A systematic study of DNA conformation in slitlike confinement

Soft Matter

Volumn 8, Issue 10, 2012, Pages 2972-2982

  Dai, Liang ^a   Jones, Jeremy J ^b   Van Der Maarel, Johan R C ^a,c   Doyle, Patrick S ^a,b  

^a SINGAPORE MIT ALLIANCE FOR RESEARCH AND TECHNOLOGY   (Singapore)

^b Massachusetts Institute of Technology Cambridge   (United States)

^c NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONTOUR LENGTHS; DNA CONFORMATIONS; EXPERIMENTAL STUDIES; GRADUAL TRANSITION; IN-PLANE; MONTE CARLO SIMULATION; NANOSLITS; PERSISTENCE LENGTH; SCALING THEORIES; SYSTEMATIC STUDY;

MONTE CARLO METHODS; TUBES (COMPONENTS);

DNA;

EID: 84863393411     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2sm07322f     Document Type: Article

References (56)

1. J. O. Tegenfeldt C. Prinz H. Cao S. Chou W. W. Reisner R. Riehn Y. M. Wang E. C. Cox J. C. Sturm P. Silberzan R. H. Austin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 10979 10983
2. D. Stein F. H. van der Heyden W. J. Koopmans C. Dekker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 15853 15858
3. K. Jo D. M. Dhingra T. Odijk J. J. de Pablo M. D. Graham R. Runnheim D. Forrest D. C. Schwartz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2673 2678
4. W. Reisner N. B. Larsen H. Flyvbjerg J. O. Tegenfeldt A. Kristensen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 79 84
5. C. C. Hsieh P. S. Doyle Korea-Aust. Rheol. J. 2008 20 127 142
6. W. Reisner K. J. Morton R. Riehn Y. M. Wang Z. Yu M. Rosen J. C. Sturm S. Y. Chou E. Frey R. H. Austin Phys. Rev. Lett. 2005 94 196101
7. M. Krishnan I. Monch P. Schwille Nano Lett. 2007 7 1270 1275
8. C. Zhang F. Zhang J. A. van Kan J. R. C. van der Maarel J. Chem. Phys. 2008 128 225109
9. C. Zhang P. G. Shao J. A. van Kan J. R. C. van der Maarel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 16651 16656
10. Y. Kim K. S. Kim K. L. Kounovsky R. Chang G. Y. Jung J. J. dePablo K. Jo D. C. Schwartz Lab Chip 2011 11 1721 1729
11. T. X. Su S. K. Das M. Xiao P. K. Purohit PLoS One 2011 6 e16890
12. L. H. Thamdrup A. Klukowska A. Kristensen Nanotechnology 2008 19 125301
13. F. Persson P. Utko W. Reisner N. B. Larsen A. Kristensen Nano Lett. 2009 9 1382 1385
14. H. Cao J. O. Tegenfeldt R. H. Austin S. Y. Chou Appl. Phys. Lett. 2002 81 3058 3060
15. S. M. Stavis E. A. Strychalski M. Gaitan Nanotechnology 2009 20
16. E. A. Strychalski S. M. Stavis H. G. Craighead Nanotechnology 2008 19
17. S. R. Leslie A. P. Fields A. E. Cohen Anal. Chem. 2010 82 6224 6229
18. F. Brochard P. G. de Gennes J. Chem. Phys. 1977 67 52 56
19. M. Daoud P. G. de Gennes J. Phys. 1977 38 85
20. P. G. de Gennes, Scaling concepts in polymer physics, Cornell University Press, Ithaca, NY, 1979
21. T. Odijk Macromolecules 1983 16 1340 1344
22. T. Odijk J. Chem. Phys. 2006 125 204904
23. T. Odijk Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 77 060901
24. Y.-L. Chen M. D. Graham J. J. de Pablo G. C. Randall P. S. Doyle Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2004 70 060901
25. D. J. Bonthuis C. Meyer D. Stein C. Dekker Phys. Rev. Lett. 2008 101 108303
26. J. Tang S. L. Levy D. W. Trahan J. J. Jones H. G. Craighead P. S. Doyle Macromolecules 2010 43 7368 7377
27. P. K. Lin J.-F. Chang C.-H. Wei P. H. Tsao W. S. Fann Y.-L. Chen Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2011 84 031917
28. A. Balducci P. Mao J. Y. Han P. S. Doyle Macromolecules 2006 39 6273 6281
29. E. A. Strychalski S. L. Levy H. G. Craighead Macromolecules 2008 41 7716 7721
30. P. K. Lin K. H. Lin C. C. Fu K. C. Lee P. K. Wei W. W. Pai P. H. Tsao Y. L. Chen W. S. Fann Macromolecules 2009 42 1770 1774
31. J. H. van Vliet G. ten Brinke J. Chem. Phys. 1990 93 1436
32. J. H. van Vliet M. C. Luyten G. ten Brinke Macromolecules 1992 25 3802 3806
33. P. Cifra T. Bleha Macromol. Theory Simul. 1999 8 603
34. C. E. Cordeiro M. Molisana D. Thirumalai J. Phys. II 1997 7 433
35. D. Chaudhuri B. Mulder Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2011 83 031803
36. H. P. Hsu P. Grassberger J. Chem. Phys. 2004 120 2034
37. P. Cifra Z. Benkova T. Bleha Faraday Discuss. 2008 139 377 392
38. Y. Z. Yang T. W. Burkhardt G. Gompper Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2007 76 011804
39. T. W. Burkhardt Y. Z. Yang G. Gompper Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2010 82 041801
40. Y. Wang D. R. Tree K. D. Dorfman Macromolecules 2011 44 6594 6604
41. S. Jun D. Thirumalai B. Y. Ha Phys. Rev. Lett. 2008 101 138101
42. P. J. Flory J. Chem. Phys. 1942 10 51
43. D. W. Schaefer J. F. Joanny P. Pincus Macromolecules 1980 13 1280
44. B. Li N. Madras A. J. Sokal J. Stat. Phys. 1995 80 661 754
45. P. A. Wiggins T. van der Heijden F. Moreno-Herrero A. Spakowitz R. Phillips J. Widom C. Dekker P. C. Nelson Nat. Nanotechnol. 2006 1 137 141
46. S. K. Kumar M. Vacatello D. Y. Yoon J. Chem. Phys. 1988 89 5206 5215
47. A. V. Vologodskii S. D. Levene K. V. Klenin M. Frank-Kamenetskii N. R. Cozzarelli J. Mol. Biol. 1992 227 1224
48. B. Maier J. O. Radler Phys. Rev. Lett. 1999 82 1911 1914
49. P. K. Lin C. C. Fu Y. L. Chen Y. R. Chen P. K. Wei C. H. Kuan W. S. Fann Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2007 76 011806
50. C. U. Murade V. Subramaniam C. Otto M. L. Bennink Nucleic Acids Res. 2010 38 3423 3431
51. K. Gunther M. Mertig R. Seidel Nucleic Acids Res. 2010 38 6526 6532
52. A. Sischka K. Toensing R. Eckel S. D. Wilking N. Sewald R. Ros D. Anselmetti Biophys. J. 2005 88 404 411
53. C. C. Hsieh A. Balducci P. S. Doyle Nano Lett. 2008 8 1683 1688
54. S. R. Quake H. Babcock S. Chu Nature 1997 388 151 154
55. Y. Q. Ren D. Stein Phys. Rev. Lett. 2011 106 068302
56. D. Stein Phys. Rev. Lett. 2011 107 049901