Thermal stabilisation of RNA·RNA duplexes and G-quadruplexes by phosphorothiolate linkages

Organic and Biomolecular Chemistry

Volumn 11, Issue 6, 2013, Pages 966-974

  Piperakis, Michael M ^a   Gaynor, James W ^a   Fisher, Julie ^b   Cosstick, Richard ^a,b  

^a UNIVERSITY OF LIVERPOOL   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF LEEDS   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONAL EFFECT; DEOXYURIDINE; DNA DUPLEXES; DUPLEX STABILITY; FURANOSE RING; G-QUADRUPLEX STRUCTURE; G-QUADRUPLEXES; H-BONDING INTERACTION; HIGH THERMAL STABILITY; HYDROXYL GROUPS; QUADRUPLEXES; RNA DUPLEXES; SULFUR ATOMS; THERMAL DENATURATIONS; THERMAL MELTING;

DNA SEQUENCES; SULFUR; THERMODYNAMIC STABILITY;

RNA;

3' S PHOSPHOROTHIOLATE; 3'-S-PHOSPHOROTHIOLATE; GUANINE QUADRUPLEX; PHOSPHATE; RNA;

ARTICLE; CHEMISTRY; CONFORMATION; RNA STABILITY;

G-QUADRUPLEXES; MOLECULAR CONFORMATION; PHOSPHATES; RNA; RNA STABILITY;

EID: 84872736582     PISSN: 14770520     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2ob26940f     Document Type: Article

References (47)

