Radical conversion and migration in electron capture dissociation

Journal of the American Chemical Society

Volumn 133, Issue 18, 2011, Pages 6997-7006

  Moore, Benjamin N ^a   Ly, Tony ^a   Julian, Ryan R ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANALYTICAL TECHNIQUES; CONTROLLED EXPERIMENT; DISSOCIATION CHANNELS; DISULFIDE BONDS; ELECTRON CAPTURE; ELECTRON CAPTURE DISSOCIATION; FRAGMENTATION PATTERNS; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; PRIMARY SEQUENCES; PROTEOMICS; RADICAL CHEMISTRY; SIDE CHAINS; STATISTICAL ANALYSIS; UNDERLYING MECHANISM;

CHEMICAL ANALYSIS; COVALENT BONDS; EXPERIMENTS; HYDROGEN; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR BIOLOGY; REDUCTION;

DISSOCIATION;

DISULFIDE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; ELECTRON CAPTURE DETECTION; FRAGMENTATION REACTION;

ELECTRON TRANSPORT; ELECTRONS; HYDROGEN; PEPTIDES; PROTEOMICS;

EID: 79955684984     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja1096804     Document Type: Article

References (64)

1. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265-3266.
2. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528-9533.
3. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2857-2862.
4. Guan, Z. Q.; Kelleher, N. L.; OConnor, P. B.; Aaserud, D. J.; Little, D. P.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. 1996, 158, 357-364.
5. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563-573.
6. Kelleher, R. L.; Zubarev, R. A.; Bush, K.; Furie, B.; Furie, B. C.; McLafferty, F. W.; Walsh, C. T. Anal. Chem. 1999, 71, 4250-4253.
7. Annan, R. S.; Carr, S. A. J. Protein Chem. 1997, 16, 391-402.
8. Zubarev, R. Expert Rev. Proteomics 2006, 3, 251-261.
9. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Nat. Methods 2008, 5, 959-964.
10. Sohn, C. H.; Chung, C. K.; Yin, S.; Ramachandran, P.; Loo, J. A.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5444-5459.
11. Anusiewicz, W.; Berdys-Kochanska, J.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5801-5813.
12. Pouthier, V.; Tsybin, Y. O. J. Chem. Phys. 2008, 129 (9), 095106.
13. Breuker, K.; Oh, H. B.; Lin, C.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14011-14016.
14. Turecek, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5954-5963.
15. Zubarev, R. A.; Haselmann, K. F.; Budnik, B.; Kjeldsen, F.; Jensen, F. Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 337-349.
16. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 2007, 79, 2296-2302.
17. Falth, M.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Andren, P. E.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 2008, 80, 8089-8094.
18. Cooper, H. J.; Hudgins, R. R.; Hakansson, K.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 241-249.
19. Laskin, J.; Yang, Z. B.; Lam, C.; Chu, I. K. Anal. Chem. 2007, 79, 6607-6614.
20. Leymarie, N.; Costello, C. E.;O'Connor, P. B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8949-8958.
21. Li, X. J.; Cournoyer, J. J.; Lin, C.; O'Connor, P. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1514-1526.
22. Chung, T. W.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21 (8), 1279-1295.
23. Ly, T.; Julian, R. R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 351-358.
24. Diedrich, J. K.; Julian, R. R. Anal. Chem. 2010, 82, 4006-4014.
25. Reed, D. R.; Hare, M.; Kass, S. R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10689-10696.
26. Budnik, B. A.; Haselmann, K. F.; Zubarev, R. A. Chem. Phys. Lett. 2001, 342, 299-302.
27. Anusiewicz, I.; Jasionowski, M.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 11332-11337.
28. Ly, T.; Yin, S.; Loo, J. A.; Julian, R. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23, 2099-2101.
29. Hao, G.; Gross, S. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1725-1730.
30. Masterson, D. S.; Yin, H. Y.; Chacon, A.; Hachey, D. L.; Norris, J. L.; Porter, N. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 720-721.
31. Hodyss, R.; Cox, H. A.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12436-12437.
32. Chu, I. K.; Rodriguez, C. F.; Rodriguez, F.; Hopkinson, A. C.; Siu, K. W. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 1114-1119.
33. Barlow, C. K.; Moran, D.; Radom, L.; McFadyen, W. D.; O'Hair, R. A. J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8304-8315.
34. Kalcic, C. L.; Gunaratne, T. C.; Jonest, A. D.; Dantus, M.; Reid, G. E. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 940-942.
35. O'Connor, P. B.; Lin, C.; Cournoyer, J. J.; Pittman, J. L.; Belyayev, M.; Budnik, B. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 576-585.
36. Han, H. L.; Xia, Y.; McLuckey, S. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 3062-3069.
37. Chung, T. W.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21, 1279-1295.
38. Tsybin, Y. O.; He, H.; Emmett, M. R.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2007, 79, 7596-7602.
39. Ben Hamidane, H.; Chiappe, D.; Hartmer, R.; Vorobyev, A.; Moniatte, M.; Tsybin, Y. O. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 567-575.
40. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 113-120.
41. Sun, Q. Y.; Nelson, H.; Ly, T.; Stoltz, B. M.; Julian, R. R. J. Proteome Res. 2009, 8, 958-966.
42. Moore, B. N.; Blanksby, S. J.; Julian, R. R. Chem. Commun. 2009, 33, 5015-5017.
43. Ly, T.; Julian, R. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20, 1148-1158.
44. Turecek, F.; Syrstad, E. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3353-3369.
45. Ly, T.; Julian, R. R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 8602-8609.
46. Syrstad, E. A.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 208-224.
47. Sobczyk, M.; Anusiewicz, W.; Berdys-Kochanska, J.; Sawicka, A.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 250-258.
48. Regoeczi, E. Iodine-labeled Plasma Proteins; CRC Press: Boca Raton, FL, 1984.
49. Chan, W. C.; White, P. D. Fmoc Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach; Oxford University Press: New York, 2004.
50. Sechi, S.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1998, 70, 5150-5158.
51. Klemm, C.; Schroder, S.; Gluckmann, M.; Beyermann, M.; Krause, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2697-2705.
52. Tam, J. P.; Wu, C. R.; Liu, W.; Zhang, J. W. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6657-6662.
53. Frisch, M. J.; Gaussian 03, Revision D.01; Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004.
54. Rauk, A.; Yu, D.; Taylor, J.; Shustov, G. V.; Block, D. A.; Armstrong, D. A. Biochemistry 1999, 38, 9089-9096.
55. Peng, C. Y.; Schlegel, H. B. Isr. J. Chem. 1993, 33, 449-454.
56. Viehe, H. G.; Janousek, Z.; Merenyi, R.; Stella, L. Acc. Chem. Res. 1985, 18, 148-154.
57. Hopkinson, A. C. Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 655-671.
58. Sohn, C. H.; Kim, T.-Y.; Beauchamp, J. L.. Conference on Ion Chemistry and Mass Spectrometry, Lake Arrowhead, CA, Jan 14-16, 2011.
59. Panja, S.; Nielsen, S. B.; Hvelplund, P.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 1726-1742.
60. Chung, T. W.; Turecek, F. Int. J. Mass Spectrom. 2011, 301 (1-3), 55-61.
61. Haselmann, K. F.; Budnik, B. A.; Kjeldsen, F.; Polfer, N. C.; Zubarev, R. A. Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 461-469.
62. Rauk, A.; Yu, D.; Armstrong, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8848-8855.
63. Li, X. J.; Lin, C.; O'Connor, P. B. Anal. Chem. 2010, 82, 3606.
64. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 5301-5303.