Energetics and ion permeation characteristics in a glutamate-gated chloride (GluCl) receptor channel

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 46, 2012, Pages 13637-13643

  Cheng, Mary Hongying ^a   Coalson, Rob D ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHLORINE COMPOUNDS; ELECTROSTATICS; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; POSITIVE IONS;

ANION SELECTIVITY; BROWNIAN DYNAMICS SIMULATIONS; CHLORIDE CHANNELS; ELASTIC NETWORK MODELS; EXTRACELLULAR DOMAINS; LIGAND-GATED ION CHANNELS; RECEPTOR CHANNELS; SELECTIVITY FILTER;

BIOPHYSICS;

EID: 84870013769     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3074915     Document Type: Article

References (45)

1. Lynch, J. W. Physiol. Rev. 2004, 84, 1051-1095
2. Wotring, V. E.; Miller, T. S.; Weiss, D. S. J. Physiol. 2003, 548, 527-540
3. Cymes, G. D.; Grosman, C. Nature 2011, 474, 526-530
4. Hibbs, R. E.; Gouaux, E. Nature 2011, 474, 54-60
5. Keramidas, A.; Moorhouse, A. J.; Pierce, K. D.; Schofield, P. R.; Barry, P. H. J. Gen. Physiol. 2002, 119, 393-410
6. Keramidas, A.; Moorhouse, A. J.; Peter, P. R.; Barry, P. H. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2004, 86, 161-204
7. Sine, S. M.; Wang, H. L.; Hansen, S.; Taylor, P. J. Mol. Neurosci. 2010, 40, 70-76
8. Hilf, R. J.; Dutzler, R. Nature 2009, 457, 115-118
9. Bocquet, N.; Nury, H.; Baaden, M.; Le Poupon, C.; Changeux, J. P.; Delarue, M.; Corringer, P. J. Nature 2009, 457, 111-114
10. Gonzalez-Gutierrez, G.; Grosman, C. J. Mol. Biol. 2010, 403, 693-705
11. Parikh, R. B.; Bali, M.; Akabas, M. H. J. Biol. Chem. 2011, 286, 14098-14109
12. Willenbring, D.; Liu, L.; Mowrey, D.; Xu, Y.; Tang, P. Biophys. J. 2011, 101, 1905-1912
13. Nury, H.; Poitevin, F.; Van Renterghem, C.; Changeux, J. P.; Corringer, P. J.; Delarue, M.; Baaden, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 6275-6280
14. Zhu, F.; Hummer, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 19814-19819
15. Suhre, K.; Sanejouand, Y. H. Nucleic Acids Res. 2004, 32, W610-614
16. Taly, A.; Delarue, M.; Grutter, T.; Nilges, M.; Le Novere, N.; Corringer, P. J.; Changeux, J. P. Biophys. J. 2005, 88, 3954-3965
17. Szarecka, A.; Xu, Y.; Tang, P. Proteins 2007, 68, 948-960
18. Haddadian, E. J.; Cheng, M. H.; Coalson, R. D.; Xu, Y.; Tang, P. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 13981-13990
19. Taly, A.; Corringer, P. J.; Grutter, T.; Prado de Carvalho, L.; Karplus, M.; Changeux, J. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 16965-16970
20. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
21. Li, H.; Robertson, A. D.; Jensen, J. H. Proteins 2005, 61, 704-721
22. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
23. Mackerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., 3rd. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415
24. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
25. Graf, P.; Nitzan, A.; Kurnikova, M. G.; Coalson, R. D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 12324-12338
26. Cheng, M. H.; Coalson, R. D.; Tang, P. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 16442-16449
27. Cheng, M. H.; Cascio, M.; Coalson, R. D. Biophys. J. 2005, 89, 1669-1680
28. Kurnikova, M. G.; Coalson, R. D.; Graf, P.; Nitzan, A. Biophys. J. 1999, 76, 642-656
29. Cheng, M. H.; Coalson, R. D. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 488-498
30. Ermak, D. L.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1352-1360
31. Hille, B. Ion channels of excitable membranes, 3 rd ed.; Sinauer Associates, Inc.: Sunderland, MA, 2001.
32. Darve, E.; Rodriguez-Gomez, D.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 144120-144133
33. Chipot, C.; Hénin, J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 244906-244912
34. Ivanov, I.; Cheng, X.; Sine, S. M.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 8217-8224
35. Smart, O. S.; Neduvelil, J. G.; Wang, X.; Wallace, B. A.; Sansom, M. S. J. Mol. Graph. 1996, 14, 354-360
36. Smart, O. S.; Neduvelil, J. G.; Wang, X.; Wallace, B. A.; Sansom, M. S. J. Mol. Graph. 1996, 14, 376
37. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. 1996, 14, 33-38
38. Cheng, X.; Ivanov, I.; Wang, H.; Sine, S. M.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2007, 93, 2622-2634
39. Zimmermann, I.; Dutzler, R. PLoS Biol. 2011, 9, e1001101
40. Keramidas, A.; Moorhouse, A. J.; French, C. R.; Schofield, P. R.; Barry, P. H. Biophys. J. 2000, 79, 247-259
41. Lynch, J. W.; Rajendra, S.; Pierce, K. D.; Handford, C. A.; Barry, P. H.; Schofield, P. R. EMBO J. 1997, 16, 110-120
42. Sunesen, M.; de Carvalho, L. P.; Dufresne, V.; Grailhe, R.; Savatier-Duclert, N.; Gibor, G.; Peretz, A.; Attali, B.; Changeux, J. P.; Paas, Y. J. Biol. Chem. 2006, 281, 14875-14881
43. Cheng, M. H.; Cascio, M.; Coalson, R. D. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 68, 581-593
44. Miyazawa, A.; Fujiyoshi, Y.; Unwin, N. Nature 2003, 423, 949-955
45. Bahar, I.; Lezon, T. R.; Yang, L.-W.; Eyal, E. Annu. Rev. Biophys. 2010, 39, 23-42