Investigation of the interaction between a bivalent aptamer and thrombin by AFM

Langmuir

Volumn 28, Issue 1, 2012, Pages 707-713

  Ge, Lin ^a,b   Jin, Gang ^a,c   Fang, Xiaohong ^d  

^a INSTITUTE OF BIOPHYSICS   (China)

^b UNIVERSITY OF CHINESE ACADEMY OF SCIENCES   (China)

^c INSTITUTE OF MECHANICS   (China)

^d INSTITUTE OF CHEMISTRY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AFM; APTAMERS; DISSOCIATION ENERGIES; DYNAMIC FORCE SPECTROSCOPY; MOLECULAR PROBES; MULTIVALENT INTERACTIONS; PHOSPHORAMIDITES; PROTEIN AFFINITY; PROTEIN RECOGNITION; SEQUENTIAL DISSOCIATION; SPECIFIC INTERACTION; THROMBIN BINDING;

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; BIOCHEMISTRY; BISMUTH; DISSOCIATION; PROTEINS;

BINDING ENERGY;

APTAMER; THROMBIN;

ARTICLE; ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CHEMISTRY; METHODOLOGY;

APTAMERS, NUCLEOTIDE; MICROSCOPY, ATOMIC FORCE; THROMBIN;

EID: 84855658362     PISSN: 07437463     EISSN: 15205827     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la203954x     Document Type: Article

References (47)

