The catalytic mechanism of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Trypanosoma cruzi elucidated via the QM/MM approach

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 11, 2013, Pages 3772-3785

  Reis, Mauro ^a,b   Alves, Cláudio Nahum ^a   Lameira, Jerônimo ^a   Tuñón, Iñaki ^b   Martí, Sergio ^c   Moliner, Vicent ^c  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF PARÁ   (Brazil)

^b UNIVERSITY OF VALENCIA   (Spain)

^c UNIVERSITAT JAUME I   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLYCERALDEHYDE 3 PHOSPHATE DEHYDROGENASE; NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE;

ARTICLE; BIOCATALYSIS; CHEMISTRY; ENZYME SPECIFICITY; ENZYMOLOGY; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; OXIDATION REDUCTION REACTION; OXIDATIVE PHOSPHORYLATION; QUANTUM THEORY; TRYPANOSOMA CRUZI;

BIOCATALYSIS; GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NAD; OXIDATION-REDUCTION; OXIDATIVE PHOSPHORYLATION; QUANTUM THEORY; SUBSTRATE SPECIFICITY; TRYPANOSOMA CRUZI;

EID: 84874041647     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp43968b     Document Type: Article

References (72)

1. C. A. Horae F. G. Wallace Nature 1966 244 69
2. L. V. Kirchhoff New Engl. J. Med. 1993 329 639
3. F. R. Opperdoes P. Borst FEBS Lett. 1977 80 360
4. F. R. Opperdoes Annu. Rev. Microbiol. 1987 41 127
5. J. C. Engel B. M. Franke de Cazzulo A. O. Stoppani J. J. Cannata J. J. Cazzulo Mol. Biochem. Parasitol. 1987 26 1
6. B. M. Bakker P. A. M. Michels F. R. Opperdoes H. V. Westerhoff J. Biol. Chem. 1999 274 14551
7. B. M. Bakker H. V. Westerhoff F. R. Opperdoes P. A. M. Michels Mol. Biochem. Parasitol. 2000 106 1
8. H. L. Segal P. D. Boyer J. Biol. Chem. 1953 204 265
9. D. R. Trentham Biochem. J. 1971 122 5
10. D. R. Trentham Biochem. J. 1971 122 71
11. P. J. Harrigan D. R. Trentham Biochem. J. 1973 135 695
12. P. J. Harrigan D. R. Trentham Biochem. J. 1974 143 353
13. R. G. Duggleby D. T. Denis J. Biol. Chem. 1974 249 167
14. D. Moras K. W. Olsen M. N. Sabesan M. Buehner G. C. Ford M. G. Rossmann J. Biol. Chem. 1975 250 9137
15. J. I. Harris and M. Waters, in The Enzymes, ed., P. D. Boyer, Academic Press, New York, 3rd edn, 1976, ch. 13
16. A. Soukri A. Mougin C. Corbier A. Wonacott C. Branlant G. Branlant Biochemistry 1989 28 2586
17. T. Skarzynski P. C. Moody A. J. Wonacott J. Mol. Biol. 1987 193 171
18. S. Michels E. Rogalska G. Branlant Eur. J. Biochem. 1996 235 641
19. C. Corbier S. Michels A. J. Wonacott G. Branlant Biochemistry 1994 33 3260
20. F. Talfournier N. Colloc'h J. P. Mornon G. Branlant Eur. J. Biochem. 1998 252 447
21. S. Moniot S. Bruno C. Vonrhein C. Didierjean S. Boshi-Muller M. Vas G. Bricogne G. Branlant A. Mozzarelli C. Corbier J. Biol. Chem. 2008 21693
22. M. S. Castilho F. Pavão G. Oliva S. Ladame M. Willson J. Périe Biochemistry 2003 42 7143
23. M. Yun C. G. Park J. Y. Kim H. W. Park Biochemistry 2000 39 10702
24. I. Korndorfer B. Steipe R. Huber A. Tomschy R. Jaenicke J. Mol. Biol. 1995 246 511
25. H. Kim I. K. Feil C. L. Verlinde P. H. Petra W. G. Hol Biochemistry 1995 34 14975
26. F. M. Vellieux J. Hajdu W. G. Hol Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1995 51 575
27. S. Ladame M. S. Castilho C. H. T. P. Silva C. Denier V. Hannaert J. Périe G. Oliva M. Willson Eur. J. Biochem. 2003 279 4564
28. S. Martí J. Andres V. Moliner E. Silla I. Tuñón J. Bertrán M. F. Field J. Am. Chem. Soc. 2001 123 1709
29. J. Lameira C. N. Alves I. Tuñón S. Martí V. Moliner J. Phys. Chem. B 2011 115 6764
30. C. N. Alves S. Martí R. Castillo J. Andrés V. Moliner I. Tuñòn E. Silla Chem.-Eur. J. 2007 13 7715
