Combined ab initio / empirical approach for optimization of Lennard-Jones parameters

Journal of Computational Chemistry

Volumn 19, Issue 3, 1998, Pages 334-348

  Yin, Daxu ^a   Mackerell Jr , Alexander D ^a  

^a UNIVERSITY OF MARYLAND SCHOOL OF PHARMACY   (United States)

Author keywords

CHARMM; Helium; Neon; Parameters; Parametrization

Indexed keywords

EID: 0000999989     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(199802)19:3<334::AID-JCC7>3.0.CO;2-U     Document Type: Article

References (52)

1. M. P. Allen and D. J. Tildesley, Computer Simulation of Liquids, Oxford University Press, New York, 1989.
2. W. L. Jorgensen, J. Am. Chem. Soc., 106, 6638 (1984).
3. W. L. Jorgensen and C. J. Swenson, J. Am. Chem. Soc., 107, 569 (1985).
4. A. D. MacKerell Jr. and M. Karplus, J. Phys. Chem., 95, 10559 (1991).
5. A. T. Hagler, E. Huler, and S. Lifson, J. Am. Chem. Soc., 96, 5319 (1974).
6. S. Lifson and M. Levitt, Comput. Chem., 3, 49 (1979).
7. A. D. MacKerell Jr., J. K. Wiorkiewicz, and M. Karplus, J. Am. Chem. Soc., 117, 11946 (1995).
8. A. Warshel and S. Lifson, J. Chem. Phys., 53, 582 (1970).
9. W. L. Jorgensen, J. Phys. Chem., 90, 1276 (1986).
10. D. L. Veenstra, D. M. Ferguson, and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 13, 971 (1992).
11. C. A. Gough, S. E. DeBolt, and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 13, 963 (1992).
12. A. D. MacKerell Jr., D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack Jr., J. Evanseck, M. J. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. T. K. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. T. Nguyen, B. Prodhom, I. W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiorkiewicz-Kuczera, D. Yin, and M. Karplus, FASEB J., 1992, 6:A143.
13. G. Liang, P. C. Fox, and J. P. Bowen, J. Comput. Chem., 17, 940 (1996).
14. S. Tsuzuki, T. Uchimaru, K. Tanabe, and S. Kuwajima, J. Phys. Chem., 98, 1830 (1994).
15. J. A. Riddick, W. B. Bunger, and T. K. Sakano, Organic Solvents: Physical Properties and Methods of Purification, Vol. II, Wiley, New York, 1986.
16. W. L. Jorgensen, J. Am. Chem. Soc., 103, 335 (1981).
17. B. Kukawska-Tarnawska, G. Chalasinski, and M. M. Szczesniak, J. Mol. Struct., 297, 313 (1993).
18. S. M. Chalasinski, M. M. Szczesniak, and S. Scheiner, J. Chem. Phys., 97, 8181 (1992).
19. G. Chalasinski, M. M. Szczesniak, and S. Scheiner, J. Chem. Phys., 94, 2807 (1991).
20. G. Chalasinski, S. M. Cybulski, M. M. Szczesniak, and S. Scheiner, J. Chem. Phys., 91, 7809 (1989).
21. M. M. Szczesniak, G. Chalasinski, and S. M. Cybulski, J. Chem. Phys., 96, 463 (1992).
22. G. Chalasinski, Chem. Rev., 94, 1723 (1994).
23. B. Jeziorski, R Mosynski, and K. Szalewicz, Chem. Rev., 94, 1887 (1994).
24. F. B. van Duijneveldt, J. G. C. M. van Duijneveldt-van de Rijdt, and J. H. van Lenthe, Chem. Rev., 94, 1873 (1994).
25. D. Yin and A. D. MacKerell Jr., J. Phys. Chem., 100, 2588 (1996).
26. G. Kaminski, E. M. Duffy, T. Matsui, and W. L. Jorgenson, J. Phys. Chem., 98, 13077 (1994).
27. A. Bon-Naim and Y. Marcus, J. Chem. Phys., 81, 2106 (1984).
28. Y. Sun, D. Spellmeyer, D. A. Pearlman, and P. kollman, J. Am. Chem. Soc., 114, 6798 (1992).
29. J. Nagy, D. F. Weaver, and J. V. H. Smith, J. Phys. Chem., 99, 8058 (1995).
30. N. L. Allinger, Y. H. Yuh, and J. H. Lii. J. Am. Chem. Soc., 111, 8551 (1989).
31. J. H. Lii and N. L. Allinper, J. Am. Chem. Soc., 111, 8566 (1989).
32. J. H. Lii and N. L. Allinger, J. Am. Chem. Soc., 111, 8576 (1989).
33. J. C. Smith and M. Karplus, J. Am. Chem. Soc., 114, 801 (1992).
34. J. L. M. Dillen, J. Comput. Chem., 16, 595 (1995).
35. J. L. M. Dillen, J. Comput. Chem., 16, 610 (1995).
36. M. Schlenkrich, J. Brickman, A. D. MacKerell Jr., and M. Karplus, In Biological Membranes, a Molecular Perspective from Computation and Experiment, K. M. Merz Jr., and B Roux, Eds., Birkhauser, Boston, 1996.
37. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus, J. Comput. Chem., 4, 187 (1983).
38. A. D. MacKerell Jr. and M. Karplus, manuscript in preparation.
39. R. K. Feltgen, H. Kohler, K. A. Pauly, and H. Torello, J. Chem. Phys., 76, 2360 (1982).
40. R. A. Aziz, Chem. Phys. Lett., 40, 57 (1976).
41. R. A. Aziz, W. J. Meath, and A. R. Allnatt, Chem. Phys., 78, 295 (1983).
42. W. L. Jorgensen, BOSS, version 3.4, Yale University, New H Haven, CT, 1993.
43. M. J. Frisch, G. W. Trucks, M. Head-Gordon, P. M. W. Gill, M. W. Wong, J. B. Foresman, B. G. Johnson, H. B. Schlegel, M. A. Robb, E. S. Replogle, R. Gomperts, J. L. Andres, K. Raghavachari, J. S. Binkley, C. Gonzalez, R. L. Martin, D. J. Fox, D. J. Defrees, J. Baker, J. J. P. Stewart, and J. A. Pople, GAUSSIAN-92, revision A, Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA, 1992.
44. B. D. Smith and R. Srivastave, Thermodynamic Data for Pure Compounds, Part A, Elsevier, New York, 1986.
45. J. R. Hoyland, J. Chem. Phys., 50, 2775 (1969).
46. K. Wiberg and R. H. Boyd, J. Am. Chem. Soc., 94, 5236 (1972).
47. P. K. Heenan and L. S. Bartell, J. Chem. Phys., 78, 1270 (1983).
48. W. F. Bradford, S. Fitzwater, and L. S. Bartell, J. Mol. Struct., 38, 185 (1977).
49. A. D. MacKerell Jr. and M. Karplus, manuscript in preparation.
50. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, and M. L. Klein, J. Chem. Phys., 79, 926 (1983).
51. A. K. Soper and M. G. Philips, Chem. Phys., 107, 47 (1986).
52. S. E. Feller, D. Yin, R. W. Pastor, and A. D. MacKerell Jr., Biophys. J., in press.