Quantifying interactions between DNA oligomers and graphite surface using single molecule force spectroscopy

Journal of Physical Chemistry C

Volumn 116, Issue 26, 2012, Pages 13896-13903

  Iliafar, Sara ^a   Wagner, Kyle ^b   Manohar, Suresh ^a   Jagota, Anand ^a   Vezenov, Dmitri ^b  

^a Lehigh University   (United States)

^b LEHIGH UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AVERAGE BINDING ENERGY; CHAIN EXTENSION; CHEMICALLY MODIFIED; DNA OLIGOMERS; FLAT SURFACES; FORCE DATA; FORCE-DISTANCE CURVES; GRAPHITE SUBSTRATE; GRAPHITE SURFACES; POLYMER CHAINS; POLYMER MOLECULE; REFINED MODEL; SECONDARY STRUCTURES; SINGLE DNA MOLECULES; SINGLE MOLECULE FORCE SPECTROSCOPY; SINGLE-STRANDED DNA;

BINDING ENERGY; DNA; GRAPHITE; MOLECULES; PROBES;

OLIGOMERS;

EID: 84863673515     PISSN: 19327447     EISSN: 19327455     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp212326x     Document Type: Article

References (52)

1. Zheng, M.; Jagota, A.; Semke, E. D.; Diner, B. A.; Mclean, R. S.; Lustig, S. R.; Richardson, R. E.; Tassi, N. G. Nat. Mater. 2003, 2, 338-342
2. Zheng, M.; Jagota, A.; Strano, M. S.; Santos, A. P.; Barone, P.; Grace Chou, S.; Diner, B. A.; Dresselhaus, M. S.; Mclean, R. S.; Onoa, G. B.; Samsonidze, G. G.; Semke, E. D.; Usrey, M.; Walls, D. J. Science 2003, 302, 1545-1548
3. Tu, X.; Manohar, S.; Jagota, A.; Zheng, M. Nature 2009, 460, 250-253
4. Feazell, R. P.; Nakayama-Ratchford, N.; Dai, H.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 8438-8439
5. Kam, N. W. S.; Dai, H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6021-6026
6. Kam, N. W. S.; Jessop, T. C.; Wender, P. A.; Dai, H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6850-6851
7. Heller, D. A.; Jeng, E. S.; Yeung, T. K.; Martinez, B. M.; Moll, A. E.; Gastala, J. B.; Strano, M. S. Science 2006, 311, 508-511
8. Meng, S.; Maragakis, P.; Papaloukas, C.; Kaxiras, E. Nano Lett. 2007, 7, 45-50
9. Prato, M.; Bianco, A. J. Adv. Mater. 2003, 15, 1765-1768
10. Kam, N. W. S.; Liu, Z.; Dai, H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12492-12493
11. Kam, N. W. S.; ÓConnell, M.; Wisdom, J. A.; Dai, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 11600-11605
12. Liu, Z.; Li, X.; Tabakman, S. M.; Jiang, K.; Fan, S.; Dai, H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 13540-13541
13. Liu, Z.; Winters, M.; Holodniy, M.; Dai, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 2023-2027
14. Prato, M.; Kostarelos, K.; Bianco, A. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 60-68
15. Noy, A. Handbook of Molecular Force Spectroscopy; Springer: New York, 2008.
16. Noy, A.; Vezenov, D. V.; Kayyem, J. F.; Meade, T. J.; Lieber, C. M. Chem. Biol. 1997, 4, 519-527
17. Krautbauer, R.; Rief, M.; Gaub, H. E. Nano Lett. 2003, 3, 493-496
18. Ozkaya, B.; Ozcan, O.; Thissen, P.; Grundmeier, G. Langmuir 2010, 26, 8155-8160
19. Sonnenberg, L.; Billon, L.; Gaub, H. E. Int. J. Biol. Macromol. 2008, 41, 3688-3691
