Computational probe of cavitation events in protein systems

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 44, 2011, Pages 19902-19910

  Wang, Jihang ^a   Kudesia, Shobhit ^a   Bratko, Dusan ^a   Luzar, Alenka ^a  

^a VIRGINIA COMMONWEALTH UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIGNAN; MELITTIN; WATER;

ARTICLE; BINDING SITE; CHEMICAL PHENOMENA; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; MONTE CARLO METHOD;

BINDING SITES; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC INTERACTIONS; LIGNANS; MELITTEN; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MONTE CARLO METHOD; WATER;

EID: 80455129248     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp22082a     Document Type: Article

References (77)

1. B. Widom P. Bhimalapuram K. Koga Phys. Chem. Chem. Phys. 2003 5 3085 3093
2. S. Granick S. C. Bae Science 2008 322 1477 1478
3. P. Ball Chem. Rev. 2008 108 74 108
4. K. A. Dill Biochemistry 1990 29 7133 7155
5. H. J. Dyson P. E. Wright H. A. Scheraga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 13057
6. L. Wang B. J. Berne R. A. Friesner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 1326
7. R. Baron P. Setny J. A. McCammon J. Am. Chem. Soc. 2010 132 12091 12097
8. C. Wu J. E. Shea Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 209 220
9. J. L. England V. J. Pande Biochem. Cell Biol. 2010 88 359 369
10. F. H. Stillinger J. Solution Chem. 1973 2 141 158
11. B. J. Berne Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 8800 8803
12. B. Borstnik G. W. Robinson A. D. J. Haymet M. Paulaitis et al. Faraday Discuss. 1996 103 203 226
13. K. Lum D. Chandler J. D. Weeks J. Phys. Chem. B 1999 103 4570 4577
14. S. Rajamani T. M. Truskett S. Garde Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 9475 9480
15. P. Varilly A. J. Patel D. Chandler J. Chem. Phys. 2011 134 074109
16. P. J. Rossky Faraday Discuss. 2010 146 13 18
17. A. Luzar S. Svetina B. Zeks Chem. Phys. Lett. 1983 96 485 490
18. C. Y. Lee J. A. McCammon P. J. Rossky J. Chem. Phys. 1984 80 4448 4455
19. A. Luzar S. Svetina B. Zeks J. Chem. Phys. 1985 82 5146 5154
20. I. V. Stiopkin C. Weeraman P. A. Pieniazek F. Y. Shalhout J. L. Skinner A. V. Benderskii Nature 2011 474 192 195
21. A. Luzar D. Bratko L. Blum J. Chem. Phys. 1987 86 2955 2959
22. K. Lum A. Luzar Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 1997 56 R6283 R6286
23. J. N. Israelachvili, Intermolecular and Surface Forces, Academic Press, 3rd edn, 2011
24. A. Luzar J. Phys. Chem. B 2004 108 19859 19866
25. C. A. Cerdeirina P. G. Debenedetti P. J. Rossky N. Giovambattista J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 1000 1003
26. Y. Levy N. J. Onuchic Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2006 35 389 415
27. B. J. Berne J. D. Weeks R. H. Zhou Annu. Rev. Phys. Chem. 2009 60 85 103
28. C. Eun M. L. Berkowitz J. Phys. Chem. B 2010 114 13410 13414
29. G. Hummer Nat. Chem. 2010 2 906 907
30. R. Abel T. Young R. Farid B. J. Berne R. A. Friesner J. Am. Chem. Soc. 2008 130 2817 2831
31. T. Cellmer D. Bratko J. M. Prausnitz H. Blanch Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 11692 11697
32. Q. Huang S. W. Ding C. Y. Hua H. C. Yang C. L. Chen J. Chem. Phys. 2004 121 1969 1977
33. R. B. Hill W. F. Degrado J. Am. Chem. Soc. 1998 120 1138
34. R. B. Hill D. P. Raleigh A. Lombard W. F. Degrado Acc. Chem. Res. 2000 33 745
35. X. H. Huang R. H. Zhou B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2005 109 3546 3552
