Dynamic behavior of oligomeric inorganic pyrophosphatase explored by quasielastic neutron scattering

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 33, 2012, Pages 9917-9921

  Chu, Xiang Qiang ^a   Gajapathy, Manavalan ^b   Weiss, Kevin L ^a   Mamontov, Eugene ^a   Ng, Joseph D ^b   Coates, Leighton ^a  

^a OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b UNIVERSITY OF ALABAMA IN HUNTSVILLE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMS; ENZYMES; HYDROGEN; MOLECULES; OLIGOMERS; TEMPERATURE DISTRIBUTION;

CONFORMATIONAL SUBSTATES; DYNAMIC CHARACTERISTICS; INORGANIC PYROPHOSPHATASES; INTERMEDIATE SCATTERING FUNCTIONS; MEAN SQUARE DISPLACEMENT; QUASI ELASTIC NEUTRON SCATTERING; RELAXATIONAL DYNAMICS; TEMPERATURE DEPENDENCE;

NEUTRON SCATTERING;

INORGANIC PYROPHOSPHATASE; LYSOZYME;

ARTICLE; CHEMISTRY; ENZYMOLOGY; METABOLISM; NEUTRON DIFFRACTION; SMALL ANGLE SCATTERING; THERMOCOCCUS; THERMODYNAMICS;

MURAMIDASE; NEUTRON DIFFRACTION; PYROPHOSPHATASES; SCATTERING, SMALL ANGLE; THERMOCOCCUS; THERMODYNAMICS;

EID: 84871895814     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp303127w     Document Type: Article

References (46)

