A new fingerprint of chemical compounds and its application to drugs virtual screening

Acta Chimica Sinica

Volumn 69, Issue 16, 2011, Pages 1845-1850

  Sheng, Zhen ^a   Huang, Qi ^a   Kang, Hong ^a   Liu, Qi ^a   Cao, Zhiwei ^a   Zhu, Ruixin ^a  

^a TONGJI UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Drug screening; Function fingerprint; Gene ontology; Molecular descriptors; Structure fingerprint

Indexed keywords

EID: 84859180490     PISSN: 05677351     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (29)

1. CAS Registry Number and Substance Counts. http://www. cas.org/cgi-bin/cas/regreport.pl.
2. Willett, P. QSAR Comb. Sci. 2006, 25 (12), 1143.
3. Chen, B. N.; Mueller, C.; Willett, P. Mol. Inform. 2010, 29, 533.
4. Bender, A.; Jenkins, J. L.; Scheiber, J.; Sukuru, S. C. K.; Glick, M.; Davies, J. W. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49 (1), 108.
5. Whittle, M.; Gillet, V. J.; Willett, P.; Loesel, J. J. Chem. Inf. Model. 2006, 46 (6), 2206.
6. Baber, J. C.; William, A. S.; Gao, Y. H.; Feher, M. J. Chem. Inf. Model. 2006, 46 (1), 277.
7. Nisius, B.; Bajorath, J. ChemMedChem 2009, 4 (11), 1859.
8. Sheng, Z.; Kang, H.; Dai, T. L.; Liu, Q.; Zhu, R. X Acta Chim. Sinica 2010, 68 (23), 2395 (in Chinese).
9. Zhao, S.; Li, S. PLoS One 2010, 5 (7), e11764.
10. Li, Y.; Hao, P.; Zheng, S.; Tu, K.; Fan, H.; Zhu, R.; Ding, G.; Dong, C.; Wang, C.; Li, X.; Thiesen, H. J.; Chen, Y. E.; Jiang, H.; Liu, L.; Li, Y. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (20), e137.
11. Lamb, J.; Crawford, E. D.; Peck, D.; Modell, J. W.; Blat, I. C.; Wrobel, M. J.; Lerner, J.; Brunet, J.; Subramanian, A.; Ross, K. N.; Reich, M.; Hieronymus, H.; Wei, G.; Armstrong, S. A.; Haggarty, S. J.; Clemons, P. A.; Wei, R.; Carr, S. A.; Lander, E. S.; Golub, T. R. Science 2006, 313 (5795), 1929.
12. Wu, Z.; Irizarry, R. A.; Gentleman, R.; Martinez-Murillo, F.; Spencer, F. J. Am. Stat. Assoc. 2004, 99 (468), 909.
13. Lewell, X. Q.; Smith, R. J. Mol. Graphics Modell. 1997, 15 (1), 43.
14. Steinbeck, C.; Han, Y.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43 (2), 493.
15. Molecular Operation Environment, version 2008.10, Chemical Computing Group Inc., Montreal, Quebec, Canada, 2008.
16. Huang, D. W.; Sherman, B. T.; Lempicki, R. A. Nat. Protoc. 2009, 4 (1), 44.
17. Dai, J. J.; Lieu, L.; Rocke, D. Stat. Appl. Genet. Mol. Biol. 2006, 5, e6.
18. Li, L.; Li, H. Bioinformatics 2004, 20 (18), 3406.
19. Harris, M. A.; Clark, J.; Ireland, A.; Lomax, J.; Ashburner, M.; Foulger, R.; Eilbeck, K.; Lewis, S.; Marshall, B.; Mungall, C.; Richter, J.; Rubin, G. M.; Blake, J. A.; Bult, C.; Dolan, M.; Drabkin, H.; Eppig, J. T.; Hill, D. P.; Ni, L.; Ringwald, M.; Balakrishnan, R.; Cherry, J. M.; Christie, K. R.; Costanzo, M. C.; Dwight, S. S.; Engel, S.; Fisk, D. G.; Hirschman, J. E.; Hong, E. L.; Nash, R. S.; Sethuraman, A.; Theesfeld, C. L.; Botstein, D.; Dolinski, K.; Feierbach, B.; Berardini, T.; Mundodi, S.; Rhee, S. Y.; Apweiler, R.; Barrell, D.; Camon, E.; Dimmer, E.; Lee, V.; Chisholm, R.; Gaudet, P.; Kibbe, W.; Kishore, R.; Schwarz, E. M.; Sternberg, P.; Gwinn, M.; Hannick, L.; Wortman, J.; Berriman, M.; Wood, V.; de la Cruz, N.; Tonellato, P.; Jaiswal, P.; Seigfried, T.; White, R. Nucleic Acids Res. 2004, 32(Database issue), D258.
20. Vanhaecke, T.; Papeleu, P.; Elaut, G.; Rogiers, V. Curr. Med. Chem. 2004, 11 (12), 1629.
21. Ree, A. H.; Dueland, S.; Folkvord, S.; Hole, K. H.; Seierstad, T.; Johansen, M.; Abrahamsen, T. W.; Flatmark, K. Lancet Oncol. 2010, 11 (5), 459.
22. Keen, J. C.; Yan, L.; Mack, K. M.; Pettit, C.; Smith, D.; Sharma, D.; Davidson, N. E. Breast Cancer Res. Treat. 2003, 81 (3), 177.
23. Goda, N.; Dozier, S. J.; Johnson, R. S. Antioxid. Redox Signaling 2003, 5 (4), 467.
24. Kino, T.; Hatanaka, H.; Hashimoto, M.; Nishiyama, M.; Goto, T.; Okuhara, M.; Kohsaka, M.; Aoki, H.; Imanaka, H. J. Antibiot. 1987, 40 (9), 1249.
25. Sehgal, S. N.; Baker, H.; Vezina, C. J. Antibiot. 1975, 28 (10), 727.
26. Wang, S.; Xu, Y.; Maine, E. A.; Wijeratne, E. M.; Espinosa-Artiles, P.; Gunatilaka, A. A.; Molnar, I. Chem. Biol. 2008, 15 (12), 1328.
27. Li, Y. H.; Tao, P. Z.; Liu, Y. Z.; Jiang, J. D. Antimicrob. Agents Chemother. 2004, 48 (3), 867.
28. Yao, J. Q.; Liu, Q. H.; Chen, X.; Yang, Q.; Xu, Z. Y.; Hu, F.; Wang, L.; Li, J. M. J. Biomed. Sci. 2010, 17, 30.
29. Ramanathan, R. K.; Egorin, M. J.; Erlichman, C.; Remick, S. C.; Ramalingam, S. S.; Naret, C.; Holleran, J. L.; Teneyck, C. J.; Ivy, S. P.; Belani, C. P.J. Clin. Oncol. 2010, 28 (9), 1520.