Molecular wire of urea in carbon nanotube: A molecular dynamics study

Nanoscale

Volumn 4, Issue 2, 2012, Pages 652-658

  Xiu, Peng ^a,b   Tu, Yusong ^c   Tian, Xingling ^a   Fang, Haiping ^d   Zhou, Ruhong ^e  

^a ZHEJIANG UNIVERSITY   (China)

^b ZHEJIANG UNIVERSITY   (China)

^c SHANGHAI UNIVERSITY   (China)

^d SHANGHAI INSTITUTE OF APPLIED PHYSICS   (China)

^e IBM T J WATSON RESEARCH CENTER   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFINED ENVIRONMENT; DIPOLE ORIENTATION; DISPERSION INTERACTION; DYNAMICAL BEHAVIORS; ELECTRONIC DEVICE; HYDROGEN BONDED NETWORK; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MOLECULAR WIRES; NANO CHANNELS; NANO SCALE; ORGANIC SMALL MOLECULE; PARTIAL CHARGE DISTRIBUTION; POTENTIAL ENERGY PROFILES; WATER MOLECULE;

DYNAMICS; HYDROGEN; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; NANOWIRES; SIGNAL TRANSDUCTION; SINGLE-WALLED CARBON NANOTUBES (SWCN); WIRE;

UREA;

CARBON NANOTUBE; UREA;

ABSORPTION; ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATION; MACROMOLECULE; PARTICLE SIZE; SURFACE PROPERTY; ULTRASTRUCTURE;

ABSORPTION; COMPUTER SIMULATION; MACROMOLECULAR SUBSTANCES; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR CONFORMATION; NANOTUBES, CARBON; PARTICLE SIZE; SURFACE PROPERTIES; UREA;

EID: 84855570542     PISSN: 20403364     EISSN: 20403372     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1nr10793c     Document Type: Article

References (57)

