SCOPUS 정보 검색 플랫폼

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 43, 2010, Pages 13881-13888

Energetics of double-ion occupancy in the gramicidin a channel

(3) Li, Yuhui a Andersen, Olaf S b Roux, Benôit a

a UNIVERSITY OF CHICAGO (United States)

b WEILL CORNELL MEDICAL COLLEGE (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; BINDING SITES; BIOCHEMISTRY; ELECTRIC DIPOLE MOMENTS; OXYGEN;

CHANNEL AXIS; CROSS SECTION; GRAMICIDIN A; ION OCCUPANCY; ION-ION REPULSION; MOMENT DISTRIBUTION; OXYGEN ATOM; POTENTIAL OF MEAN FORCE; WATER COLUMNS; WATER MOLECULE;

IONS;

EID: 78549236812 PISSN: 15206106 EISSN: 15205207 Source Type: Journal
DOI: 10.1021/jp105820u Document Type: Article

Times cited : (13)

References (54)

1
- 33748263658
- Hodgkin, A. L.; Keynes, R. D. J. Physiol. (London) 1955, 128, 61-88.
- (1955) J. Physiol. (London) , vol.128 , pp. 61-88
- Hodgkin, A.L.¹ Keynes, R.D.²

2
- 0032478818
- Doyle, D. A.; Cabral, J. M.; Pfuetzner, R. A. A.; Kuo, J. M. G.; Cohen, S. L.; Chait, B. T.; MacKinnon, R. Science 1998, 280, 69-77.
- (1998) Science , vol.280 , pp. 69-77
- Doyle, D.A.¹ Cabral, J.M.² Pfuetzner, R.A.A.³ Kuo, J.M.G.⁴ Cohen, S.L.⁵ Chait, B.T.⁶ MacKinnon, R.⁷

3
- 0035499892
- Zhou, Y.; Morais-Cabral, J. H.; Kaufman, A.; MacKinnon, R. Nature 2001, 414, 43-48.
- (2001) Nature , vol.414 , pp. 43-48
- Zhou, Y.¹ Morais-Cabral, J.H.² Kaufman, A.³ MacKinnon, R.⁴

4
- 0033529269
- Guidoni, L.; Torre, V.; Carloni, P. Biochemistry 1999, 38, 8599-8604.
- (1999) Biochemistry , vol.38 , pp. 8599-8604
- Guidoni, L.¹ Torre, V.² Carloni, P.³

5
- 0042213113
- Bernèche, S.; Roux, B. Biophys. J. 2000, 78, 2900-2917.
- (2000) Biophys. J. , vol.78 , pp. 2900-2917
- Bernèche, S.¹ Roux, B.²

6
- 0001426939
- Allen, T. W.; Bliznyuk, A.; Rendell, A. P.; Kuyucak, S.; Chung, S. H. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8191-8204.
- (2000) J. Chem. Phys. , vol.112 , pp. 8191-8204
- Allen, T.W.¹ Bliznyuk, A.² Rendell, A.P.³ Kuyucak, S.⁴ Chung, S.H.⁵

7
- 0034690250
- Åqvist, J.; Luzhkov, V. B. Nature 2000, 404, 881-884.
- (2000) Nature , vol.404 , pp. 881-884
- Åqvist, J.¹ Luzhkov, V.B.²

8
- 0034036372
- Shrivastava, I. H.; Sansom, M. S. Biophys. J. 2000, 78, 557-570.
- (2000) Biophys. J. , vol.78 , pp. 557-570
- Shrivastava, I.H.¹ Sansom, M.S.²

9
- 0035498860
- Bernèche, S.; Roux, B. Nature 2001, 414, 73-77.
- (2001) Nature , vol.414 , pp. 73-77
- Bernèche, S.¹ Roux, B.²

10
- 7244251461
- Noskov, S. Y.; Berneche, S.; Roux, B. Nature 2004, 431, 830-834.
- (2004) Nature , vol.431 , pp. 830-834
- Noskov, S.Y.¹ Berneche, S.² Roux, B.³

11
- 33748461256
- Khalili-Araghi, F.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Biophys. J. 2006, 91, L72-74.
- (2006) Biophys. J. , vol.91
- Khalili-Araghi, F.¹ Tajkhorshid, E.² Schulten, K.³

