Force biased molecular dynamics simulation study of effect of dendrimer generation on interaction with DNA

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 1, 2013, Pages 722-729

  Nandy, Bidisha ^a   Maiti, Prabal K ^a   Bunker, Alex ^b,c  

^a INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE   (India)

^b UNIVERSITY OF HELSINKI   (Finland)

^c AALTO UNIVERSITY   (Finland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84872130256     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300678r     Document Type: Article

References (51)

1. Svenson, S.; Tomalia, D. A. Adv. Drug Delivery Rev. 2005, 57, 2106-2129
2. Zhou, X.; Huang, L. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1189, 195-203
3. Wolfert, M. A.; Schacht, E. H.; Toncheva, V.; Ulbrich, K.; Nazarova, O.; Seymour, L. W. Hum. Gene Ther. 1996, 7, 2123-2133
4. Wagner, E.; Cotten, M.; Foisner, R.; Birnstiel, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991, 88, 4255-4259
5. Martin-Herranz, A.; Ahmad, A.; Evans, H. M.; Ewert, K.; Schulze, U.; Safinya, C. R. Biophys. J. 2004, 86, 1160-1168
6. Wang, R.; Zhou, L.; Zhou, Y.; Li, G.; Zhu, X.; Gu, H.; Jiang, X.; Li, H.; Wu, J.; He, L.; Guo, X.; Zhu, B.; Yan, D. Biomacromolecules 2010, 11, 489-495
7. Bielinska, A.; Kukowska-Latallo, J. F.; Johnson, J.; Tomalia, D. A.; James R. Baker, J. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 2176-2182
8. Haensler, J.; Szoka, F. C., Jr. Bioconjugate Chem. 1993, 4, 372-379
9. Kabanov, V. A.; Zezin, A. B.; Rogacheva, V. B.; Gulyaeva, Z. G.; Zansochova, M. F.; Joosten, J. G. H.; Brackman, J. Macromolecules 1998, 31, 5142-5144
10. Kukowska-Latallo, J. F.; Bielinska, A. U.; Johnson, J.; Spindler, R.; Tomalia, D. A.; Baker, J. A., Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 4897-4902
11. Bielinska, A. U.; Chen, C.; Johnson, J.; Baker, J. R., Jr. Bioconjugate Chem. 1999, 10, 843-850
12. Tang, M. X.; Redemann, C. T.; Szoka, F. C., Jr. Bioconjugate Chem. 1996, 7, 703-714
13. Welch, P.; Muthukumar, M. Macromolecules 2000, 33, 6159-6167
14. Ou, Z.; Muthukumar, M. J. Chem. Phys. 2006, 124, 154902
15. Muthukumar, M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9343
16. Pavan, G. M.; Danani, A.; Pricl, S.; Smith, D. K. Modeling the multivalent recognition between dendritic molecules and DNA-understanding how ligand sacrifice and shielding may enhance binding J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9686-9694
17. Pavan, G. M.; Danani, A. The influence of dendron's architecture on the "rigid" and "flexible" behaviour in Binding DNA-a modelling study Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 13914-13917
18. Chen, C.-Y.; Su, C.-J.; Peng, S.-F.; Chen, H.-L.; Sung, H.-W. Soft Matter 2011, 7, 61-63
19. Evans, H. M.; Ahmad, A.; Ewert, K.; Pfohl, T.; Martin-Herranz, A.; Bruinsma, R. F.; Safinya, C. R. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 075501
20. Su, C.-J.; Liu, Y.-C.; Chen, H.-L.; Li, Y.-C.; Lin, H.-K.; Liu, W.-L.; Hsu, C.-S. Langmuir 2007, 23, 975-978
21. Froehlich, E.; Mandeville, J. S.; Weinert, C. M.; Kreplak, L.; Tajmir-Riahi, H. A. Biomacromolecules 2011, 12, 511-517
22. Schiessel, H. J. Phys.: Condens. Matter 2003, 15, R699-R774
23. Zinchenko, A. A.; Yoshikawa, K.; Baigl, D. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 228101
24. Kunze, K.-K.; Netz, R. R. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 4389-4392
25. Jonsson, M.; Linse, P. J. Chem. Phys. 2001, 115, 10975-10985
26. Jonsson, M.; Linse, P. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3406-3418
27. Grosberg, A. Y.; Nguyen, T. T.; Shklovskii, B. I. Rev. Mod. Phys. 2002, 74, 329-345
28. Decher, G. Science 1997, 277, 1232-1237
29. Bielinska, A. U.; Kukowska-Latallo, J. F.; Baker, J. R., Jr. Biochim. Biophys. Acta 1997, 1353, 180-190
30. Maiti, P. K.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 25628-25632
31. Maiti, P. K.; Messina, R. Macromolecules 2008, 41, 5002-5006
32. Maiti, P. K.; Bagchi, B. Nano Lett. 2006, 7, 2478-2485
33. Vasumathi, V.; Maiti, P. K. Macromolecules 2010, 43, 8264-8274
34. Nandy, B.; Maiti, P. K. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 217-230
35. Mills, M.; Orr, B.; Banaszak, M. M.; Andricioaei, I. Biophys. J. 2010, 98, 834-842
36. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohike, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California: San Francisco, CA, 2006.
37. Duan, Y.; Wu, C.; Chourdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
38. Mayo, S. L.; Olafson, B. D.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8897-8909
39. Santosh, M.; Maiti, P. K. Biophys. J. 2011, 101, 1393-1402
40. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
41. Ryckaert, J.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
42. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
43. Essman, U.; Perela, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, H. L.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8592
44. Karttunen, M.; Rottler, J.; Vattulainen, I.; Sagui, C. In Current Top. Membr.; Feller, S., Ed.; Elsevier: Amsterdam, 2008; Vol. 60; pp 49-89.
45. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275-282
46. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
47. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
48. St. Pierre, J.-F.; Karttunen, M.; Mousseau, N.; Róg, T.; Bunker, A. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1583-1594
49. Maiti, P. K.; Li, Y.; Cagin, T.; Goddard, W. A., III. J. Chem. Phys. 2009, 120, 144902
50. Rudnick, J.; Gaspari, G. J. Phys. A: Math Gen. 1986, 19, L191
51. Maiti, P. K.; Cagin, T.; Lin, S.-T.; Goddard, W. A., III. Macromolecules 2005, 38, 979-991