Car-parrinello molecular dynamics simulations of CaCl2 aqueous solutions

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 5, 2008, Pages 779-789

  Todorova, Teodora ^a,c   Hünenberger, Philippe H ^b   Hutter, Jürg ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

^b ETH ZURICH   (Switzerland)

^c PAUL SCHERRER INSTITUTE   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 58149145353     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700302m     Document Type: Article

References (73)

1. da Silva, J. F.; Williams, R. The Biological Chemistry of the Elements; Clarendon Press: Oxford, 1991; pp 278-314.
2. Probst, M.; Radnai, T.; Heinzinger, K.; Bopp, P.; Rode, B. J. Phys. Chem. 1985, 89, 753-759.
3. Albright, J. J. Chem. Phys. 1972, 1972, 3783.
4. Smirnov, P.; Yamagami, M.; Wakita, H.; Yamaguchi, T. J. Mol. Liq. 1997, 73-4, 305-316.
5. Licheri, G.; Piccaluga, G.; Pinna, G. J. Chem. Phys. 1976, 64, 2437-2441.
6. Jalilehvand, F.; Spangberg, D.; Lindqvist-Reis, P.; Hermansson, K.; Persson, I.; Sandstrom, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 431-441.
7. Megyes, T.; Bakó, I.; Bálint, S.; Grósz, T.; Radnai, T. J. Mol. Liq. 2006, 129, 63-74.
8. Megyes, T.; Grósz, T.; Radnai, T.; Bakó, I.; Pálinkás, G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 7261-7271.
9. Cummings, S.; Enderby, J.; Howe, R. J. Phys. C: Solid State Phys. 1980, 13, 1-8.
10. Hewish, N.; Neilson, G.; Enderby, J. Nature 1982, 297, 138-139.
11. Badyal, Y.; Barnes, A.; Cuello, G.; Simonson, J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 11819-11827.
12. Spangberg, D.; Hermansson, K.; Lindqvist-Reis, P.; Jalilehvand, F.; Sandstrom, M.; Persson, I. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 10467-10472.
13. Fulton, J.; Heald, S.; Badyal, Y.; Simonson, J. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 4688-4696.
14. Pálinkás, G. Chem. Phys. Lett. 1986, 126, 251-254.
15. Schwenk, C.; Loeffler, H.; Rode, B. J. Chem. Phys. 2001, 115, 10808-10813.
16. Schwenk, C.; Rode, B. Pure Appl. Chem. 2004, 76, 37-47.
17. Obst, S.; Bradaczek, H. J. Phys. Chem. 1996, 100, 15677-15687.
18. Periole, X.; Allouche, D.; Daudey, J.; Sanejouand, Y. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5018-5025.
19. Tongraar, A.; Liedl, K.; Rode, B. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 6299-6309.
20. Kalko, S.; Sesé, G.; Padró, J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 9578-9585.
21. Piquemal, J.; Perera, L.; Cisneros, G.; Ren, R.; Pedersen, L.; Darden, T. J. Chem. Phys. 2006, 125, 054511.
22. Bernal-Uruchurtu, M.; Ortega-Blake, I. J. Chem. Phys. 1995, 103, 1588-1598.
23. Floris, F.; Persico, M.; Tani, A.; Tomasi, J. Chem. Phys. Lett. 1994, 227, 126-132.
24. Pavlov, M.; Siegbahn, P.; Sandstrom, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 219-228.
25. Bakó, I.; Hutter, J.; Pálinkás, G. J. Chem. Phys. 2002, 117, 9838-9843.
26. Glendening, E.; Feller, D. J. Phys. Chem. 1996, 100, 4790-4797.
27. Kerdcharoen, T.; Morokuma, K. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8856-8862.
28. Tofteberg, T.; Ohrn, A.; Karlstrom, G. Chem. Phys. Lett. 2006, 429, 436-439.
29. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474.
30. Marx, D.; Hutter, J. In Modem Methods and Algorithms of Quantum Chemistry; Grotendorst, J., Ed.; FZ Jülich: Germany, 2000; Vol. 1 of NIC Series, pp 329-477.
31. Naor, M. M.; Nostrand, K. V.; Dellago, C. Chem. Phys. Lett. 2003, 369, 159-164.
32. Lightstone, F. C.; Schwegler, E.; Allesch, M.; Gygi, F.; Galli, G. ChemPhysChem 2005, 6, 1745-1749.
33. Hünenberger, P. H.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 1856-1872.
34. Kastenholz, M.; Hünenberger, P. H. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 774-788.
35. Kastenholz, M.; Hünenberger, P. H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 124106.
36. Kastenholz, M.; Hünenberger, P. H. J. Chem. Phys. 2006, 124, 224501.
37. Peter, C.; van Gunsteren, W. F.; Hünenberger, P. H. J. Chem. Phys. 2002, 116, 7434-7451.
