A universal multiplex PCR strategy for 100-plex amplification using a hydrophobically patterned microarray

Lab on a Chip

Volumn 11, Issue 21, 2011, Pages 3609-3618

  Li, Yang ^a,b   Guo, Shu Juan ^a,b   Shao, Ning ^a,b   Tu, Shun ^a,b   Xu, Miao ^c   Ren, Zhao Rui ^c   Ling, Xing ^d   Wang, Guo Qing ^e   Lin, Zhi Xin ^a   Tao, Sheng Ce ^a,b  

^a Chinese National Human Genome Center at Shanghai   (China)

^b School of Medicine   (China)

^c SHANGHAI JIAO TONG UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (China)

^d SHANGHAI JIAO TONG UNIVERSITY   (China)

^e NATIONAL ENGINEERING RESEARCH CENTER FOR BEIJING BIOCHIP TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BACTERIAL DNA; PRIMER DNA;

ARTICLE; BACTERIUM IDENTIFICATION; DNA MICROARRAY; DUCHENNE MUSCULAR DYSTROPHY; EQUIPMENT DESIGN; EXON; GEL ELECTROPHORESIS; GENE AMPLIFICATION; HUMAN; HYDROPHILICITY; HYDROPHOBICITY; LAB ON A CHIP; MULTIPLEX POLYMERASE CHAIN REACTION; MULTIPLEX POLYMERASE CHAIN REACTION ON A HYDROPHOBICALLY AND HYDROPHILICALLY PATTERNED MICROARRAY; NONHUMAN; NUCLEIC ACID ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL;

EID: 80054026283     PISSN: 14730197     EISSN: 14730189     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1lc20526a     Document Type: Article

References (43)

