Side chain independent recognition of aminoacyl adenylates by the Hint1 transcription suppressor

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 23, 2012, Pages 6798-6805

  Wang, Jing ^a   Fang, Pengfei ^a   Schimmel, Paul ^b   Guo, Min ^a  

^a SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^b SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONDENSATION; GENES; HYDROLYSIS; TRANSCRIPTION FACTORS;

ADENYLATE; AMINO GROUP; AMINOACYL; AMINOACYLATION; C-TERMINUS; CATION-PI; GENE TRANSCRIPTIONS; HIGH-RESOLUTION STRUCTURES; HYDROLYSIS ACTIVITY; IMMUNE ACTIVATION; MAIN CHAINS; MAST CELLS; NO-CONTACT; SIDE-CHAINS; SIGNALING MOLECULES; STRUCTURAL BASIS; SYNTHETASES;

TRANSCRIPTION;

EID: 84862303538     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp212457w     Document Type: Article

References (52)

1. Brenner, C.; Bieganowski, P.; Pace, H. C.; Huebner, K. J. Cell. Physiol. 1999, 181, 179-187
2. Su, T.; Suzui, M.; Wang, L.; Lin, C. S.; Xing, W. Q.; Weinstein, I. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7824-7829
3. Li, H.; Zhang, Y.; Su, T.; Santella, R. M.; Weinstein, I. B. Oncogene 2006, 25, 713-721
4. Li, H.; Balajee, A. S.; Su, T.; Cen, B.; Hei, T. K.; Weinstein, I. B. J. Cell Biol. 2008, 183, 253-265
5. Weiske, J.; Huber, O. J. Biol. Chem. 2006, 281, 27356-27366
6. Yuan, B. Z.; Jefferson, A. M.; Popescu, N. C.; Reynolds, S. H. Neoplasia 2004, 6, 412-419
7. Bieganowski, P.; Garrison, P. N.; Hodawadekar, S. C.; Faye, G.; Barnes, L. D.; Brenner, C. J. Biol. Chem. 2002, 277, 10852-10860
8. Chou, T. F.; Baraniak, J.; Kaczmarek, R.; Zhou, X.; Cheng, J.; Ghosh, B.; Wagner, C. R. Mol. Pharm. 2007, 4, 208-217
9. Razin, E.; Zhang, Z. C.; Nechushtan, H.; Frenkel, S.; Lee, Y. N.; Arudchandran, R.; Rivera, J. J. Biol. Chem. 1999, 274, 34272-34276
10. Lee, Y. N.; Razin, E. Mol. Cell. Biol. 2005, 25, 8904-8912
11. Lee, Y. N.; Nechushtan, H.; Figov, N.; Razin, E. Immunity 2004, 20, 145-151
12. Yannay-Cohen, N.; Carmi-Levy, I.; Kay, G.; Yang, C. M.; Han, J. M.; Kemeny, D. M.; Kim, S.; Nechushtan, H.; Razin, E. Mol. Cell 2009, 34, 603-611
13. Carmi-Levy, I.; Motzik, A.; Ofir-Birin, Y.; Yagil, Z.; Yang, C. M.; Kemeny, D. M.; Han, J. M.; Kim, S.; Kay, G.; Nechushtan, H.; Suzuki, R.; Rivera, J.; Razin, E. Mol. Cell. Biol. 2011, 31, 2111-2121
14. Carter, C. W., Jr. Annu. Rev. Biochem. 1993, 62, 715-748
15. Ibba, M.; Soll, D. Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 617-650
16. Goerlich, O.; Foeckler, R.; Holler, E. Eur. J. Biochem. 1982, 126, 135-142
17. Wahab, S. Z.; Yang, D. C. J. Biol. Chem. 1985, 260, 5286-5289
18. Brevet, A.; Chen, J.; Leveque, F.; Plateau, P.; Blanquet, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 8275-8279
19. Wright, M.; Boonyalai, N.; Tanner, J. A.; Hindley, A. D.; Miller, A. D. FEBS J. 2006, 273, 3534-3544
20. Kellermann, O.; Tonetti, H.; Brevet, A.; Mirande, M.; Pailliez, J. P.; Waller, J. P. J. Biol. Chem. 1982, 257, 11041-11048
21. Kerjan, P.; Cerini, C.; Semeriva, M.; Mirande, M. Biochim. Biophys. Acta 1994, 1199, 293-297
22. Rho, S. B.; Kim, M. J.; Lee, J. S.; Seol, W.; Motegi, H.; Kim, S.; Shiba, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 4488-4493
23. Kaminska, M.; Havrylenko, S.; Decottignies, P.; Gillet, S.; Le Marechal, P.; Negrutskii, B.; Mirande, M. J. Biol. Chem. 2009, 284, 6053-6060
