Antibody-free reading of the histone code using a simple chemical sensor array

Journal of the American Chemical Society

Volumn 134, Issue 28, 2012, Pages 11674-11680

  Minaker, Samuel A ^a   Daze, Kevin D ^a   Ma, Manuel C F ^a   Hof, Fraser ^a  

^a UNIVERSITY OF VICTORIA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTES; BINDING INTERACTION; CALIXARENES; CATIONIC PEPTIDES; COMPLEX NETWORKS; DIMETHYLARGININE; HISTONE CODES; HISTONE MODIFICATION; HOST MOLECULES; HUMAN DISEASE; MIX-AND-MATCH; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; SUPRAMOLECULAR SENSORS;

AMINO ACIDS; BINDING ENERGY; CHEMICAL SENSORS; DISEASE CONTROL; GENE EXPRESSION;

ANTIBODIES;

ANTIBODY; CALIXARENE; DYE; HISTONE; LYSINE;

ANTIBODY DETECTION; ARTICLE; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETIC CODE; HISTONE MODIFICATION; METHYLATION; MOLECULAR SENSOR;

HISTONES; PEPTIDES; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL;

EID: 84863933250     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja303465x     Document Type: Article

References (61)

1. Strahl, B. D.; Allis, C. D. Nature 2000, 403, 41
2. Jenuwein, T.; Allis, C. D. Science 2001, 293, 1074
3. Kouzarides, T. Cell 2007, 128, 693
4. Tan, M.; Luo, H.; Lee, S.; Jin, F.; Yang, J. S.; Montellier, E.; Buchou, T.; Cheng, Z.; Rousseaux, S.; Rajagopal, N.; Lu, Z.; Ye, Z.; Zhu, Q.; Wysocka, J.; Ye, Y.; Khochbin, S.; Ren, B.; Zhao, Y. Cell 2011, 146, 1016
5. Izzo, A.; Schneider, R. Briefings Funct. Genom. 2010, 9, 429
6. Spannhoff, A.; Sippl, W.; Jung, M. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2009, 41, 4
7. Marks, P. A.; Xu, W.-S. J. Cell Biochem. 2009, 107, 600
8. Jones, P. A.; Baylin, S. B. Cell 2007, 128, 683
9. Haberland, M.; Montgomery, R. L.; Olson, E. N. Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 32
10. Williams, B. A. R.; Lin, L. Y.; Lindsay, S. M.; Chaput, J. C. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 6330
11. Hyun, S.; Lee, K. H.; Han, A.; Yu, J. Nucleic Acid Therapeutics 2011, 21, 157
12. Strahl, B. D.; Gardner, K. E.; Allis, C. D. J. Mol. Biol. 2011, 409, 36
13. Wang, Z.; Zang, C.; Rosenfeld, J. A.; Schones, D. E.; Barski, A.; Cuddapah, S.; Cui, K.; Roh, T.-Y.; Peng, W.; Zhang, M. Q.; Zhao, K. Nat. Genet. 2008, 40, 897
14. Lieb, J. D.; Egelhofer, T. A.; Minoda, A.; Klugman, S.; Lee, K.; Kolasinska-Zwierz, P.; Alekseyenko, A. A.; Cheung, M. S.; Day, D. S.; Gadel, S.; Gorchakov, A. A.; Gu, T. T.; Kharchenko, P. V.; Kuan, S.; Latorre, I.; Linder-Basso, D.; Luu, Y.; Ngo, Q.; Perry, M.; Rechtsteiner, A.; Riddle, N. C.; Schwartz, Y. B.; Shanower, G. A.; Vielle, A.; Ahringer, V; Elgin, S. C. R.; Kuroda, M. I.; Pirrotta, V.; Ren, B.; Strome, S.; Park, P. J.; Karpen, G. H.; Hawkins, R. D Nature Struct. Mol. Biol 2011, 18, 91
