Two-dimensional peptide separation improving sensitivity of selected reaction monitoring-based quantitative proteomics in mouse liver tissue: Comparing off-gel electrophoresis and strong cation exchange chromatography

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 20, 2012, Pages 8853-8862

  Schäfer, Alexander ^a   Von Toerne, Christine ^a   Becker, Silke ^a   Sarioglu, Hakan ^a   Neschen, Susanne ^a   Kahle, Melanie ^a   Hauck, Stefanie M ^a   Ueffing, Marius ^a,b  

^a INSTITUTE OF EPIDEMIOLOGY   (Germany)

^b UNIVERSITY HOSPITAL TÜBINGEN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSOLUTE QUANTIFICATION; ANIMAL TISSUE; DYNAMIC RANGE; HIGH-THROUGHPUT ANALYSIS; MOUSE LIVER; PEPTIDE SEPARATION; PROTEIN EXPRESSIONS; PROTEOMIC STUDIES; QUANTITATIVE PROTEOMICS; REACTION MONITORING; SIGNAL INTENSITIES; STABLE ISOTOPES; STRONG CATION EXCHANGES; SYSTEMS BIOLOGY;

ANIMALS; ELECTROPHORESIS; ISOTOPES; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; PEPTIDES; SEPARATION; TISSUE;

CHROMATOGRAPHY;

PEPTIDE; PROTEIN;

ANIMAL; ARTICLE; CHEMISTRY; COMPARATIVE STUDY; ELECTROPHORESIS; ENZYMOLOGY; FEMALE; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; ION EXCHANGE CHROMATOGRAPHY; ISOLATION AND PURIFICATION; LIVER; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; MOUSE; PROTEOMICS;

ANIMALS; CHROMATOGRAPHY, HIGH PRESSURE LIQUID; CHROMATOGRAPHY, ION EXCHANGE; ELECTROPHORESIS; FEMALE; LIVER; MASS SPECTROMETRY; MICE; PEPTIDES; PROTEINS; PROTEOMICS;

EID: 84869382127     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac3023026     Document Type: Article

References (40)

