Explaining asymmetric solvation of Pt(II) versus Pd(II) in aqueous solution revealed by ab initio molecular dynamics simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 12, 2008, Pages 2108-2121

  Beret, Elizabeth C ^a   Martínez, José M ^a   Pappalardo, Rafael R ^a   Marcos, Enrique Sánchez ^a   Doltsinis, Nikos L ^b,c   Marx, Dominik ^b  

^a UNIVERSITY OF SEVILLE   (Spain)

^b RUHR UNIVERSITY BOCHUM   (Germany)

^c KING'S COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 58149240852     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct800010q     Document Type: Article

References (64)

1. Nabivanets, B. I.; Kalabina, L. V. Russ. J. Inorg. Chem. 1970, 15, 818.
2. Elding, L. I. Inorg. Chim. Acta 1976, 20, 65.
3. Hellquist, B.; Bengtsson, L. A.; Holmberg, B.; Hedman, B.; Persson, I.; Elding,L. I. Acta Chem. Scand. 1991, 45, 449-455.
4. Ayala, R.; Sánchez Marcos, E.; Díaz-Moreno, S.; Armando Solé, V.; Muñloz-Páez, A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7588-7593.
5. Purans, J.; Fourest, B.; Cannes, C.; Sladkov, V.; David, F.; Venault, L.; Lecomte, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11074-11082.
6. Deeth, R. J.; Elding, L. I. Inorg. Chem. 1996, 35, 5019-5026.
7. Martínez, J. M.; Torrico, F.; Pappalardo, R. R.; Sánchez Marcos, E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15851-15855.
8. Torrico, F.; Pappalardo, R. R.; Marcos, E. S.; Martínez, J. M. Theor. Chem. Acc. 2006, 115, 196-203.
9. Shah, S.; Hofer, T. S.; Fatmi, M. Q.; Randolf, B. R.; Rode, B. M. Chem. Phys. Lett. 2006, 426, 301-305.
10. Hofer, T. S.; Randolf, B. R.; Shah, S.; Rode, B. M.; Persson, I. Chem. Phys. Lett. 2007, 445, 193-197.
11. Richens, D. T. The Chemistry of Aqua Ions; John Wiley and Sons: 1977.
12. Frank, H. S.; Evans, M. W. J. Chem. Phys. 1945, 13, 507-532.
13. Caminiti, R.; Carbone, M.; Sadun, C. J. Mol. Liq. 1998, 75, 149-158.
14. Lopes, J. F.; de A. Menezes, V. S.; Duarte, H. A.; Rocha, W. R.; de Almeida, W. B.; Dos Santos, H. F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 12047-12054.
15. Carloni, P.; Sprik, M.; Andreoni, W. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 823-835.
16. Song, T.; Hu, P. J. Chem. Phys. 2006, 125, 091101-1-3.
17. Kozelka, J.; Bergès, J.; Attias, R.; Fraitag, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 198-201.
18. Bergès, J.; Caillet, J.; Langlet, J.; Kozelka, J. Chem. Phys. Lett. 2001, 344, 573-577.
19. Helm, L.; Merbach, A. E. Chem. Rev. 2005, 105, 1923-1959.
20. Rotzinger, F. P. Chem. Rev. 2005, 105, 2003-2037.
21. Gill, D. S. In Platinum Coordination Complexes in Cancer Chemotherapy; Hacker et al. Eds.; Martinus Nijhoff Publishing: 1984; pp 267-278.
22. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474.
23. Marx, D.; Hutter, J. Ab Initio Molecular Dynamics: Theory and ImplementationIn Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry; Grotendorst, J., Ed.; NIC, FZ Jülich:2000. See www.theochem.rub.de/go/ cprev.html (accessed October 2008).
24. Beret, E. C.; Pappalardo, R. R.; Doltsinis, N. L.; Marx, D.; Sánchez Marcos, E. ChemPhysChem 2008, 9, 237-240.
25. Tomasi, J.; Persico, M. Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
26. Martínez, J. M.; Pappalardo, R. R.; Sánchez Marcos, E.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 1118-1123.
27. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999-3094.
28. Tuckerman, M.; Laasonen, K.; Sprik, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1995, 103, 150-161.