15. Jeltsch, A.; Bock, I.; Dhayalan, A.; Kudithipudi, S.; Brandt, O.; Rathert, P. Epigenetics 2011, 6, 256
16. Strahl, B. D.; Fuchs, S. M.; Krajewski, K.; Baker, R. W.; Miller, V. L. Curr. Biol. 2011, 21, 53
17. Sarma, K.; Nishioka, K.; Reinberg, D. Chromatin Chromatin Remodeling Enzymes, B 2004, 376, 255
18. Akbarian, S.; Connor, C.; Cheung, I.; Simon, A.; Jakovcevski, M.; Weng, Z. P. Epigenetics 2010, 5, 392
19. Jensen, O. N. Nature Rev. Mol. Cell Biol. 2006, 7, 391
20. Garcia, B. A.; Young, N. L.; DiMaggio, P. A. Cell. Mol. Life Sci. 2010, 67, 3983
21. Anslyn, E. V. J. Org. Chem. 2007, 72, 687
22. Anzenbacher, P.; Lubal, P.; Bucek, P.; Palacios, M. A.; Kozelkova, M. E. Chem. Soc. Rev. 2010, 39, 3954
23. Kitamura, M.; Shabbir, S. H.; Anslyn, E. V. J. Org. Chem. 2009, 74, 4479
24. Edwards, N. Y.; Sager, T. W.; McDevitt, J. T.; Anslyn, E. V. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 13575
25. Curey, T. E.; Goodey, A.; Tsao, A.; Lavigne, J.; Sohn, Y.; McDevitt, J. T.; Anslyn, E. V.; Neikirk, D.; Shear, J. B. Anal. Biochem. 2001, 293, 178
26. Zhang, T. Z.; Edwards, N. Y.; Bonizzoni, M.; Anslyn, E. V. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 11976
27. Miranda, O. R.; Chen, H. T.; You, C. C.; Mortenson, D. E.; Yang, X. C.; Bunz, U. H. F.; Rotello, V. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5285
28. Dykstra, P. H.; Roy, V.; Byrd, C.; Bentley, W. E.; Ghodssi, R. Anal. Chem. 2011, 83, 5920
29. Collins, B. E.; Anslyn, E. V. Chem.-Eur. J. 2007, 13, 4700
30. Jagt, R. B. C.; Gomez-Biagi, R. F.; Nitz, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1995
31. Bajaj, A.; Miranda, O. R.; Phillips, R.; Kim, I. B.; Jerry, D. J.; Bunz, U. H. F.; Rotello, V. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1018
32. Koh, K. N.; Araki, K.; Ikeda, A.; Otsuka, H.; Shinkai, S. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 755
33. Guo, D.-S.; Uzunova, V. D.; Su, X.; Liu, Y.; Nau, W. M. Chemical Science 2011, 2, 1722
34. Beshara, C. S.; Jones, C. E.; Daze, K. D.; Lilgert, B. J.; Hof, F. ChemBioChem 2010, 11, 63
35. Daze, K. D.; Ma, M. C. F.; Pineux, F.; Hof, F. Org. Lett. 2012, 14, 1512
36. Buschmann, H.-J.; Mutihac, L.; Schollmeyer, E. J. Incl. Phen. Macrocycl. Chem. 2003, 46, 133
37. Douteau-Guével, N.; Coleman, A. W.; Morel, J.-P.; Morel-Desrosiers, N. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1999, 629
38. Coleman, A. W.; Perret, F.; Moussa, A.; Dupin, M.; Guo, Y.; Perron, H. Top. Curr. Chem. 2007, 277, 31
39. Perret, F.; Lazar, A. N.; Coleman, A. W. Chem. Commun. 2006, 2425
40. McGovern, R. i. E.; Fernandes, H.; Khan, A. R.; Power, N. P.; Crowley, P. B. Nat. Chem. 2012, 10.1038/nchem.1342