1. Mallick, P.; Schirle, M.; Chen, S. S.; Flory, M. R.; Lee, H.; Martin, D.; Ranish, J.; Raught, B.; Schmitt, R.; Werner, T.; Kuster, B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 125-131.
2. Gerber, S. A.; Rush, J.; Stemman, O.; Kirschner, M. W.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 6940-6945.
3. Wolf-Yadlin, A.; Hautaniemi, S.; Lauffenburger, D. A.; White, F. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 5860-5865.
4. Lange, V.; Malmstrom, J. A.; Didion, J.; King, N. L.; Johansson, B. P.; Schafer, J.; Rameseder, J.; Wong, C. H.; Deutsch, E. W.; Brusniak, M. Y.; Buhlmann, P.; Bjorck, L.; Domon, B.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1489-1500.
5. Jenkins, R. E.; Kitteringham, N. R.; Hunter, C. L.; Webb, S.; Hunt, T. J.; Elsby, R.; Watson, R. B.; Williams, D.; Pennington, S. R.; Park, B. K. Proteomics 2006, 6, 1934-1947.
6. Stahl-Zeng, J.; Lange, V.; Ossola, R.; Eckhardt, K.; Krek, W.; Aebersold, R.; Domon, B. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1809-1817.
7. Huttenhain, R.; Malmstrom, J.; Picotti, P.; Aebersold, R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2009, 13, 518-525.
8. De Fronzo, R. A. Med. Clin. North Am. 2004, 88, 787-835.
9. Anderson, N. L.; Jackson, A.; Smith, D.; Hardie, D.; Borchers, C.; Pearson, T. W. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 995-1005.
10. Keshishian, H.; Addona, T.; Burgess, M.; Mani, D. R.; Shi, X.; Kuhn, E.; Sabatine, M. S.; Gerszten, R. E.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 2339-2349.
11. Keshishian, H.; Addona, T.; Burgess, M.; Kuhn, E.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 2212-2229.
12. Krisp, C.; McKay, M. J.; Wolters, D. A.; Molloy, M. P. Anal. Chem. 2012, 84, 1592-1600.
13. Malmstrom, J.; Beck, M.; Schmidt, A.; Lange, V.; Deutsch, E. W.; Aebersold, R. Nature 2009, 460, 762-765.
14. Collins, B. C.; Miller, C. A.; Sposny, A.; Hewitt, P.; Wells, M.; Gallagher, W. M.; Pennington, S. R. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, 394-410.
15. Beck, M.; Schmidt, A.; Malmstroem, J.; Claassen, M.; Ori, A.; Szymborska, A.; Herzog, F.; Rinner, O.; Ellenberg, J.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2011, 7, 549.
16. Picotti, P.; Bodenmiller, B.; Mueller, L. N.; Domon, B.; Aebersold, R. Cell 2009, 138, 795-806.
17. Rafalko, A.; Dai, S.; Hancock, W. S.; Karger, B. L.; Hincapie, M. J. Proteome Res. 2012, 11, 808-817.
18. De Leenheer, A.; Thienpont, L. Mass Spectrom. Rev. 1992, 11, 249-307.
19. Beynon, R. J.; Doherty, M. K.; Pratt, J. M.; Gaskell, S. J. Nat. Methods 2005, 2, 587-589.
20. Gloeckner, C. J.; Boldt, K.; Ueffing, M. In Current Protocols in Protein Science; John Wiley & Sons Inc.: Hoboken, New Jersey, 2009, Chapter 19, Unit 19 and 20.
21. Lange, V.; Picotti, P.; Domon, B.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2008, 4, 222.
22. Bjellqvist, B.; Hughes, G. J.; Pasquali, C.; Paquet, N.; Ravier, F.; Sanchez, J. C.; Frutiger, S.; Hochstrasser, D. Electrophoresis 1993, 14, 1023-1031.
23. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-132.
24. Amano, S.; Yamagishi, S.; Kato, N.; Inagaki, Y.; Okamoto, T.; Makino, M.; Taniko, K.; Hirooka, H.; Jomori, T.; Takeuchi, M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002, 299, 183-188.