1. D. L. Wheeler T. Barrett D. A. Benson S. H. Bryant K. Canese V. Chetvernin D. M. Church M. DiCuccio R. Edgar S. Federhen Nucleic Acids Res. 2006 35 D5
2. J. S. Chamberlain R. A. Gibbs J. E. Ranier P. N. Nguyen C. T. Caskey Nucleic Acids Res. 1988 16 11141
3. J. S. Chamberlain R. A. Gibbs J. E. Ranier C. T. Caskey PCR protocols: a guide to methods and applications 1990 272
4. A. H. Beggs M. Koenig F. M. Boyce L. M. Kunkel Hum. Genet. 1990 86 45
5. F. Zeng Z. R. Ren S. Z. Huang M. Kalf M. Mommersteeg M. Smit S. White C. L. Jin M. Xu D. W. Zhou Hum. Mutat. 2008 29 190
6. C. X. Li Q. Pan Y. G. Guo Y. Li H. F. Gao D. Zhang H. Hu W. L. Xing K. Mitchelson K. Xia P. Dai J. Cheng Hum. Mutat. 2008 29 306
7. E. M. Elnifro A. M. Ashshi R. J. Cooper P. E. Klapper Clin. Microbiol. Rev. 2000 13 559
8. S. R. Kim C. S. Ki N. Y. Lee J. Virol. Methods 2009 156 111
9. R. D. Stedtfeld S. W. Baushke D. M. Tourlousse S. M. Miller T. M. Stedtfeld E. Gulari J. M. Tiedje S. A. Hashsham Appl. Environ. Microbiol. 2008 74 3831
10. S. L. Bai J. Zhang S. C. Li H. D. Chen W. Terzaghi X. Zhang X. R. Chi J. Tian H. X. Luo W. S. Huang Y. Chen Y. C. Zhang J. Agric. Food Chem. 2010 58 8490
11. N. Marmiroli E. Maestri M. Gulli A. Malcevschi C. Peano R. Bordoni G. De Bellis Anal. Bioanal. Chem. 2008 392 369
12. D. Morisset D. Dobnik S. Hamels J. Zel K. Gruden Nucleic Acids Res. 2008 36 e118
13. R. Tewhey J. B. Warner M. Nakano B. Libby M. Medkova P. H. David S. K. Kotsopoulos M. L. Samuels J. B. Hutchison J. W. Larson E. J. Topol M. P. Weiner O. Harismendy J. Olson D. R. Link K. A. Frazer Nat. Biotechnol. 2009 27 1025
14. G. J. Porreca K. Zhang J. B. Li B. Xie D. Austin S. L. Vassallo E. M. LeProust B. J. Peck C. J. Emig F. Dahl Y. Gao G. M. Church J. Shendure Nat. Methods 2007 4 931
15. M. F. Polz C. M. Cavanaugh Appl.Environ.Microbiol. 1998 64 3724
16. P. Markoulatos N. Siafakas M. Moncany J. Clin. Lab. Anal. 2002 16 47
17. O. Henegariu N. A. Heerema S. R. Dlouhy G. H. Vance P. H. Vogt Biotechniques 1997 23 504
18. Z. Shen W. Qu W. Wang Y. Lu Y. Wu Z. Li X. Hang X. Wang D. Zhao C. Zhang BMC Bioinformatics 2010 11 143
19. J. Shum N. Paul Anal. Biochem. 2009 388 266
20. J. Han D. C. Swan S. J. Smith S. H. Lum S. E. Sefers E. R. Unger Y. W. Tang J. Clin. Microbiol. 2006 44 4157
21. C. Wang C. M. Sanders Q. Yang J. Schroeder E. Wang F. Babrzadeh B. Gharizadeh R. M. Myers J. Hudson R. W. Davis J. Han Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 1518
22. N. E. Broude L. Zhang K. Woodward D. Englert C. R. Cantor Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 206
23. T. Hanselle M. Otte T. Schnibbe E. Smythe F. Krieg-Schneider Leg.Med. (Tokyo) 2003 5 Suppl 1 S145
24. M. Szemes P. Bonants M. De Weerdt J. Baner U. Landegren C. D. Schoen Nucleic Acids Res. 2005 33 e70
25. P. Hardenbol J. Baner M. Jain M. Nilsson E. A. Namsaraev G. A. Karlin-Neumann H. Fakhrai-Rad M. Ronaghi T. D. Willis U. Landegren R. W. Davis Nat. Biotechnol. 2003 21 673
26. L. S. Meuzelaar O. Lancaster J. P. Pasche G. Kopal A. J. Brookes Nat. Methods 2007 4 835
27. H. Nagai Y. Murakami K. Yokoyama E. Tamiya Biosens. Bioelectron. 2001 16 1015
28. Y. Matsubara K. Kerman M. Kobayashi S. Yamamura Y. Morita E. Tamiya Biosens. Bioelectron. 2005 20 1482
29. N. Ramalingam H. B. Liu C. C. Dai Y. Jiang H. Wang Q. Wang Biomed. Microdevices 2009 1007
30. N. Ramalingam Z. Rui H. B. Liu C. C. Dai R. Kaushik B. Ratnaharika H. Q. Gong Sens. Actuators, B 2010 145 543
31. N. B. Trung M. Saito H. Takabayashi H. V. Pham E. Tamiya Y. Takamura Sens. Actuators, B 2010 149 284
32. F. Shen W. Du E. K. Davydova M. A. Karymov J. Pandey R. F. Ismagilov Anal. Chem. 2010 82 4606
33. T. Garyantes. Virtual wells for use in high throughput screening assays. Merck & Co., Inc. 09/601,708[US 6565813 B1]. 5-20-2003
34. T. Morrison J. Hurley J. Garcia K. Yoder A. Katz D. Roberts J. Cho T. Kanigan S. E. Ilyin D. Horowitz J. M. Dixon C. J. H. Brenan Nucleic Acids Res. 2006 34 e1
35. M. Baker Nat. Methods 2010 7 351
36. Y. Mourzina A. Steffen A. Offenhausser Microsystem Technologies-Micro-and Nanosystems-Information Storage and Processing Systems 2005 11 135
37. K. M. Evans-Nguyen S. C. Tao H. Zhu R. J. Cotter Anal. Chem. 2008 80 1448
38. J. S. Chamberlain, R. A. Gibbs, J. E. Ranier, and C. T. Caskey, in PCR protocols: a guide to methods and applications, ed., M. A. Innis, D. H. Gelfand, J. J. Sninsky, T. J. White, Academic Press, New York, 1990, pp. 272-281
39. T. R. Hughes M. Mao A. R. Jones J. Burchard M. J. Marton K. W. Shannon S. M. Lefkowitz M. Ziman J. M. Schelter M. R. Meyer Nat. Biotechnol. 2001 19 342
40. I. Schneegass R. Brautigam J. M. Kohler Lab Chip 2001 1 42
41. T. El-Toukhy H. Bickerstaff S. Meller Curr. Opin. Pediatr. 2010 22 28
42. E. A. Ottesen J. W. Hong S. R. Quake J. R. Leadbetter Science 2006 314 1464
43. S. O. Sundberg C. T. Wittwer C. Gao B. K. Gale Anal. Chem. 2010 82 1546