1. Frauenfelder, H.; Mezei, F. Acta Crystallogr., Sect. D 2010, 66, 1229-1231.
2. Pieper, J.; Renger, G. Photosynth. Res. 2009, 102, 281-293.
3. Tarek, M.; Tobias, D. J. Biophys. J. 2000, 79, 3244-3257.
4. Ball, P. Chem. Rev. 2008, 108, 74-108.
5. Henzler-Wildman, K.; Kern, D. Nature 2007, 450, 964-972.
6. Hughes, R. C.; Coates, L.; Blakeley, M. P.; Tomanicek, S. J.; Meehan, E. J.; Garcia-Ruiz, J. M.; Ng, J. D. Acta Crystallogr. 2011, A67, C773-C774.
7. Hughes, R. C.; Coates, L.; Blakeley, M. P.; Tomanicek, S. J.; Meehan, E.; Garcia-Ruiz, J. M.; Ng, J. D. American Crystallography Association Meeting Abstract, New Orleans, LA, May 28-June 2, 2011.
8. Hikima, S.; Hikima, J.; Rojtinnakorn, J.; Hirono, I.; Aoki, T. Gene 2003, 316, 187-195.
9. Careri, G. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1998, 70, 223-249.
10. Chu, X. Q.; Lagi, M.; Mamontov, E.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Chen, S. H. Soft Matter 2010, 6, 2623-2627.
11. Mamontov, E.; Herwig, K. W. Rev. Sci. Instrum. 2011, 82, 085109.
12. Mamontov, E.; Zamponi, M.; Hammons, S.; Keener, W. S.; Hagen, M.; Herwig, K. W. Neutron News 2008, 19, 22-24.
13. Lagi, M.; Baglioni, P.; Chen, S. H. Phys. Rev. Lett. 2009, 103, 108102.
14. Frauenfelder, H.; Chen, G.; Berendzen, J.; Fenimore, P. W.; Jansson, H.; McMahon, B. H.; Stroe, I. R.; Swenson, J.; Young, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 5129-5134.
15. Magazu, S.; Migliardo, F.; Benedetto, A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 7736-7743.
16. Chu, X. Q.; Mamontov, E.; O'Neill, H.; Zhang, Q. J. Phys. Chem. Lett. 2012, 3, 380-385.
17. Khodadadi, S.; Pawlus, S.; Roh, J. H.; Garcia Sakai, V.; Mamontov, E.; Sokolov, A. P. J. Chem. Phys. 2008, 128, 195106.
18. Khodadadi, S.; Pawlus, S.; Sokolov, A. P. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 14273-14280.
19. Frauenfelder, H.; Fenimore, P. W.; Chen, G.; McMahon, B. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 15469-15472.
20. Fenimore, P. W.; Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Parak, F. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16047-16051.
21. Liu, L.; Faraone, A.; Mou, C.; Yen, C. W.; Chen, S. H. J. Phys.: Condens. Matter 2004, 16, S5403.
22. Faraone, A.; Liu, L.; Mou, C. Y.; Yen, C. W.; Chen, S. H. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10843-10846.
23. Chen, S. H.; Liu, L.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Faraone, A.; Mamontov, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 9012-9016.
24. Chen, S. H.; Liu, L.; Chu, X.; Zhang, Y.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Faraone, A.; Mamontov, E. J. Chem. Phys. 2006, 125, 171103.
25. Chu, X. Q.; Faraone, A.; Kim, C.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Leao, J. B.; Chen, S. H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 5001-5006.
26. Chu, X. Q.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Faraone, A.; Chen, S. H. Phys. Rev. E 2008, 77, 011908.
27. Hayashi, K.; Kugimiya, M.; Funatsu, M. J. Biochem. 1968, 64, 93-97.
28. Salvetti, G.; Tombari, E.; Mikheeva, L.; Johari, G. P. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6081-6087.
29. Hedoux, A.; Ionov, R.; Willart, J. F.; Lerbret, A.; Affouard, F.; Guinet, Y.; Descamps, M.; Prevost, D.; Paccou, L.; Danede, F. J. Chem. Phys. 2006, 124.
30. Zhang, Y.; Lagi, M.; Liu, D. Z.; Mallamace, F.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Mamontov, E.; Hagen, M.; Chen, S. H. J. Chem. Phys. 2009, 130, 135101.
31. Zaccai, G. Science 2000, 288, 1604-1607.
32. Magazu, S.; Migliardo, F.; Benedetoo, A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9268-9274.
33. Doster, W.; Cusack, S.; Petry, W. Nature 1989, 337, 754-756.
34. Wood, K.; Frolich, A.; Paciaroni, A.; Moulin, M.; Hartlein, M.; Zaccai, G.; Tobias, D. J.; Weik, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 4586-4587.
35. Wood, K. C., C.; Fouquet, P.; Haussler, W.; Natali, F.; Ollivier, J.; Orecchini, A.; Plazanet, M.; Zaccai, G. Chem. Phys. 2008, 345, 305-314.
36. Stadler, A. M.; Digel, I.; Artmann, G. M.; Embs, J. P.; Zaccai, G.; Buldt, G. Biophys. J. 2008, 95, 5449-5461.
37. Gabel, F. Eur. Biophys. J. 2005, 34, 1-12.
38. Roh, J. H.; Curtis, J. E.; Azzam, S.; Novikov, V. N.; Peral, I.; Chowdhuri, Z.; Gregory, R. B.; Sokolov, A. P. Biophys. J. 2006, 91, 2573-2588.
39. Roh, J. H.; Briber, R. M.; Damjanovic, A.; Thirumalai, D.; Woodson, S. A.; Sokolov, A. P. Biophys. J. 2009, 96, 2755-2762.
40. Caliskan, G.; Kisliuk, A.; Sokolov, A. P. J. Non-Cryst. Solids 2002, 307, 868-873.
41. Rasmussen, B. F.; Stock, A. M.; Ringe, D.; Petsko, G. A. Nature 1992, 357, 423-424.
42. Meinhold, L.; Clement, D.; Tehei, M.; Daniel, R.; Finney, J. L.; Smith, J. C. Biophys. J. 2008, 94, 4812-4818.
43. Kneller, G. R.; Hinsen, K. J. Chem. Phys. 2009, 131.
44. Yi, Z.; Miao, Y. L.; Baudry, J.; Jain, N.; Smith, J. C. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 5028-5036.
45. Nakagawa, H.; Joti, Y.; Kitao, A.; Kataoka, M. Biophys. J. 2008, 95, 2916-2923.
46. Liu, L.; Chen, S. H.; Faraone, A.; Yen, C. W.; Mou, C. Y. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 117802.