25. Dupuis, J.; Langenberg, C.; Prokopenko, I.; Saxena, R.; Soranzo, N.; Jackson, A. U.; Wheeler, E.; Glazer, N. L.; Bouatia-Naji, N.; Gloyn, A. L.; Lindgren, C. M.; Magi, R.; Morris, A. P.; Randall, J.; Johnson, T.; Elliott, P.; Rybin, D.; Thorleifsson, G.; Steinthorsdottir, V.; Henneman, P.; Grallert, H.; Dehghan, A.; Hottenga, J. J.; Franklin, C. S.; Navarro, P.; Song, K.; Goel, A.; Perry, J. R.; Egan, J. M.; Lajunen, T.; Grarup, N.; Sparso, T.; Doney, A.; Voight, B. F.; Stringham, H. M.; Li, M.; Kanoni, S.; Shrader, P.; Cavalcanti-Proenca, C.; Kumari, M.; Qi, L.; Timpson, N. J.; Gieger, C.; Zabena, C.; Rocheleau, G.; Ingelsson, E.; An, P.; O'Connell, J.; Luan, J.; Elliott, A.; AcCarroll, S. A.; Aayne, F.; Foccasecca, R. M.; Mattou, F.; Fethupathy, P.; Prdlie, K.; Kriyurek, Y.; Yalkau, B.; Barter, P.; Peilby, J. P.; Pen-Shlomo, Y.; Yenediktsson, R.; Rennett, A. J.; Jergmann, S.; Sochud, M.; Moerwinkle, E.; Eonnefond, A.; Aonnycastle, L. L.; Lorch-Johnsen, K.; Kottcher, Y.; Yrunner, E.; Eumpstead, S. J.; Jharpentier, G.; Ghen, Y. D.; Dhines, P.; Plarke, R.; Roin, L. J.; Jooper, M. N.; Nornelis, M.; Mrawford, G.; Grisponi, L.; Lay, I. N.; Ne Geus, E. J.; Jelplanque, J.; Jina, C.; Crdos, M. R.; Redson, A. C.; Cischer-Rosinsky, A.; Aorouhi, N. G.; Gox, C. S.; Srants, R.; Rranzosi, M. G.; Galan, P.; Poodarzi, M. O.; Oraessler, J.; Jroves, C. J.; Jrundy, S.; Swilliam, R.; Ryllensten, U.; Uadjadj, S.; Sallmans, G.; Gammond, N.; Nan, X.; Xartikainen, A. L.; Lassanali, N.; Nayward, C.; Ceath, S. C.; Cercberg, S.; Serder, C.; Cicks, A. A.; Aillman, D. R.; Ringorani, A. D.; Dofman, A.; Aui, J.; Jung, J.; Jsomaa, B.; Bohnson, P. R.; Rorgensen, T.; Tula, A.; Aaakinen, M.; Maprio, J.; Jesaniemi, Y. A.; Aivimaki, M.; Mnight, B.; Boskinen, S.; Sovacs, P.; Pyvik, K. O.; Oathrop, G. M.; Mawlor, D. A.; Ae Bacquer, O.; Oecoeur, C.; Ci, Y.; Yyssenko, V.; Vahley, R.; Rangino, M.; Manning, A. K.; Kartinez-Larrad, M. T.; TcAteer, J. B.; BcCulloch, L. J.; JcPherson, R.; Reisinger, C.; Celzer, D.; Deyre, D.; Ditchell, B. D.; Dorken, M. A.; Aukherjee, S.; Saitza, S.; Sarisu, N.; Neville, M. J.; Jostra, B. A.; Arru, M.; Makyz, R.; Ralmer, C. N.; Naolisso, G.; Gattaro, C.; Cearson, D.; Deden, J. F.; Federsen, N. L.; Lerola, M.; Mfeiffer, A. F.; Fichler, I.; Iolasek, O.; Oosthuma, D.; Dotter, S. C.; Couta, A.; Arovince, M. A.; Asaty, B. M.; Mathmann, W.; Wayner, N. W.; Wice, K.; Kipatti, S.; Sivadeneira, F.; Foden, M.; Molandsson, O.; Oandbaek, A.; Aandhu, M.; Manna, S.; Sayer, A. A.; Acheet, P.; Pcott, L. J.; Jeedorf, U.; Uharp, S. J.; Jhields, B.; Bigurethsson, G.; Gijbrands, E. J.; Jilveira, A.; Aimpson, L.; Lingleton, A.; Amith, N. L.; Lovio, U.; Uwift, A.; Ayddall, H.; Hyvanen, A. C.; Canaka, T.; Thorand, B.; Bichet, J.; Jonjes, A.; Auomi, T.; Titterlinden, A. G.; Gan Dijk, K. W.; Wan Hoek, M.; Marma, D.; Disvikis-Siest, S.; Sitart, V.; Vogelzangs, N.; Naeber, G.; Gagner, P. J.; Jalley, A.; Aalters, G. B.; Bard, K. L.; Latkins, H.; Heedon, M. N.; Nild, S. H.; Hillemsen, G.; Gitteman, J. C.; Carnell, J. W.; Weggini, E.; Eelenika, D.; Dethelius, B.; Bhai, G.; Ghao, J. H.; Hillikens, M. C.; Corecki, I. B.; Boos, R. J.; Jeneton, P.; Pagnusson, P. K.; Kathan, D. M.; Milliams, G. H.; Hattersley, A. T.; Tilander, K.; Kalomaa, V.; Vmith, G. D.; Dornstein, S. R.; Rchwarz, P.; Ppranger, J.; Jarpe, F.; Fhuldiner, A. R.; Rooper, C.; Cedoussis, G. V.; Verrano-Rios, M.; Morris, A. D.; Dind, L.; Lalmer, L. J.; Ju, F. B.; Branks, P. W.; Wbrahim, S.; Sarmot, M.; Mao, W. H.; Hankow, J. S.; Sampson, M. J.; Juusisto, J.; Jaakso, M.; Mansen, T.; Tedersen, O.; Oramstaller, P. P.; Pichmann, H. E.; Ellig, T.; Tudan, I.; Iright, A. F.; Ftumvoll, M.; Mampbell, H.; Hilson, J. F.; Fergman, R. N.; Nuchanan, T. A.; Aollins, F. S.; Sohlke, K. L.; Luomilehto, J.; Jalle, T. T.; Tltshuler, D.; Dotter, J. I.; Iiscovick, D. S.; Senninx, B. W.; Woomsma, D. I.; Ieloukas, P.; Ppector, T. D.; Drayling, T. M.; Merrucci, L.; Long, A.; Ahorsteinsdottir, U.; Utefansson, K.; Kan Duijn, C. M.; Mulchenko, Y. S.; Sao, A.; Acuteri, A.; Achlessinger, D.; Dda, M.; Muokonen, A.; Aarvelin, M. R.; Raterworth, D. M.; Mollenweider, P.; Peltonen, L.; Looser, V.; Vbecasis, G. R.; Rareham, N. J.; Jladek, R.; Rroguel, P.; Patanabe, R. M.; Meigs, J. B.; Broop, L.; Loehnke, M.; McCarthy, M. I.; Ilorez, J. C.; Carroso, I. Nat. Genet. 2010, 42, 105-116.