38. CPMD V3.11; copyright IBM Corp 1990-2007, copyright MPI für Festkörperforschung Stuttgart 1997-2001.
39. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098-3100.
40. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
41. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993-2006.
42. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519.
43. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268.
44. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697.
45. Martyna, G. J.; Klein, M. L.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635-2643.
46. Berendsen, H. J. C.; Grigera, H. J. C.; Straatsma, T. P. J. Chem. Phys. 1987, 91, 6269-6271.
47. van Gunsteren, W.; Billeter, S.; Eising, A.; Hünenberger, P.; Krüger, P.; Mark, A.; Scott, W.; Tironi, I. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide; Hochschulverlag an der ETH Zurich/Biomos: Zurich/Groningen, 1996.
48. Scott, W. R. P.; Hünenberger, P. H.; Tironi, I. G.; Billeter, A. E. M. S. R.; Fennen, J.; Torda, A. E.; Huber, T.; Krüger, P.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3596-3607.
49. Phutela, R.; Pitzer, K. J. Solut. Chem. 1983, 12, 201-207.
50. Marzari, N.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1997, 56, 12847-12865.
51. Berghold, G.; Mundy, C. J.; Romero, A. H.; Hutter, J.; Parrinello, M. Phys. Rev. B 2000, 61, 10040-10048.
52. Kirchner, B.; Hutter, J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5133-5142.
53. Boys, S. F. Rev. Mod. Phys. 1960, 32, 296-299.
54. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
55. Hockney, R. W.; Eastwood, J. W. Computer simulation using particles. Institute of Physics Publishing: Bristol, 1981; pp 267-304.
56. Hünenberger, P. H. Lattice-sum methods for computing electrostatic interactions in molecular simulations. In Simulation and theory of electrostatic interactions in solution: Computational chemistry, biophysics, and aqueous solutions. Pratt, L. R., Hummerand, G., Eds.; American Institute of Physics: New York, U.S.A., 1999; pp 17-83.
57. Hünenberger, P. H. J. Chem. Phys. 2000, 113, 10464-10476.
58. de Vries, A. H.; Chandrasekhar, I.; van Gunsteren, W. F.; Hünenberger, P. H. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11643-11652.
59. Silvestrem, P. L.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 3572-3580.
60. Lightstone, F. C.; Schwegler, E.; Hood, R. Q.; Gygi, F.; Galii, G. Chem. Phys. Lett. 2001, 343, 549-555.
61. Marx, D.; Sprik, M.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1997, 273, 360-366.
62. Kuo, L-F. W.; Mundy, C. J.; McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; VandeVondele, J.; Sprik, M.; Hutter, J.; Chen, B.; Klein, M. L.; Mohamed, F.; Krack, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12990-12998.
63. Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J.; McGrath, M. J.; Siepmann, J. I. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1274-1281.
64. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868.
65. Todorova, T.; Seitsonen, A. P.; Hutter, J.; Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3685-3691.
66. McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J.; VandeVondele, J.; Hutter, J.; Mohamed, F.; Krack, M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 640-646.
67. McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J. Mol. Phys. 2006, 104, 3619-3626.
68. Hoffmann, M.; Darab, J.; Palmer, B.; Fulton, J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8471-8482.
69. de Bakker, P. I. W.; Hünenberger, P. H.; McCammon, J. A. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1811-1830.
70. Peric, L.; Pereira, C. S.; Hünenberger, P. H. Mol. Simul. 2007, submitted for publication.
71. Peschke, M.; Blades, A.; Kebarle, P. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 187, 685-699.
72. Gronert, S. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3525-3526.
73. Swaddle, T. W.; Rosenqvist, J.; Yu, P.; Bylaska, E.; Phillips, B. L.; Casey, W. H. Science 2005, 308, 1450-1453.