BROMOC-D: Brownian Dynamics/ Monte- Carlo program study ion and DNA permeation in nanopores

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 7, 2012, Pages 2540-2551

  De Biase, Pablo M ^a   Solano, Carlos J F ^a   Markosyan, Suren ^a   Czapla, Luke ^a   Noskov, Sergei Yu ^a  

^a UNIVERSITY OF CALGARY   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84863650456     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct3004244     Document Type: Article

References (58)

1. Knotts, T. A.; Rathore, N.; Schwartz, D. C.; de Pablo, J. J. J. Chem. Phys. 2007, 126
2. Rostovtseva, T. K.; Komarov, A.; Bezrukov, S. M.; Colombini, M. Biophys. J. 2002, 82, 193
3. Finkelstein, A. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 2009, 364, 209
4. Basilio, D.; Juris, S. J.; Collier, R. J.; Finkelstein, A. J. Gen. Physiol. 2009, 133, 307
5. Braha, O.; Gu, L. Q.; Zhou, L.; Lu, X. F.; Cheley, S.; Bayley, H. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1005
6. Bayley, H.; Braha, O.; Gu, L. Q. Adv. Mater. 2000, 12, 139
7. Gu, L. Q.; Braha, O.; Conlan, S.; Cheley, S.; Bayley, H. Nature 1999, 398, 686
8. Wanunu, M.; Morrison, W.; Rabin, Y.; Grosberg, A. Y.; Meller, A. Nat. Nanotechnol. 2010, 5, 160
9. Branton, D.; Deamer, D. W.; Marziali, A.; Bayley, H.; Benner, S. A.; Butler, T.; Di Ventra, M.; Garaj, S.; Hibbs, A.; Huang, X. H.; Jovanovich, S. B.; Krstic, P. S.; Lindsay, S.; Ling, X. S. S.; Mastrangelo, C. H.; Meller, A.; Oliver, J. S.; Pershin, Y. V.; Ramsey, J. M.; Riehn, R.; Soni, G. V.; Tabard-Cossa, V.; Wanunu, M.; Wiggin, M.; Schloss, J. A. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1146
10. Kasianowicz, J. J.; Brandin, E.; Branton, D.; Deamer, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 13770
11. Deamer, D. W.; Akeson, M. Trends Biotechnol. 2000, 18, 147
12. Maglia, G.; Heron, A. J.; Stoddart, D.; Japrung, D.; Bayley, H. Methods Enzymol. 2010, 475, 591
13. Stoddart, D.; Heron, A. J.; Mikhailova, E.; Maglia, G.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 7702
14. Timp, W.; Mirsaidov, U. M.; Wang, D. Q.; Comer, J.; Aksimentiev, A.; Timp, G. IEEE Trans. Nanotechnol. 2010, 9, 281
15. Aksimentiev, A. Nanoscale 2010, 2, 468
16. Wiggin, M.; Tropini, C.; Tabard-Cossa, V.; Jetha, N. N.; Marziali, A. Biophys. J. 2008, 95, 5317
17. Tabard-Cossa, V.; Trivedi, D.; Wiggin, M.; Jetha, N. N.; Marziali, A. Nanotechnology 2007, 18
18. Wiggin, M.; Tropini, C.; Tabard-Cossa, V.; Marziali, A. Biophys. J. 2007, 520A
19. Stoddart, D.; Maglia, G.; Mikhailova, E.; Heron, A. J.; Bayley, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 556
20. Stoddart, D.; Heron, A. J.; Klingelhoefer, J.; Mikhailova, E.; Maglia, G.; Bayley, H. Nano Lett. 2010, 10, 3633
21. Lubensky, D. K.; Nelson, D. R. Biophys. J. 1999, 77, 1824
22. Rabin, Y.; Tanaka, M. Phys. Rev. Lett. 2005, 94
23. Muthukumar, M. Annu. Rev. Bioph. Biom. 2007, 36, 435
24. Li, J. L.; Talaga, D. S. J. Phys.: Condens. Matter 2010, 22
25. Noskov, S. Y.; Im, W.; Roux, B. Biophys. J. 2004, 87, 2299
26. Egwolf, B.; Luo, Y.; Walters, D. E.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2901
27. Luo, Y.; Egwolf, B.; Walters, D. E.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 952
28. Mathe, J.; Aksimentiev, A.; Nelson, D. R.; Schulten, K.; Meller, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 12377
29. Im, W.; Seefeld, S.; Roux, B. Biophys. J. 2000, 79, 788
30. Im, W.; Roux, B. J. Mol. Biol. 2002, 322, 851
31. Ermak, D. L.; Mccammon, J. A. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1352
32. Sambriski, E. J.; Schwartz, D. C.; de Pablo, J. J. Biophys. J. 2009, 96, 1675
33. Buyukdagli, S.; Sanrey, M.; Joyeux, M. Chem. Phys. Lett. 2006, 419, 434
34. Drukker, K.; Schatz, G. C. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 6108
35. Drukker, K.; Wu, G. S.; Schatz, G. C. J. Chem. Phys. 2001, 114, 579
36. Mergell, B.; Ejtehadi, M. R.; Everaers, R. Phys. Rev. E 2003, 68
37. Sales-Pardo, M.; Guimera, R.; Moreira, A. A.; Widom, J.; Amaral, L. A. N. Phys. Rev. E 2005, 71
38. Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Vangunsteren, W. F. J. Comput. Chem. 1995, 16, 527
39. Lee, K. I.; Jo, S.; Rui, H.; Egwolf, B.; Roux, B.; Pastor, R. W.; Im, W. P. J. Comput. Chem. 2011, 331-339
40. Simakov, N. A.; Kurnikova, M. G. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 15180
41. Meller, A.; Nivon, L.; Branton, D. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 3435
42. Luan, B. Q.; Aksimentiev, A. Phys. Rev. E 2008, 78
43. Roux, B. Biophys. J. 2008, 95, 4205
44. Im, W.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4850
45. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781
46. Comer, J. R.; Wells, D. B.; Aksimentiev, A. Methods Mol. Biol. 2011, 749, 317
47. Luan, B. Q.; Martyna, G.; Stolovitzky, G. Biophys. J. 2011, 101, 2214
48. Bockmann, R. A.; de Groot, B. L.; Kakorin, S.; Neumann, E.; Grubmuller, H. Biophys. J. 2008, 95, 1837
49. Flyvbjerg, H.; Petersen, H. G. J. Chem. Phys. 1989, 91, 461
50. Aksimentiev, A.; Schulten, K.; Heng, J.; Ho, C.; Timp, G. Biophys. J. 2004, 86, 480A
51. Meller, A.; Nivon, L.; Branton, D. Biophys. J. 2001, 80, 147A
52. Aksimentiev, A.; Schulten, K. Biophys. J. 2005, 88, 3745
53. Nikolaev, A.; Gracheva, M. E. Nanotechnology 2011, 22, 165202
54. Ashkenasy, N.; Sanchez-Quesada, J.; Bayley, H.; Ghadiri, M. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 1401
55. Maglia, G.; Restrepo, M. R.; Mikhailova, E.; Bayley, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 19720
56. Meller, A. J. Phys.: Condens. Matter 2003, 15, R581
57. Fologea, D.; Uplinger, J.; Thomas, B.; McNabb, D. S.; Li, J. L. Nano Lett. 2005, 5, 1734
58. Lyubartsev, A. P.; Laaksonen, A. J. Chem. Phys. 1999, 111, 11207