Deep UV resonance raman spectroscopy of β-sheet amyloid fibrils: A QM/MM simulation

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 47, 2011, Pages 13955-13962

  Ren, Hao ^a   Jiang, Jun ^a   Mukamel, Shaul ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CALCULATIONS; DEUTERIUM; HYDROGEN; QUANTUM THEORY; RAMAN SCATTERING; RAMAN SPECTROSCOPY;

AB INITIO CALCULATIONS; AMYLOID FIBRIL; BENDING MODES; CONFORMATIONAL FLUCTUATIONS; DEEP ULTRAVIOLET; DEEP UV; DEUTERATIONS; HYDROGEN-DEUTERIUM EXCHANGE; PEPTIDE BONDS; RED SHIFT; RESONANCE RAMAN SPECTRA;

GLYCOPROTEINS;

EID: 81855227254     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp207849u     Document Type: Article

References (50)

1. Petkova, A. T.; Ishii, Y.; Balbach, J. J.; Antzutkin, O. N.; Leapman, R. D.; Delaglio, F.; Tycko, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 16742-16747
2. Caughey, B.; Peter T. Lansbury, J. Annu. Rev. Neurosci. 2003, 26, 267-298
3. Rishton, G. M. Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 159
4. Strasfeld, D.; Ling, Y.; Gupta, R.; Raleigh, D.; Zanni, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 15679-15691
5. Shim, S.-H.; Gupta, R.; Ling, Y.; Strasfeld, D.; Raleigh, D.; Zanni, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 6614-6619
6. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 333-366
7. Huang, C.; Balakrishnan, G.; Spiro, T. G. J. Raman Spectrosc. 2006, 37, 277-282
8. Soldatova, A.; Ibrahim, M.; Olson, J.; Czernuszewicz, R.; Spiro, T. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 4614-4625
9. Ozdemir, A.; Lednev, I. K.; Asher, S. A. Spectrochim. Acta Part A 2005, 61, 19-26
10. Mikhonin, A.; Ahmed, Z.; Ianoul, A.; Asher, S. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19020-19028
11. Popova, L. A.; Kodali, R.; Wetzel, R.; Lednev, I. K. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 6324-6328
12. Mikhonin, A. V.; Bykov, S. V.; Myshakina, N. S.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 1928-1943
13. Mikhonin, A. V.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2005, 3047-3052
14. Asher, S. A.; Ianoul, A.; Mix, G.; Boyden, M. N.; Karnoup, A.; Diem, M.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11775-11781
15. Cao, W.; Ye, X.; Georgiev, G.; Berezhna, S.; Sjodin, T.; Demidov, A.; Wang, W.; Sage, J.; Champion, P. Biochemistry 2004, 43, 7017-7027
16. Champion, P. Science 2005, 310, 980-982
17. Xu, M.; Shashilov, V.; Lednev, I. K. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11002-11003
18. Kurouski, D.; Lauro, W.; Lednev, I. K. Chem. Commun. 2010, 46, 4205-4416
19. Oladepo, S.; Xiong, K.; Hong, Z.; Asher, S. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 334-344
20. Long, D. A. The Raman Effect: A Unified Treatment of the Theory of Raman Scattering by Molecules, 1 st ed.; John Wiley & Sons Ltd: Chichester, U.K., 2002.
21. Albrecht, A. C. J. Chem. Phys. 1961, 34, 1476-1484
22. Yan, Y. J.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 1986, 85, 5908-5923
23. Wilson, E. B.; Decius, J. C.; Cross, P. C. Molecular Vibrations: The theory of infrared and Raman vibrational spectra; McGraw-Hill Book Company, Inc.: New York, 1955.
24. Peticolas, W. L.; Rush, T. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1261-1270
25. Markham, L. M.; Mayne, L. C.; Hudson, B. S.; Zgierski, M. Z. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10319-10325
26. Gaff, J. F.; Franzen, S.; Delley, B. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 11681-11690
27. Hudson, B. S.; Markham, L. M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 489-500
28. Markham, L. M.; Hudson, B. S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2731-2737
29. Tsiper, E. V.; Chernyak, V.; Tretiak, S.; Mukamel, S. Chem. Phys. Lett. 1999, 302, 77-84
30. Manneback, C. Physica 1951, 17, 1001-1010
31. Frisch, M. J.; Gaussian 09, revision A.1; Gaussian Inc.: Wallingford, CT, 2009.
32. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868
33. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 1396
34. Amos, R. D. Chem. Phys. Lett. 1982, 87, 23-26
35. Barone, V.; Cossi, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1995-2001
36. Cossi, M.; Rega, N.; Scalmani, G.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2003, 24, 669-681
37. Scott, A. P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502-16513
38. Merrick, J. P.; Moran, D.; Radom, L. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 11683-11700
39. Hu, H.; Yang, W. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2009, 898, 17-30
40. Mix, G.; Schweitzer-Stenner, R.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9028-9029
41. Bykov, S. V.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 269-271
42. Frenkel, J. Phys. Rev. 1931, 37, 1276
43. Abramavicius, D.; Palmieri, B.; Voronine, D. V.; Šanda, F.; Mukamel, S. Chem. Rev. 2009, 109, 2350-2408
44. Jiang, J.; Abramavicius, D.; Bulheller, B. M.; Hirst, J. D.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8270-8277
45. MacKerell, A. D. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
46. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
47. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
48. Lührs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Döbeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17342-17347
49. Sawaya, M. R.; Sambashivan, S.; Nelson, R.; Ivanova, M. I.; Sievers, S. A.; Apostol, M. I.; Thompson, M. J.; Balbirnie, M.; Wiltzius, J. J. W.; Mcfarlane, H. T.; Madsen, A. Ø.; Riekel, C.; Eisenberg, D. Nature 2007, 447, 453-457
50. DeFlores, L. P.; Tokmakoff, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16520-16521