Exploiting the capabilities of quantum chemical simulations to characterise the hydration of molecular compounds

RSC Advances

Volumn 3, Issue 6, 2013, Pages 1606-1635

  Weiss, Alexander K H ^a   Hofer, Thomas S ^a  

^a UNIVERSITY OF INNSBRUCK   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DATA SETS; INTERATOMIC ENERGY; IONIC SOLUTES; IONIC SPECIES; MOLECULAR COMPOUNDS; PAIR CORRELATION FUNCTIONS; PAIR CORRELATIONS; POLYATOMICS; QUANTUM MECHANICAL/MOLECULAR MECHANICAL SIMULATIONS; QUANTUM-CHEMICAL SIMULATIONS; SOLVATION PROPERTIES; THEORETICAL APPROACH; THEORETICAL RESEARCH; THREE-BODY CORRELATIONS;

HYDRATION; MOLECULAR MODELING; QUANTUM CHEMISTRY; SOLVATION; STRUCTURAL ANALYSIS;

CHEMICAL COMPOUNDS;

EID: 84872361675     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2ra21873a     Document Type: Review

References (237)

1. E. Schrödinger Ann. Phys. 1926 384 361
2. E. Schrödinger Ann. Phys. 1926 81 109
3. P. A. M. Dirac Proc. R. Soc. London, Ser. A 1928 117 610
4. R. P. Feynman, A. R. Hibbs and D. F. Styer, Quantum Mechanics and Path Integrals, Emended Edition, Dover Publications, New York, 2010
5. A. Szabo and N. S. Ostlund, Modern Quantum Chemistry, Dover Publications, New York, 1996
6. I. N. Levine, Quantum Chemistry, 5th Edition, Prentice-Hall, New Jersey, 1999
7. T. Helgaker, P. Jørgensen and J. Olsen, Molecular Electronic Structure Theory, Wiley, Chichester, 2000
8. D. B. Cook, Handbook of Computational Chemistry, Dover Publications, New York, 2005
9. K. G. Dyall, Introduction to Relativistic Quantum Chemistry, Oxford University Press, Oxford, 2007
10. M. Reiher and A. Wolf, Relativistic Quantum Chemistry: The Fundamental Theory of Molecular Science, Wiley-VCH, Weinheim, 2009
11. A. R. Leach, Molecular Modelling, Vol. 2nd Edition, Prentice-Hall, Harlow, 2001
12. F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry, Vol. 2nd Edition, John Wiley & Sons Ltd., Chichester, 2006
13. C. J. Cramer, Essentials of Computational Chemistry, Wiley, West Sussex, 2002
14. K. I. Ramachandran, G. Deepa and K. Namboori, Computational Chemistry and Molecular Modeling: Principles and Applications, Springer, Berlin, 2008
15. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Oxford Science Publications, Oxford, 1990
16. R. J. Sadus, Molecular Simulation of Fluids: Theory, Algorithms, and Object-Orientation, Elsevier, Amsterdam, 1999
17. D. Frenkel and B. Smit, Understanding Molecular Simulation, Academic Press, San Diego-London, 2002
18. M. E. Tuckerman, Statistical Mechanics: Theory and Molecular Simulation, Oxford University Press, New York, 2010
19. McQuarrie, Statistical Mechanics, Harper & Row, New York, 1976
20. O. Penrose, Foundations of Statistical Mechanics: A Deductive Treatment, Dover Publications, New York, 2005
21. F. Schwabl, Statistical Mechanics, 2nd Edition, Springer, Berlin, 2010
22. A. Warshel M. Levitt J. Mol. Biol. 1976 103 227
23. M. J. Field P. A. Bash M. Karplus J. Comput. Chem. 1990 11 6 700
24. J. Gao J. Am. Chem. Soc. 1993 115 2930
25. D. Bakowies W. Thiel J. Phys. Chem. 1996 100 25 10580
