Sequence context effect on strand slippage in natural DNA primer-templates

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 6, 2012, Pages 1999-2007

  Chi, Lai Man ^a   Lam, Sik Lok ^a  

^a CHINESE UNIVERSITY OF HONG KONG   (Hong Kong)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

POSITIVE IONS;

ACTIVE SITE; BASE PAIRS; CONTEXT EFFECTS; DELETION MUTATIONS; DNA REPLICATIONS; HOTSPOTS; STRAND SLIPPAGE; TEMPLATING;

DNA;

EID: 84857275048     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp211666k     Document Type: Article

References (57)

1. Kunkel, T. A.; Bebenek, K. Annu. Rev. Biochem. 2000, 69, 497-529
2. Tippin, B.; Pham, P.; Goodman, M. F. Trends Microbiol. 2004, 12, 288-295
3. Ohmori, H.; Friedberg, E. C.; Fuchs, R. P.; Goodman, M. F.; Hanaoka, F.; Hinkle, D.; Kunkel, T. A.; Lawrence, C. W.; Livneh, Z.; Nohmi, T.; Prakash, L.; Prakash, S.; Todo, T.; Walker, G. C.; Wang, Z.; Woodgate, R. Mol. Cell 2001, 8, 7-8
4. Goodman, M. F. Annu. Rev. Biochem. 2002, 71, 17-50
5. Prakash, S.; Johnson, R. E.; Prakash, L. Annu. Rev. Biochem. 2005, 74, 317-353
6. Goodman, M. F.; Tippin, B. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2000, 1, 101-109
7. Yang, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 23-30
8. Perlow-Poehnelt, R. A.; Likhterov, I.; Scicchitano, D. A.; Geacintov, N. E.; Broyde, S. J. Biol. Chem. 2004, 279, 36951-36961
9. Eoff, R. L.; Irimia, A.; Egli, M.; Guengerich, F. P. J. Biol. Chem. 2007, 282, 1456-1467
10. Nair, D. T.; Johnson, R. E.; Prakash, L.; Prakash, S.; Aggarwal, A. K. Structure 2005, 13, 1569-1577
11. Yang, W. FEBS Lett. 2005, 579, 868-872
12. Chi, L. M.; Lam, S. L. FEBS Lett. 2006, 580, 6496-6500
13. Chi, L. M.; Lam, S. L. Biochemistry 2007, 46, 9292-9300
14. Chi, L. M.; Lam, S. L. Biochemistry 2008, 47, 4469-4476
15. Chi, L. M.; Lam, S. L. Biochemistry 2009, 48, 11478-11486
16. Kunkel, T. A.; Pavlov, Y. I.; Bebenek, K. DNA Repair 2003, 2, 135-149
17. Ling, H.; Boudsocq, F.; Woodgate, R.; Yang, W. Cell 2001, 107, 91-102
18. Garcia-Diaz, M.; Bebenek, K.; Krahn, J. M.; Pedersen, L. C.; Kunkel, T. A. Cell 2006, 124, 331-342
19. Wilson, R. C.; Pata, J. D. Mol. Cell 2008, 29, 767-779
20. Bebenek, K.; Kunkel, T. A. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 2000, 65, 81-91
21. Garcia-Diaz, M.; Kunkel, T. A. Trends Biochem. Sci. 2006, 31, 206-214
22. Wolfle, W. T.; Washington, M. T.; Prakash, L.; Prakash, S. Genes Dev. 2003, 17, 2191-2199
23. Cannistraro, V. J.; Taylor, J. S. J. Biol. Chem. 2007, 282, 11188-11196
24. Kunkel, T. A. Biochemistry 1990, 29, 8003-8011
25. Kunkel, T. A.; Soni, A. J. Biol. Chem. 1988, 263, 14784-14789
26. Fowler, R. G.; Degnen, G. E.; Cox, E. C. Mol. Gen. Genet. 1974, 133, 179-191
27. Streisinger, G.; Okada, Y.; Emrich, J.; Newton, J.; Tsugita, A.; Terzaghi, E.; Inouye, M. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1966, 31, 77-84
