Use of umbrella sampling to calculate the entrance/exit pathway for Z-pro-prolinal inhibitor in prolyl oligopeptidase

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 6, 2011, Pages 1583-1594

  St Pierre, Jean Francois ^a   Karttunen, Mikko ^b   Mousseau, Normand ^a   Róg, Tomasz ^c   Bunker, Alex ^d,e  

^a UNIVERSITÉ DE MONTRÉAL   (Canada)

^b UNIVERSITY OF WESTERN ONTARIO   (Canada)

^c TAMPERE UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Finland)

^d UNIVERSITY OF HELSINKI   (Finland)

^e AALTO UNIVERSITY   (Finland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79959236502     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct1007058     Document Type: Article

References (67)

1. Polgár, L. Cell. Mol. Life Sci. 2002, 59, 349-362
2. Garcia-Horsman, J. A.; Männistö, P. T.; Venäläinen, J. I. Neuropeptides 2007, 41, 1-24
3. Rea, D.; Fülöp, V. Cell Biochem. Biophys. 2006, 44, 349-365
4. Brandt, I.; Scharpé, S.; Lampier, A.-M. Clin. Chim. Acta 2007, 377, 50-61
5. Szeltner, Z.; Polgár, L. Curr. Prot. Pept. Sci. 2008, 9, 96-107
6. Yoshimoto, Y.; Kado, K.; Matsubara, F.; Koriyama, N.; Kaneto, H.; Tsura, D. J. Pharmacobiodyn. 1987, 10, 730-735
7. Männistö, P. T.; Venäläinen, J. I.; Jalkanen, A.; Garca-Horsman, J. A. Drug News Perspect. 2007, 20, 293-305
8. Mantle, D.; Falkous, G.; Ishiura, S.; Blanchard, P. J.; Perry, E. K. Clin. Chim. Acta 1996, 249, 129-139
9. Tenorio-Laranga, J.; Coret-Ferrer, F.; Casanova-Estruch, B.; Burgal, M.; García-Horsman, J. A. J. Neuroinflammation 2010, 7, 23
10. Di Daniel, E.; Glover, C. P.; Grot, E.; Chan, M. K.; Sanderson, T. H.; White, J. H.; Ellis, C. L.; Gallager, K. T.; Uney, J.; Thomas, J.; Maycox, P. R.; Mudge, A. W. Mol. Cell. Neurosci. 2009, 41, 373-382
11. Schulz, I.; Zeitschel, U.; Rudolph, T.; Ruiz-Carrillo, D.; Rahfeld, J.-U.; Gerhartz, B.; Bigl, V.; Demuth, H.-U.; Rossner, S. J. Neurochem. 2005, 94, 970-979
12. OReilly, P. J.; Hardison, M. T.; Jackson, P. L.; Xu, X.; Snelgrove, R. J.; Gaggar, A.; Galin, F. S.; Blalock, J. E. J. Neuroimmunol. 2009, 217, 51-54
13. Gaggar, A.; Jackson, P. L.; Noerager, B. D.; OReilly, P. J.; McQuaid, D. B.; Rowe, S. M.; Clancy, J. P.; Blalock, J. E. J. Immunol. 2008, 180, 5662-5669
14. Liu, J.-M.; Kusinski, M.; Ilic, V.; Bignon, J.; Hajem, N.; Komorowski, J.; Kuzdaz, K.; Stepien, H.; Wdzieczak-Bakala, J. Anticancer Res. 2008, 28, 2813-2817
15. van Gool, A. R.; Verkerk, R.; Fekkes, D.; Sleijfer, S.; Bannink, M.; Kruit, W. H.; van der Holt, B.; Scharpé, S.; Eggermont, A. M. M.; Stoter, G.; Hengeveld, M. W. J. Interferon Cytokine 2008, 28, 283-286
16. Lawandi, J.; Gerber-Lemaire, S.; Juillerat-Jeannere, L.; Moitessier, N. J. Med. Chem. 2010, 53, 3423-3438
17. Lawandi, J.; Toumieux, S.; Seyer, V.; Campbell, P.; Thielges, S.; Juillerat-Jeanneret, L.; Moitessier, N. J. Med. Chem. 2009, 52, 6672-6684
18. Tarrago, T.; Martin-Benito, J.; Sabido, E.; Claasen, B.; Madurga, S.; Gairi, M.; Valpeusta, J. M.; Giralt, E. FEBS Lett. 2009, 583, 3344-3348
19. Comellas, G.; Kaczmarska, Z.; Tarragø, T.; Teixidó, M.; Giralt, E. PLoS One 2009, 4, e6222
20. Fülöp, V.; Böcskei, Z.; Polgár, L. Cell 1998, 94, 161-170
21. Fülöp, V.; Jones, D. T. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 715-721
22. Fülöp, V.; Szeltner, Z.; Polgár, L. EMBO Rep. 2000, 1, 277-281
23. Szeltner, Z.; Renner, V.; Polgár, L. J. Biol. Chem. 2000, 275, 15000-15005
24. Juhász, T.; Szeltner, Z.; Fulop, V.; Polgár, L. J. Mol. Biol. 2005, 346, 907-917