26. M. Svensson S. Humbel R. D. J. Froese T. Matsubara S. Sieber K. Morokuma J. Phys. Chem. 1996 100 19357
27. H. M. Senn W. Thiel Curr. Opin. Chem. Biol. 2007 11 182
28. T. S. Hofer A. B. Pribil B. R. Randolf B. M. Rode Adv. Quantum Chem. 2010 59 213
29. H. Lin D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 2007 117 185
30. R. A. Friesner V. Guallar Annu. Rev. Phys. Chem. 2005 56 389
31. S. Krüger N. Rösch J. Phys.: Condens. Matter 1994 6 8149
32. T. Jacob B. Fricke J. Anton S. Varga T. Bastug S. Fritzsche W. Sepp Eur. Phys. J. D 2001 16 257
33. T. Jacob D. Geschke S. Fritzsche W. Sepp B. Fricke J. Anton S. Varga Surf. Sci. 2001 486 194
34. L. V. Moskaleva V. A. Nasluzov Z. Cheny N. Rösch Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 4505
35. A. Genest A. Woiterski S. Kruger A. M. Shor N. Rösch J. Chem. Theory Comput. 2006 2 47
36. M. Bär L. Moskaleva M. Winkler P. Reinhard N. Rösch E. Suraud Eur. Phys. J. D 2007 45 507
37. A. M. Shor E. A. Ivanova Shor V. A. Nasluzov G. N. Vayssilov N. Rösch J. Chem. Theory Comput. 2007 3 2290
38. C. F. Schwenk A. Tongraar B. M. Rode J. Mol. Liq. 2004 110 105
39. B. M. Rode C. F. Schwenk T. S. Hofer B. R. Randolf Coord. Chem. Rev. 2005 249 2993
40. T. S. Hofer A. B. Pribil B. R. Randolf Pure Appl. Chem. 2008 80 1195
41. T. S. Hofer B. M. Rode A. B. Pribil B. R. Randolf Adv. Inorg. Chem. 2010 62 143
42. G. W. Neilson J. Phys.: Condens. Matter 1990 2 SA147
43. H. Ohtaki T. Radnai Chem. Rev. 1993 93 1157
44. G. K. Schweitzer and L. L. Pesterfield, The Aqueous Chemistry of the Elements, Oxford University Press, Oxford, 2010
45. L. Helm A. E. Merbach Coord. Chem. Rev. 1999 187 151
46. L. Helm A. E. Merbach J. Chem. Soc., Dalton Trans. 2002 633
47. L. Helm A. E. Merbach Chem. Rev. 2005 105 1923
48. S. F. Lincoln Helv. Chim. Acta 2005 88 523
49. M. Yizhak, Ion Properties, Marcel Dekker, Inc., New York, 1997
50. P. Hunenberger and M. Reif, Single-Ion Solvation: Experimental and Theoretical Approaches to Elusive Thermodynamic Quantities, RSC Theoretical and Computational Chemistry Series, The Royal Society of Chemistry, 2011
51. thedition, Imperial College Press, London, 2004
52. A. J. Stone, The theory of intermolecular forces, Vol. 32 of International series of monographs on chemistry, Clarendon Press, Oxford, 2002
53. ed., M. Baer, Beyond Born-Oppenheimer: Electronic Nonadiabatic Coupling Terms and Conical Intersections, John Wiley & Sons, Hoboken, 2006
54. H. Bauke and S. Mertens, Cluster Computing, Springer, Berlin, 2006
55. G. Hager and G. Wellein, Introduction to High Performance Computing for Scientists and Engineers, CRC Press, New York, 2006
56. R. Ahlrichs M. Bär M. Häser H. Horn C. Kölmel Chem. Phys. Lett. 1989 162 165 169
57. S. Brode H. Horn M. Ehrig D. Moldrup J. E. Rice R. Ahlrichs J. Comput. Chem. 1993 14 1142 1148
58. R. Ahlrichs and M. von Arnim, in Methods and Techniques in Computational Chemistry: METECC-95, ed., E. Clementi, and, G. Corongiu,; STEF, Cagliari, 1995; chapter 13, pp. 509-554