28. Fujii, S.; Akiyama, M.; Aoki, K.; Sugaya, Y.; Higuchi, K.; Hiraoka, M.; Miki, Y.; Saitoh, N.; Yoshiyama, K.; Ihara, K.; Seki, M.; Ohtsubo, E.; Maki, H. J. Mol. Biol. 1999, 289, 835-850
29. Kunkel, T. A. J. Biol. Chem. 1986, 261, 13581-13587
30. Kokoska, R. J.; Bebenek, K.; Boudsocq, F.; Woodgate, R.; Kunkel, T. A. J. Biol. Chem. 2002, 277, 19633-19638
31. Efrati, E.; Tocco, G.; Eritja, R.; Wilson, S. H.; Goodman, M. F. J. Biol. Chem. 1997, 272, 2559-2569
32. Harfe, B. D.; Jinks-Robertson, S. Genetics 2000, 156, 571-578
33. Hirao, I.; Kawai, G.; Yoshizawa, S.; Nishimura, Y.; Ishido, Y.; Watanabe, K.; Miura, K. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 576-582
34. Piotto, M.; Saudek, V.; Sklenar, V. J. Biomol. NMR 1992, 2, 661-665
35. Sklenar, V.; Piotto, M.; Leppik, R.; Saudek, V. J. Magn. Reson., Ser. A 1993, 102, 241-245
36. Wijmenga, S. S.; van Buuren, B. N. M. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 1998, 32, 287-387
37. Ornstein, R. L.; Rein, R.; Breen, D. L.; MacElroy, R. D. Biopolymers 1978, 17, 2341-2360
38. Altona, C.; Faber, D. H.; Westra Hoekzema, A. J. A. Magn. Reson. Chem. 2000, 38, 95-107
39. Wijmenga, S. S.; Kruithof, M.; Hilbers, C. W. J. Biomol. NMR 1997, 10, 337-350
40. Allawi, H. T.; SantaLucia, J., Jr. Biochemistry 1998, 37, 2170-2179
41. Patel, D. J.; Kozlowski, S. A.; Ikuta, S.; Itakura, K. Biochemistry 1984, 23, 3207-3217
42. Webster, G. D.; Sanderson, M. R.; Skelly, J. V.; Neidle, S.; Swann, P. F.; Li, B. F.; Tickle, I. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 6693-6697
43. Peyret, N.; Seneviratne, P. A.; Allawi, H. T.; SantaLucia, J., Jr. Biochemistry 1999, 38, 3468-3477
44. Rinkel, L. J.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Altona, C. Eur. J. Biochem. 1987, 166, 87-101
45. LeBlanc, D. A.; Morden, K. M. Biochemistry 1991, 30, 4042-4047
46. Woodson, S. A.; Crothers, D. M. Biochemistry 1988, 27, 3130-3141
47. Bommarito, S.; Peyret, N.; SantaLucia, J., Jr. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1929-1934
48. Tang, M.; Pham, P.; Shen, X.; Taylor, J. S.; O'Donnell, M.; Woodgate, R.; Goodman, M. F. Nature 2000, 404, 1014-1018
49. Johnson, R. E.; Prakash, S.; Prakash, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 3838-3843
50. Johnson, R. E.; Washington, M. T.; Haracska, L.; Prakash, S.; Prakash, L. Nature 2000, 406, 1015-1019
51. Ohashi, E.; Bebenek, K.; Matsuda, T.; Feaver, W. J.; Gerlach, V. L.; Friedberg, E. C.; Ohmori, H.; Kunkel, T. A. J. Biol. Chem. 2000, 275, 39678-39684
52. McCulloch, S. D.; Kunkel, T. A. Cell Res. 2008, 18, 148-161
53. Kool, E. T. Annu. Rev. Biochem. 2002, 71, 191-219
54. Echols, H.; Goodman, M. F. Annu. Rev. Biochem. 1991, 60, 477-511
55. Goodman, M. F.; Creighton, S.; Bloom, L. B.; Petruska, J. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1993, 28, 83-126
56. Goodman, M. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10493-10495
57. Kondrashov, A. S.; Rogozin, I. B. Hum. Mutat. 2004, 23, 177-185