1. G. Hummer J. C. Rasaiah J. P. Noworyta Nature 2001 414 188 190
2. A. Berezhkovskii G. Hummer Phys. Rev. Lett. 2002 89 064503
3. A. Kalra S. Garde G. Hummer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 10175 10180
4. A. Waghe J. C. Rasaiah G. Hummer J. Chem. Phys. 2002 117 10789 10795
5. R. B. Best G. Hummer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 6732 6737
6. J. Kofinger G. Hummer C. Dellago Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 13218 13222
7. C. Y. Won N. R. Aluru J. Am. Chem. Soc. 2007 129 2748
8. B. L. de Groot H. Grubmuller Science 2001 294 2353 2357
9. B. L. de Groot H. Grubmuller Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 176 183
10. E. Tajkhorshid P. Nollert M. O. Jensen L. J. W. Miercke J. O'Connell R. M. Stroud K. Schulten Science 2002 296 525 530
11. F. Q. Zhu E. Tajkhorshid K. Schulten Biophys. J. 2004 86 50 57
12. S. M. Saparov P. Pohl Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 4805 4809
13. U. S. Raghavender Kantharaju S. Aravinda N. Shamala P. Balaram J. Am. Chem. Soc. 2010 132 1075 1086
14. R. Z. Wan J. Y. Li H. J. Lu H. P. Fang J. Am. Chem. Soc. 2005 127 7166 7170
15. J. Y. Li X. J. Gong H. J. Lu D. Li H. P. Fang R. H. Zhou Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 3687 3692
16. R. Z. Wan H. J. Lu J. Y. Li J. D. Bao J. Hu H. P. Fang Phys. Chem. Chem. Phys. 2009 11 9898 9902
17. Y. S. Tu P. Xiu R. Z. Wan J. Hu R. H. Zhou H. P. Fang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 18120 18124
18. Y. S. Tu R. H. Zhou H. P. Fang Nanoscale 2010 2 1976 1983
19. B. Mukherjee P. K. Maiti C. Dasgupta A. K. Sood ACS Nano 2010 4 985 991
20. J. L. Rivera F. W. Starr J. Phys. Chem. C 2010 114 3737 3742
21. G. Reddy J. E. Straub D. Thirumalai Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 21459 21464
22. Z. Cao Y. X. Peng T. Y. Yan S. Li A. L. Li G. A. Voth J. Am. Chem. Soc. 2010 132 11395 11397
23. Y. H. Li O. S. Andersen B. Roux J. Phys. Chem. B 2010 114 13881 13888
24. T. W. Allen O. S. Andersen B. Roux Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 117 122
25. M. O. Jensen D. W. Borhani K. Lindorff-Larsen P. Maragakis V. Jogini M. P. Eastwood R. O. Dror D. E. Shaw Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 5833 5838
26. D. X. Fu A. Libson L. J. W. Miercke C. Weitzman P. Nollert J. Krucinski R. M. Stroud Science 2000 290 481 486
27. Y. Wang K. Schulten E. Tajkhorshid Structure 2005 13 1107 1118
28. K. Dong G. H. Zhou X. M. Liu X. Q. Yao S. J. Zhang A. Lyubartsev J. Phys. Chem. C 2009 113 10013 10020
29. V. Chaban Chem. Phys. Lett. 2010 496 50 55
30. A. Kalra G. Hummer S. Garde J. Phys. Chem. B 2004 108 544 549
31. Y. Liu S. Consta W. A. Goddard J. Nanosci. Nanotechnol. 2010 10 3834 3843
32. J. Lee N. R. Aluru Appl. Phys. Lett. 2010 96 133108
33. P. Das R. H. Zhou J. Phys. Chem. B 2010 114 5427 5430
34. P. Xiu Z. X. Yang B. Zhou P. Das H. P. Fang R. H. Zhou J. Phys. Chem. B 2011 115 2988 2994
35. C. N. Pace Methods Enzymol. 1986 131 266 280
36. L. Hua R. H. Zhou D. Thirumalai B. J. Berne Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 16928 16933
37. M. A. Knepper J. A. Mindell Nature 2009 462 733 734
38. E. J. Levin M. Quick M. Zhou Nature 2009 462 757 761
39. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
40. S. Weerasinghe P. E. Smith J. Phys. Chem. B 2003 107 3891 3898
41. E. M. Duffy D. L. Severance W. L. Jorgensen Isr. J. Chem. 1993 33 323 330
42. L. J. Smith H. J. C. Berendsen W. F. van Gunsteren J. Phys. Chem. B 2004 108 1065 1071
43. S. Weerasinghe P. E. Smith J. Chem. Phys. 2003 118 5901 5910
44. H. Kokubo B. M. Pettitt J. Phys. Chem. B 2007 111 5233 5242
45. M. C. Stumpe H. Grubmuller J. Phys. Chem. B 2007 111 6220 6228
46. M. C. Stumpe H. Grubmuller PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000221
47. D. R. Canchi D. Paschek A. E. Garcia J. Am. Chem. Soc. 2010 132 2338 2344
48. H. Y. Wei L. J. Yang Y. Q. Gao J. Phys. Chem. B 2010 114 11820 11826
49. D. K. Klimov J. E. Straub D. Thirumalai Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14760 14765
50. M. Kang P. E. Smith Fluid Phase Equilib. 2007 256 14 19
51. R. D. Mountain D. Thirumalai J. Phys. Chem. B 2004 108 6826 6831
52. M. E. Lee N. F. A. van der Vegt J. Am. Chem. Soc. 2006 128 4948 4949
53. P. Xiu B. Zhou W. P. Qi H. J. Lu Y. S. Tu H. P. Fang J. Am. Chem. Soc. 2009 131 2840 2845
54. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
55. G. Bussi D. Donadio M. Parrinello J. Chem. Phys. 2007 126 014101
56. M. Parrinello A. Rahman J. Appl. Phys. 1981 52 7182 7190
57. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092