25. Fuxreiter, M.; Magyar, C.; Juhász, T.; Szeltner, Z.; Polgár, L.; Simon, I. Proteins Struct. Funct. Bioinf. 2005, 60, 504-512
26. Kaszuba, K.; Róg, T.; St. Pierre, J.-F.; Männistö, P. T.; Karttunen, M.; Bunker, A. SAR QSAR Environ. Res. 2009, 20, 595-609
27. Shan, L.; Mathews, I. L.; Khosla, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 3599-3604
28. Li, M.; Chen, C.; Davies, D. R.; Chiu, T. K. J. Biol. Chem. 2010, 285, 21487-95
29. Szeltner, Z.; Rea, D.; Juhász, T.; Renner, V.; Fülöp, V.; Polgár, L. J. Mol. Biol. 2004, 340, 627-637
30. Kaszuba, K.; Rog, T.; Bryl, K.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8374-8386
31. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
32. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268
33. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
34. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
35. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
36. Karttunen, M.; Rottler, J.; Vattulainen, I.; Sagui, C. Curr. Top. Membr. 2008, 60, 49-89
37. Wong-ekkabut, J.; Miettinen, M. S.; Dias, C.; Karttunen, M. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 555-557
38. Jorgensen, W.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657-1666
39. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
40. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
41. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
42. Jarzynski, C. J. Stat. Phys. 2000, 98, 77-102
43. Jarzynski, C. Phys. Rev. E 1997, 56, 5018-5035
44. Park, S.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5946-5961
45. Sun, S. X. J. Chem. Phys. 2003, 118, 5769-5775
46. Xiong, H.; Crespo, A.; Marti, M.; Estrin, D.; Roitberg, A. E. Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 338-346
47. Ytreberg, F. M.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10876
48. Cuendet, M. A.; Michielin, O. Biophys. J. 2008, 95, 3575-3590
49. Park, S.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5946-5961
50. Oberhofer, H.; Dellago, C.; Geissler, P. L. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6902-15
51. Ba?tu?, T.; Kuyucak, S. Chem. Phys. Lett. 2007, 436, 383-387
52. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
53. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275-282
54. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
55. Chen, P.-C.; Kuyucak, S. Biophys. J. 2009, 96, 2577-88
56. Mustafa, M.; Henderson, D. J.; Busath, D. D. Proteins 2009, 76, 794-807
57. Mills, M.; Andricioaei, I. J. Chem. Phys. 2008, 129, 114101
58. Xing, C.; Faller, R. J. Chem. Phys. 2009, 131, 175104
59. Yesylevskyy, S.; Marrink, S.-J.; Mark, A. E. Biophys. J. 2009, 97, 40-9
60. Ba?tu?, T.; Chen, P.-C.; Patra, S. M.; Kuyucak, S. J. Chem. Phys. 2008, 128, 155104
61. Rodriguez-Gomez, D.; Darve, E. J. Chem. Phys. 2004, 120, 3563-3578
62. Ytreberg, F. M.; Swendsen, R. H.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2006, 125, 184114
63. Tskhovrebova, L.; Trinick, J.; Sleep, J. A.; Simmons, R. M. Nature 1997, 387, 308-312
64. Liu, M.; Sun, T.; Hu, J.; Chen, W.; Wang, C. Biophys. Chem. 2008, 135, 19-24
65. Hub, J. S.; de Groot, B. L.; van der Spoel, D. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3713-3720
66. Bakker, A. V.; Jung, S.; Spencer, R. W.; Vinick, F. J.; Faraci, W. S. Biochem. J. 1990, 271, 559-562
67. Szeltner, Z.; Renner, V.; Polgár, L. Protein Sci. 2000, 9, 353-360