59. M. W. Schmidt K. K. Baldridge J. A. Boatz S. T. Elbert M. S. Gordon J. J. Jensen S. Koseki N. Matsunaga K. A. Nguyen S. Su T. L. Windus M. Dupuis J. A. Montgomery J. Phys. Chem. A 1993 14 1347
60. A. A. Granovsky, Firefly version, 7.1.g
61. M. J. Frisch G. W. Trucks H. B. Schlegel G. E. Scuseria M. A. Robb J. R. Cheeseman G. Scalmani V. Barone B. Mennucci G. A. Petersson H. Nakatsuji M. Caricato X. Li H. P. Hratchian A. F. Izmaylov J. Bloino G. Zheng J. L. Sonnenberg M. Hada M. Ehara K. Toyota R. Fukuda J. Hasegawa M. Ishida T. Nakajima Y. Honda O. Kitao H. Nakai T. Vreven J. A. Montgomery, Jr. J. E. Peralta F. Ogliaro M. Bearpark J. J. Heyd E. Brothers K. N. Kudin V. N. Staroverov R. Kobayashi J. Normand K. Raghavachari A. Rendell J. C. Burant S. S. Iyengar J. Tomasi M. Cossi N. Rega J. M. Millam M. Klene J. E. Knox J. B. Cross V. Bakken C. Adamo J. Jaramillo R. Gomperts R. E. Stratmann O. Yazyev A. J. Austin R. Cammi C. Pomelli J. W. Ochterski R. L. Martin K. Morokuma V. G. Zakrzewski G. A. Voth P. Salvador J. J. Dannenberg S. Dapprich A. D. Daniels Farkas J. B. Foresman J. V. Ortiz J. Cioslowski D. J. Fox Gaussian 09 Revision A 1 2009
62. C. Angeli K. L. Bak V. Bakken O. Christiansen S. C. R. Cimiraglia P. Dahle E. K. Dalskov T. Enevoldsen B. Fernandez C. Häattig K. Hald A. Halkier H. Heiberg T. Helgaker H. Hettema H. J. A. Jensen D. Jonsson P. Jørgensen S. Kirpekar R. K. W. Klopper H. Koch A. Ligabue O. B. Lutnæs K. V. Mikkelsen P. Norman J. Olsen M. J. Packer T. B. Pedersen Z. Rinkevicius E. Rudberg T. A. Ruden K. Ruud P. Sałek A. S. andT. Saue S. P. A. Sauer B. Schimmelpfennig K. O. Sylvester-Hvid P. R. Taylor O. Vahtras D. J. Wilson H. ÅAgren Dalton release 2010 2
63. F. Neese, Orca-an ab initio, density functional and semiempirical program package, version 2.4
64. Y. Shao L. F. Molnar Y. Jung J. Kussmann C. Ochsenfeld S. T. Brown A. T. B. Gilbert L. V. Slipchenko S. V. Levchenko D. P. O'Neill R. A. DiStasio Jr. R. C. Lochan T. Wang G. J. O. Beran N. A. Besley J. M. Herbert C. Yeh Lin T. Van Voorhis S. Hung Chien A. Sodt R. P. Steele V. A. Rassolov P. E. Maslen P. P. Korambath R. D. Adamson B. Austin J. Baker F. C. Byrd H. Dachsel R. J. Doerksen A. Dreuw B. D. Dunietz A. D. Dutoi T. R. Furlani S. R. Gwaltney A. Heyden S. Hirata C. Hsu G. Kedziora R. Z. Khalliulin P. Klunzinger A. M. Lee M. S. Lee W. Liang I. Lotan N. Nair B. Peters E. I. Proynov P. A. Pieniazek Y. Min Rhee J. Ritchie E. Rosta C. D. Sherrill A. C. Simmonett J. E. Subotnik H. Lee Woodcock III W. Zhang A. T. Bell A. K. Chakraborty D. M. Chipman F. J. Keil A. Warshel W. J. Hehre H. F. Schaefer III J. Kong A. Krylov P. M. W. Gill M-Head- Gordon Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 3172
65. H.-J. Werner P. J. Knowles F. R. Manby M. Schütz P. Celani G. Knizia T. Korona R. Lindh A. Mitrushenkov G. Rauhut T. B. Adler R. D. Amos A. Bernhardsson A. Berning D. L. Cooper M. J. O. Deegan A. J. Dobbyn F. Eckert E. Goll C. Hampel A. Hesselmann G. Hetzer T. Hrenar G. Jansen C. Köppl Y. Liu A. W. Lloyd R. A. Mata A. J. May S. J. McNicholas W. Meyer M. E. Mura A. Nicklass P. Palmieri K. Pflüger R. Pitzer M. Reiher T. Shiozaki H. Stoll A. J. Stone R. Tarroni T. Thorsteinsson M. Wang A. Wolf Molpro version 2010.1, a package of ab initio programs 2010