31. A. Thomas M. J. Field J. Am. Chem. Soc. 2002 124 12432
32. N. Kanaan S. Martí V. Moliner J. Phys. Chem. A 2009 113 2176
33. A. Warshel J. Levitt Mol. Biol. 1976 103 227
34. M. J. Field P. A. Bash M. Karplus J. Comput. Chem. 1990 11 700
35. S. Martí J. Andrés V. Moliner E. Silla I. Tuñón J. Bertran Chem. Soc. Rev. 2008 37 2634
36. S. Martí M. Roca J. Andrés V. Moliner E. Silla I. Tuñón J. Bertrán Chem. Soc. Rev. 2004 33 98
37. H. M. Senn W. Thiel Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 1198
38. H. G. Schlegel J. Comput. Chem. 2003 24 1514
39. A. S. Carneiro J. Lameira C. N. Alves Chem. Phys. Lett. 2011 514 336
40. J. L. Jenkis J. J. Tanner Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2006 62 290
41. H. C. Watson E. Duee W. D. Mercer Nat. New Biol. 1972 240 130
42. J. J. Tanner R. M. Hecht K. L. Krause Biochemistry 1996 35 2597
43. E. Duee L. Olivier-Deyris E. Fanchon C. Corbier G. Branlant O. Dideberg J. Mol. Biol. 1996 257 814
44. H. Kim W. G. Hol J. Mol. Biol. 1998 278 5
45. F. M. Vellieux J. Hajdu C. L. Verlinde H. Groendijk R. J. Read T. J. Greenhough J. W. Campbell K. H. Kalk J. A. Littlechild H. C. Watson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 2355
46. D. H. Souza R. C. Garratt A. P. Araujo B. G. Guimaraes W. D. Jesus P. A. Michels V. Hannaert G. Oliva FEBS Lett. 1998 424 131
47. F. Pavão M. S. Castilho M. T. Pupo R. L. A. Dias J. B. Correa J. B. Fernandes M. F. G. F. da Silva J. Mafezoli P. C. Vieira G. Oliva FEBS Lett. 2002 520 13
48. M. R. Murthy R. M. Garavito J. E. Johnson M. G. Rossmann J. Mol. Biol. 1980 138 859
49. T. Skarzynski A. J. Wonacott J. Mol. Biol. 1988 203 1097
50. M. J. Field M. Albe C. Bret F. Proust-de Martin A. Thomas J. Comput. Chem. 2000 21 1088
51. M. J. Field, A practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems, Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1999
52. J. Antosiewicz J. A. McCammon M. K. Gilson J. Mol. Biol. 1994 238 415
53. L. Hui A. D. Robertson J. H. Jensen Proteins 2005 61 704
54. A. Cartier D. Brown B. Maigret S. Boschi-Muller S. Rahuel-Clermont G. Branlant Theor. Chem. Acc. 1999 101 241
55. R. H. Byrd P. Lu J. Nocedal C. Zhu J. Sci. Comput. 1995 16 1190
56. M. J. S. Dewar E. G. Zoebisch E. F. Healy J. J. P. Stewart J. Am. Chem. Soc. 1985 107 3902
57. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225
58. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926
59. J. G. Kirkwood J. Chem. Phys. 1935 3 300
60. D. A. McQuarrie, Statistical Mechanics, Harper & Row, New York, 1976, pp. 266
61. B. Roux Comput. Phys. Commun. 1995 91 275
62. G. M. Torrie J. P. Valleau J. Comput. Phys. 1977 23 187
63. G. K. Shenter B. C. Garret D. G. Truhlar J. Chem. Phys 2003 119 5828
64. M. Roca V. Moliner J. J. Ruiz-Pernía E. Silla I. Tuñón J. Phys. Chem. A 2006 110 503
65. L. Polgar Eur. J. Biochem. 1975 51 63
66. C. Didierjean C. Corbier M. Fatih F. Favier S. Boschi-Muller G. Branlant A. Aubry J. Biol. Chem. 2003 278 12968
67. S. Baer E. A. Brinkman J. I. Brauman J. Am. Chem. Soc. 1991 113 805
68. E. M. Colvin E. Evleth Y. Akacem J. Am. Chem. Soc. 1995 117 4357
69. M. J. Frisch, Gaussian 03, revision C.02, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
70. R. Dennington, T. Keith, J. Millam, K. Eppinnett, W. L. Hovell and R. Gilliland, GaussView, V3.0, Semichem Inc., Shawnee Mission, KS, 2003
71. J. J. Ruiz-Pernía E. Silla I. Tuñón S. Martí J. Phys. Chem. B 2006 110 17663
72. M. W. Schmidt K. K. Baldridge J. A. Boatz S. T. Elbert M. S. Gordon J. H. Jensen S. Koseki N. Matsunaga K. A. Nguyen S. J. Su T. L. Windus M. Dupuis J. A. Montgomery J. Comput. Chem. 1993 14 1347