Unidirectional mechanistic valved mechanisms for ammonia transport in GatCAB

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 2, 2012, Pages 649-660

  Kang, Jiyoung ^a   Kuroyanagi, Shigehide ^a   Akisada, Tomohiro ^b   Hagiwara, Yohsuke ^a   Tateno, Masaru ^b  

^a UNIVERSITY OF TSUKUBA   (Japan)

^b UNIVERSITY OF HYOGO   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84857078091     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200387u     Document Type: Article

References (44)

1. Ibba, M.; Becker, H. D.; Stathopoulos, C.; Tumbula, D. L.; Soll, D. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 311-316
2. Ibba, M.; Soll, D. Genes Dev. 2004, 18, 731-738
3. Lapointe, J.; Duplain, L.; Proulx, M. J. Bacteriol. 1986, 165, 88-93
4. Wilcox, M.; Nirenberg, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1968, 61, 229-236
5. Mouilleron, S.; Golinelli-Pimpaneau, B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2007, 17, 653-664
6. Akochy, P. M.; Bernard, D.; Roy, P. H.; Lapointe, J. J. Bacteriol. 2004, 186, 767-776
7. Bailly, M.; Giannouli, S.; Blaise, M.; Stathopoulos, C.; Kern, D.; Becker, H. D. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 6083-6094
8. Curnow, A. W.; Ibba, M.; Soll, D. Nature 1996, 382, 589-590
9. Curnow, A. W.; Hong, K.; Yuan, R.; Kim, S.; Martins, O.; Winkler, W.; Henkin, T. M.; Soll, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 11819-11826
10. Tumbula, D. L.; Becker, H. D.; Chang, W. Z.; Soll, D. Nature 2000, 407, 106-110
11. Nakamura, A.; Yao, M.; Chimnaronk, S.; Sakai, N.; Tanaka, I. Science 2006, 312, 1954-1958
12. Feng, L.; Sheppard, K.; Tumbula-Hansen, D.; Soll, D. J. Biol. Chem. 2005, 280, 8150-8155
13. Harpel, M. R.; Horiuchi, K. Y.; Luo, Y.; Shen, L.; Jiang, W.; Nelson, D. J.; Rogers, K. C.; Decicco, C. P.; Copeland, R. A. Biochemistry 2002, 41, 6398-6407
14. Oshikane, H.; Sheppard, K.; Fukai, S.; Nakamura, Y.; Ishitani, R.; Numata, T.; Sherrer, R. L.; Feng, L.; Schmitt, E.; Panvert, M.; Blanquet, S.; Mechulam, Y.; Soll, D.; Nureki, O. Science 2006, 312, 1950-1954
15. Ito, T.; Yokoyama, S. Nature 2010, 467, 612-616
16. Amaro, R.; Tajkhorshid, E.; Luthey-Schulten, Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 7599-7604
17. Amaro, R. E.; Sethi, A.; Myers, R. S.; Davisson, V. J.; Luthey-Schulten, Z. A. Biochemistry 2007, 46, 2156-2173
18. Fan, Y.; Lund, L.; Yang, L.; Raushel, F. M.; Gao, Y. Q. Biochemistry 2008, 47, 2935-2944
19. Floquet, N.; Mouilleron, S.; Daher, R.; Maigret, B.; Badet, B.; Badet-Denisot, M. A. FEBS Lett. 2007, 581, 2981-2987
20. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
21. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
22. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision E.01; Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA. 2003.
23. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
24. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
25. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
26. Auffinger, P.; Louise-May, S.; Westhof, E. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6720-6726
27. Hub, J. S.; Kubitzki, M. B.; de Groot, B. L. PLoS Comput. Biol. 2010, 6, e1000774
28. Schlitter, J.; Engels, M.; Kruger, P.; Jacoby, E.; Wollmer, A. Mol. Simul. 1993, 10, 291-309
29. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1339-1350
30. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
31. Petrek, M.; Otyepka, M.; Banas, P.; Kosinova, P.; Koca, J.; Damborsky, J. BMC Bioinf. 2006, 7, 316
32. Smart, O. S.; Goodfellow, J. M.; Wallace, B. A. Biophys. J. 1993, 65, 2455-2460
33. Horiuchi, K. Y.; Harpel, M. R.; Shen, L.; Luo, Y.; Rogers, K. C.; Copeland, R. A. Biochemistry 2001, 40, 6450-6457
34. Sheppard, K.; Akochy, P. M.; Salazar, J. C.; Soll, D. J. Biol. Chem. 2007, 282, 11866-11873
35. Krahn, J. M.; Kim, J. H.; Burns, M. R.; Parry, R. J.; Zalkin, H.; Smith, J. L. Biochemistry 1997, 36, 11061-11068
36. Muchmore, C. R.; Krahn, J. M.; Kim, J. H.; Zalkin, H.; Smith, J. L. Protein Sci. 1998, 7, 39-51
37. Teplyakov, A.; Obmolova, G.; Badet, B.; Badet-Denisot, M. A. J. Mol. Biol. 2001, 313, 1093-1102
38. Khademi, S.; O'Connell, J., III; Remis, J.; Robles-Colmenares, Y.; Miercke, L. J.; Stroud, R. M. Science 2004, 305, 1587-1594
39. Lin, Y.; Cao, Z.; Mo, Y. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10876-10884
40. Luzhkov, V. B.; Almlof, M.; Nervall, M.; Aqvist, J. Biochemistry 2006, 45, 10807-10814
41. Nygaard, T. P.; Rovira, C.; Peters, G. H.; Jensen, M. O. Biophys. J. 2006, 91, 4401-4412
42. Nakamura, A.; Sheppard, K.; Yamane, J.; Yao, M.; Soll, D.; Tanaka, I. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 672-682.
43. Zhou, H. X.; McCammon, J. A. Trends Biochem. Sci. 2010, 35, 179-185
44. Wu, J.; Bu, W.; Sheppard, K.; Kitabatake, M.; Kwon, S. T.; Soll, D.; Smith, J. L. J. Mol. Biol. 2009, 391, 703-716