66. W. R. P. Scott P. H. Hunenberger I. G. Tironi A. E. Mark S. R. Billeter J. Fennen A. E. Torda T. Huber P. Kruger W. F. van Gunsteren J. Phys. Chem. A 1999 103 3596
67. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435
68. DIRAC, a relativistic ab initio electronic structure program, release DIRAC11 (2011), written by R. Bast, H. J. Aa. Jensen, T. Saue and L. Visscher, with contributions from V. Bakken, K. G. Dyall, S. Dubillard, U. Ekström, E. Eliav, T. Enevoldsen, T. Fleig, O. Fossgaard, A. S. P. Gomes, T. Helgaker, J. K. Lærdahl, J. Henriksson, M. IliaŠ, Ch. R. Jacob, S. Knecht, C. V. Larsen, H. S. Nataraj, P. Norman, G. Olejniczak, J. Olsen, J. K. Pedersen, M. Pernpointner, K. Ruud, P. Sałek, B. Schimmelpfennig, J. Sikkema, A. J. Thorvaldsen, J. Thyssen, J. van Stralen, S. Villaume, O. Visser, T. Winther and S. Yamamoto (see http://dirac.chem.vu.nl), 2011
69. I. T. Todorov and W. Smith, The DL-POLY 4 User Manual, STFC Daresbury Laboratory, Cheshire, 2010
70. M. J. Field J. Chem. Theory Comput. 2008 4 1151
71. B. R. Brooks C. L. Brooks, III A. D. Mackerell, Jr. L. Nilsson R. J. Petrella B. Roux Y. Won G. Archontis C. Bartels S. Boresch A. Caflisch L. Caves Q. Cui A. R. Dinner M. Feig S. Fischer J. Gao M. Hodoscek W. Im K. Kuczera T. Lazaridis J. Ma V. Ovchinnikov E. Paci R. W. Pastor C. B. Post J. Z. Pu M. Schaefer B. Tidor R. M. Venable H. L. Woodcock X. Wu W. Yang D. M. York M. Karplus J. Comput. Chem. 2009 30 545
72. D. Case T. Darden T. Cheatham, III C. Simmerling J. Wang R. Duke R. Luo R. Walker W. Zhang K. Merz B. Roberts S. Hayik A. Roitberg G. Seabra J. Swails A. W. Gätz I. Kolossváry K. Wong F. Paesani J. Vanicek R. Wolf J. Liu X. Wu S. Brozell T. Steinbrecher H. Gohlke Q. Cai X. Ye J. Wang M.-J. Hsieh G. Cui D. Roe D. Mathews M. Seetin R. Salomon-Ferrer C. Sagui V. Babin T. Luchko S. Gusarov A. Kovalenko P. Kollman Amber 12 2012
73. E. Carter G. Ciccotti J. T. Hynes R. Kapral Chem. Phys. Lett. 1989 156 472
74. T. Huber A. E. Torda W. F. van Gunsteren J. Comput.-Aided Mol. Des. 1994 8 695
75. M. Sprik G. Ciccotti J. Chem. Phys. 1998 109 7737
76. A. Laio M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12562
77. V. Babin C. Roland C. Sagui J. Chem. Phys. 2008 128 134101
78. H. C. Andersen J. Chem. Phys. 1980 72 2384
79. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
80. G. J. Martyna M. L. Klein J. Chem. Phys. 1992 97 2635 2645
81. M. Ceriotti G. Bussi M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 2009 102 020601
82. M. Ceriotti G. Bussi M. Parrinello J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1170
83. H. E. A. Huitema J. P. van der Eerden J. Chem. Phys. 1999 110 3267
84. C. F. Schwenk M. J. Loferer B. M. Rode Chem. Phys. Lett. 2003 382 460
85. D. J. Wales, Energy Lanscapes, Cambrigde University Press, Cambrigde, 2003
86. W. Koch and M. C. Holthausen, A Chemist's Guide to Density Functional Theory, 2nd Edition, Wiley-VCH, Weinheim, 2002
