High-resolution insight into G-overhang architecture

Journal of the American Chemical Society

Volumn 135, Issue 7, 2013, Pages 2816-2824

  Hänsel, Robert ^a   Löhr, Frank ^a   Trantirek, Lukáš ^b,c   Dötsch, Volker ^a  

^a GOETHE UNIVERSITY   (Germany)

^b UTRECHT UNIVERSITY   (Netherlands)

^c MASARYK UNIVERSITY   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELLULAR ENVIRONMENT; DNA STRUCTURE; EX-VIVO; G-QUADRUPLEXES; HIGH RESOLUTION; IN-VIVO; MODEL SYSTEM; MOLECULAR CROWDING; PHYSIOLOGICAL CONDITION; STRUCTURAL TARGET; TELOMERIC DNA;

FLUORESCENCE SPECTROSCOPY;

POTASSIUM;

GUANINE QUADRUPLEX; POTASSIUM; SINGLE STRANDED DNA;

ANIMAL CELL; ARTICLE; CIRCULAR DICHROISM; DILUTION; DNA SEQUENCE; DNA STRUCTURE; ENVIRONMENT; EX VIVO STUDY; FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; IN VIVO STUDY; NONHUMAN; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; TELOMERE; XENOPUS LAEVIS;

DNA; G-QUADRUPLEXES; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NUCLEIC ACID CONFORMATION; TELOMERE;

EID: 84874039558     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja312403b     Document Type: Article

References (52)