41. Arena, G.; Cali, R.; Lombardo, G. G.; Rizzarelli, E.; Sciotto, D.; Ungaro, R.; Casnati, A. Supramol. Chem. 1992, 1, 19-24
42. Arena, G.; Casnati, A.; Contino, A.; Guilino, F. G.; Sciotto, D.; Ungaro, R. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2000, 2, 419-423
43. Arena, G.; Casnati, A.; Contino, A.; Lombardo, G. G.; Sciotto, D.; Ungaro, R. Chem. Eur. J. 1999, 5, 738-744
44. Arena, G.; Casnati, A.; Contino, A.; Magri, A.; Sansone, F.; Sciotto, D.; Ungaro, R. Org. Biomol. Chem. 2006, 4, 243-249
45. Wold, S.; Esbensen, K.; Geladi, P. Chemometr. Intell. Lab 1987, 2, 37
46. Jurs, P. C.; Bakken, G. A.; McClelland, H. E. Chem. Rev. 2000, 100, 2649
47. Simon, M. D.; Chu, F. X.; Racki, L. R.; de la Cruz, C. C.; Burlingame, A. L.; Panning, B.; Narlikar, G. J.; Shokat, K. M. Cell 2007, 128, 1003
48. Allis, C. D.; Fischle, W.; Wang, Y. M. Nature 2003, 425, 475
49. Fischle, W.; Tseng, B. S.; Dormann, H. L.; Ueberheide, B. M.; Garcia, B. A.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; Funabiki, H.; Allis, C. D. Nature 2005, 438, 1116
50. Liang, G.; Lin, J. C. Y.; Wei, V.; Yoo, C.; Cheng, J. C.; Nguyen, C. T.; Weisenberger, D. J.; Egger, G.; Takai, D.; Gonzales, F. A.; Jones, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7357
51. Pirrotta, V.; Margueron, R.; Justin, N.; Ohno, K.; Sharpe, M. L.; Son, J.; Drury, W. J.; Voigt, P.; Martin, S. R.; Taylor, W. R.; De Marco, V.; Reinberg, D.; Gamblin, S. J. Nature 2009, 461, 762
52. Upadhyay, A.; Horton, J.; Zhang, X.; Cheng, X. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 750
53. Allis, C. D.; Wang, Y.; Wysocka, J.; Sayegh, J.; Lee, Y. H.; Perlin, J. R.; Leonelli, L.; Sonbuchner, L. S.; McDonald, C. H.; Cook, R. G.; Dou, Y.; Roeder, R. G.; Clarke, S.; Stallcup, M. R.; Coonrod, S. A. Science 2004, 306, 279
54. Bedford, M. T.; Richard, S. p Mol. Cell 2005, 18, 263
55. Zhang, Y.; Wang, H. B.; Huang, Z. Q.; Xia, L.; Feng, Q.; Erdjument-Bromage, H.; Strahl, B. D.; Briggs, S. D.; Allis, C. D.; Wong, J. M.; Tempst, P. Science 2001, 293, 853
56. McQuinn, K.; McIndoe, J. S.; Hof, F. Chem.-Eur. J. 2008, 14, 6483
57. Kouzarides, T.; Bannister, A. J. Nature 2005, 436, 1103
58. Migliori, V.; Müller, J.; Phalke, S.; Low, D.; Bezzi, M.; Mok, W. C.; Sahu, S. K.; Gunaratne, J.; Capasso, P.; Bassi, C.; Cecatiello, V.; De Marco, A.; Blackstock, W.; Kuznetsov, V.; Amati, B.; Mapelli, M.; Guccione, E. Nature Struct. Mol. Biol. 2012, 19, 136
59. Florea, M.; Kudithipudi, S.; Rei, A.; González-álvarez, M. J.; Jeltsch, A.; Nau, W. M. Chem.-Eur. J. 2012, 18, 3521
60. Ludwig, R. Microchim. Acta 2005, 152, 1
61. Kaustov, L.; Ouyang, H.; Amaya, M.; Lemak, A.; Nady, N.; Duan, S.; Wasney, G. A.; Li, Z.; Vedadi, M.; Schapira, M.; Min, J.; Arrowsmith, C. H. J. Biol. Chem. 2011, 286, 521