87. D. S. Sholl and J. A. Steckel, Density Functional Theory-a practical introduction, Wiley, Hoboken, 2009
88. H. Yu W. F. van Gunsteren J. Phys.: Condens. Matter 2004 121 9549
89. H. Yu W. F. van Gunsteren Comput. Phys. Commun. 2005 172 69
90. P. Cieplak F. Y. Dupradeau Y. Duan J. Wang J. Phys.: Condens. Matter 2009 21 333102
91. R. W. Hockney and J. W. Eastwood, Computer Simulation Using Particles, Taylor & Francis, New York, 1989
92. P. H. Hünenberger J. Chem. Phys. 2000 113 10464
93. W. L. Jorgensen J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1988 110 1657
94. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz, Jr D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179
95. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225
96. A. D. MacKerell, Jr. N. Banavali N. Foloppe Biopolymers 2000 56 257
97. Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Caldwell J. Wang P. Kollman J. Comput. Chem. 2003 24 1999
98. J. W. Ponder D. A. Case Adv. Protein Chem. 2003 66 27
99. A. D. Mackerell J. Comput. Chem. 2004 25 1584
100. L. D. Schuler X. Daura W. F. van Gunsteren J. Comput. Chem. 2001 22 1205
101. E. J. Maginn J. Phys.: Condens. Matter 2009 21 37 373101
102. O. Borodin J. Phys. Chem. B 2009 113 11463
103. F. Dommert K. Wendler R. Berger S. Delle C. Holm ChemPhysChem 2012 13 1625
104. R. R. Cygan J. Liang A. G. Kalinichev J. Phys. Chem. B 2004 108 4 1255
105. F. H. Stillinger T. A. Weber Phys. Rev. B 1985 31 5262
106. M. W. Finnis Philos. Mag. A 1984 50 45
107. M. Daw M. Baskes Phys. Rev. B 1984 29 6443
108. G. H. R. B. Best N. V. Buchete Biophys. J. 2008 35 L07
109. M. Born J. R. Oppenheimer Ann. Phys. 1927 389 457
110. D. R. Hartree Math. Proc. Cambridge Philos. Soc. 1928 24 89
111. D. R. Hartree Math. Proc. Cambridge Philos. Soc. 1928 24 111
112. D. R. Hartree Math. Proc. Cambridge Philos. Soc. 1928 24 426
113. V. Fock Z. Phys. 1930 61 126
114. D. Marx and J. Hutter, Ab Initio Molecular Dynamics, Cambridge University Press, New York, 2009
115. A. Filliponi A. D. Cicco Task Quarterly 2000 4 4 575
116. A. L. Ankudinov B. Ravel J. J. Rehr S. D. Conradson Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1998 58 7565
117. D. Spångberg K. Hermansson P. Lindqvist-Reis F. Jalilehvand M. Sandström I. Persson J. Phys. Chem. B 2000 104 10467
118. E. C. Beret J. M. Martińez R. R. Pappalardo E. S. Marcos N. L. Doltsinis D. Marx J. Chem. Theory Comput. 2008 4 12 2108
119. E. Galbis J. Hernandez-Cobos C. den Auwer C. Le Naour D. Guillaumont E. Simoni R. R. Pappalardo E. S. Marcos Angew. Chem., Int. Ed. 2010 49 3811
120. J. Dumez C. Pickard J. Chem. Phys. 2009 130 104701
121. M. Robinson P. D. Haynes J. Chem. Phys. 2010 133 084109
122. T. M. Alam D. Hart S. L. B. Rempe Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 13629
123. X.-B. Wang K. Kowalski L.-S. Wang S. S. Xantheas J. Chem. Phys. 2010 132 124306
124. D. S. Lambrecht G. N. I. Clark T. Head-Gordon M. Head-Gordon J. Phys. Chem. A 2011 115 5928
125. G. E. Bene T. S. Hofer B. R. Randolf B. M. Rode Chem. Phys. Lett. 2012 521 74
126. C. Møller M. S. Plesset Phys. Rev. 1934 46 618
127. G. W. Kellner Z. Phys. 1927 44 91
