Predicting hydration Gibbs energies of alkyl-aromatics using molecular simulation: A comparison of current force fields and the development of a new parameter set for accurate solvation data

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 38, 2011, Pages 17384-17394

  Garrido, Nuno M ^a   Jorge, Miguel ^a   Queimada, António J ^a   Gomes, José R B ^b   Economou, Ioannis G ^c   MacEdo, Eugénia A ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

^b UNIVERSITY OF AVEIRO   (Portugal)

^c KHALIFA UNIVERSITY   (United Arab Emirates)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BENZENE DERIVATIVE; WATER;

ARTICLE; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; THERMODYNAMICS;

BENZENE DERIVATIVES; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; THERMODYNAMICS; WATER;

EID: 80053240061     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1cp21245a     Document Type: Article

References (88)

1. P. A. Kollman Chem. Rev. 1993 93 2395
2. W. L. Jorgensen L. L. Thomas J. Chem. Theory Comput. 2008 4 869
3. D. L. Beveridge F. M. Dicapua Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1989 18 431
4. M. Gilson H. Zhou Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2007 36 21
5. J. Westergren L. Lindfors T. Hoglund K. Luder S. Nordholm R. Kjellander J. Phys. Chem. B 2007 111 1872
6. D. S. Palmer A. Llinas I. Morao G. M. Day J. M. Goodman R. C. Glen J. B. O. Mitchell Mol. Pharmacol. 2008 5 266
7. N. M. Garrido A. J. Queimada M. Jorge E. A. Macedo I. G. Economou J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2436
8. N. M. Garrido M. Jorge A. J. Queimada E. A. Macedo I. G. Economou Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 9155
9. M. R. Shirts D. L. Mobley J. D. Chodera Annu. Rep. Comput. Chem. 2007 3 41
10. W. L. Jorgensen Science 2004 303 1813
11. W. L. Jorgensen E. M. Duffy Bioorg. Med. Chem. Lett. 2000 10 1155
12. J. P. Guthrie J. Phys. Chem. B 2009 113 4501
13. N. M. Garrido M. Jorge A. J. Queimada I. G. Economou E. A. Macedo Fluid Phase Equilib. 2010 289 148
14. M. R. Shirts J. W. Pitera W. C. Swope V. S. Pande J. Chem. Phys. 2003 119 5740
15. M. R. Shirts V. S. Pande J. Chem. Phys. 2005 122 134508
16. D. L. Mobley C. I. Bayly M. D. Cooper M. R. Shirts K. A. Dill J. Chem. Theory Comput. 2009 5 350
17. B. Hess N. F. A. van der Vegt J. Phys. Chem. B 2006 110 17616
18. J. E. Davis S. Patel Chem. Phys. Lett. 2010 484 173
19. M. Udier-Blagovic P. M. De Tirado S. A. Pearlman W. L. Jorgensen J. Comput. Chem. 2004 25 1322
20. R. C. Rizzo W. L. Jorgensen J. Am. Chem. Soc. 1999 121 4827
21. D. L. Mobley E. Dumont J. D. Chodera K. A. Dill J. Phys. Chem. B 2007 111 2242
22. W. F. van Gunsteren D. Bakowies R. Baron I. Chandrasekhar M. Christen X. Daura P. Gee D. P. Geerke A. Glättli P. H. Hünenberger M. A. Kastenholz C. Oostenbrink M. Schenk D. Trzesniak N. F. A. van der Vegt H. B. Yu Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 4064
23. I. Leontyev A. Stuchebrukhov Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 2613
24. I. V. Leontyev A. A. Stuchebrukhov J. Chem. Phys. 2009 130 085102
25. W. C. Swope H. W. Horn J. E. Rice J. Phys. Chem. B 2010 114 8631
26. W. C. Swope H. W. Horn J. E. Rice J. Phys. Chem. B 2010 114 8621
27. N. M. Garrido A. J. Queimada M. Jorge I. G. Economou E. A. Macedo Fluid Phase Equilib. 2010 296 110
28. C. A. Hunter Chem. Soc. Rev. 1994 23 101
29. T. Benzing T. Tjivikua J. Wolfe J. Rebek Science 1988 242 266
30. A. V. Muehldorf D. Vanengen J. C. Warner A. D. Hamilton J. Am. Chem. Soc. 1988 110 6561
31. P. Hobza H. L. Selzle E. W. Schlag Chem. Rev. 1994 94 1767
32. W. L. Jorgensen D. S. Maxwell J. Tirado-Rives J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11225
33. B. Chen J. I. Siepmann J. Phys. Chem. B 1999 103 5370
34. M. G. Martin J. I. Siepmann J. Phys. Chem. B 1998 102 2569
35. M. G. Martin J. I. Siepmann J. Phys. Chem. B 1999 103 4508
36. B. Chen J. I. Potoff J. I. Siepmann J. Phys. Chem. B 2001 105 3093
37. N. Rai J. I. Siepmann J. Phys. Chem. B 2007 111 10790
