Nanopore detection of single molecule RNAP-DNA transcription complex

Nano Letters

Volumn 12, Issue 3, 2012, Pages 1157-1164

  Raillon, C ^a   Cousin, P ^b   Traversi, F ^a   Garcia Cordero, E ^a   Hernandez, N ^b   Radenovic, A ^a  

^a Bioengineering Institute   (Switzerland)

^b UNIVERSITY OF LAUSANNE   (Switzerland)

Author keywords

AFM; DNA; E. coli RNA polymerase; protein shape and dipole; single molecule; Solid state nanopore

Indexed keywords

AFM; PROTEIN SHAPE AND DIPOLE; RNA POLYMERASE; SINGLE-MOLECULE; SOLID-STATE NANOPORE;

ESCHERICHIA COLI; MOLECULES; NANOPORES; RNA; TRANSCRIPTION;

DNA;

BACTERIAL DNA; DNA DIRECTED RNA POLYMERASE; NANOMATERIAL;

ARTICLE; BINDING SITE; CHEMISTRY; POROSITY; PROTEIN BINDING; TRANSCRIPTION INITIATION; ULTRASTRUCTURE;

BINDING SITES; DNA, BACTERIAL; DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES; NANOSTRUCTURES; POROSITY; PROTEIN BINDING; TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION;

EID: 84858263741     PISSN: 15306984     EISSN: 15306992     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/nl3002827     Document Type: Article

References (45)

