Probing DNA's interstrand orientation with gold nanoparticles

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 13, 2011, Pages 5067-5072

  Bai, Xue ^a   Wu, Jinjing ^a   Han, Xiaogang ^a   Deng, Zhaoxiang ^a  

^a UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY OF CHINA   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIPARALLEL CONFORMATIONS; CHEMICAL FUNCTIONS; CONFORMATIONAL ANALYSIS; CONTROL AND MONITOR; DNA DOUBLE HELICES; DNA DUPLEXES; FUNCTIONAL EXPLORATION; GOLD NANOPARTICLES; LARGE STRUCTURES; STERIC REPULSIONS;

CONFORMATIONS; GOLD; MOLECULAR BIOLOGY; NANOPARTICLES;

DNA;

GOLD; METAL NANOPARTICLE;

ARTICLE; DNA PROBE; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; NUCLEOTIDE SEQUENCE;

BASE SEQUENCE; DNA PROBES; GOLD; METAL NANOPARTICLES; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION;

EID: 79959966657     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac200987e     Document Type: Article

References (48)

1. Shchyolkina, A. K.; Lysov, Y. P.; Il'ichova, I. A.; Chernyi, A. A.; Golova, Y. B.; Chernov, B. K.; Gottikh, B. P.; Florentiev, V. L. FEBS Lett. 1989, 244, 39-42
2. Cubero, E.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12018-12025
3. Robinson, H.; Wang, A. H. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5224-5228
4. van de Sande, J. H.; Ramsing, N. B.; Germann, M. W.; Elhorst, W.; Kalisch, B. W.; von Kitzing, E.; Pon, R. T.; Clegg, R. C.; Jovin, T. M. Science 1988, 241, 551-557
5. Ramsing, N. B.; Jovin, T. M. Nucleic Acids Res. 1988, 16, 6659-6676
6. Jares-Erijman, E. A.; Jovin, T. M. J. Mol. Biol. 1996, 257, 597-617
7. Mohammadi, S.; Klement, R.; Shchyolkina, A. K.; Liquier, J.; Jovin, T. M.; Taillandier, E. Biochemistry 1998, 37, 16529-16537
8. Rippe, K.; Ramsing, N. B.; Jovin, T. M. Biochemistry 1989, 28, 9536-9541
9. Li, H.; Peng, X. H.; Seela, F. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2004, 14, 6031-6034
10. Bhattacharya, P.; Bamezai, R. K. Gene 2009, 431, 13-17
11. Rippe, K.; Fritsch, V.; Westhof, E.; Jovin, T. M. EMBO J. 1992, 11, 3777-3786
12. Liu, J. W.; Lu, Y. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6642-6643
13. Han, M. S.; Lytton-Jean, A. K. R.; Oh, B. K.; Heo, J.; Mirkin, C. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 1807-1810
14. Zhao, W.; Chiuman, W.; Lam, J. C. F.; McManus, S. A.; Chen, W.; Cui, Y. G.; Pelton, R.; Brook, M. A.; Li, Y. F. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 3610-3618
15. Huang, C. C.; Huang, Y. F.; Cao, Z. H.; Tan, W. H.; Chang, H. T. Anal. Chem. 2005, 77, 5735-5741
16. Wang, L. H.; Liu, X. F.; Hu, X. F.; Song, S. P.; Fan, C. H. Chem. Commun. 2006, 3780-3782
17. Jin, R. C.; Wu, G. S.; Li, Z.; Mirkin, C. A.; Schatz, G. C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1643-1654
18. Xu, W.; Xue, X. J.; Li, T. H.; Zeng, H. Q.; Liu, X. G. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 6849-6852
19. Elghanian, R.; Storhoff, J. J.; Mucic, R. C.; Letsinger, R. L.; Mirkin, C. A. Science 1997, 277, 1078-1081
20. Bai, X.; Shao, C. Y.; Han, X. G.; Li, Y. L.; Guan, Y. F.; Deng, Z. X. Biosens. Bioelectron. 2010, 25, 1984-1988
21. Gu, H. Z.; Chao, J.; Xiao, S. J.; Seeman, N. C. Nature 2010, 465, 202-205
22. Sharma, J.; Chhabra, R.; Liu, Y.; Ke, Y. G.; Yan, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 730-735
23. Deng, Z. X.; Tian, Y.; Lee, S. H.; Ribbe, A. E.; Mao, C. D. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 3582-3585
24. Weizmann, Y.; Braunschweig, A. B.; Wilner, O. I.; Cheglakov, Z.; Willner, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 5289-5294
25. Aldaye, F. A.; Sleiman, H. F. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 2204-2209
26. Sharma, J.; Chhabra, R.; Andersen, C. S.; Gothelf, K. V.; Yan, H.; Liu, Y. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7820-7821
27. Han, X. G.; Li, Y. L.; Deng, Z. X. Adv. Mater. 2007, 19, 1518-1522
28. Li, Y. L.; Han, X. G.; Deng, Z. X. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 7481-7484
29. Rosi, N. L.; Giljohann, D. A.; Thaxton, C. S.; Lytton-Jean, A. K. R.; Han, M. S.; Mirkin, C. A. Science 2006, 312, 1027-1030
30. Bergen, J. M.; von Recum, H. A.; Goodman, T. T.; Massey, A. P.; Pun, S. H. Macromol. Biosci. 2006, 6, 506-516
31. Han, G.; Ghosh, P.; Rotello, V. M. Nanomedicine 2007, 2, 113-123
32. Kim, C. K.; Ghosh, P.; Rotello, V. M. Nanoscale 2009, 1, 61-67
33. Kim, J. H.; Lee, T. R. Drug Dev. Res. 2006, 67, 61-69
34. Nykypanchuk1, D.; Maye, M. M.; van der Lelie, D.; Gang, O. Nature 2008, 451, 549-552
35. Park, S. Y.; Lytton-Jean, A. K. R.; Lee, B.; Weigand, S.; Schatz, G. C.; Mirkin, C. A. Nature 2008, 451, 553-556
36. Compton, O. C.; Osterloh, F. E. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7793-7798
37. Rautaray, D.; Mandal, S.; Sastry, M. Langmuir 2005, 21, 5185-5191
38. Sharma, J.; Chhabra, R.; Cheng, A.; Brownell, J.; Liu, Y.; Yan, H. Science 2009, 323, 112-116
39. Smith, B. D.; Dave, N.; Huang, P. J. J.; Liu, J. W. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 7851-7857
40. Frens, G. Nat. Phys. Sci. 1973, 241, 20-24
41. Grabar, K. C.; Freeman, R. G.; Hommer, M. B.; Natan, M. J. Anal. Chem. 1995, 67, 735-743
42. Parak, W. J.; Pellegrino, T.; Micheel, C. M.; Gerion, D.; Williams, S. C.; Alivisatos, A. P. Nano Lett. 2003, 3, 33-36
43. Zanchet, D.; Micheel, C. M.; Parak, W. J.; Gerion, D.; Alivisatos, A. P. Nano Lett. 2001, 1, 32-35
44. Han, X. G.; Zhou, Z. H.; Yang, F.; Deng, Z. X. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 14414-14415
45. Dolinnaya, N. G.; Ulku, A.; Fresco, J. R. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1100-1107
46. Vorlícková, M.; Kejnovská, I.; Kovanda, J.; Kypr, J. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 1509-1514
47. Robinson, H.; van Boom, J. H.; Wang, A. H. J. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1565-1566
48. Ortiz-Lombardía, M.; Eritja, R.; Azorín, F.; Kypr, J.; Tejralova, I.; Vorlícková, M. Biochemistry 1995, 34, 14408-14415