1. O'Sullivan, R. J.; Karlseder, J. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2010, 11, 171
2. Verdun, R. E.; Karlseder, J. Nature 2007, 447, 924
3. Williamson, J. R.; Raghuraman, M. K.; Cech, T. R. Cell 1989, 59, 871
4. Schaffitzel, C.; Berger, I.; Postberg, J.; Hanes, J.; Lipps, H. J.; Pluckthun, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 8572
5. Paeschke, K.; Simonsson, T.; Postberg, J.; Rhodes, D.; Lipps, H. J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2005, 12, 847
6. Neidle, S. FEBS J. 2010, 277, 1118
7. Balasubramanian, S.; Hurley, L. H.; Neidle, S. Nat. Rev. Drug Discov. 2011, 10, 261
8. Rodriguez, R.; Miller, K. M.; Forment, J. V.; Bradshaw, C. R.; Nikan, M.; Britton, S.; Oelschlaegel, T.; Xhemalce, B.; Balasubramanian, S.; Jackson, S. P. Nat. Chem. Biol. 2012, 8, 301
9. Siddiqui-Jain, A.; Grand, C. L.; Bearss, D. J.; Hurley, L. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11593
10. Di Antonio, M.; Biffi, G.; Mariani, A.; Raiber, E. A.; Rodriguez, R.; Balasubramanian, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 11073
11. Muller, S.; Sanders, D. A.; Di Antonio, M.; Matsis, S.; Riou, J. F.; Rodriguez, R.; Balasubramanian, S. Org. Biomol. Chem. 2012, 10, 6537
12. Ambrus, A.; Chen, D.; Dai, J.; Bialis, T.; Jones, R. A.; Yang, D. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 2723
13. Gray, R. D.; Chaires, J. B. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 4191
14. Phan, A. T. FEBS J. 2010, 277, 1107
15. Yue, D. J.; Lim, K. W.; Phan, A. T. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 11462
16. Wang, Y.; Patel, D. J. Structure 1993, 1, 263
17. Parkinson, G. N.; Lee, M. P.; Neidle, S. Nature 2002, 417, 876
18. Li, J.; Correia, J. J.; Wang, L.; Trent, J. O.; Chaires, J. B. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 4649
19. Renciuk, D.; Kejnovska, I.; Skolakova, P.; Bednarova, K.; Motlova, J.; Vorlickova, M. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 6625
20. Hänsel, R.; Löhr, F.; Foldynova-Trantirkova, S.; Bamberg, E.; Trantirek, L.; Dötsch, V. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 5768
21. Heddi, B.; Phan, A. T. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 9824
22. Yu, H.; Gu, X.; Nakano, S.; Miyoshi, D.; Sugimoto, N. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 20060
23. Miyoshi, D.; Nakao, A.; Sugimoto, N. Biochemistry 2002, 41, 15017
24. Xue, Y.; Kan, Z. Y.; Wang, Q.; Yao, Y.; Liu, J.; Hao, Y. H.; Tan, Z. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11185
25. Singh, V.; Azarkh, M.; Exner, T. E.; Hartig, J. S.; Drescher, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 9728
26. Azarkh, M.; Singh, V.; Okle, O.; Dietrich, D. R.; Hartig, J. S.; Drescher, M. ChemPhysChem 2012, 13, 1444
27. Hänsel, R.; Foldynova-Trantirkova, S.; Löhr, F.; Buck, J.; Bongartz, E.; Bamberg, E.; Schwalbe, H.; Dötsch, V.; Trantirek, L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 15761
28. Miller, M. C.; Buscaglia, R.; Chaires, J. B.; Lane, A. N.; Trent, J. O. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 17105
29. Wang, Z. F.; Chang, T. C. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 8711
30. Dai, J.; Carver, M.; Yang, D. Biochimie 2008, 90, 1172
31. Vorlickova, M.; Chladkova, J.; Kejnovska, I.; Fialova, M.; Kypr, J. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 5851
32. Yu, H. Q.; Miyoshi, D.; Sugimoto, N. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15461
33. Pedroso, I. M.; Duarte, L. F.; Yanez, G.; Burkewitz, K.; Fletcher, T. M. Biopolymers 2007, 87, 74
34. Xu, Y.; Ishizuka, T.; Kurabayashi, K.; Komiyama, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 7833
35. Bauer, L.; Tluckova, K.; Tohova, P.; Viglasky, V. Biochemistry 2011, 50, 7484
36. Dai, J.; Carver, M.; Punchihewa, C.; Jones, R. A.; Yang, D. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 4927
37. Xu, L.; Feng, S.; Zhou, X. Chem. Commun. 2011, 47, 3517
38. Petraccone, L.; Trent, J. O.; Chaires, J. B. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 16530
39. Petraccone, L.; Spink, C.; Trent, J. O.; Garbett, N. C.; Mekmaysy, C. S.; Giancola, C.; Chaires, J. B. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 20951
40. Singh, V.; Azarkh, M.; Drescher, M.; Hartig, J. S. Chem. Commun. 2012, 48, 8258
41. Selenko, P.; Serber, Z.; Gadea, B.; Ruderman, J.; Wagner, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11904
42. Selenko, P.; Frueh, D. P.; Elsaesser, S. J.; Haas, W.; Gygi, S. P.; Wagner, G. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 321
43. Luu, K. N.; Phan, A. T.; Kuryavyi, V.; Lacroix, L.; Patel, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9963
44. Lim, K. W.; Amrane, S.; Bouaziz, S.; Xu, W.; Mu, Y.; Patel, D. J.; Luu, K. N.; Phan, A. T. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4301
45. Tran, P. L.; Mergny, J. L.; Alberti, P. Nucleic Acids Res. 2011, 39, 3282
46. Lane, A. N. Biochimie 2012, 94, 277
47. Krstic, I.; Hänsel, R.; Romainczyk, O.; Engels, J. W.; Dötsch, V.; Prisner, T. F. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 5070
48. Xue, Y.; Liu, J. Q.; Zheng, K. W.; Kan, Z. Y.; Hao, Y. H.; Tan, Z. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 8046
49. Sklenar, V.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1987, 74, 469
50. Schanda, P.; Brutscher, B. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8014
51. Serber, Z.; Selenko, P.; Hänsel, R.; Reckel, S.; Lohr, F.; Ferrell, J. E., Jr.; Wagner, G.; Dötsch, V. Nat. Protoc. 2006, 1, 2701
52. Hänsel, R.; Foldynova-Trantirkova, S.; Dötsch, V.; Trantirek, L. Top. Curr. Chem. 2012, 10.1007/128-2012-332