Studying functional dynamics in bio-molecules using accelerated molecular dynamics

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 45, 2011, Pages 20053-20065

  Markwick, Phineus R L ^a,b   McCammon, J Andrew ^a,b  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b HOWARD HUGHES MEDICAL INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ALGORITHM; ANIMAL; CHEMISTRY; HUMAN; MOLECULAR DYNAMICS; REVIEW; THERMODYNAMICS;

ALGORITHMS; ANIMALS; HUMANS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEINS; THERMODYNAMICS;

EID: 81255138340     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp22100k     Document Type: Review

References (82)

1. H. Frauenfelder S. G. Sligar P. G. Wolynes Science 1991 254 1598 1603
2. S. J. Benkovic S. Hammes-Shiffer Science 2003 301 1196 1202
3. Y. Duan P. A. Kollman Science 1998 282 740 744
4. D. E. Shaw, M. M. Deneroff, R. O. Dror, J. S. Kushkin, R. H. Larson, J. K. Salmon, C. Young, B. Batson, K. J. Bowers and J. C. Chao, et al., in Proceedings of the 34th Annual International Symposium of Computer Architechture (ISCA07), ACM Press, 2007
5. D. E. Shaw P. Maragakis K. Lindorff-Larsen S. Piana R. O. Dror M. P. Eastwood J. A. Bank J. M. Jumper J. K. Salmon Y. Shan W. Wriggers Science 2010 330 341 346
6. D. L. Ensign P. M. Passon V. S. Pande J. Mol. Biol. 2007 374 806 816
7. J. D. Chodera N. Singhal V. S. Pande K. A. Dill W. C. Swope J. Chem. Phys. 2007 126 155101
8. M. R. Shirts V. S. Pande Phys. Rev. Lett. 2001 86 4983 4987
9. N. Singhal C. D. Snow V. S. Pande J. Chem. Phys. 2004 121 415 425
10. G. R. Bowman V. A. Voelz V. S. Pande Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 4 11
11. G. R. Bowman V. A. Voelz V. S. Pande J. Am. Chem. Soc. 2011 133 664 7
12. G. S. Ayton W. G. Noid G. A. Voth Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 192 198
13. E. Lyman F. M. Ytreberg D. M. Zuckerman Phys. Rev. Lett. 2006 96 028105
14. P. Liu G. A. Voth J. Chem. Phys. 2007 126 045106
15. A. E. Giessen J. E. Straub J. Chem. Phys. 2005 122 024904
16. S. Peng F. Ding B. Urbanc S. V. Buldyrev L. Cruz H. E. Stanley N. V. Dokholyan Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2004 69 041908
17. V. Tozzini Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 144 150
18. H. Gohlke M. F. Thorpe Biophys. J. 2006 91 2115 2120
19. O. Kurcuoglu R. L. Jernigan P. Doruker Biochemistry 2006 45 1173 1182
20. M. Neri C. Anselmi M. Cascella A. Maritan P. Carloni Phys. Rev. Lett. 2005 95 218102
21. J. W. Chu G. A. Voth Biophys. J. 2006 90 1572 1582
22. E. Villa A. Baleaff K. Shulten Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 6783 6788
23. J. Sun Q. Zhang T. Schlick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 8180 8185
24. G. Brannigan L. C. L. Lin F. L. H. Brown Eur. Biophys. J. 2005 35 104 124
25. A. P. Lyubartsev Eur. Biophys. J. 2005 35 53 61
26. Q. Shi S. Izvekov G. A. Voth J. Struct. Biol. 2007 157 570 578
27. R. Elber Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 151 156
28. B. J. Berne J. E. Straub Curr. Opin. Struct. Biol. 1997 7 181 189
29. G. M. Torrie J. P. Valleau J. Comput. Phys. 1997 23 187 199
30. G. Henkelman H. Jonsson J. Chem. Phys. 2000 113 9978 9985
31. P. G. Bolhuis D. Chandler C. Dellago P. L. Geissler Annu. Rev. Phys. Chem. 2002 53 291 318
32. J. Schlitter M. Engels P. J. Kruger J. Mol. Graphics 1994 12 84 89
33. J. P. Ma P. B. Sigler Z. H. Xu M. Karplus J. Mol. Biol. 2000 302 303 313
34. A. Mitsutake Y. Sugita Y. J. Okamoto J. Chem. Phys. 2003 118 6664 6675
35. N. V. Buchete G. Hummer Phys. Rev. Lett. 2008 77 030902
36. H. Grubmüller Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 1995 52 2893 2906
37. A. Laio and M. Parrinello, in Computer simulations in condensed matter: From materials to chemical biology, ed., M. Ferrario, G. Ciccotti, and, K. Binder, Springer Verlag, Berlin, Heidelbergy, Germany, 2006, vol. 1, pp. 315-347
38. A. F. Voter Phys. Rev. Lett. 1997 78 3908 3911
39. A. F. Voter J. Chem. Phys. 1997 106 4665 4677
40. D. Hamelberg J. Mongan J. A. McCammon J. Chem. Phys. 2004 120 11919 11929
41. K. Laidler C. King J. Phys. Chem. 1983 87 2657 2664
42. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayley et al. J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
43. D. Hamelberg C. A. F. De Oliveira J. A. McCammon J. Chem. Phys. 2007 127 155102
44. C. A. F. De Oliveira D. Hamelberg J. A. McCammon J. Phys. Chem. B 2006 110 22695 22701
45. I. Massova P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1999 121 8133 8143
46. D. D. L. Minh D. Hamelberg J. A. McCammon J. Chem. Phys. 2007 127 154105
47. C. A. F. De Oliveira D. Hamelberg J. A. McCammon J. Chem. Phys. 2007 127 175105
48. L. J. Yang M. P. Grubb Y. Q. Gao J. Chem. Phys. 2007 126 125102
49. D. Hamelberg T. Shen J. A. McCammon J. Chem. Phys. 2005 122 241103
50. D. Hamelberg T. Shen J. A. McCammon J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1969 1974
51. D. Hamelberg T. Shen J. A. McCammon J. Chem. Phys. 2006 125 094905
52. A. De Simone G. G. Dodson C. S. Verma A. Zagari F. Fraternali Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 7535 7540
53. A. Der L. Kelemen L. Fabian S. G. Taneva E. Fodor T. Pali A. Cupane M. G. Cacace J. J. Ramsden J. Phys. Chem. B 2007 111 5344 5350
54. Y. Levy J. N. Onuchic Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2006 35 389 415
55. D. Hamelberg J. A. McCammon J. Am. Chem. Soc. 2005 127 13778 13779
56. P. R. L. Markwick T. Malliavin M. Nilges PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000168
57. P. R. L. Markwick G. Bouvignies M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2007 129 4724 4730
58. P. R. L. Markwick G. Bouvignies L. Salmon J. A. McCammon M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2009 131 16968 16975
59. C. F. Cervantes P. R. L. Markwick S.-C. Sue J. A. McCammon H. J. Dyson E. A. Komives Biochemistry 2009 48 8023 8031
60. P. R. L. Markwick C. F. Cervantes B. L. Abel E. A. Komives M. Blackledge J. A. McCammon J. Am. Chem. Soc. 2010 132 1220 1221
61. D. Bucher B. J. Grant P. R. L. Markwick J. A. McCammon PLoS Comput. Biol. 2011 7 e1002034
62. C. Tang C. D. Schwieters G. M. Clore Nature 2007 449 7165 1078 1082
63. B. J. Grant A. A. Gorfe J. A. McCammon PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000325
64. P. Bernado L. Blanchard P. Timmins D. Marion R. W. H. Ruigrok M. Blackledge Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 17002 17007
65. P. Bernado C. W. Bertocini C. Griesinger M. Zweckstetter M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2005 127 17968 17969
66. M. D. Mukrash P. Markwick J. Biernat M. von Bergen P. Bernado C. Griesinger E. Mandelkow M. Zweckstetter M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2007 129 5235 5243
67. M. Wells H. Tidow T. J. Rutherford P. Markwick M. R. Jensen E. Mylonas D. I. Svergun M. Blackledge A. R. Fersht Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 5762 5767
68. C. A. F. De Oliveira D. Hamelberg J. A. McCammon J. Chem. Theory Comput. 2008 4 1516 1525
69. S. L. Williams C. A. F. De Oliveira J. A. McCammon J. Chem. Theory Comput. 2010 6 560 568
70. J. Wereszczynski J. A. McCammon J. Chem. Theory Comput. 2010 6 3285 3292
71. M. Fajer D. Hamelberg J. A. McCammon J. Chem. Theory Comput. 2008 4 1565 1569
72. S. Kumar D. Bouzida R. H. Swendsen P. A. Kollman J. M. Rosenberg J. Comput. Chem. 1992 13 1011 1021
73. P. Maragakis M. Spichty M. Karplus Phys. Rev. Lett. 2006 96 100602
74. M. R. Shirts J. D. Chodera J. Chem. Phys. 2008 129 124105
75. M. Fajer R. V. Swift J. A. McCammon J. Comput. Chem. 2009 30 1719 1725
76. P. R. L. Markwick L. C. T. Pierce D. B. Goodin J. A. McCammon J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 158 164
77. D. Bucher L. C. T. Pierce J. A. McCammon P. R. L. Markwick J. Chem. Theory Comput. 2011 7 890 897
78. L. C. T. Pierce P. R. L. Markwick J. A. McCammon N. L. Doltsinis J. Chem. Phys. 2011 134 174107
79. A. K. Faradjian R. Elber J. Chem. Phys. 2004 120 10880 10889
80. A. M. West R. Elber D. Shalloway J. Chem. Phys. 2007 126 145104
81. L. C. T. Pierce, R. L. Walker, P. R. L. Markwick and J. A. McCammon, in progress
82. Y. Wang C. B. Harrison K. Schulten J. A. McCammon Comput. Sci. Discov. 2011 4 015002