12
- 77950544751
- Jensen, M. Ø.; Borhani, D. W.; Lindorff-Larsen, K.; Maragakis, P.; Jogini, V.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. 2010, 107, 5833-5838.
- (2010) Proc. Natl. Acad. Sci. , vol.107 , pp. 5833-5838
- Jensen, M.Ø.¹ Borhani, D.W.² Lindorff-Larsen, K.³ Maragakis, P.⁴ Jogini, V.⁵ Eastwood, M.P.⁶ Dror, R.O.⁷ Shaw, D.E.⁸

13
- 17044400911
- Berneche, S.; Roux, B. Structure 2005, 13, 591-600.
- (2005) Structure , vol.13 , pp. 591-600
- Berneche, S.¹ Roux, B.²

14
- 35848958366
- Cordero-Morales, J. F.; Jogini, V.; Lewis, A.; Vásquez, V.; Cortes, D. M.; Roux, B.; Perozo, E. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 1062-1069.
- (2007) Nat. Struct. Mol. Biol. , vol.14 , pp. 1062-1069
- Cordero-Morales, J.F.¹ Jogini, V.² Lewis, A.³ Vásquez, V.⁴ Cortes, D.M.⁵ Roux, B.⁶ Perozo, E.⁷

15
- 0021892874
- Arseniev, A. S.; Barsukov, I. L.; Bystrov, V. F.; Lomize, A. L.; Ovchinnikov, Y. A. FEBS Lett. 1985, 186, 168-174.
- (1985) FEBS Lett. , vol.186 , pp. 168-174
- Arseniev, A.S.¹ Barsukov, I.L.² Bystrov, V.F.³ Lomize, A.L.⁴ Ovchinnikov, Y.A.⁵

16
- 0006757698
- Arseniev, A. S.; Barsukov, I. L.; Bystrov, V. F.; Ovchinnikov, Y. A. Biol. Membr. 1986, 3, 437-462.
- (1986) Biol. Membr. , vol.3 , pp. 437-462
- Arseniev, A.S.¹ Barsukov, I.L.² Bystrov, V.F.³ Ovchinnikov, Y.A.⁴

17
- 0035797933
- Townsley, L. E.; Tucker, W. A.; Sham, S.; Hinton, J. F. Biochemistry 2001, 40, 11676-11686.
- (2001) Biochemistry , vol.40 , pp. 11676-11686
- Townsley, L.E.¹ Tucker, W.A.² Sham, S.³ Hinton, J.F.⁴

18
- 0031574382
- Ketchem, R. R.; Roux, B.; Cross, T. A. Structure 1997, 5, 1655-1669.
- (1997) Structure , vol.5 , pp. 1655-1669
- Ketchem, R.R.¹ Roux, B.² Cross, T.A.³

19
- 0026471029
- Andersen, O. S.; Koeppe, R. E., II Physiol. Rev. 1992, 72, S89-S158.
- (1992) Physiol. Rev. , vol.72
- Andersen, O.S.¹ Koeppe, R.E.I.I.²

20
- 33750606030
- Allen, T. W.; Andersen, O. S.; Roux, B. Biophys. Chem. 2006, 124, 251-267.
- (2006) Biophys. Chem. , vol.124 , pp. 251-267
- Allen, T.W.¹ Andersen, O.S.² Roux, B.³

21
- 0020465420
- Urry, D. W.; Walker, J. T.; Trapane, T. L. J. Membr. Biol. 1982, 69, 225-231.
- (1982) Membr. Biol. , vol.69 , pp. 225-231
- Urry, D.W.¹ Walker, J.T.² Trapane, T.L.J.³

22
- 0025878348
- Olah, G. A.; Huang, H. W.; Liu, W.; Wu, Y. J. Mol. Biol. 1991, 218, 847-858.
- (1991) J. Mol. Biol. , vol.218 , pp. 847-858
- Olah, G.A.¹ Huang, H.W.² Liu, W.³ Wu, Y.⁴

