Keep it flexible: Driving macromolecular rotary motions in atomistic simulations with GROMACS

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 5, 2011, Pages 1381-1393

  Kutzner, Carsten ^a   Czub, Jacek ^a   Grubmüller, Helmut ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE FOR BIOPHYSICAL CHEMISTRY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 79955901803     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100666v     Document Type: Article

References (57)

1. Yoshida, M.; Muneyuki, E.; Hisabori, T. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2001, 2, 669-677
2. Stock, D.; Gibbons, C.; Arechaga, I.; Leslie, A.; Walker, J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 672-679
3. Sowa, Y.; Berry, R. Q. Rev. Biophys. 2008, 41, 103-132
4. Nakano, M.; Imamura, H.; Toei, M.; Tamakoshi, M.; Yoshida, M.; Yokoyama, K. J. Biol. Chem. 2008, 283, 20789-20796
5. Laskey, R.; Madine, M. EMBO Rep. 2003, 4, 26-30
6. Smith, D.; Tans, S.; Smith, S.; Grimes, S.; Anderson, D.; Bustamante, C. Nature 2001, 413, 748-752
7. Simpson, A.; Tao, Y.; Leiman, P.; Badasso, M.; He, Y.; Jardine, P.; Olson, N.; Morals, M.; Grimes, S.; Anderson, D.; Baker, T.; Rossmann, M. Nature 2000, 408, 745-750
8. Moore, S. Curr. Biol. 2002, 12, R96-R98
9. Weber, J.; Senior, A. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1458, 300-309
10. Grubmüller, H.; Heymann, B.; Tavan, P. Science 1996, 271, 997-999
11. Izrailev, S.; Stepaniants, S.; Balsera, M.; Oono, Y.; Schulten, K. Biophys. J. 1997, 72, 1568-1581
12. Lu, H.; Isralewitz, B.; Krammer, A.; Vogel, V.; Schulten, K. Biophys. J. 1998, 75, 662-671
13. Izrailev, S.; Stepaniants, S.; Isralewitz, B.; Kosztin, D.; Lu, H.; Molnar, F.; Wriggers, W.; Schulten, K. Comput. Mol. Dynamics: Challenges, Methods, Ideas 1998, 4, 39-65
14. Kale, L.; Skeel, R.; Bhandarkar, M.; Brunner, R.; Gursoy, A.; Krawetz, N.; Phillips, J.; Shinozaki, A.; Varadarajan, K.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 283-312
15. Böckmann, R.; Grubmüller, H. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 198-202
16. Meglio, A.; Praly, E.; Ding, F.; Allemand, J.-F.; Bensimon, D.; Croquette, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2009, 19, 615-622
17. Itoh, H.; Takahashi, A.; Adachi, K.; Noji, H.; Yasuda, R.; Yoshida, M.; Kinosita, K., Jr. Nature 2004, 427, 465-468
18. Mazur, A. K. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2149-2157
19. Aksimentiev, A.; Balabin, I.; Fillingame, R.; Schulten, K. Biophys. J. 2004, 1332-1344
20. Saam, J.; Tajkhorshid, E.; Hayashi, S.; Schulten, K. Biophys. J. 2002, 83, 3097-3112
21. Phillips, J.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
22. Eichinger, M.; Heller, H.; Grubmüller, H. Molecular Dynamics on Parallel Computers; World Scientific: River Edge, NJ, 2000; pp 154 - 174.
23. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A.; Berendsen, H. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
24. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 435-447
25. Torrie, G.; Valleau, J. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
26. Kinosita, K., Jr.; Adachi, K.; Itoh, H. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 245-268
27. Abrahams, J.; Leslie, A.; Lutter, R.; Walker, J. Nature 1994, 370, 621-628
28. Yasuda, R.; Noji, H.; Kinosita, K.; Yoshida, M. Cell 1998, 93, 1117-1124
29. Wang, H.; Oster, G. Nature 1998, 396, 279-282
30. Oster, G.; Wang, H. Biochim. Biophys. Acta 2000, 482-510
31. Gao, Y.; Yang, W.; Karplus, M. Cell 2005, 123, 195-205
32. Dittrich, M.; Hayashi, S.; Schulten, K. Biophys. J. 2003, 85, 2253-2266
33. Böckmann, R.; Grubmüller, H. Biophys. J. 2003, 85, 1482-1491
34. Gao, Y.; Yang, W.; Marcus, R.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 11339-11344
35. Pu, J.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 1192
36. Czub, J.; Grubmüller, H. Biophys. J. 2010, 168a
37. Junge, W.; Sielaff, H.; Engelbrecht, S. Nature 2009, 459, 364-370
38. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
39. Gibbons, C.; Montgomery, M.; Leslie, A.; Walker, J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2000, 7, 1055-1061
40. Seeliger, D.; de Groot, B. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1160-1166
41. Nicholls, A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 1991, 12, 435-445
42. Vriend, G. J. Mol. Graph. 1990, 8, 52-56
43. Jorgensen, W.; Maxwell, D.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236
44. Kaminski, G.; Friesner, R.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. J. Phys. Chem. B. 2001, 105, 6474-6487
45. Jorgensen, W.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Impey, R.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
46. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 255-268
47. Hoover, W. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
48. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
49. Nosé, S.; Klein, M. Mol. Phys. 1983, 50, 1055-1076
50. Berendsen, H.; Postma, J.; van Gunsteren, W.; DiNola, A.; Haak, J. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
51. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 10089-100092
52. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
53. Hess, B. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 116-122
54. Miyamoto, S.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
55. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; van Buuren, A.; Apol, E.; Meulenhoff, P.; Tieleman, D.; Sijbers, A.; Feenstra, K.; van Drunen, R.; Berendsen, H. Gromacs User Manual version 4.5. www.gromacs.org (accessed March 2011).
56. Pänke, O.; Cherepanov, D.; Gumbiowski, K.; Engelbrecht, S.; Junge, W. Biophys. J. 2001, 81, 1220-1233
57. Browne, W.; Feringa, B. Nat. Nanotechnol. 2006, 1, 25-35