38. X. Daura A. E. Mark W. F. van Gunsteren J. Comput. Chem. 1998 19 535
39. C. Oostenbrink A. Villa A. E. Mark W. F. Van Gunsteren J. Comput. Chem. 2004 25 1656
40. A. Reed R. Weinstock F. Weinhold J. Chem. Phys. 1985 83 735
41. A. Leach, Molecular Modeling: Principles and Applications, 1st edn, Prentice-Hall, 2001
42. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435
43. J. G. Kirkwood J. Chem. Phys. 1935 3 300
44. C. Chipot and A. Pohorille, Free Energy Calculations - Theory and Applications in Chemistry and Biology, Springer, Berlin, 2007
45. A. Pohorille C. Jarzynski C. Chipot J. Phys. Chem. B 2010 114 10235
46. Y. Deng B. Roux J. Phys. Chem. B 2004 108 16567
47. M. Jorge N. M. Garrido A. J. Queimada I. G. Economou E. A. Macedo J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1018
48. T. M. R. Beuler R. C. van Schaik P. R. Gerber W. F. van Gunsteren Chem. Phys. Lett. 1994 222 529
49. J. W. Pitera W. F. Van Gunsteren Mol. Simul. 2002 28 45
50. W. van Gunsteren H. Berendsen Mol. Simul. 1988 1 173
51. B. Hess H. Bekker H. J. C. Berendsen J. Fraaije J. Comput. Chem. 1997 18 1463
52. S. Miyamoto P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1992 13 952
53. F. S. Lee A. Warshel J. Chem. Phys. 1992 97 3100
54. D. Shivakumar J. Williams Y. J. Wu W. Damm J. Shelley W. Sherman J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1509
55. G. C. Boulougouris I. G. Economou D. N. Theodorou J. Phys. Chem. B 1998 102 1029
56. H. J. C. Berendsen J. R. Grigera T. P. Straatsma J. Phys. Chem. 1987 91 6269
57. N. Garrido M. Jorge A. Queimada I. Economou E. Macedo Fluid Phase Equilib. 2010 289 148
58. W. F. van Gunsteren H. J. C. Berendsen Mol. Phys. 1982 45 637
59. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. Dinola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684
60. D. C. Liu J. Nocedal Math. Program. 1989 45 503
61. W. G. Hoover Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1985 31 1695
62. S. Nose Mol. Phys. 1984 52 255
63. M. Parrinello A. Rahman J. Appl. Phys. 1981 52 7182
64. I. Cibulka T. Takagi J. Chem. Eng. Data 1999 44 411
65. D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, A. Buuren, E. Apol, P. Meuulenhof, D. Tieleman, A. Sijbers, K. Feenstra, R. Drunen and H. Berendsen, Gromacs user manual - version 3.3, The Netherlands, 2006
66. H. W. Horn W. C. Swope J. W. Pitera J. D. Madura T. J. Dick G. L. Hura T. Head-Gordon J. Chem. Phys. 2004 120 9665
67. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
68. A. D. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 3098
69. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian 03, Revision C.01, Gaussian Inc., Wallingford, CT, 2004
70. W. J. Hehre R. Ditchfield J. A. Pople J. Chem. Phys. 1972 56 2257
71. P. C. Hariharan J. A. Pople Theor. Chim. Acta 1973 28 13
72. J. R. B. Gomes J. Phys. Chem. A 2009 113 1628
73. J. R. B. Gomes M. A. V. Ribeiro da Silva Int. J. Quantum Chem. 2005 101 860
74. A. E. Reed R. B. Weinstock F. A. Weinhold J. Chem. Phys. 1985 83 735
75. C. M. Breneman K. B. Wiberg J. Comput. Chem. 1990 11 361
76. I. V. Leontyev M. V. Vener I. V. Rostov M. V. Basilevsky M. D. Newton J. Chem. Phys. 2003 119 8024
77. E. Sigfridsson U. Ryde J. Comput. Chem. 1998 19 377
78. U. C. Singh P. A. Kollman J. Comput. Chem. 1984 5 129
79. L. F. Pacios P. C. Gomes THEOCHEM 2001 544 237
80. J. R. B. Gomes M. N. D. S. Cordeiro M. Jorge Geochim. Cosmochim. Acta 2008 72 4421
81. K. Wiberg P. Rablen J. Comput. Chem. 1993 14 1504
82. G. Hummer L. R. Pratt A. E. Garca J. Phys. Chem. 1996 100 1206
83. I. V. Leontyev A. A. Stuchebrukhov J. Chem. Theory Comput. 2010 6 3153
84. E. Hecht, Optics: International Edition, 4th edn, Pearson Higher Education, 2003
85. A. H. Narten J. Chem. Phys. 1977 67 2102
86. W. L. Jorgensen D. L. Severance J. Am. Chem. Soc. 1990 112 4768
87. L. S. Bartelll L. R. Sharkey X. Shi J. Am. Chem. Soc. 1988 110 7006
88. T. A. Pascal S.-T. Lin W. A. Goddard III Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 169