20. Scherer, A.; Zhou, C.; Michaelis, J.; Brauchle, C.; Zumbusch, A. Int. J. Biol. Macromol. 2005, 38, 9821-9825
21. Thyparambil, A. A. W. Y.; Latour, R. A. Langmuir 2012, 28, 5687-94
22. Kendall, K. J. Phys. D: Appl. Phys. 1971, 4, 1186-1195
23. Kendall, K. J. Phys. D: Appl. Phys. 1975, 8, 1449-1452
24. Roxbury, D.; Tu, X.; Zheng, M.; Jagota, A. Langmuir 2011, 27, 8282-8293
25. Manohar, S.; Mantz, A. R.; Bancroft, K. E.; Hui, C. Y.; Jagota, A.; Vezenov, D. V. Nano Lett. 2008, 8, 4365-4372
26. Manohar, S.; Tang, T.; Jagota, A. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 17835-17845
27. Ikeda, A.; Hamano, T.; Hayashi, K.; Kikuchi, J. Org. Lett. 2006, 8, 1153-1156
28. Sowerby, S. J.; Cohn, C. A.; Heckl, W. M.; Holm, N. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 820-822
29. Sowerby, S. J.; Morth, C. M.; Holm, N. G. Int. J. Astrobiol. 2001, 1, 481-487
30. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984.
31. Varghese, N.; Mogera, U.; Govindaraj, A.; Das, A.; Maiti, P. K.; Sood, A. K.; Rao, C. N. ChemPhysChem 2009, 10, 206-10
32. Szilagyi, A.; Bonn, G. K.; Guttman, A. J. Chromatogr., A 2007, 1161, 15-21
33. Edelwirth, M.; Freund, J.; Sowerby, S. J.; Heckl, W. M. Surf. Sci. 1998, 417, 201-209
34. Tao, N. J.; Shi, Z. J. Phys. Chem. B 1994, 98, 1464-1471
35. Mamdouh, W.; Dong, M. D.; Xu, S. L.; Rauls, E.; Besenbacher, F. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13305-13311
36. Sowerby, S. J.; Stockwell, P. A.; Heckl, W. M. Origins Life Evol. Biosphere 2000, 30, 81-99
37. Bloomfield, V. A.; Crothers, D. M.; Tinoco, I. Nucleic Acids: Structures, Properties, and Functions; University Science Books: Sausalito, CA, 2000.
38. Hutter, J. L.; Bechhoefer, J. Rev. Sci. Instrum. 1993, 64, 1868
39. Kühner, F.; Erdmann, M.; Sonnenberg, L.; Serr, A.; Morfill, J.; Gaub, H. E. Langmuir 2006, 22, 11180-11186
40. Staple, D. B. G. M.; Hugel, T.; Kreplak, L.; Kreuzer, H. J. New J. Phys. 2011, 13, 013025
41. Keten, S.; Buehler, M. J. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 198301
42. Chen, H.; Meisburger, S. P.; Pabit, S. A.; Sutton, J. L.; Webb, W. W.; Pollack, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109, 799-804
43. Seol, Y.; Skinner, G. M.; Visscher, K.; Buhot, A.; Halperin, A. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 158103
44. Smith, S. B.; Cui, Y.; Bustamante, C. Science 1996, 271, 795-799
45. Rechendorff, K.; Witz, G.; Adamcik, J.; Dietler, G. J. Chem. Phys. 2009, 131, 095103
46. Huang, X.; Kovaleski, J. M.; Wirth, M. J. Anal. Chem. 1996, 68, 4119
47. Khripin, C. Y.; Zheng, M.; Jagota, A. J. Colloid Interface Sci. 2009, 330, 255-265
48. Wagner, K.; Cheng, P.; Vezenov, D. V. Langmuir 2011, 27, 4635-4644
49. Kennedy, S. J.; Cole, D. G.; Clark, R. L. Rev. Sci. Instrum. 2009, 80, 125103
50. Packer, M. J.; Hunter, C. A. J. Mol. Biol. 1998, 280, 407-420
51. Roxbury, D.; Mittal, J.; Jagota, A. Nano Lett. 2012, 12, 1464-1469
52. Roxbury, D.; Manohar, S.; Jagota, A. J. Phys. Chem. C 2010, 114, 13267-13276