1. Tuerk, C.; Gold, L. Science 1990, 249, 505
2. Ellington, A. D.; Szostak, J. W. Nature 1990, 346, 818
3. Jenison, R. D.; Gill, S. C.; Pardi, A.; Polisky, B. Science 1994, 263, 1425
4. Jellinek, D.; Lynott, C. K.; Rifkin, D. B.; Janjić, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 11227
5. Wiegand, T. W.; Williams, P. B.; Dreskin, S. C.; Jouvin, M. H.; Kinet, J. P.; Tasset, D. J. Immunol. 1996, 157, 221
6. Yu, J.; Jiang, Y.; Ma, X.; Lin, Y.; Fang, X. Chem.-Asian J. 2007, 2, 284
7. Fang, X.; Tan, W. Acc. Chem. Res. 2010, 43, 48
8. Liu, X.; Jiang, Z.; Zhang, Y.; Wang, Z.; Feng, F.; Wang, S.; Zhang, X. Langmuir 2007, 23, 9140
9. Bock, L. C.; Griffin, L. C.; Latham, J. A.; Vermaas, E. H.; Toole, J. J. Nature 1992, 355, 564
10. DeAnda, A., Jr.; Coutre, S. E.; Moon, M. R.; Vial, C. M.; Griffin, L. C.; Law, V. S.; Komeda, M.; Leung, L. L.; Miller, D. C. Ann. Thorac. Surg. 1994, 58, 344
11. Griffin, L. C.; Tidmarsh, G. F.; Bock, L. C.; Toole, J. J.; Leung, L. L. Blood 1993, 81, 3271
12. Ruckman, J.; Green, L. S.; Beeson, J.; Waugh, S.; Gillette, W. L.; Henninger, D. D.; Claesson-Welsh, L.; Janjić, N. J. Biol. Chem. 1998, 273, 20556
13. Huang, J.; Moore, J.; Soffer, S.; Kim, E.; Rowe, D.; Manley, C. A.; O'Toole, K.; Middlesworth, W.; Stolar, C.; Yamashiro, D.; Kandel, J. J. Pediatr. Surg. 2001, 36, 357
14. Kim, Y.; Cao, Z.; Tan, W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 5664
15. Mammen, M.; Choi, S. K.; Whitesides, G. M. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 2755
16. Yuan, C. L.; Reiko, T. L. Acc. Chem. Res. 1995, 28, 321
17. Chen, H.; Privalsky, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 422
18. Hinterdorfer, P.; Baumgartner, W.; Gruber, H. J.; Schilcher, K.; Schindler, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 3477
19. Moy, V. T.; Florin, E. L.; Gaub, H. E. Science 1994, 266, 257
20. Lee, G. U.; Chrisey, L. A.; Colton, R. J. Science 1994, 266, 771
21. Basnar, B.; Elnathan, R.; Willner, I. Anal. Chem. 2006, 78, 3638
22. Miyachi, Y.; Shimizu, N.; Ogino, C.; Kondo, A. Nucleic Acids Res. 2010, 38, e21
23. Eckel, R.; Wilking, S. D.; Becker, A.; Sewald, N.; Ros, R; Anselmetti, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 3921
24. Baumgarth, B.; Bartels, F. W.; Becker, A.; Anselmetti, D.; Ros, R. Microbiology 2005, 151, 259
25. Bartels, F. W.; Baumgarth, B.; Anselmetti, D.; Ros, R.; Becker, A. J. Struct. Biol. 2003, 143, 145
26. Strunz, T.; Oroszlan, K.; Schaefer, R.; Guentherodt, H. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 11277
27. Kienberger, F.; Ebner, A.; Gruber, H.; Hinterdorfer, P. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 29
28. Kedrov, A.; Appel, M.; Baumann, H.; Ziegler, C.; Müller, D. J. J. Mol. Biol. 2008, 375, 1258
29. Merkel, R.; Nassoy, P.; Leung, A.; Ritchie, K.; Evans, E. Nature 1999, 397, 50
30. Schwesinger, F.; Ros, R.; Strunz, T.; Anselmetti, D.; Güntherodt, H. J.; Honegger, A.; Jermutus, L.; Tiefenauer, L.; Pluckthun, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9972
31. Bustanji, Y.; Arciola, C. R.; Conti, M.; Mandello, E.; Montanaro, L.; Samorí, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13292
32. Tasset, D. M.; Kubik, M. F.; Steiner, W. J. Mol. Biol. 1997, 272, 688
33. Yu, J.; Sun, S.; Jiang, Y.; Ma, X.; Chen, F.; Zhang, G.; Fang, X. Polymer 2006, 47, 2533
34. Evans, E. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001, 30, 105
35. Oesterhelt, F.; Oesterhelt, D.; Pfeiffer, M.; Engel, A.; Gaub, H. E.; Müller, D. J. Science 2000, 288, 143
36. Kedrov, A.; Janovjak, H.; Sapra, K. T.; Müller, D. J. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2007, 36, 233
37. Bell, G. I. Science 1978, 200, 618
38. Janovjak, H.; Sapra, K. T.; Kedrov, A.; Müller, D. J. ChemPhysChem 2008, 9, 954
39. Bippes, C. A.; Zeltina, A.; Casagrande, F.; Ratera, M.; Palacin, M.; Müller, D. J.; Fotiadis, D. J. Biol. Chem. 2009, 284, 18651
40. Evans, E. Faraday Discuss. 1998, 111, 1
41. Butt, H. J.; Jaschke, M. Nanotechnology 1995, 6, 1
42. Rief, M.; Gautel, M.; Oesterhelt, F.; Fernandez, J. M.; Gaub, H. E. Science 1997, 276, 1109
43. Evans, E.; Ritchie, K. Biophys. J. 1997, 72, 1541
44. Bieri, O.; Wirz, J.; Hellrung, B.; Schutkowski, M.; Drewello, M.; Kiefhaber, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 1999, 96, 9597
45. Krieger, F.; Fierz, B.; Bieri, O.; Drewello, M.; Kiefhaber, T. J. Mol. Biol. 2003, 332, 265
46. Gräter, F.; Grubmüller, H. J. Struct. Biol. 2007, 157, 557
47. Nunes, J. M.; Hensen, U.; Ge, L.; Lipinsky, M.; Helenius, J.; Grubmüller, H.; Müller, D. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 3528