1. Li, J.; Stein, D.; McMullan, C.; Branton, D.; Aziz, M. J.; Golovchenko, J. A. Nature 2001, 412 (6843) 166-169
2. Fologea, D.; Gershow, M.; Ledden, B.; McNabb, D. S.; Golovchenko, J. A.; Li, J. L. Nano Lett. 2005, 5 (10) 1905-1909
3. Li, J. L.; Gershow, M.; Stein, D.; Brandin, E.; Golovchenko, J. A. Nat. Mater. 2003, 2 (9) 611-615
4. Skinner, G. M.; van den Hout, M.; Broekmans, O.; Dekker, C.; Dekker, N. H. Nano Lett. 2009, 9 (8) 2953-2960
5. Smeets, R. M. M.; Keyser, U. F.; Krapf, D.; Wu, M. Y.; Dekker, N. H.; Dekker, C. Nano Lett. 2006, 6 (1) 89-95
6. Storm, A. J.; Chen, J. H.; Zandbergen, H. W.; Dekker, C. Phys. Rev. E 2005, 71, 051903
7. van den Hout, M.; Krudde, V.; Janssen, X. J. A.; Dekker, N. H. Biophys. J. 2010, 99 (11) 3840-3848
8. Wanunu, M.; Dadosh, T.; Ray, V.; Jin, J. M.; McReynolds, L.; Drndic, M. Nat. Nanotechnol. 2010, 5 (11) 807-814
9. Heins, E. A.; Siwy, Z. S.; Baker, L. A.; Martin, C. R. Nano Lett. 2005, 5 (9) 1824-1829
10. Kowalczyk, S. W.; Hall, A. R.; Dekker, C. Nano Lett. 2010, 10 (1) 324-8
11. Stefureac, R. I.; Trivedi, D.; Marziali, A.; Lee, J. S. J. Phys.: Condens. Matter 2010, 22 (45) 454133
12. Pastoriza-Gallego, M.; Rabah, L.; Gibrat, G.; Thiebot, B.; Goot, F. G.; Auvray, L.; Betton, J. M.; Pelta, J. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (9) 2923-2931
13. Smeets, R. M. M.; Kowalczyk, S. W.; Hall, A. R.; Dekker, N. H.; Dekker, C. Nano Lett. 2009, 9 (9) 3089-3095
14. Sischka, A.; Spiering, A.; Khaksar, M.; Laxa, M.; Konig, J.; Dietz, K. J.; Anselmetti, D. J. Phys.: Condens. Matter 2010, 22 (45) 454121
15. Dorvel, B.; Sigalov, G.; Zhao, Q.; Comer, J.; Dimitrov, V.; Mirsaidov, U.; Aksimentiev, A.; Timp, G. Nucleic Acids Res. 2009, 37 (12) 4170-4179
16. Wanunu, M.; Sutin, J.; Meller, A. Nano Lett. 2009, 9 (10) 3498-3502
17. Singer, A.; Wanunu, M.; Morrison, W.; Kuhn, H.; Frank-Kamenetskii, M.; Meller, A. Nano Lett. 2010, 10 (2) 738-742
18. Wanunu, M.; Cohen-Karni, D.; Johnson, R. R.; Fields, L.; Benner, J.; Peterman, N.; Zheng, Y.; Klein, M. L.; Drndic, M. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (3) 486-492
19. Hall, A. R.; van Dorp, S.; Lemay, S. G.; Dekker, C. Nano Lett. 2009, 9 (12) 4441-4445
20. Kowalczyk, S. W.; Kapinos, L.; Blosser, T. R.; Magalhaes, T.; van Nies, P.; Lim, R. Y.; Dekker, C. Nat. Nanotechnol. 2011, 6 (7) 433-8
21. Benner, S.; Chen, R. J. A.; Wilson, N. A.; Abu-Shumays, R.; Hurt, N.; Lieberman, K. R.; Deamer, D. W.; Dunbar, W. B.; Akeson, M. Nat. Nanotechnol. 2007, 2 (11) 718-724
22. Alberts, B. Cell 1998, 92 (3) 291-294
23. Bustamante, C.; Cheng, W.; Meija, Y. X. Cell 2011, 144 (4) 480-497
24. Neuman, K. C.; Abbondanzieri, E. A.; Landick, R.; Gelles, J.; Block, S. M. Cell 2003, 115 (4) 437-447
25. Shaevitz, J. W.; Abbondanzieri, E. A.; Landick, R.; Block, S. M. Nature 2003, 426 (6967) 684-7
26. Galburt, E. A.; Grill, S. W.; Wiedmann, A.; Lubkowska, L.; Choy, J.; Nogales, E.; Kashlev, M.; Bustamante, C. Nature 2007, 446 (7137) 820-3
27. Margeat, E.; Kapanidis, A. N.; Tinnefeld, P.; Wang, Y.; Mukhopadhyay, J.; Ebright, R. H.; Weiss, S. Biophys. J. 2006, 90 (4) 1419-1431
28. Lawson, C. L.; Hudson, B. P.; Quispe, J.; Lara-Gonzalez, S.; Kim, Y.; Berman, H. M.; Arnold, E.; Ebright, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106 (47) 19830-19835
29. Felder, C. E.; Prilusky, J.; Silman, I.; Sussman, J. L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, W512-521
30. Manning, G. S. J. Chem. Phys. 1969, 51 (3) 924-1024
31. Kowalczyk, S. W.; Grosberg, A. Y.; Rabin, Y.; Dekker, C. Nanotechnology 2011, 22 (31) 315101
32. Smeets, R. M. M.; Keyser, U. F.; Wu, M. Y.; Dekker, N. H.; Dekker, C. Phys. Rev. Lett. 2006, 97 (8) 088101
33. Wanunu, M.; Sutin, J.; McNally, B.; Chow, A.; Meller, A. Biophys. J. 2008, 95 (10) 4716-4725
34. van Dorp, S.; Keyser, U. F.; Dekker, N. H.; Dekker, C.; Lemay, S. G. Nat. Phys. 2009, 5 (5) 347-351
35. Talaga, D. S.; Li, J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131 (26) 9287-97
36. Kim, M. J.; Wanunu, M.; Bell, D. C.; Meller, A. Adv. Mater. 2006, 18 (23) 3149-3153
37. Voss, N. R.; Gerstein, M. J. Mol. Biol. 2005, 346 (2) 477-492
38. Yusko, E. C.; Johnson, J. M.; Majd, S.; Prangkio, P.; Rollings, R. C.; Li, J. L.; Yang, J.; Mayer, M. Nat. Nanotechnol. 2011, 6 (4) 253-260
39. Grover, N. B.; Naaman, J.; Bensasso., S; Doljansk., F.; Nadav, E. Biophys. J. 1969, 9 (11) 1415-1425
40. Zillig, W.; Palm, P.; Heil, A. Function and reassembly of subunits of DNA-dependent RNA polymerase. In RNA Polymerase; Losick, R.; Chamberlin, M., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: Cold Spring Harbor, NY, 1976; Vol. 6, pp 101-125.
41. Kotsev, S.; Kolomeisky, A. B. J. Chem. Phys. 2007, 127 (18) 185103
42. Keyser, U. F.; Koeleman, B. N.; Van Dorp, S.; Krapf, D.; Smeets, R. M. M.; Lemay, S. G.; Dekker, N. H.; Dekker, C. Nat. Phys. 2006, 2 (7) 473-477
43. Trepagnier, E. H.; Radenovic, A.; Sivak, D.; Geissler, P.; Liphardt, J. Nano Lett. 2007, 7 (9) 2824-2830
44. Spiering, A.; Getfert, S.; Sischka, A.; Reimann, P.; Anselmetti, D. Nano Lett. 2011, 11 (7) 2978-2982
45. Basseville, M.; Nikiforov, I. G. Detection of Abrupt Changes: Theory and Application; Prentice-Hall: Englewood Cliffs, NJ, 1993.