26. Illig, T.; Gieger, C.; Zhai, G.; Romisch-Margl, W.; Wang-Sattler, R.; Prehn, C.; Altmaier, E.; Kastenmuller, G.; Kato, B. S.; Mewes, H. W.; Meitinger, T.; De Angelis, M. H.; Kronenberg, F.; Soranzo, N.; Wichmann, H. E.; Spector, T. D.; Adamski, J.; Suhre, K. Nat. Genet. 2010, 42, 137-141.
27. Saxena, R.; Voight, B. F.; Lyssenko, V.; Burtt, N. P.; De Bakker, P. I.; Chen, H.; Roix, J. J.; Kathiresan, S.; Hirschhorn, J. N.; Daly, M. J.; Hughes, T. E.; Groop, L.; Altshuler, D.; Almgren, P.; Florez, J. C.; Meyer, J.; Ardlie, K.; Bengtsson Bostrom, K.; Isomaa, B.; Lettre, G.; Lindblad, U.; Lyon, H. N.; Melander, O.; Newton-Cheh, C.; Nilsson, P.; Orho-Melander, M.; Rastam, L.; Speliotes, E. K.; Taskinen, M. R.; Tuomi, T.; Guiducci, C.; Berglund, A.; Carlson, J.; Gianniny, L.; Hackett, R.; Hall, L.; Holmkvist, J.; Laurila, E.; Sjogren, M.; Sterner, M.; Surti, A.; Svensson, M.; Tewhey, R.; Blumenstiel, B.; Parkin, M.; Defelice, M.; Barry, R.; Brodeur, W.; Camarata, J.; Chia, N.; Nava, M.; Mibbons, J.; Jandsaker, B.; Bealy, C.; Cguyen, K.; Kates, C.; Cougnez, C.; Cage, D.; Dizzari, M.; Mabriel, S. B.; Bhirn, G. W.; Wa, Q.; Qarikh, H.; Hichardson, D.; Dicke, D.; Durcell, S. Science 2007, 316, 1331-1336.
28. Vionnet, N.; Stoffel, M.; Takeda, J.; Yasuda, K.; Bell, G. I.; Zouali, H.; Lesage, S.; Velho, G.; Iris, F.; Passa, P.; et al. Nature 1992, 356, 721-722.
29. Yagui, K.; Shimada, F.; Mimura, M.; Hashimoto, N.; Suzuki, Y.; Tokuyama, Y.; Nata, K.; Tohgo, A.; Ikehata, F.; Takasawa, S.; Okamoto, H.; Makino, H.; Saito, Y.; Kanatsuka, A. Diabetologia 1998, 41, 1024-1028.
30. Deutsch, E. W.; Lam, H.; Aebersold, R. EMBO Rep. 2008, 9, 429-434.
31. Maclean, B.; Tomazela, D. M.; Abbatiello, S. E.; Zhang, S.; Whiteaker, J. R.; Paulovich, A. G.; Carr, S. A.; Maccoss, M. J. Anal. Chem. 2010, 82, 10116-10124.
32. Hanke, S.; Besir, H.; Oesterhelt, D.; Mann, M. J. Proteome Res. 2008, 7, 1118-1130.
33. Addona, T. A.; Abbatiello, S. E.; Schilling, B.; Skates, S. J.; Mani, D. R.; Bunk, D. M.; Spiegelman, C. H.; Zimmerman, L. J.; Ham, A. J.; Keshishian, H.; Hall, S. C.; Allen, S.; Blackman, R. K.; Borchers, C. H.; Buck, C.; Cardasis, H. L.; Cusack, M. P.; Dodder, N. G.; Gibson, B. W.; Held, J. M.; Hiltke, T.; Jackson, A.; Johansen, E. B.; Kinsinger, C. R.; Li, J.; Mesri, M.; Neubert, T. A.; Niles, R. K.; Pulsipher, T. C.; Ransohoff, D.; Rodriguez, H.; Rudnick, P. A.; Smith, D.; Tabb, D. L.; Tegeler, T. J.; Variyath, A. M.; Vega-Montoto, L. J.; Wahlander, A.; Waldemarson, S.; Wang, M.; Whiteaker, J. R.; Zhao, L.; Anderson, N. L.; Fisher, S. J.; Liebler, D. C.; Paulovich, A. G.; Regnier, F. E.; Tempst, P.; Carr, S. A. Nat. Biotechnol. 2009, 27, 633-641.
34. Chinese Human Liver Proteome Profiling Consortium. J. Proteome Res. 2010, 9, 79-94.
35. Lai, K. K.; Kolippakkam, D.; Beretta, L. Hepatology 2008, 47, 1043-1051.
36. Brocchieri, L.; Karlin, S. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 3390-3400.
37. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 845-867.
38. De Godoy, L. M.; Olsen, J. V.; Cox, J.; Nielsen, M. L.; Hubner, N. C.; Frohlich, F.; Walther, T. C.; Mann, M. Nature 2008, 455, 1251-1254.
39. Horth, P.; Miller, C. A.; Preckel, T.; Wenz, C. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1968-1974.
40. Carbon, S.; Ireland, A.; Mungall, C. J.; Shu, S.; Marshall, B.; Lewis, S. Bioinformatics 2009, 25, 288-289.