Rev. Sci. Instrum. 2009, 80, 103102
40. Polyhach, Y.; Bordignon, E.; Tschaggelar, R.; Gandra, S.; Godt, A.; Jeschke, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 10762-10773
41. Ghimire, H.; McCarrick, R. M.; Budil, D. E.; Lorigan, G. A. Biochemistry 2009, 48, 5782-5784
42. Zou, P.; Mchaourab, H. S. Biophys. J. 2010, 98, L18-L20
43. Raitsimring, A. M.; Gunanathan, C.; Potapov, A.; Efremenko, I.; Martin, J. M. L.; Milstein, D.; Goldfarb, D. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 14138-14139
44. Gordon-Grossman, M.; Kaminker, I.; Gofman, Y.; Shai, Y.; Goldfarb, D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 10771-10780
45. Jeschke, G.; Chechik, V.; Ionita, P.; Godt, A.; Zimmermann, H.; Banham, J.; Timmel, C. R.; Hilger, D.; Jung, H. Appl. Magn. Reson. 2006, 30, 473-498 http://www.epr.ethz.ch/software/index
46. Tikhonov, A. N.; Arsenin, V. Y. Solutions of Ill-Posed Problems; John Wiley & Sons: New York, 1977.
47. Jeschke, G.; Panek, G.; Godt, A.; Bender, A.; Paulsen, H. Appl. Magn. Reson. 2004, 26, 223-244
48. Chiang, Y. W.; Borbat, P. P.; Freed, J. H. J. Magn. Reson. 2005, 172, 279-295
49. Voss, J.; Wu, J.; Hubbell, W. L.; Jacques, V.; Meares, C. F.; Kaback, H. R. Biochemistry 2001, 40, 3184-3188
50. Raitsimring, A. M.; Astashkin, A. V.; Poluektov, O. G.; Caravan, P. Appl. Magn. Reson. 2005, 28, 281-295
51. Benmelouka, M.; Van Tol, J.; Borel, A.; Nellutla, S.; Port, M.; Helm, L.; Brunel, L.-C.; Merbach, A. E. Helv. Chim. Acta 2009, 92, 2173-2185
52. Raitsimring, A. M.; Astashkin, A. V.; Caravan, P. In Biological Magnetic Resonance; Hanson, G.; Berliner, L. J., Eds.; Springer-Verlag: New York, 2009, 28, 581-621.
53. Bloch, F.; Siegert, A. Phys. Rev. 1940, 57, 522-527
54. Bowman, M. K.; Maryasov, A. G. J. Magn. Reson. 2007, 185, 270-282
55. Kaminker, I.; Yagi, H.; Huber, T.; Feintuch, A.; Otting, G.; Goldfarb, D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 4355-4358
56. Jeschke, G. Struct. Bonding (Berlin, Ger.) 2011, 10.1007/430-2011-61
57. Hubbell, W. L.; Cafiso, D. S.; Altenbach, C. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 735-739
58. Dastvan, R.; Bode, B. E.; Karuppiah, M. P. R.; Marko, A.; Lyubenova, S.; Schwalbe, H.; Prisner, T. F. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 13507-13516
59. Potapov, A.; Song, Y.; Meade, T. J.; Goldfarb, D.; Astashkin, A. V.; Raitsimring, A. M. J. Magn. Reson. 2010, 205, 38-49
60. Song, Y.; Meade, T. J.; Astashkin, A. V.; Klein, E. L.; Enemark, J. H.; Raitsimring, A. J. Magn. Reson. 2011, 210, 59-68
61. Narr, E.; Godt, A.; Jeschke, G. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 3907-3910
62. Yang, Z.; Kise, D.; Saxena, S. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 6165-6174
63. Banerjee, D.; Yagi, H.; Huber, T.; Otting, G.; Goldfarb, D. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 157-160
64. Margittai, M.; Langen, R. Methods Enzymol. 2006, 413, 122-139
65. Apostolidou, M.; Jayasinghe, S. A.; Langen, R. J. Biol. Chem. 2008, 283, 17205-17210
66. Bedrood, S.; Li, Y.; Isas, J. M.; Hegde, B. G.; Baxa, U.; Haworth, I. S.; Langen, R. J. Biol. Chem. 2012, 287, 5235-5241
67. Lilly, A. A.; Crane, J. M.; Randall, L. L. Protein Sci. 2009, 18, 1860-1868
68. Cooper, D. B.; Smith, V. F.; Crane, J. M.; Roth, H. C.; Lilly, A. A.; Randall, L. L. J. Mol. Biol. 2008, 382, 74-87
69. Jun, S.; Becker, J. S.; Yonkunas, M.; Coalson, R.; Saxena, S. Biochemistry 2006, 45, 11666-11673
70. Fafarman, A. T.; Borbat, P. P.; Freed, J. H.; Kirshenbaum, K. Chem. Commun. 2007, 4, 377-379
71. Upadhyay, A. K.; Borbat, P. P.; Wang, J.; Freed, J. H.; Edmondson, D. E. Biochemistry 2008, 47, 1554-1566
72. Makovitzki, A.; Baram, J.; Shai, Y. Biochemistry 2008, 47, 10630-10636
73. Toniolo, C.; Crisma, M.; Formaggio, F.; Peggion, C.; Epand, R. F.; Epand, R. M. Cell. Mol. Life Sci. 2001, 58, 1179-1188
74. Stella, L.; Mazzuca, C.; Venanzi, M.; Palleschi, A.; Didone, M.; Formaggio, F.; Toniolo, C.; Pispisa, B. Biophys. J. 2004, 86, 936-945
75. Salnikov, E. S.; De Zotti, M.; Formaggio, F.; Li, X.; Toniolo, C.; O'Neil, J. D. J.; Raap, J.; Dzuba, S. A.; Bechinger, B. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 3034-3042
76. Syryamina, V. N.; Isaev, N. P.; Peggion, C.; Formaggio, F.; Toniolo, C.; Raap, J.; Dzuba, S. A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 12277-12283
77. Milov, A. D.; Tsvetkov, Yu. D.; Formaggio, F.; Crisma, M.; Toniolo, C.; Raap, J. J. Pept. Sci. 2003, 9, 690-700
78. Milov, A. D.; Erilov, D. A.; Salnikov, E. S.; Tsvetkov, Yu. D.; Formaggio, F.; Toniolo, C.; Raap, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1794-1799
79. Salnikov, E. S.; Erilov, D. A.; Milov, A. D.; Tsvetkov, Yu. D.; Peggion, C.; Formaggio, F.; Toniolo, C.; Raap, J.; Dzuba, S. A. Biophys. J. 2006, 91, 1532-1540
80. Milov, A. D.; Samoilova, R. I.; Tsvetkov, Yu. D.; De Zotti, M.; Formaggio, F.; Toniolo, C.; Handgraaf, J.-W.; Raap, J. Biophys. J. 2009, 96, 3197-3209
81. Jia, X.; Yagi, H.; Su, X.-C.; Stanton-Cook, M.; Huber, T.; Otting, G. J. Biomol. NMR 2011, 50, 411-420
82. Fleissner, M. R.; Brustad, E. M.; Kálai, T.; Altenbach, C.; Cascio, D.; Peters, F. B.; Hideg, K.; Peuker, S.; Schultz, P. G.; Hubbell, W. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 21637-21642