Computational study of the deamination of 8-oxoguanine

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 29, 2011, Pages 9151-9159

  Uddin, Kabir M ^a   Poirier, Raymond A ^a  

^a MEMORIAL UNIVERSITY OF NEWFOUNDLAND   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; CALCULATIONS; CONTINUUM MECHANICS; GASES; OXIDATION; QUANTUM CHEMISTRY;

8-OXOGUANINE; AB INITIO CALCULATIONS; BASIS SETS; COMPUTATIONAL STUDIES; DNA YIELDS; GASPHASE; INTRINSIC REACTION COORDINATE; MP2/6-31G; NUCLEOBASES; POLARIZABLE CONTINUUM MODEL; PROTONATED; RHF/6-31G; SOLVATION MODELS; TETRAHEDRAL INTERMEDIATES; TRANSITION STATE;

ACTIVATION ENERGY;

EID: 79960639972     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp202098k     Document Type: Article

References (48)

1. Grollman, A. P.; Moriya, M. Trends Genet. 1993, 9, 246-249
2. Kuchino, Y.; Mori, F.; Kasai, H.; Inoue, H.; Iwai, S.; Miura, K.; Ohtusaka, E.; Nishimura, S. Nature 1987, 327, 77-79
3. Hanawalt, P. C. Mutat. Res. 1998, 400, 117-125
4. Kasai, H.; Nishimura, S. Nucleic Acids Res. 1984, 12, 2137-2145
5. Chan, S. W.; Dedon, P. C. J. Nucleic Acids 2010, 2010, 929047
6. Hall, R. S.; Fedorov, A. A.; Marti-Arbona, R.; Fedorov, E. V.; Kolb, P.; Sauder, J. M.; Burley, S. K.; Shoichet, B. K.; Almo, S. C.; Raushel, F. M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1762-1763
7. Shibutani, S.; Takeshita, M.; Grollman, A. P. Nature 1991, 349, 431-434
8. McAuley-Hecht, K. E.; Leonard, G. A.; Gibson, N. J.; Thomson, J. B.; Watson, W. P.; Hunter, W. N.; Brown, T. Biochemistry 1994, 33, 10266-10270
9. Wood, M. L.; Dizdaroglu, M.; Gajewski, E.; Essigmann, J. M. Biochemistry 1990, 29, 7024-7032
10. Nakabeppu, Y.; Tsuchimoto, D.; Furuichi, M.; Sakumi, K. Free Radical Res. 2004, 38, 423-429
11. Bohr, V. A. Free Radical Biol. Med. 2002, 32, 804-812
12. Cardozo-Pelaez, F.; Cox, D. P.; Bolin, C. Gene Expression 2005, 12, 315-323
13. Iida, T.; Furuta, A.; Nishioka, K.; Nakabeppu, Y.; Iwaki, T. Acta. Neuropathol. 2002, 103, 20-25
14. Kikuchi, H.; Furuta, A.; Nishioka, K.; Nakabeppu, Y.; Iwaki, T. Acta. Neuropathol. 2002, 103, 408-414
15. Friedberg, E. C.; Walker, G. C.; Siede, W. DNA Repair and Mutagenesis; American Society for Microbiology: Washington, DC, 1995.
16. Burrows, C. J.; Muller, J. G. Chem. Rev. 1998, 98, 1109-1151
17. Chen, H.; Shaw, B. R. Biochemistry 1993, 32, 3535-3539
18. Shapiro, R.; Servis, R. E.; Welcher, M. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 422-424
19. Slae, S.; Shapiro, R. J. Org. Chem. 1978, 43, 1721-1726
20. Ehrlich, M.; Norris, K. F.; Wang, R. Y. H.; Kuo, K. C.; Gehrke, C. W. Biosci. Rep. 1986, 6, 387-393
21. Ullmann, J. S.; McCarthy, B. J. Biochim. Biophys. Acta 1973, 294, 396-404
22. Shapiro, R.; Klein, R. S. Biochemistry 1967, 11, 3576-3582
23. Yao, L.; Cukier, R. I.; Yan, H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4200-4210
24. Sponer, J. E.; Miguel, P. J.; Rodriguez-Santiago, L.; Erxleben, A.; Krumm, M.; Sodupe, M.; Sponer, J.; Lippert, B. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 5396-5399
25. Frederico, L. A.; Kunkel, T. A.; Shaw, B. R. Biochemistry 1990, 29, 2532-2537
26. Lindahl, T.; Nyberg, B. Biochemistry 1974, 13, 3405-3410
27. Jang, Y. H.; Goddard, W. A., III; Noyes, K. T.; Sowers, L. C.; Hwang, S.; Chung, D. S. Chem. Res. Toxicol. 2002, 15, 1023-1035
28. Rayat, S.; Qian, M.; Glaser, R. Chem. Res. Toxicol. 2005, 18, 1211-1218
29. Rayat, S.; Wu, Z.; Glaser, R. Chem. Res. Toxicol. 2004, 17, 1157-1169
30. Wang, B.; Cao, Z. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 12918-12927
31. Wu, Y.; Jin, L.; Xue, Y.; Xie, D. Q.; Kim, C. K.; Guo, Y.; Yan, S. Y. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1222-1232
32. Chen, Z.; Xue, Y. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 12641-12654
33. Matsubara, T.; Ishikura, M.; Aida, M. J. Chem. Inf. Model 2006, 46, 1276-1285
34. Uddin, K. M.; Almatarneh, M. H.; Shaw, D. M.; Poirier, R. A. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 2065-2076
35. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A. Gaussian 09, revision A.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
36. Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K.; Rassolov, V.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 4703-4709
37. Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 2007, 126, 084108
38. Baboul, A. G.; Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 1999, 110, 7650-7657
39. Wood, G. P. F.; Radom, L.; Petersson, G. A.; Barnes, E. C.; Frisch, M. J.; Montgomery, J., Jr. J. Chem. Phys. 2006, 125, 094106
40. Baboul, A. G.; Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 1999, 110, 7650-7657
41. Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 2007, 127, 124105
42. Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K.; Rassolov, V.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 4703-4709
43. Yanai, T.; Tew, D.; Handy, N. Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 51-57
44. Zhao, Y.; Schultz, N. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 364-382
45. Marenich, A. V.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6378-6396
46. Butler, R. N.; Cunningham, W. J.; Coyne, A. G.; Burke, L. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11923-11929
47. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Uchimaru, T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8853-8860
48. Almatarneh, M. H.; Flinn, C. G.; Poirier, R. A. J. Chem. Inf. Model 2008, 48, 831-843