Solvation structure and dynamics of Ni2+(aq) from first principles

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 9, 2011, Pages 2937-2946

  Mareš, Jiří ^a   Liimatainen, Helmi ^b   Laasonen, Kari ^c   Vaara, Juha ^a  

^a UNIVERSITY OF OULU   (Finland)

^b UNIVERSITY OF HELSINKI   (Finland)

^c AALTO UNIVERSITY   (Finland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 80052790959     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200320z     Document Type: Article

References (80)

1. Ohtaki, H.; Radnai, T. Chem. Rev. 1993, 93, 1157
2. Inada, Y.; Hayashi, H.; Sugimoto, K.; Funahashi, S. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 1401
3. D'Angelo, P.; Barone, V.; Chillemi, G.; Sanna, N.; Meyer-Klaucke, W.; Pavel, N. V. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1958
4. Bounds, D. G. Mol. Phys. 1985, 54, 1335
5. Natália, M.; Cordeiro, D. S.; Ignaczak, A.; Gomes, J. A. N. F. Chem. Phys. 1993, 176, 97
6. Odelius, M.; Ribbing, C.; Kowalewski, J. J. Chem. Phys. 1995, 103, 1800
7. Inada, Y.; Loeffler, H. H.; Rode, B. M. Chem. Phys. Lett. 2002, 358, 449
8. Inada, Y.; Mohammed, A. M.; Loeffler, H. H.; Rode, B. M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 6783
9. Chillemi, G.; D'Angelo, P.; Pavel, N. V.; Sanna, N.; Barone, V. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1968
10. Loffler, H. H.; Mohammed, A. M.; Inada, Y.; Funahashi, S. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1944
11. Clavaguéra, C.; Calvo, F.; Dognon, J. P. J. Chem. Phys. 2006, 124, 74505
12. Piquemal, J.; Perera, L.; Cisneros, G. A.; Ren, P.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 54511
13. Villa, A.; Hess, B.; Saint-Martin, H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 7270
14. Lyubartsev, A. P.; Laasonen, K.; Laaksonen, A. J. Chem. Phys. 2001, 114, 3120
15. Bakó, I.; Hutter, J.; Pálinkás, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 9838
16. Lightstone, F. C.; Schwegler, E.; Allesch, M.; Gygi, F.; Galli, G. ChemPhysChem 2005, 6, 1745
17. Ikeda, T.; Boero, M.; Terakura, K. J. Chem. Phys. 2007, 126, 34501
18. Todorova, T.; Hünenberger, P. H.; Hutter, J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 779
19. Petit, L.; Vuilleumier, R.; Maldivi, P.; Adamo, C. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1040
20. Saukkoriipi, J.; Laasonen, K. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 993
21. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471
22. Marx, D.; Hutter, J. Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry, 2 nd ed.; John von Neumann Institute for Computing: Jülich, Germany, 2000; Vol. 3, p 329.
23. Hobza, P.; Šponer, J.; Reschel, T. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1315
24. Laasonen, K.; Sprik, M.; Parrinello, M.; Car, R. J. Chem. Phys. 1993, 99, 9080
25. Kuo, I. W.; Mundy, C. J.; McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; VandeVondele, J.; Sprik, M.; Hutter, J.; Chen, B.; Klein, M. L.; Mohamed, F.; Krack, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12990
26. Todorova, T.; Seitsonen, A. P.; Hutter, J.; Kuo, I. W.; Mundy, C. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3685
27. Lee, H.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 164501
28. Schmidt, J.; VandeVondele, J.; Kuo, I. W.; Sebastiani, D.; Siepmann, J. I.; Hutter, J.; Mundy, C. J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11959
29. Kühne, T. D.; Krack, M.; Parrinello, M. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 235
30. Kuo, I. W.; Mundy, C. J.; McGrath, M. J.; Siepmann, J. I. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1274
31. Neese, F. ORCA; University of Bonn: Bonn, Germany, 2009.
32. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865
33. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 1396
34. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098
35. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785
36. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200
37. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648
38. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623
39. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372
40. Grimme, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9095
41. Weigend, F.; Ahlrichs, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3297
42. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435
43. VandeVondele, J.; Krack, M.; Mohamed, F.; Parrinello, M.; Chassaing, T.; Hutter, J. Comput. Phys. Commun. 2005, 167, 103
44. The CP2K depelopers group. http://cp2k.berlioz.de/ (accessed Jul 27, 2011).
45. Goedecker, S.; Teter, M.; Hutter, J. Phys. Rev. B 1996, 54, 1703
46. Swope, W. C.; Andersen, H. C.; Berens, P. H.; Wilson, K. R. J. Chem. Phys. 1982, 76, 637
47. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33
48. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford University Press: New York, 1989; p 60.
49. Eckart, C. Phys. Rev. 1935, 47, 552
50. Vaara, J.; Lounila, J.; Ruud, K.; Helgaker, T. J. Chem. Phys. 1998, 109, 8388
51. Cohen, A. J.; Mori-Sánchez, P.; Yang, W. Science 2008, 321, 792
52. Mareš, J.; Liimatainen, H.; Pennanen, T. O.; Vaara, J. Submitted for publication.
53. Neilson, G. W.; Enderby, J. E. J. Phys. C: Solid State 1978, 11, L625
54. Newsome, J.; Neilson, G.; Enderby, J.; Sandström, M. Chem. Phys. Lett. 1981, 82, 399
55. Yazyev, O. V.; Helm, L. J. Chem. Phys. 2007, 127, 84506
56. Ren, P.; Ponder, J. W. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5933
57. Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1463
58. Zimmerli, U.; Parrinello, M.; Koumoutsakos, P. J. Chem. Phys. 2004, 120, 2693
59. Soper, A. K. Chem. Phys. 2000, 258, 121
60. Hura, G.; Sorenson, J. M.; Glaeser, R. M.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9140
61. Paesani, F.; Zhang, W.; Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 184507
62. Paesani, F.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 5702
63. Laage, D.; Hynes, J. T. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 14230
64. Mills, R. J. Phys. Chem. 1973, 77, 685
65. Rezus, Y. L. A.; Bakker, H. J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 114502
66. Woutersen, S.; Emmerichs, U.; Bakker, H. J. Science 1997, 278, 658
67. Jonas, J. J. Chem. Phys. 1976, 65, 582
68. Tielrooij, K.; Petersen, C.; Rezus, Y.; Bakker, H. Chem. Phys. Lett. 2009, 471, 71
69. Laage, D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 2684
70. Bakker, H. J.; Skinner, J. L. Chem. Rev. 2010, 110, 1498
71. Grant, D. M.; Brown, R. A. In Encyclopedia of NMR Spectroscopy; Grant, D. M.; Harris, R. K., Eds.; Wiley: New York, 1996; p 4003.
72. Fernández-Serra, M. V.; Artacho, E. J. Chem. Phys. 2004, 121, 11136
73. Sit, P. H.; Marzari, N. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204510
74. Evans, M.; Refson, K.; Swamy, K.; Lie, G.; Clementi, E. Phys. Rev. A 1987, 36, 3935
75. de la Peña, L. H.; Kusalik, P. G. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5992
76. Impey, R. W.; Madden, P. A.; McDonald, I. R. Mol. Phys. 1982, 46, 513
77. Novikov, A.; Lisichkin, Y.; Fomichev, N. J. Struct. Chem+. 1990, 31, 574
78. Swart, M.; Solà, M.; Bickelhaupt, F. M. J. Comput. Chem. 2011, 32, 1117
79. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. Chem. Phys. Lett. 1974, 28, 578
80. Ducommun, Y.; Earl, W. L.; Merbach, A. E. Inorg. Chem. 1979, 18, 2754