29. Trout, B. L.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7340-7345.
30. Geissler, P. L.; Dellago, C.; Chandler, D.; Hutter, J.; Parrinello, M. Science 2001, 291, 2121.
31. Tuckerman, M. E.; Chandra, A.; Marx, D. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 151-158.
32. Chandra, A.; Tuckerman, M. E.; Marx, D. Phys. Rev. Lett. 2007, 99, 145901-1-4.
33. Marx, D. ChemPhysChem 2006, 7, 1848-1870. See addendum: ChemPhysChem 2007, 8, 209-210.
34. Sillanpää, A. J.; Päivärinta, J. T.; Hotokka, M. J.; Rosenholm, J. B.; Laasonen, K. E. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10111-10122.
35. Ikeda, T.; Hirata, M.; Kimura, T. J. Chem. Phys. 2003, 119, 12386-12392.
36. Swaddle, T. W.; Rosenqvist, J.; Yu, P.; Bylaska, E.; Phillips, B. L.; Casey, W. H. Science 2005, 308, 1450-1453.
37. Coskuner, O.; Jarvis, E. A. A.; Allison, T. C. Angew. Chem., Int. Ed 2007, 46, 7853-7855.
38. Hutter, J. et al. CPMD V.3.11; Copyright IBM Corp. 1990-2006, Copyright MPI für Festkörperforschung Stuttgart 1997-2001.
39. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868.
40. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 1396.
41. Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1985, 32, 8412-8415.
42. Fernández-Serra, M. V.; Artacho, E. J. Chem. Phys. 2004, 121, 11136-11144.
43. Goedecker, S.; Teter, M.; Hutter, J. Phys. Rev. B: Condens. Matter 1996, 54, 1703-1710.
44. Andrae, D.; Haeussermann, U.; Dolg, M.; Stoll, H.; Preuss, H. Theor. Chim. Acta 1990, 77, 123-141.
45. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Strat-mann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Walling-ford, CT, 2004.
46. Dunning, T. H. J. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007-1023.
47. Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 106, 5151.
48. Cancès, M. T.; Menucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3032-3041.
49. Mennucci, B.; Cances, E.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10506.
50. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cances, E. J. Mol. Struct. (Theochem) 1999, 464, 211.
51. Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A., III; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024.
52. Serr, A.; Netz, R. R. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 2960-2974.
53. Peterson, K. A.; Figgen, D.; Dolg, M.; Stoll, H. J. Chem.Phys. 2007, 126, 124101.
54. Heinzinger, K.; Vogel, P. C. Z. Naturforsch. A 1974, 29, 1164-1171.
55. Ohtaki, H.; Radnai, T. Chem. Rev. 1993, 93, 1157-1204.
56. Marzari, N.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1997, 56, 12847.
57. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566.
58. Rayon, V. M.; Sordo, J. A. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 7414-7419.
59. Kim, K. S.; Tarakeshwar, P.; Lee, J. Y. Chem. Rev. 2000,100, 4145-4185.
60. Singh, N. J.; Olleta, A. C.; Kumar, A.; Park, M.; Yi, H.; Bandyopadhyay, I.; Lee, H. M.; Tarakeshwar, P.; Kim, K. S. Theor. Chem. Acc. 2006, 115, 127-135.
61. Haddon, R. C. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 3385-3389.
62. Halley, J. W.; Rustad, J. R.; Rahman, A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 4110-4119.
63. Mahadevan, T. S.; Garofalini, S. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 8919-8927.
64. Izvekov, S.; Parrinello, M.; Burnham, C. J.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10896-10913.