36. L. Hua X. H. Huang P. Liu R. H. Zhou B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2007 111 9069 9077
37. P. Liu X. H. Huang R. H. Zhou B. J. Berne Nature 2005 437 159 162
38. T. Young L. Hua X. H. Huang R. Abel R. Friesner B. J. Berne Proteins-Structure Function and Bioinformatics 2010 78 1856 1869
39. R. H. Zhou X. H. Huang C. J. Margulis B. J. Berne Science 2004 305 1605 1609
40. J. Qvist M. Davidovic D. Hamelberg B. Halle Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 6296 6301
41. A. Luzar K. Leung J. Chem. Phys. 2000 113 5836 5844
42. K. Leung A. Luzar J. Chem. Phys. 2000 113 5845 5852
43. P. R. ten Wolde D. Chandler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 6539 6543
44. T. F. Miller E. Vanden-Eijnden D. Chandler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 14559 14564
45. J. Dzubiella An. Acad. Bras. Cienc. 2010 82 3 12
46. A. P. Willard D. Chandler J. Phys. Chem. B 2008 112 6187 6192
47. D. Bratko H. W. Blanch J. Chem. Phys. 2001 114 561 569
48. D. B. Teplow N. D. Lazo G. Bitan S. Bernstein T. Wyttenbach M. T. Bowers A. Baumketner J. E. Shea B. Urbanc L. Cruz J. Borreguero H. E. Stanley Acc. Chem. Res. 2006 39 635 645
49. E. A. Guggenheim Proc. R. Soc. London, Ser. A 1994 183 213
50. P. Pendzig W. Dieterich A. Nitzan J. Chem. Phys. 1997 106 3703
51. A. J. Liu M. E. Fisher Phys. A 1989 156 35
52. K. K. Mon D. P. Landau D. Stauffer Phys. Rev. B: Condens. Matter 1990 42 545
53. K. A. Dill and S. Bromberg, Molecular Driving Forces, Garland Science, New York, 2011, 2nd edn
54. J. Kyte R. F. Doolittle J. Mol. Biol. 1982 157 105 132
55. G. D. Rose A. R. Geselowitz J. L. Gleen R. H. Lee M. H. Zehfus Science 1985 229 834
56. Y. K. Cheng P. J. Rossky Nature 1998 392 696 699
57. N. Giovambattista P. G. Debenedetti P. J. Rossky J. Phys. Chem. C 2007 111 1323 1332
58. H. Acharya S. Ranganathan S. N. Jamadagni S. Garde Faraday Discuss. 2010 146 353
59. J. H. Wang D. Bratko A. Luzar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 16 6374 6379
60. D. P. Landau and K. Binder, A guide to Monte Carlo simulations in statistical physics, Cambridge University Press, 3rd edn, 2009
61. M. E. J. Newman and G. T. Barkema, Monte Carlo methods in statistical physics, Clarendon Press, NY, 1999
62. R. J. Glauber J. Math. Phys. 1963 4 294
63. K. Kawasaki Phys. Rev. 1966 145 224
64. D. Frenkel and B. Smit, Understanding Molecular Simulation, from Algorithms to Applications, Academic Press, 2002
65. K. Leung A. Luzar D. Bratko Phys. Rev. Lett. 2003 90 065502
66. J. Hautman M. L. Klein Phys. Rev. Lett. 1991 67 1763 1766
67. N. Giovambattista P. G. Debenedetti P. J. Rossky Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 15181 15185
68. T. C. Terwilliger D. Eisenberg J. Biol. Chem. 1982 257 6010 6015
69. P. Setny Z. Wang L. T. Cheng B. Li J. A. McCammon J. Dzubiella Phys. Rev. Lett. 2009 103 187801
70. D. Bratko R. A. Curtis H. W. Blanch J. M. Prausnitz J. Chem. Phys. 2001 115 3873 3877
71. S. N. Jamadagni R. Godawat S. Garde Annu. Rev. Chem. Biomol. Eng. 2011 2 147 71
72. N. Giovambattista P. J. Rossky P. G. Debenedetti Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2006 73 041604
73. B. Y. Qin M. C. Bewley L. K. Creamer H. M. Baker E. N. Baker G. B. Jameson Biochemistry 1998 37 14014 14023
74. H. J. Woo P. A. Monson Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2003 67 041207
75. N. Kikuchi A. Gent J. Yeomans Eur. Phys. J. E 2002 9 63
76. D. H. Robinson S. Zaleski Rev. Mod. Phys. 1994 66 1412
77. M. Ahmad W. Gu T. Geyer V. Helms Nat. Commun. 2011 2 261