128. E. A. Hylleraas Z. Phys. 1928 48 469
129. S. R. Langhoff E. R. Davidson Int. J. Quantum Chem. 1974 8 61
130. J. A. Pople M. HeadGordon K. Raghavachari J. Chem. Phys. 1987 87 5968
131. J. Čížek J. Chem. Phys. 1966 45 4256
132. J. Čížek Adv. Chem. Phys. 1969 14 35
133. J. Czek J. Paldus Int. J. Quantum Chem. 1971 5 359
134. T. D. Crawford H. F. Schaefer, III Rev. Comput. Chem. 2000 14 33
135. R. Car M. Parrinello Phys. Rev. Lett. 1985 55 22 2471
136. A. D. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 3098
137. C. Lee W. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B 1988 37 785
138. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1996 77 3865
139. J. P. Perdew K. Burke M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett. 1997 78 1396
140. S. Yoo X. C. Zeng S. Xantheas J. Chem. Phys. 2009 130 221102
141. J. Schmidt J. VandeVondele I. Kuo D. Sebastiani J. Siepmann J. Hutter C. J. Mundy J. Phys. Chem. B 2009 113 11959 11964
142. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787
143. V. Barone M. Biczyskoa M. Pavone J. Comput. Chem. 2008 346 247
144. Y. V. Joshi K. T. Thomson J. Catal. 2005 230 440
145. B. Herschend M. Baudin K. Hermansson J. Chem. Phys. 2004 120 4939
146. F. Maseras K. Morokuma J. Comput. Chem. 1995 16 1170
147. B. M. Rode T. S. Hofer B. R. Randolf C. F. Schwenk D. Xenides V. Vchirawongkwin Theor. Chem. Acc. 2006 115 77
148. B. Guillot J. Mol. Liquids 2002 101 219
149. J. Gao, in Reviews in Computational Chemistry, John Wiley & Sons, Inc., 2007; p. 119
150. ed., J. L. S. Canuto, Solvation Effects on Molecules and Biomolecules, Vol. 6 of Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, Springer, 2008
151. S. Ferrer, J. Ruiz-Pernia, S. Marti, V. Moliner, I. Tunon, J. Bertran and J. Andres, in Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, Vol 85: Computational chemistry methods in structural biology, ed., C. Christov, Vol. 85 of Advances in Protein Chemistry and Structural Biology; 2011; p. 81
152. A. Laio J. VandeVondele U. Rothlisberger J. Chem. Phys. 2002 116 6941
153. E. Voloshina N. Gaston B. Paulus J. Chem. Phys. 2007 126 134115
154. D. Das K. P. Eurenius E. M. Billings P. Sherwood D. C. Chatfield M. Hodoscek B. R. Brooks J. Chem. Phys. 2002 117 23 10534
155. M. Krack M. Parrinello Phys. Chem. Chem. Phys. 2000 2 2105
156. K. Teerakiat M. Keiji Chem. Phys. Lett. 2002 355 257
157. T. Vreven and K. Morokuma, Vol. 2 of Annual Reports in Computational Chemistry; Elsevier, 2006; p. 35
158. T. Vreven K. S. Byun I. Komáromi S. Dapprich J. A. Montgomery K. Morokuma J. M. Frisch J. Chem. Theory Comput. 2006 2 815
159. T. K. Woo P. M. Margl P. E. Blöchl T. Ziegler J. Phys. Chem. B 1997 101 40 7877
160. T. K. Woo, P. M. Margl, L. Deng and T. Ziegler, in Combined Quantum Mechanical and Molecular Mechanical Methods, 1998; chapter 9, p. 128
161. P. K. Biswas V. Gogonea J. Chem. Phys. 2005 123 164114
162. A. Okur and C. Simmerling, Vol. 2 of Annual Reports in Computational Chemistry; Elsevier, 2006; p. 97
163. M. S. Michael F. R. Salsbury M. A. Olson J. Comput. Chem. 2004 25 1967