1. J. W. Gaynor R. Cosstick Curr. Org. Chem. 2008 12 291 308
2. J. A. Piccirilli J. S. Vyle M. H. Caruthers T. R. Cech Nature 1993 361 85 88
3. L. B. Weinstein B. C. M. N. Jones R. Cosstick T. R. Cech Nature 1997 388 805 808
4. S. Shan A. V. Kravchuk J. A. Piccirilli D. Herschlag Biochemistry 2001 40 5161 5171
5. P. M. Gordon R. Fong J. A. Piccirilli Chem. Biol. 2007 14 607 612
6. E. J. Sontheimer S. Sun J. A. Piccirilli Nature 1997 388 801 805
7. G. Sasnauskas L. Zakrys M. Zaremba R. Cosstick J. W. Gaynor S. E. Halford V. Siksnys Nucleic Acids Res. 2010 38 2399 2410
8. J. F. Curley C. M. Joyce J. A. Piccirilli J. Am. Chem. Soc. 1997 119 12691 12692
9. A. P. G. Beevers K. J. Fettes S. M. Roberts I. A. O'Neil J. R. P. Arnold R. Cosstick J. Fisher Chem. Commun. 2002 1458 1459
10. A. P. G. Beevers K. J. Fettes G. Sabbagh F. K. Murad J. R. P. Arnold R. Cosstick J. Fisher Org. Biomol. Chem. 2004 2 114 119
11. H. K. Jayakumar J. L. Buckingham J. A. Brazier N. G. Berry R. Cosstick J. Fisher Magn. Reson. Chem. 2007 45 340 345
12. J. Bentley J. A. Brazier J. Fisher R. Cosstick Org. Biomol. Chem. 2007 5 3698 3702
13. J. A. Brazier J. Fisher R. Cosstick Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 114 117
14. J. A. Brazier A. Shah G. D. Brown Chem. Commun. 2012 48 10739 10741
15. J. W. Gaynor B. J. Campbell R. Cosstick Chem. Soc. Rev. 2010 39 4169 4184
16. R. E. Collins X. Cheng J. Cell Biochemistry 2006 99 1251 1266
17. S. Burge G. N. Parkinson P. Hazel A. K. Todd S. Neidle Nucleic Acids Res. 2006 34 5402 5415
18. Y. Wang D. J. Patel J. Mol. Biol. 1993 234 1171 1183
19. G. N. Parkinson M. P. Lee S. Neidle Nature 2002 417 876 880
20. A. T. Phan K. N. Luu D. J. Patel Nucleic Acids Res. 2006 34 5715 5719
21. A. Siddiqui-Jain C. L. Grand D. J. Bearss L. H. Hurley Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 11593 11598
22. J. Dai D. Chen R. A. Jones L. H. Hurley D. Yang Nucleic Acids Res. 2006 34 5133 5144
23. V. Kuryavyi A. T. Phan D. J. Patel Nucleic Acids Res. 2010 38 6757 6773
24. C. Cheong P. B. Moore Biochemistry 1992 31 8406 8414
25. J.-L. Mergny A. De Cian A. Ghelab B. Saccà L. Lacroix Nucleic Acids Res. 2005 33 81 94
26. A. Randazzo V. Esposito O. Ohlenschläger R. Ramachandran L. Mayol Nucleic Acids Res. 2004 32 3083 3092
27. G. Sabbagh K. J. Fettes R. Gossain I. A. O'Neil R. Cosstick Nucleic Acids Res. 2004 32 495 501
28. J. W. Gaynor M. M. Piperakis J. Fisher R. Cosstick Org. Biomol. Chem. 2010 8 1463 1470
29. R. Eisenhuth C. Richert J. Org. Chem. 2009 74 26 37
30. G. Di Fabio J. D'Onofrio M. Chiapparelli B. Hoorelbeke D. Montesarchio J. Balzarini L. De Napoli Chem. Commun. 2011 47 2363 2365
31. A. P. G. Beevers E. Witch B. C. N. M. Jones R. Cosstick J. R. P. Arnold J. Fisher Magn. Reson. Chem. 1999 37 814 820
32. M. Egli S. Portmann N. Usman Biochemistry 1996 35 8489 8494
33. O. Y. Fedoroff M. Salazar B. R. Reid J. Mol. Biol. 1993 233 509 523
34. A. N. Lane S. Ebel T. Brown Eur. J. Biochem. 1993 215 297 306
35. A. Noy A. Pérez M. Márquez F. J. Luque M. Orozco J. Am. Chem. Soc. 2005 127 4910 4920
36. J. I. Gyi G. L. Conn A. N. Lane T. Brown Biochemistry 1996 35 12538 12548
37. J. I. Gyi A. N. Lane G. L. Conn T. Brown Biochemistry 1998 37 73 80
38. J.-L. Mergny J. Li L. Lacroix S. Amrane J. B. Chaires Nucleic Acids Res. 2005 33 e138
39. E. E. Merkina K. R. Fox Biophys. J. 2005 89 365 373
40. F. Aboul-ela A. I. H. Murchie D. M. J. Lilley Nature 1992 360 280 282
41. J. Deng Y. Xiong M. Sundaralingam Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 13665 13670
42. V. E. Marquez T. Ben-Kasus J. J. Barchi K. M. Green M. C. Nicklaus R. Agbaria J. Am. Chem. Soc. 2004 126 543 549
43. H. Saneyoshi S. Mazzini A. Aviño G. Portella C. González M. Orozco V. E. Marquez R. Eritja Nucleic Acids Res. 2009 37 5589 5601
44. B. Saccà L. Lacroix J.-L. Mergny Nucleic Acids Res. 2005 33 1182 1192
45. J.-L. Mergny, J. Gros, A. De Cian, A. Bourdoncle, F. Rosu, B. Saccà, L. Guittat, S. Amrane, M. Mills, P. Alberti, M. Takasugi and L. Lacroix, in Quadruplex Nucleic Acids, ed., S. Neidle, and, S. Balasubramanian, RSC Publishing, Cambridge, 2006, pp. 31-80
46. J. Gros F. Rosu S. Amrane A. De Cian V. Gabelica L. Lacroix J.-L. Mergny Nucleic Acids Res. 2007 35 3064 3075
47. G. S. Ti B. L. Gaffney R. A. Jones J. Am. Chem. Soc. 1982 104 1316 1319