23
- 0029096188
- Jing, N.; Prasad, K. U.; Urry, D. W. Biochim. Biophys. Acta 1995, 1238, 1-11.
- (1995) Biochim. Biophys. Acta , vol.1238 , pp. 1-11
- Jing, N.¹ Prasad, K.U.² Urry, D.W.³

24
- 0017894824
- Schagina, L. V.; Grinfeldt, A. E.; Lev, A. A. Nature 1978, 273, 243-245.
- (1978) Nature , vol.273 , pp. 243-245
- Schagina, L.V.¹ Grinfeldt, A.E.² Lev, A.A.³

25
- 0019129625
- Urban, B. W.; Hladky, S. B.; Haydon, D. A. Biochim. Biophys. Acta 1980, 602, 331-354.
- (1980) Biochim. Biophys. Acta , vol.602 , pp. 331-354
- Urban, B.W.¹ Hladky, S.B.² Haydon, D.A.³

26
- 0024331485
- Andersen, O. S. Methods Enzymol. 1989, 171, 62-112.
- (1989) Methods Enzymol , vol.171 , pp. 62-112
- Andersen, O.S.¹

27
- 0037380854
- Allen, T. W.; Bastug, T.; Kuyucak, S.; Chung, S. H. Biophys. J. 2003, 84, 2159-2168.
- (2003) Biophys. J. , vol.84 , pp. 2159-2168
- Allen, T.W.¹ Bastug, T.² Kuyucak, S.³ Chung, S.H.⁴

28
- 0347089020
- Allen, T. W.; Andersen, O. S.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. 2004, 101, 117-122.
- (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. , vol.101 , pp. 117-122
- Allen, T.W.¹ Andersen, O.S.² Roux, B.³

29
- 33646192258
- Allen, T. W.; Andersen, O. S.; Roux, B. Biophys. J. 2006, 90, 3447-3468.
- (2006) Biophys. J. , vol.90 , pp. 3447-3468
- Allen, T.W.¹ Andersen, O.S.² Roux, B.³

30
- 33947312827
- Bastug, T.; Kuyucak, S. J. Chem. Phys. 2007, 126, 105103-105112.
- (2007) J. Chem. Phys. , vol.126 , pp. 105103-105112
- Bastug, T.¹ Kuyucak, S.²

31
- 0028321565
- Roux, B.; Karplus, M. Annu. Rev. Biomol. Struct. Dyn. 1994, 23, 731-761.
- (1994) Annu. Rev. Biomol. Struct. Dyn , vol.23 , pp. 731-761
- Roux, B.¹ Karplus, M.²

32
- 0036280795
- Roux, B. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 366-375.
- (2002) Acc. Chem. Res. , vol.35 , pp. 366-375
- Roux, B.¹

33
- 0026778201
- Becker, M. D.; Koeppe, R. E., II; Andersen, O. S. (Biophys. Discuss.) Biophys. J. 1992, 62, 25-27.
- (1992) (Biophys. Discuss.) Biophys. J. , vol.62 , pp. 25-27
- Becker, M.D.¹ Koeppe, R.E.I.I.² Andersen, O.S.³

34
- 0028918454
- Roux, B.; Prod'hom, B.; Karplus, M. Biophys. J. 1995, 68, 876-892.
- (1995) Biophys. J. , vol.68 , pp. 876-892
- Roux, B.¹ Prod'hom, B.² Karplus, M.³

35
- 3142652094
- Roux, B.; Allen, T. W.; Berneche, S.; Im, W. Q. Rev. Biophys. 2004, 37, 15-103.
- (2004) Rev. Biophys. , vol.37 , pp. 15-103
- Roux, B.¹ Allen, T.W.² Berneche, S.³ Im, W.Q.⁴

36
- 0042626159
- Allen, T. W.; Andersen, O. S.; Roux, B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 9868-9877.
- (2003) J. Am. Chem. Soc. , vol.125 , pp. 9868-9877
- Allen, T.W.¹ Andersen, O.S.² Roux, B.³

37
- 0004016501
- Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Inpey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
- (1983) J. Chem. Phys. , vol.79 , pp. 926-935
- Jorgensen, W.L.¹ Chandrasekhar, J.² Madura, J.D.³ Inpey, R.W.⁴ Klein, M.L.⁵