164. G. Brancato N. Rega V. Barone J. Chem. Phys. 2008 128 144501
165. C. J. Cramer D. G. Truhlar Chem. Rev. 1999 99 2161
166. J. Tomasi B. Mennucci R. Cammi Chem. Rev. 2005 105 8 2999
167. J. Chen C. L. Brooks, III J. Khandogin Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 140
168. T. S. Hofer B. R. Randolf S. A. A. Shah B. M. Rode I. Persson Chem. Phys. Lett. 2007 445 193
169. T. S. Hofer B. R. Randolf B. M. Rode I. Persson Dalton Trans. 2009 1512
170. S. S. Azam T. S. Hofer B. R. Randolf B. M. Rode Chem. Phys. Lett. 2009 470 85
171. L. H. V. Lim T. S. Hofer A. B. Pribil B. M. Rode J. Phys. Chem. B 2009 113 4372
172. A. Bhattacharjee T. S. Hofer A. B. Pribil L. H. V. L. B. R. Randolf A. F. Lichtenberger B. M. Rode J. Phys. Chem. B 2009 113 13007
173. L. Eklund T. S. Hofer A. B. Pribil B. M. Rode I. Persson Dalton Trans. 2012 41 17 5209
174. A. Wallqvist R. D. Mountain Rev. Comput. Chem. 1999 13 183
175. B. Guillot J. Mol. Liq. 2002 101 219
176. W. L. Jorgensen J. Tirado-Rives Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 6665
177. K. Toukan A. Rahman Phys. Rev. B 1985 31 2643
178. C. C. Liew H. Inomata K. Arai Fluid Phase Equilib. 1998 144 287
179. T. S. Mahadevan S. H. Garofalini J. Phys. Chem. B 2007 111 8919
180. M. B. Webb S. H. Garofalini G. W. Scherer J. Phys. Chem. B 2009 113 9886
181. T. S. Hofer M. Hitzenberger B. R. Randolf J. Chem. Theory Comput. 2012 8 3586
182. C. M. Goringe E. Hernández M. J. Gillan I. J. Bush Comput. Phys. Commun. 1997 102 1
183. E. G. Scuseria J. Phys. Chem. A 1999 103 4782
184. S. Goedecker G. E. Scuseria Comput. Sci. Eng. 2003 5 14
185. M. Schutz F. R. Manby Phys. Chem. Chem. Phys. 2003 5 3349
186. M. Beer C. Ochsenfeld J. Chem. Phys. 2008 128 1
187. S. Schweizer J. Kussmann B. Doser C. Ochsenfeld J. Comput. Chem. 2008 29 1004
188. B. Doser J. Zienau L. Clin D. S. Lambrecht C. Ochsenfeld Z. Phys. Chem. 2010 224 397
189. S. A. Maurer D. S. Lambrecht D. Flaig C. Ochsenfeld J. Chem. Phys. 2012 136 1
190. I. S. Ufimtsev T. J. Martinez Comput. Sci. Eng. 2008 10 26
191. I. S. Ufimtsev T. J. Martinez J. Chem. Theory Comput. 2008 4 222
192. I. S. Ufimtsev T. J. Martinez J. Chem. Theory Comput. 2009 5 1004
193. I. S. Ufimtsev T. J. Martinez J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2619 2628
194. M. Watson R. Olivares-Amaya R. G. Edgar A. Aspuru-Guzik Comput. Sci. Eng. 2010 12 40 51
195. T. S. Hofer, Habilitation thesis, University of Innsbruck, Innsbruck, 2011
196. I. N. Bronstein, K. A. Semendyayev, G. Musiol and H. Muehlig, Handbook of Mathematics, 4th Edition, Springer, Berlin, 2002
197. L. Verlet Phys. Rev. 1967 159 98
198. W. C. Swope H. C. Andersen P. H. Berens K. R. Wilson J. Chem. Phys. 1982 76 637
199. M. Feyereisen G. Fitzgerald A. Komornicki Chem. Phys. Lett. 1993 208 359
200. D. E. Bernholdt R. J. Harrison Chem. Phys. Lett. 1996 250 477
201. F. Weigend M. Häser Theor. Chem. Acc. 1997 97 331
202. W. F. van Gunsteren H. J. C. Berendsen J. A. C. Rullmann Faraday Discuss. Chem. Soc. 1978 66 58
203. I. G. Tironi R. Sperb P. E. Smith W. F. van Gunsteren J. Chem. Phys. 1995 102 5451
