Effect of nanoslit confinement on the knotting probability of circular DNA

ACS Macro Letters

Volumn 1, Issue 6, 2012, Pages 732-736

  Dai, Liang ^a   Van Der Maarel, Johan R C ^a,b   Doyle, Patrick S ^a,c  

^a SINGAPORE MIT ALLIANCE FOR RESEARCH AND TECHNOLOGY   (Singapore)

^b NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

^c Massachusetts Institute of Technology Cambridge   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84870031303     PISSN: None     EISSN: 21611653     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/mz3001622     Document Type: Article

References (40)

1. Reisner, W.; Morton, K. J.; Riehn, R.; Wang, Y. M.; Yu, Z.; Rosen, M.; Sturm, J. C.; Chou, S. Y.; Frey, E.; Austin, R. H. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 196101.
2. Bonthuis, D. J.; Meyer, C.; Stein, D.; Dekker, C. Phys. Rev. Lett. 2008, 101, 108303.
3. Tang, J.; Levy, S. L.; Trahan, D. W.; Jones, J. J.; Craighead, H. G.; Doyle, P. S. Macromolecules 2010, 43, 7368-7377.
4. Zhang, C.; Zhang, F.; van Kan, J. A.; van der Maarel, J. R. C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 225109.
5. Kim, Y.; Kim, K. S.; Kounovsky, K. L.; Chang, R.; Jung, G. Y.; de Pablo, J. J.; Jo, K.; Schwartz, D. C. Lab Chip 2011, 11, 1721-1729.
6. Balducci, A.; Mao, P.; Han, J. Y.; Doyle, P. S. Macromolecules 2006, 39, 6273-6281.
7. Hsieh, C. C.; Balducci, A.; Doyle, P. S. Macromolecules 2007, 40, 5196-5205.
8. Hsieh, C. C.; Balducci, A.; Doyle, P. S. Nano Lett. 2008, 8, 1683-1688.
9. Jones, J. J.; van der Maarel, J. R.; Doyle, P. S. Nano Lett. 2011, 11, 5047-5053.
10. Zhang, C.; Shao, P. G.; van Kan, J. A.; van der Maarel, J. R. C. Proc. Natl. Acad. Sci. 2009, 106, 16651-16656.
11. Lin, P. K.; Hsieh, C. C.; Chen, Y. L.; Chou, C. F. Macromolecules 2012, 45, 2920-2927.
12. Tegenfeldt, J. O.; Prinz, C.; Cao, H.; Chou, S.; Reisner, W. W.; Riehn, R.; Wang, Y. M.; Cox, E. C.; Sturm, J. C.; Silberzan, P.; Austin, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. 2004, 101, 10979-10983.
13. Jo, K.; Dhingra, D. M.; Odijk, T.; de Pablo, J. J.; Graham, M. D.; Runnheim, R.; Forrest, D.; Schwartz, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. 2007, 104, 2673-2678.
14. Reisner, W.; Larsen, N. B.; Flyvbjerg, H.; Tegenfeldt, J. O.; Kristensen, A. Proc. Natl. Acad. Sci. 2009, 106, 79-84.
15. Gelbart, W. M.; Knobler, C. M. Science 2009, 323, 1682-1683.
16. de Gennes, P. G., Scaling concepts in polymer physics; Cornell University Press: Ithaca, NY, 1979.
17. Odijk, T. Macromolecules 1983, 16, 1340-1344.
18. Odijk, T. Phys. Rev. E 2008, 77, 060901.
19. Wang, Y.; Tree, D. R.; Dorfman, K. D. Macromolecules 2011, 44, 6594-6604.
20. Dai, L.; Jones, J. J.; van der Maarel, J. R. C.; Doyle, P. S. Soft Matter 2012, 8, 2972-2982.
21. Cifra, P. J. Chem. Phys. 2009, 131, 224903.
22. Micheletti, C.; Marenduzzo, D.; Orlandini, E. Phys. Rep. Rev. Sect. Phys. Lett. 2011, 504, 1-73.
23. Jun, S.; Mulder, B. Proc. Natl. Acad. Sci. 2006, 103, 12388-12393.
24. Fritsche, M.; Heermann, D. W. Soft Matter 2011, 7, 6906.
25. Jung, Y.; Jeon, C.; Kim, J.; Jeong, H.; Jun, S.; Ha, B. Y. Soft Matter 2012, 8, 2095.
26. Shaw, S. Y.; Wang, J. C. Science 1993, 260, 533-536.
27. Arsuaga, J.; Vazquez, M.; McGuirk, P.; Trigueros, S.; Sumners, D.; Roca, J. Proc. Natl. Acad. Sci. 2005, 102, 9165-9169.
28. Reith, D.; Cifra, P.; Stasiak, A.; Virnau, P. Nucleic Acids Res. 2012, DOI: 10.1093/nar/gks157.
29. Marenduzzo, D.; Orlandini, E.; Stasiak, A.; Sumners, D.; Tubiana, L.; Micheletti, C. Proc. Natl. Acad. Sci. 2009, 106, 22269-22274.
30. Rybenkov, V. V.; Cozzarelli, N. R.; Vologodskii, A. V. Proc. Natl. Acad. Sci. 1993, 90, 5307-5311.
31. Rybenkov, V. V.; Ullsperger, C.; Vologodskii, A. V.; Cozzarelli, N. R. Science 1997, 277, 690-693.
32. Arsuaga, J.; Vazquez, M.; Trigueros, S.; Sumners, D.; Roca, J. Proc. Natl. Acad. Sci. 2002, 99, 5373-5377.
33. Micheletti, C.; Marenduzzo, D.; Orlandini, E.; Sumners, D. W. Biophys. J. 2008, 95, 3591-3599.
34. Micheletti, C.; Orlandini, E. Macromolecules 2012, 45, 2113-2121.
35. Vologodskii, A. V.; Levene, S. D.; Klenin, K. V.; Frank-Kamenetskii, M.; Cozzarelli, N. R. J. Mol. Biol. 1992, 227, 1224.
36. Tesi, M. C.; Vanrensburg, E. J. J.; Orlandini, E.; Whittington, S. G. J. Phys. A: Math. Gen. 1994, 27, 347-360.
37. Sumners, D. W.; Whittington, S. G. J. Phys. A: Math. Gen. 1988, 21, 1689-1694.
38. Murasugi, K. Knot Theory and Its Applications; Birkhauser: Boston, 1996.
39. Cifra, P.; Benkova, Z.; Bleha, T. Faraday Discuss. 2008, 139, 377-392.
40. Strychalski, E. A.; Geist, J.; Gaitan, M.; Locascio, L. E.; Stavis, S. M. Macromolecules 2012, 45, 1602-1611.