38
- 25644448901
- Macias, A. T.; MacKerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1452-1463.
- (2005) J. Comput. Chem. , vol.26 , pp. 1452-1463
- Macias, A.T.¹ MacKerell Jr., A.D.²

39
- 33846823909
- Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
- (1993) J. Chem. Phys. , vol.98 , pp. 10089-10092
- Darden, T.¹ York, D.² Pedersen, L.³

40
- 33646940952
- Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1977, 23, 327-341.
- (1977) J. Comput. Chem. , vol.23 , pp. 327-341
- Ryckaert, J.P.¹ Ciccotti, G.² Berendsen, H.J.C.³

41
- 36449007836
- Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621.
- (1995) J. Chem. Phys. , vol.103 , pp. 4613-4621
- Feller, S.E.¹ Zhang, Y.² Pastor, R.W.³ Brooks, B.R.⁴

42
- 0342929614
- Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Physiol. 1977, 23, 187-199.
- (1977) J. Comput. Physiol. , vol.23 , pp. 187-199
- Torrie, G.M.¹ Valleau, J.P.²

43
- 84986519238
- Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollmam, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021.
- (1992) J. Comput. Chem. , vol.13 , pp. 1011-1021
- Kumar, S.¹ Bouzida, D.² Swendsen, R.H.³ Kollmam, P.A.⁴ Rosenberg, J.M.⁵

44
- 18744372751
- Woo, H.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 6825-6830.
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.102 , pp. 6825-6830
- Woo, H.¹ Roux, B.²

45
- 0029757992
- Roux, B.; Nina, M.; Pomes, R.; Smith, J. Biophys. J. 1996, 71, 670-681.
- (1996) Biophys. J. , vol.71 , pp. 670-681
- Roux, B.¹ Nina, M.² Pomes, R.³ Smith, J.⁴

46
- 0030887944
- Hermans, J.; Wang, L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2707-2714.
- (1997) J. Am. Chem. Soc. , vol.119 , pp. 2707-2714
- Hermans, J.¹ Wang, L.²

47
- 0031058541
- Gilson, M.; Given, J.; Bush, B.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1997, 72, 1047-1069.
- (1997) Biophys. J. , vol.72 , pp. 1047-1069
- Gilson, M.¹ Given, J.² Bush, B.³ McCammon, J.A.⁴

48
- 0141682863
- Boresch, S.; Tettinger, F.; Leitgeb, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9535-9551.
- (2003) J. Phys. Chem. B , vol.107 , pp. 9535-9551
- Boresch, S.¹ Tettinger, F.² Leitgeb, M.³ Karplus, M.⁴

49
- 33749238080
- Deng, Y.; Roux, B. J. Chem. Theor. Comput. 2006, 2, 1255-1273.
- (2006) J. Chem. Theor. Comput. , vol.2 , pp. 1255-1273
- Deng, Y.¹ Roux, B.²

50
- 45149127044
- Wang, J.; Deng, Y.; Roux, B. Biophys. J. 2006, 91, 1798-2814.
- (2006) Biophys. J. , vol.91 , pp. 1798-2814
- Wang, J.¹ Deng, Y.² Roux, B.³

51
- 33748252631
- Mobley, D. L.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 084902.
- (2006) J. Chem. Phys. , vol.125 , pp. 084902
- Mobley, D.L.¹ Chodera, J.D.² Dill, K.A.³

52
- 61449194210
- Gan, W.; Roux, B. Proteins 2009, 74, 996-1007.
- (2009) Proteins , vol.74 , pp. 996-1007
- Gan, W.¹ Roux, B.²

53
- 65249124122
- Deng, Y. Q.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2009, 2234-2246.
- (2009) J. Phys. Chem. B , pp. 2234-2246
- Deng, Y.Q.¹ Roux, B.²

54
- 45149123917
- author reply page 227102
- Roux, B.; Andersen, O. S.; Allen, T. W. J. Chem. Phys. 2008, 128, 227101; author reply page 227102.
- (2008) J. Chem. Phys. , vol.128 , pp. 227101
- Roux, B.¹ Andersen, O.S.² Allen, T.W.³

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.