Theoretical study of the anti-human immuno-deficiency virus TIBO molecule confined into carbon nanotubes

Journal of Computational and Theoretical Nanoscience

Volumn 9, Issue 8, 2012, Pages 1101-1108

  Belmiloud, Y ^a,b   Ouraghi, M ^a   Brahimi, M ^a   Benaboura, A ^a   Charqaoui, D ^c   Tangour, B ^a,d  

^a UNIVERSITY OF SCIENCES AND TECHNOLOGY HOUARI BOUMEDIENE   (Algeria)

^b UNIVERSITY OF BOUMERDES   (Algeria)

^c FACULTÉ DES SCIENCES SEMLALIA   (Morocco)

^d UNIVERSITY OF TUNIS EL MANAR   (Tunisia)

Author keywords

Anti HIV; Butterfly Conformation; Carbon Nanotube; Inhibitor Non Nucleosidic of Inverse Transcriptase; TIBO; Virus Mutation

Indexed keywords

ANTI-HIV; CONFINEMENT ENERGY; DESCRIPTORS; NANOTUBE DIAMETERS; PARENT MOLECULES; SOLVATION ENERGY; THEORETICAL STUDY; TIBO; TRANSCRIPTASE;

CARBON NANOTUBES; CONFORMATIONS; MOLECULES; VIRUSES;

DISEASES;

EID: 84863951700     PISSN: 15461955     EISSN: 15461963     Source Type: Journal    
DOI: 10.1166/jctn.2012.2150     Document Type: Article

References (48)

