Computationally efficient multiconfigurational reactive molecular dynamics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 12, 2012, Pages 4863-4875

  Yamashita, Takefumi ^a   Peng, Yuxing ^b   Knight, Chris ^c   Voth, Gregory A ^b,c  

^a UNIVERSITY OF TOKYO   (Japan)

^b UNIVERSITY OF CHICAGO   (United States)

^c ARGONNE NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84870908236     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct3006437     Document Type: Conference Paper

References (64)

1. Kirchner, B.; Dio, P. J. d.; Hutter, J. Top. Curr. Chem. 2012, 307, 109-154
2. Öjemyr, L. N.; Ballmoos, C. v.; Faxén, K.; Svahn, E.; Brzezinski, P. Biochemistry 2012, 51, 1092-1100
3. Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1198-1229
4. Lin, H.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2007, 117, 185-199
5. Kamerlin, S. C. L.; Haranczyk, M.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1253-1272
6. Higashi, M.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 790-803
7. Bernstein, N.; Várnai, C.; Solt, I.; Winfield, S. A.; Payne, M. C.; Simon, I.; Fuxreiter, M.; Csányi, G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 646-656
8. Duin, A. C. T. v.; Dasgupta, S.; Lorant, F.; Goddard, W. A., III J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9396-9409
9. Frauenheim, T.; Seifert, G.; Elstner, M.; Niehaus, T.; Köhler, C.; Amkreutz, M.; Sternberg, M.; Hajnal, Z.; Carlo, A. D.; Suhai, S. J. Phys.: Condens. Matter 2002, 14, 3015-3047
10. Voth, G. A. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 143-150
11. Swanson, J. M. J.; Maupin, C. M.; Chen, H.; Petersen, M. K.; Xu, J.; Wu, Y.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4300-4314
12. Knight, C.; Voth, G. A. Acc. Chem. Res. 2012, 45, 101-109
13. Schmitt, U. W.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9361-9381
14. Markovitch, O.; Chen, H.; Izvekov, S.; Paesani, F.; Voth, G. A.; Agmon, N. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9456-9466
15. Xu, J.; Zhang, Y.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 81-86
16. Wu, Y.; Chen, H.; Wang, F.; Paesani, F.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B. 2008, 112, 7146
17. Wang, F.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3120-3126
18. Knight, C.; Maupin, C. M.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3223-3232
19. Xu, J.; Zhang, Y.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 81-86
20. Park, K.; Lin, W.; Paesani, F. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 343-352
21. Ufimtsev, I. S.; Kalinichev, A. G.; Martinez, T. J.; Kirkpatrick, R. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 9420-9430
22. Knight, C.; Lindberg, G.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2012, 137, 22A525
23. Chen, H.; Voth, G. A.; Agmon, N. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 333-339
24. Petersen, M. K.; Iyengar, S. S.; Day, T. J. F.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 14804-14806
25. Wick, C. D.; Dang, L. X. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 6356-6364
26. Wick, C. D. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 4026-4038
27. Iuchi, S.; Chen, H.; Paesani, F.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 4017-4030
28. Xu, J.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9555-9562
29. Semino, R.; Laria, D. J. Chem. Phys. 2012, 136, 194503
30. Yamashita, T.; Voth, G. A. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 1147-1152
31. Li, H.; Chen, H.; Steinbronn, C.; Wu, B.; Beitz, E.; Zeuthen, T.; Voth, G. A. J. Mol. Biol. 2011, 407, 607-620
32. Chen, H.; Ilan, B.; Wu, Y.; Zhu, F.; Schulten, K.; Voth, G. A. Biophys. J. 2007, 92, 46-60
33. Chen, H.; Wu, Y.; Voth, G. A. Biophys. J. 2006, 90, L73-L75
34. Chen, H.; Wu, Y.; Voth, G. A. Biophys. J. 2007, 93, 3470-3479
35. Tepper, H. L.; Voth, G. A. Biophys. J. 2005, 88, 3095-3108
36. Yamashita, T.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 592-603
37. Petersen, M. K.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18594-18600
38. Feng, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 5903-5912
39. Guo, Y.; Thompson, D. L. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1673-1678
40. Nelson, K. V.; Benjamin, I. J. Phys. Chem. C 2010, 115, 1154-1163
41. Warshel, A.; Weiss, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 6218-6226
42. Warshel, A. Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions; John Wiley and Sons: New York, NY, USA, 1991; pp 1-236.
43. Smondyrev, A. M.; Voth, G. A. Biophys. J. 2002, 82, 1460-1468
44. Chen, H.; Liu, P.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3039-3047
45. Izvekov, S.; Swanson, J. M. J.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4711-4724
46. Shi, Q.; Liu, P.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 16230-16237
47. Markland, T. E.; Manolopoulos, D. E. J. Chem. Phys. 2008, 129, 024105
48. Markland, T. E.; Manolopoulos, D. E. Chem. Phys. Lett. 2008, 464, 256-261
49. Wang, F.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 144105
50. Hess, B.; Kutzner, C.; Spoel, D. v. d.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
51. Peng, Y.; Knight, C.; Blood, P.; Crosby, L.; Voth, G. A. In XSEDE12; ACM: Chicago, IL; 2012.
52. Plimpton, S. J. J. Comput. Phys. 1995, 117, 1-19
53. Brown, W. M.; Nguyen, T. D.; Fuentes-Cabrera, M.; Fowlkes, J. D.; Rack, P. D.; Berger, M.; Bland, A. S. Procedia Comput. Sci. 2012, 9, 186-195
54. Perram, J. W.; Petersen, H. G.; Leeuw, S. W. D. Mol. Phys. 1988, 65, 875-893
55. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
56. Hockney, R. W.; Eastwood, J. W. Computer Simulation Using Particles; Taylor & Francis Group: New York, 1988; pp 1-540.
57. Maupin, C. M.; Wong, K. F.; Soudackov, A. V.; Kim, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. A. 2006, 110, 631-639
58. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1994, 16, 1339-1350
59. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275-282
60. Mendoza, F. N.; López-Lemus, J.; Chapela, G. A.; Alejandre, J. J. Chem. Phys. 2008, 129, 024706
61. Feller, S. E.; Pastor, R. W.; Rojnuckarin, A.; Bogusz, S.; Brooks, B. R. J. Phys. Chem. 1996, 100, 17011-17020
62. Fennell, C. J.; Gezelter, J. D. J. Chem. Phys. 2006, 124, 234104
63. Viveros-Méndez, P. X.; Gil-Villegas, A. J. Chem. Phys. 2012, 136, 154507
64. Ramsey, S.; Mokrab, Y.; Carvacho, I.; Sands, Z. A.; Sansom, M. S. P.; Clapham, D. E. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 869-875