Dissociation of hydrophobic and charged nano particles in aqueous guanidinium chloride and urea solutions: A molecular dynamics study

Nanoscale

Volumn 4, Issue 4, 2012, Pages 1154-1159

  Li, Weifeng ^a,b   Mu, Yuguang ^b  

^a NANYANG TECHNOLOGICAL UNIVERSITY   (Singapore)

^b NANYANG TECHNOLOGICAL UNIVERSITY   (Singapore)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COULOMBIC REPULSION; GUANIDINIUM; GUANIDINIUM CHLORIDES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NET CHARGES; POSITIVELY CHARGED; PROTEIN BACKBONE; PROTEIN DENATURATION; UNDERLYING MECHANISM; UREA SOLUTIONS;

AGGLOMERATION; AMINO ACIDS; CHLORINE COMPOUNDS; DENATURATION; HYDROGEN BONDS; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; NANOPARTICLES; PROTEINS; UREA;

METABOLISM;

AMINO ACID; GUANIDINE; NANOPARTICLE; PROTEIN; UREA; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL PHENOMENA; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; MOLECULAR DYNAMICS;

AMINO ACIDS; GUANIDINE; HYDROGEN BONDING; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC INTERACTIONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NANOPARTICLES; PROTEINS; UREA; WATER;

EID: 84857230243     PISSN: 20403364     EISSN: 20403372     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1nr11108f     Document Type: Article

References (50)

1. J. C. Lee S. N. Timasheff Biochemistry 1974 13 257 265
2. V. Prakash C. Loucheux S. Scheufele M. J. Gorbunoff S. N. Timasheff Arch. Biochem. Biophys. 1981 210 455 464
3. J. Tirado-Rives M. Orozco W. L. Jorgensen Biochemistry 1997 36 7313 7329
4. A. Caflisch M. Karplus Structure 1999 7 477 488
5. B. J. Bennion V. Daggett Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5142 5147
6. A. Wallqvist D. G. Covell D. Thirumalai J. Am. Chem. Soc. 1998 120 427 428
7. L. Hua R. Zhou D. Thirumalai B. J. Berne Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 16928 16933
8. A. Das C. Mukhopadhyay J. Phys. Chem. B 2009 113 12816 12824
9. H. Wei L. Yang Y. Q. Gao J. Phys. Chem. B 2010 114 11820 11826
10. D. R. Robinson W. P. Jencks J. Am. Chem. Soc. 1965 87 2462 2470
11. D. B. Watlaufer S. K. Malik L. Stoller R. L. Coffin J. Am. Chem. Soc. 1964 86 508 514
12. H. S. Frank F. Franks J. Chem. Phys. 1968 48 4746 4757
13. E. G. Finer F. Franks M. J. Tait J. Am. Chem. Soc. 1972 94 4424 4429
14. G. G. Hammes P. R. Schimmel J. Am. Chem. Soc. 1967 89 442 446
15. G. Barone E. Rizzo V. Vitagliano J. Phys. Chem. 1970 74 2230 2232
16. A. W. Omta M. F. Kropman S. Woutersen H. J. Bakker Science 2003 301 347 349
17. J. D. Batchelor A. Olteanu A. Tripathy G. J. Pielak J. Am. Chem. Soc. 2004 126 1958 1961
18. A. W. Omta M. F. Kropman S. Woutersen H. J. Bakker J. Chem. Phys. 2003 119 12457 12461
19. L. M. Pegram T. Wendorff R. Erdmann I. Shkel D. Bellissimo D. J. Felitsky M. T. Record Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 7716 7721
20. C. L. D. Gibb B. C. Gibb J. Am. Chem. Soc. 2011 133 7344 7347
21. K. J. Tielrooij N. Garcia-Araez M. Bonn H. J. Bakker Science 2010 328 1006 1009
22. D. E. Moilanen D. Wong D. E. Rosenfeld E. E. Fenn M. D. Fayer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 375 380
23. D. A. Turton J. Hunger G. Hefter R. Buchner K. Wynne J. Chem. Phys. 2008 128 161102 4
24. P. J. Rossky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 16825 16826
25. C. N. Pace, Determination and analysis of urea and guanidine hydrochloride denaturation curves, in Methods in Enzymology, ed., C. H. W. Hirs, S. N. Timasheff, Academic Press, 1986, Volume 131, pp. 266-280 (Pubitemid 16002205)
26. C. Camilloni A. Guerini Rocco I. Eberini E. Gianazza R. A. Broglia G. Tiana Biophys. J. 2008 94 4654 4661
27. J. Heyda M. Kozisek L. Bednarova G. Thompson J. Konvalinka J. Vondrasek P. Jungwirth J. Phys. Chem. B 2011 115 8910 8924
28. T. Lopez-Leon J. M. Lopez-Lopez G. Odriozola D. Bastos-Gonzalez J. L. Ortega-Vinuesa Soft Matter 2010 6 1114 1116
29. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. P. Roberts, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossvai, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, J. Liu, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, Q. Cai, X. Ye, J. Wang, M.- J. Hsieh, G. Cui, D. R. Roe, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin, T. Luchko, S. Gusarov, A. Kovalenko, and P. A. Kollman, AMBER 11, University of California, San Francisco, 2010
30. F. Y. Dupradeau A. Pigache T. Zaffran C. Savineau R. Lelong N. Grivel D. Lelong W. Rosanski P. Cieplak Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 7821 7839
31. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Rob, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople, Gaussian 03, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2003
32. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
33. S. David Van Der L. Erik H. Berk G. Gerrit E. M. Alan J. C. B. Herman J. Comput. Chem. 2005 26 1701 1718
34. J. P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
35. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8593
36. T. Darden L. Perera L. Li L. Pedersen Structure 1999 7 R55 R60
37. M. Trautz Z. Anorg. Allg. Chem. 1916 96 1 28
38. K. W. Plaxco M. Gross Nat. Struct. Biol. 2001 8 659 660
39. D. Shortle M. S. Ackerman Science 2001 293 487 489
40. J. Klein-Seetharaman M. Oikawa S. B. Grimshaw J. Wirmer E. Duchardt T. Ueda T. Imoto L. J. Smith C. M. Dobson H. Schwalbe Science 2002 295 1719 1722
41. D. Neri M. Billeter G. Wider K. Wuthrich Science 1992 257 1559 1563
42. A. Hedoux S. Krenzlin L. Paccou Y. Guinet M.-P. Flament J. Siepmann Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 13189 13196
43. P. E. Mason G. W. Neilson J. E. Enderby M.-L. Saboungi C. E. Dempsey A. D. MacKerell J. W. Brady J. Am. Chem. Soc. 2004 126 11462 11470
44. L. J. Smith H. J. C. Berendsen W. F. van Gunsteren J. Phys. Chem. B 2004 108 1065 1071
45. M. C. Stumpe H. Grubmller J. Phys. Chem. B 2007 111 6220 6228
46. P. E. Mason G. W. Neilson C. E. Dempsey A. C. Barnes J. M. Cruickshank Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 4557 4561
47. R. Zangi R. Zhou B. J. Berne J. Am. Chem. Soc. 2009 131 1535 1541
48. R. Godawat S. N. Jamadagni S. Garde J. Phys. Chem. B 2010 114 2246 2254
49. T. Fujita H. Watanabe S. Tanaka Chem. Phys. Lett. 2007 434 42 48
50. R. Breslow T. Guo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 167 169