24. Park, S. G.; Ewalt, K. L.; Kim, S. Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 569-574
25. Ray, P. S.; Arif, A.; Fox, P. L. Trends Biochem. Sci. 2007, 32, 158-164
26. Carmi-Levy, I.; Yannay-Cohen, N.; Kay, G.; Razin, E.; Nechushtan, H. Mol. Cell. Biol. 2008, 28, 5777-5784
27. Brenner, C. Biochemistry 2002, 41, 9003-9014
28. Chou, T. F.; Wagner, C. R. J. Biol. Chem. 2007, 282, 4719-4727
29. Blanquet, S.; Plateau, P.; Brevet, A. Mol. Cell. Biochem. 1983, 52, 3-11
30. Brevet, A.; Plateau, P.; Cirakoglu, B.; Pailliez, J. P.; Blanquet, S. J. Biol. Chem. 1982, 257, 14613-14615
31. Guo, R. T.; Chong, Y. E.; Guo, M.; Yang, X. L. J. Biol. Chem. 2009, 284, 28968-28976
32. Plateau, P.; Blanquet, S. Synthesis of NpnN′ (n = 3 or 4) in vitro and in in vivo. In Ap4A and Other Dinucleoside Polyphosphates; McLennan, A. G., Ed.; CRC Press, Inc.: Boca Raton, FL, 1992; pp 63-80.
33. Chou, T. F.; Sham, Y. Y.; Wagner, C. R. Biochemistry 2007, 46, 13074-13079
34. Chou, T. F.; Tikh, I. B.; Horta, B. A.; Ghosh, B.; De Alencastro, R. B.; Wagner, C. R. J. Biol. Chem. 2007, 282, 15137-15147
35. Bardaweel, S.; Pace, J.; Chou, T. F.; Cody, V.; Wagner, C. R. J. Mol. Biol. 2010, 404, 627-638
36. Lima, C. D.; Klein, M. G.; Hendrickson, W. A. Science 1997, 278, 286-290
37. Brenner, C.; Garrison, P.; Gilmour, J.; Peisach, D.; Ringe, D.; Petsko, G. A.; Lowenstein, J. M. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 231-238
38. Gallivan, J. P.; Dougherty, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9459-9464
39. Krakowiak, A.; Pace, H. C.; Blackburn, G. M.; Adams, M.; Mekhalfia, A.; Kaczmarek, R.; Baraniak, J.; Stec, W. J.; Brenner, C. J. Biol. Chem. 2004, 279, 18711-18716
40. Ozga, M.; Dolot, R.; Janicka, M.; Kaczmarek, R.; Krakowiak, A. J. Biol. Chem. 2010, 285, 40809-40818
41. Guo, M.; Chong, Y. E.; Shapiro, R.; Beebe, K.; Yang, X. L.; Schimmel, P. Nature 2009, 462, 808-812
42. Huebner, K.; Saldivar, J. C.; Sun, J.; Shibata, H.; Druck, T. Adv. Enzyme Regul. 2011, 51, 208-217
43. Bilokapic, S.; Maier, T.; Ahel, D.; Gruic-Sovulj, I.; Soll, D.; Weygand-Durasevic, I.; Ban, N. EMBO J. 2006, 25, 2498-2509
44. Parks, K. P.; Seidle, H.; Wright, N.; Sperry, J. B.; Bieganowski, P.; Howitz, K.; Wright, D. L.; Brenner, C. Physiol. Genomics 2004, 20, 12-14
45. Desogus, G.; Todone, F.; Brick, P.; Onesti, S. Biochemistry 2000, 39, 8418-8425
46. Guo, M.; Ignatov, M.; Musier-Forsyth, K.; Schimmel, P.; Yang, X. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 2331-2336
47. Blanquet, S.; Plateau, P.; Onesti, S. Class II Lysyl-tRNA Synthetases. In The Aminoacyl-tRNA Synthetases; Ibba, M.; Francklyn, C.; Cusack, S., Eds.; Eurekah: Georgetown, TX, 2005; pp 227-240.
48. Winn, M. D.; et al. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2011, 67, 235-242.
49. Emsley, P.; Cowtan, K. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2004, 60, 2126-2132
50. Adams, P. D.; Mustyakimov, M.; Afonine, P. V.; Langan, P. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2009, 65, 567-573
51. Fang, P.; Zhang, H. M.; Shapiro, R.; Marshall, A. G.; Schimmel, P.; Yang, X. L.; Guo, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 8239-8244
52. Martin, J.; St-Pierre, M. V.; Dufour, J. F. Biochim. Biophys. Acta 2011, 1807, 626-632