204. J. P. Hansen and I. R. McDonald, Theory of Simple Liquids, Academic Press, London, 1986
205. K. E. Newman Chem. Soc. Rev. 1994 23 31
206. A. Ben-Naim J. Chem. Phys. 1977 67 4884
207. J. A. Krumhansl S. S. Wang J. Chem. Phys. 1972 56 2034
208. M. Tanaka Y. Fukui Prog. Theor. Phys. 1975 53 1547
209. A. E. Garcia G. Hummer D. M. Soumpasis Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997 27 471
210. A. Baranyai D. J. Evans Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1989 40 3817
211. R. E. Nettleton M. S. Green J. Chem. Phys. 1958 29 1365
212. A. Bhattacharjee T. S. Hofer B. M. Rode Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 44 6653 6657
213. D. I. P. P. A. Egelstaff nd C. R. T. Heard J. Phys. C: Solid State Phys. 1971 4 1453
214. W. H. Press, S. A. Teukolsky, W. T. Vetterling and B. P. Flannery, Numerical Recipes-The Art of Scientific Computing, Cambridge University Press, Cambridge, New York, 3rd ed., 2007
215. MATLAB, version 7.11.0 (R2010b), The MathWorks Inc., Natick, Massachusetts, 2010
216. M. B. Monagan, K. O. Geddes, K. M. Heal, G. Labahn, S. M. Vorkoetter, J. McCarron and P. DeMarco, Maple 15 Programming Guide, Maplesoft, Waterloo Maple Inc., 2011
217. Wolfram Research, Inc., Mathematica, 2007
218. J. W. Eaton, D. Bateman and S. Hauberg, GNU Octave Manual Version 3, Network Theory Limited, Godalming, UK, 2008
219. W. Humphrey A. Dalke K. Schulten J. Mol. Graphics 1996 14 33 38
220. D. R. Flower J. Mol. Graph. Model. 1999 17 238
221. A. K. H. Weiss A. Bhattacharjee T. S. Hofer B. R. Randolf B. M. Rode Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 26 12173
222. M. D. Kugler, Master's thesis, University of Innsbruck, Innsbruck, 2011
223. H. Schecker G. Schulz Z. Phys. Chem. 1969 65 221
224. H. C. Sutton T. M. Downes J. Chem. Soc., Chem. Commun. 1972 1 2
225. J. G. M. Winkelman O. K. Voorwinde M. Ottens A. A. C. M. Beenackers L. P. B. M. Janssen Chem. Eng. Sci. 2002 57 4067
226. T. Moin A. B. Pribil L. H. V. Lim T. S. Hofer B. R. Randolf B. M. Rode Int. J. Quantum Chem. 2011 111 7-8 1370 1378
227. S. S. Azam T. S. Hofer B. R. Randolf B. M. Rode J. Phys. Chem. A 2009 113 1827
228. P. M. Lichtenberger A. E. Ellmerer T. S. Hofer B. R. Randolf B. M. Rode J. Phys. Chem. B 2011 115 5993
229. M. Hitzenberger, Master's thesis, University of Innsbruck, Innsbruck, 2012
230. R. J. Frick A. B. Pribil T. S. Hofer B. R. Randolf A. Bhattacharjee B. M. Rode Inorg. Chem. 2009 48 3993
231. A. Khan A. K. H. Weiss R. Uddin B. R. Randolf B. M. Rode T. S. Hofer J. Phys. Chem. A 2012 116 8008 8014
232. L. Canaval, Master's thesis, University of Innsbruck, Innsbruck, 2012
233. V. Vchirawongkwin I. Persson B. M. Rode J. Phys. Chem. B 2007 111 4150
234. A. K. H. Weiss, PhD thesis, University of Innsbruck, Innsbruck, 2012
235. A. K. H. Weiss T. S. Hofer B. R. Randolf B. M. Rode Phys. Chem. Chem. Phys. 2012 14 19 2012
236. P. E. Mason G. W. Neilson I. E. Enderby J. Am. Chem. Soc. 2004 126 11462
237. E. Prince, Mathematical Techniques in Crystallography and Material Science, Springer, New York, 3rd ed., 2007