Oxygen activation in extradiol catecholate dioxygenases - A density functional study

Chemical Science

Volumn 3, Issue 5, 2012, Pages 1600-1611

  Christian, Gemma J ^a   Ye, Shengfa ^b   Neese, Frank ^b  

^a UNIVERSITY OF BONN   (Germany)

^b MAX PLANCK INSTITUTE FOR CHEMICAL ENERGY CONVERSION   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATECHOLATE; DENSITY-FUNCTIONAL STUDY; DIOXYGENASES; EMERSON; EXPERIMENTAL DATA; EXTRADIOL; METAL OXIDATION; NATIVE ENZYMES; OXIDATION STATE; OXYGEN ACTIVATIONS; REACTION MECHANISM; REACTIVE SPECIES; SPECTROSCOPIC CHARACTERIZATION; SSBAUER SPECTROSCOPIES;

ELECTRONIC STRUCTURE; MOLYBDENUM; PORPHYRINS;

ENZYMES;

EID: 84859371314     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2sc00754a     Document Type: Article

References (51)

1. F. H. Vaillancourt J. T. Bolin L. D. Eltis Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2006 41 241 267
2. E. G. Kovaleva J. D. Lipscomb Nat. Chem. Biol. 2008 4 186 193
3. E. I. Solomon T. C. Brunold M. I. Davis J. N. Kemsley S.-K. Lee N. Lehnert F. Neese A. J. Skulan Y.-S. Yang J. Zhou Chem. Rev. 2000 100 235 350
4. K. D. Koehntop J. P. Emerson L. Que, Jr. J. Biol. Inorg. Chem. 2005 10 87 93
5. Y. Z. Wang J. D. Lipscomb Protein Expression Purif. 1997 10 1 9
6. M. A. Miller J. D. Lipscomb J. Biol. Chem. 1996 271 5524 5535
7. M. W. Vetting L. P. Wackett L. Que, Jr. J. D. Lipscomb D. H. Ohlendorf J. Bacteriol. 2004 186 1945 1958
8. S. L. Groce J. D. Lipscomb Biochemistry 2005 44 7175 7188
9. E. G. Kovaleva J. D. Lipscomb Science 2007 316 453 457
10. E. G. Kovaleva J. D. Lipscomb Biochemistry 2008 47 11168 11170
11. J. P. Emerson E. G. Kovaleva E. R. Farquhar J. D. Lipscomb L. Que, Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 7347 7352
12. J. D. Lipscomb Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 644 649
13. E. G. Kovaleva M. B. Neibergall S. Chakrabarty J. D. Lipscomb Acc. Chem. Res. 2007 40 475 483
14. F. H. Vaillancourt C. J. Barbosa T. G. Spiro J. T. Bolin M. W. Blades R. F. B. Turner L. D. Eltis J. Am. Chem. Soc. 2002 124 2485 2496
15. R. J. Deeth T. D. H. Bugg J. Biol. Inorg. Chem. 2003 8 409 418
16. P. E. M. Siegbahn F. Haeffner J. Am. Chem. Soc. 2004 126 8919 8932
17. V. Georgiev T. Borowski P. E. M. Siegbahn J. Biol. Inorg. Chem. 2006 11 571 585
18. V. Georgiev T. Borowski M. R. A. Blomberg P. E. M. Siegbahn J. Biol. Inorg. Chem. 2008 13 929 940
19. T. Borowski V. Georgiev P. E. M. Siegbahn J. Mol. Model. 2010 16 1673 1677
20. A. J. Fielding E. G. Kovaleva E. R. Farquhar J. D. Lipscomb L. Que, Jr. J. Biol. Inorg. Chem. 2010 16 341 355
21. M. M. Mbughuni M. Chakrabarti J. A. Hayden K. K. Meier J. J. Dalluge M. P. Hendrich E. Münck J. D. Lipscomb Biochemistry 2011 50 10262 10274
22. J. Sanvoisin G. J. Langley T. D. H. Bugg J. Am. Chem. Soc. 1995 117 7836 7837
23. M. M. Mbughuni M. Chakrabarti J. A. Hayden E. L. Bominaar M. P. Hendrich E. Münck J. D. Lipscomb Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 16788 16793
24. W. A. Gunderson A. I. Zatsman J. P. Emerson E. R. Farquhar L. Que, Jr. J. D. Lipscomb M. P. Hendrich J. Am. Chem. Soc. 2008 130 14465 14467
25. F. Neese, ORCA-an ab initio, Density Functional and Semiempirical Program Package Version 2.8 2011, Universität Bonn, Bonn, Germany
26. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648 5652
27. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B 1988 37 785 789
28. E. van Lenthe E. J. Baerends J. G. Snijders J. Chem. Phys. 1993 99 4597 4610
29. E. van Lenthe E. J. Baerends J. G. Snijders J. Chem. Phys. 1994 101 9783 9792
30. E. van Lenthe R. van Leeuwen E. J. Baerends J. G. Snijders Int. J. Quantum Chem. 1996 57 281 293
31. R. Ahlrichs and co-workers, the Ahlrichs auxiliary basis sets were obtained from the TurboMole basis set library under ftp.chemie.uni-karlsruhe.de/ pub/jbasen
32. D. A. Pantazis X. Y. Chen C. R. Landis F. Neese J. Chem. Theory Comput. 2008 4 908 919
33. K. Eichkorn O. Treutler H. Ohm M. Haser R. Ahlrichs Chem. Phys. Lett. 1995 240 283 289
34. F. Neese F. Wennmohs A. Hansen U. Becker Chem. Phys. 2009 356 98 109
35. S. Kossmann F. Neese Chem. Phys. Lett. 2009 481 240 243
36. S. Sinnecker A. Rajendran A. Klamt M. Diedenhofen F. Neese J. Phys. Chem. A 2006 110 2235 2245
37. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463 1473
38. S. Grimme J. Comput. Chem. 2006 27 1787 1799
39. F. Neese Inorg. Chim. Acta 2002 337 181 192
40. M. Römelt S. Ye F. Neese Inorg. Chem. 2009 48 784 785
41. S. L. Groce J. D. Lipscomb J. Am. Chem. Soc. 2003 125 11780 11781
42. A. Ghosh B. J. Persson P. R. Taylor J. Biol. Inorg. Chem. 2003 8 507 511
43. S. Ye F. Neese Inorg. Chem. 2010 49 772 774
44. F. Neese Coord. Chem. Rev. 2009 253 526 563
45. S. J. Lippard M. Wirstam R. A. Friesner J. Am. Chem. Soc. 2003 125 3980 3987
46. W. G. Han T. Q. Liu T. Lovell L. Noodleman J. Comput. Chem. 2006 27 1292 1306
47. W. A. van der Donk C. Krebs J. M. Bollinger, Jr. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010 20 673 683
48. J. M. Bollinger, Jr. J. C. Price L. M. Hoffart E. W. Barr C. Krebs Eur. J. Inorg. Chem. 2005 4245 4254
49. H. Hirao K. Morokuma J. Am. Chem. Soc. 2010 132 17901 17909
50. C. D. Brown M. L. Neidig M. B. Neibergall J. D. Lipscomb E. I. Solomon J. Am. Chem. Soc. 2007 129 7427 7438
51. A. Mukherjee M. A. Cranswick M. Chakrabarti T. K. Paine K. Fujisawa E. Münck L. Que, Jr. Inorg. Chem. 2010 49 3618 3628