1. S. P. Goff, J. Acq, Immun. Def. Synd. 3, 817 (1990).
2. J. M. Whitcomb and S. H. Hughes, Ann. Rev. Cell Biol. 8, 275 (1992).
3. E. Arnold, K. Das, J. Ding, P. Yadav, Y. Hsiou, P. L. Boyer, and S. H. Hughes, Drug Des.: Discovery 29, 13 (1996).
4. B. A. Larder, Inhibitors of HIV Reverese Transcriptase as Antiviral Agents and Drug Resistance, New York (1993), pp. 205-222.
5. I. W. Althaus, J. J. Chou, A. J. Gonzales, M. R. Deibel, K. C. Chou, F. J. Kezdy, D. L. Romero, R. C. Thomas, P. A. Aristoff, W. G. Tarpley, and F. Reusser, Biochem. Pharmacol. 47, 2017 (1994).
6. R. Pauwels, K. Andries, J. Desmyter, D. Schols, M. J. Kukla, H. J. Breslin, A. Raeymaeckers, J. Van Gelder, R. Woestenborghs, J. Heykants, K. Schellekens, M. A. C. Janssen, E. De Clercq, and P. A. J. Janssen, Nature (London) 343, 470 (1990).
7. Z. Debyser, R. Pauwels, K. Andries, J. Desmyter, M. J. Kukla, P. A. J. Janssen, and E. De Clercq, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88, 1451 (1991).
8. T. Miyasaka, H. Tanaka, M. Baba, H. Hayakawa, R. T. Walker, J. Balzarini, and E. De Clercq, J. Med. Chem. 32, 2507 (1989).
9. M. Baba, H. Tanaka, E. De Clercq, R. Pauwels, J. Balzarini, D. Schols, H. Nakashima, C. F. Perno, R. T. Walker, and T. Miyasaka, Biochem. Biophys. Res. Commun. 165, 1375 (1989).
10. V. J. Merluzzi, K. D. Hargrave, M. Labadia, K. Grozinger, M. Skoog, J. C. Wu, C. K. Shih, K. Eckner, S. Hattox, J. Adams, A. S. Rosehthal, R. Faanes, R. J. Eckner, R. A. Karp, and J. L. Sullivan, Science 250, 1411 (1990).
11. M. E. Goldman, J. H. Nunberg, J. A. O'Brien, J. C. Quintero, W. A. Schleif, K. F. Freund, S. L. Gaul, W. S. Saari, J. S. Wai, J. M. Hoffman, P. S. Anderson, D. J. Hupe, E. A. Emini, and A. M. Stern, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88, 6863 (1991).
12. D. L. Romero, M. Busso, C. K. Tan, F. Reusser, J. R. Palmer, S. M. Poppe, P. A. Aristoff, K. M. Downey, A. G. So, L. Resnick, and W. G. Tarpley, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88, 8806 (1991).
13. J. Balzarini, M.-J. Pe'rez, A. San-Felix, D. Schols, C. F. Perno, A. M. Vandamme, M. J. Camarasa, and E. De Clercq, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 4392 (1992).
14. R. Pauwels, K. Andries, Z. Debyser, P. Van Daele, D. Schols, P. Stoffels, K. De Vreese, R. Woestenborghs, A. M. Vandamme, C. G. M. Janssen, J. Anne, G. Cauwenbergh, J. Desmyter, J. Heykants, M. A. C. Janseen, E. De Clercq, and P. A. J. Janssen, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90, 1711 (1993).
15. W. Mui, P. S. P. Jacober, K. D. Hargrave, and J. J. Adams, Med. Chem. 35, 201 (1992).
16. W. Schäfer, W. G. Friebe, H. Leinert, A. Mertens, T. Poll, W. von der Saal, H. Zilch, B. Nuber, and M. L. J. Zeigler, Med. Chem. 36, 726 (1993).
17. J. Ding, K. Das, H. Moereels, L. Koymans, K. Andries, P. A. J. Janssen, S. H. Hughes, and E. Arnold, Nature Struct. Biol. 2, 407 (1995).
18. P. P. Mager, E. De Clercq, H. Takashima, M. Ubasawa, K. Sekiya, M. Baba, and H. Walther, Eur. J. Med. Chem. 31, 701 (1996).
19. P. P. Mager, Drug Des.: Discovery 14, 241 (1996).
20. R. Esnouf, J. S. Ren, C. Ross, Y. Jones, D. Stammers, and D. Stuart, Nat. Struct. Biol. 2, 303 (1995).
21. D. W. Rodgers and S. C. Harrisson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 1222 (1995).
22. R. Jingshan, R. Esnouf, A. Hopkins, C. Ross, Y. Jones, D. Stammers, and D. Stuart, Structure 3, 915 (1995).
23. M. B. K. Smith, M. L. Lamb, J. Tirado-Rives, W. Jorgensen, C. J. Michejda, S. K. Ruby, and R. Smith, Jr., Protein Eng. 13, 413 (2000).
24. M. L. Barreca, A. Carotti, A. Carrieri, A. Chimirri, A. M. Monforte, M. P. Calace, and A. Rao, Bioorg. Med. Chem. 7, 2283 (1999).
25. M. A. L. Eriksson, J. Pitera, and P. A. Kollman, J. Med. Chem. 42, 868 (1999).
26. R. H. Smith, Jr., W. Jorgensen, J. Tirado-Rives, M. L. Lamb, P. A. J. Janssen, C. J. Michejda, and M. B. K. Smith, J. Med. Chem. 41, 5272 (1998).
27. R. Garg, S. P. Gupta, H. Gao, M. S. Babu, A. K. Debnath, and C. Hansch. Chem. Rev. 99, 3525 (1999).
28. B. Hemmateenejad, S. M. H. Tabaei, and F. Namvaran, J. Mol. Struct.: Theochem. 732, 39 (2005).
29. B. Hemmateenejad, S. M. H. Tabaei, and F. Namvaran, Journal of the Iranian Chemical Society 4, 481 (2007).
30. Y. Belmiloud, A. Kadari, M. Brahimi, D. Cherquaoui, D. Villemin, and A. Schmitzer, Biosciences, Biotechnology Research Asia 5, 507 (2008).
31. P. Agrawal, U. Gupta, and N. K. Jain, Biomaterials 28, 3349 (2007).
32. P. Singh, U. Gupta, A. Asthana, and N. K. Jain, Bioconjug. Chem. 19, 2239 (2008).
33. U. Gupta, H. B. Agashe, and N. K. Jain, J. Pharm. Pharm. Sci. 10, 358 (2007).
34. U. Gupta, H. B. Agashe, A. Asthana, and N. K. Jain, Nanotech. Biol. Med. 2, 66 (2006).
35. A. Agarwal, U. Gupta, A. Asthana, and N. K. Jain, Biomaterials 30, 3588 (2009).
36. D. Bhadra, S. Bhadra, S. Jain, and N. K. Jain, Int. J. Pharm. 257, 111 (2003).
37. P. V. Kumar, A. Asthana, T. Dutta, and N. K. Jain, J. Drug Target 2, 546 (2006).
38. A. S. Chauhan, S. Sridevi, K. B. Chalasani, A. K. Jain, S. K. Jain, N. K. Jain, and P. V. Kumar, J. Control. Release 90, 335 (2003).
39. R. Esfand and D. A. Tomalia, Drug Discov. Today 6, 427 (2001).
40. R. K. Tekade, P. V. Kumar, and N. K. Jain, Chem. Rev. 109, 49 (2009).
41. S. Hampel, D. Kunze, D. Haase, K. Krämer, M. Rauschenbach, M. Ritschel, A. Leonhardt, J. Thomas, S. Oswald, V. Hoffmann, and B. Büchner, Nanomedicine 3, 175 (2008).
42. Gaussian, Inc. Carnegie Office Park, Building 6, Pittsburgh, PA 15106 USA.
43. T. Yanai, D. Tew, and N. Handy, Chem. Phys. Lett. 393, 51 (2004).
44. Hyperchem 7.5 for Windows, Hyperchem, INC, 1115 NW 4th St. Gainesville, FL 32608 (USA).
45. N. J. Allinger, Am. Chem. Soc. 99, 8127 (1977).
46. J. Ding, K. Das, H. Moereels, L. Koymas, K. Andries, P. A. Janssen, S. H. Hughes, and E. Arnold, Nature Struct. Biol. 2, 407 (1995).
47. K. Das, J. Ding, Y. Hsiou, and E. Arnold, J. Mol. Biol. 264, 1085 (1996).
48. L. Wang, J. Xue, C. Yi, H. Zou, and W. Xu, J. Mol. Struc.: Theochem. 940, 76 (2010).