Stroke prevention by traditional Chinese medicine? A genetic algorithm, support vector machine and molecular dynamics approach

Soft Matter

Volumn 7, Issue 8, 2011, Pages 4001-4008

  Chen, Kuan Chung ^a   Yu Chian Chen, Calvin ^a,b,c,d  

^a CHINA MEDICAL UNIVERSITY   (Taiwan)

^b ASIA UNIVERSITY   (Taiwan)

^c HARVARD MEDICAL SCHOOL   (United States)

^d MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ACTIVE SITE RESIDUES; DIVALENT METAL CATIONS; DYNAMICS SIMULATION; ELECTROSTATIC INTERACTIONS; MOLECULAR DOCKING; MULTIPLE LINEAR REGRESSIONS; NATURAL COMPOUNDS; PHOSPHODIESTERASE-4; PREDICTION MODEL; PROTEIN-LIGAND INTERACTIONS; TARTARIC ACIDS; TRADITIONAL CHINESE MEDICINE; VIRTUAL SCREENING;

COMPLEXATION; HANDICAPPED PERSONS; HYDROGEN; LIGANDS; LINEAR REGRESSION; MATHEMATICAL MODELS; MEDICINE; MOLECULAR DYNAMICS; SUPPORT VECTOR MACHINES;

HYDROGEN BONDS;

RUMEX;

EID: 79953746295     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0sm01548b     Document Type: Article

References (47)

1. C. Y. C. Chen PLoS One 2011 6 e15939
2. D. Lloyd-Jones R. J. Adams T. M. Brown M. Carnethon S. Dai G. De Simone T. B. Ferguson E. Ford K. Furie C. Gillespie A. Go K. Greenlund N. Haase S. Hailpern P. M. Ho V. Howard B. Kissela S. Kittner D. Lackland L. Lisabeth A. Marelli M. M. McDermott J. Meigs D. Mozaffarian M. Mussolino G. Nichol V. L. Roger W. Rosamond R. Sacco P. Sorlie T. Thom S. Wasserthiel-Smoller N. D. Wong J. Wylie-Rosett Circulation 2010 121 e46 e215
3. M. N. Beckley Am. J. Occup. Ther. 2006 60 129 135
4. S. Gretarsdottir G. Thorleifsson S. T. Reynisdottir A. Manolescu S. Jonsdottir T. Jonsdottir T. Gudmundsdottir S. M. Bjarnadottir O. B. Einarsson H. M. Gudjonsdottir M. Hawkins G. Gudmundsson H. Gudmundsdottir H. Andrason A. S. Gudmundsdottir M. Sigurdardottir T. T. Chou J. Nahmias S. Goss S. Sveinbjornsdottir E. M. Valdimarsson F. Jakobsson U. Agnarsson V. Gudnason G. Thorgeirsson J. Fingerle M. Gurney D. Gudbjartsson M. L. Frigge A. Kong K. Stefansson J. R. Gulcher Nat. Genet. 2003 35 131 138
5. J. M. Staton M. S. Sayer G. J. Hankey J. Attia A. Thakkinstian Q. Yi V. J. Cole R. Baker J. W. Eikelboom J. Neurol., Neurosurg. Psychiatry 2006 77 1067 1069
6. H. Xue H. Wang X. D. Song W. J. Li K. Sun W. L. Zhang X. J. Wang Y. B. Wang R. T. Hui Clin. Sci. 2009 116 335 340
7. Y. Sun Y. Y. Huang X. Chen Y. Liu X. Z. Lu Y. Y. Shi W. Tang J. D. Yang W. Y. Chen X. Z. Zhao L. H. Gao S. Li G. Y. Feng L. He Clin. Sci. 2009 117 265 272
8. T. Nakayama S. Asai N. Sato M. Soma Stroke 2006 37 69 76
9. M. J. van Rijn A. J. Slooter A. F. Schut A. Isaacs Y. S. Aulchenko P. J. Snijders L. J. Kappelle J. C. van Swieten B. A. Oostra C. M. van Duijn Neurology 2005 65 1203 1209
10. D. Saleheen S. Bukhari S. R. Haider A. Nazir S. Khanum S. Shafqat M. K. Anis P. Frossard Stroke 2005 36 2275 2277
11. S. Nilsson-Ardnor P. G. Wiklund P. Lindgren A. K. Nilsson T. Janunger S. A. Escher B. Hallbeck B. Stegmayr K. Asplund D. Holmberg Stroke 2005 36 1666 1671
12. S. Bevan L. Porteous M. Sitzer H. S. Markus Stroke 2005 36 949 953
13. V. H. Brophy S. K. Ro B. K. Rhees L. Y. Lui J. M. Lee N. Umblas L. G. Bentley J. Li S. Cheng W. S. Browner H. A. Erlich Stroke 2006 37 1385 1390
14. H. P. Lu Y. J. Chie M. S. Yang C. S. Lee J. J. Fu J. S. Yang T. W. Tan S. H. Wu Y. S. Ma S. W. Ip J. G. Chung Int. J. Oncol. 2010 36 1477 1484
15. M. L. Lin Y. C. Lu J. G. Chung Y. C. Li S. G. Wang S. H. Ng C. Y. Wu H. L. Su S. S. Chen Cancer Lett. 2010 291 46 58
16. C. L. Chang L. J. Zhang R. Y. Chen C. C. Wu H. C. Huang M. C. Roy J. P. Huang Y. C. Wu Y. H. Kuo Bioorg. Med. Chem. 2010 18 518 525
17. C. Y. Liew X. H. Ma X. H. Liu C. W. Yap J. Chem. Inf. Model. 2009 49 877 885
18. C. Y. Chen C. Y. C. Chen J. Mol. Graphics Modell. 2010 29 21 31
19. H. J. Huang C. Y. Chen H. Y. Chen F. J. Tsai C. Y. C. Chen J. Taiwan Inst. Chem. Eng. 2010 41 352 359
20. C. Y. C. Chen J. Mol. Graphics Modell. 2009 28 261 269
21. T. T. Chang H. J. Huang K. J. Lee H. W. Yu H. Y. Chen F. J. Tsai M. F. Sun C. Y. C. Chen J. Biomol. Struct. Dyn. 2010 28 309 321
22. H. J. Huang H. W. Yu C. Y. Chen C. H. Hsu H. Y. Chen K. J. Lee F. J. Tsai C. Y. C. Chen J. Taiwan Inst. Chem. Eng. 2010 41 623 635
23. H. J. Huang K. J. Lee H. W. Yu H. Y. Chen F. J. Tsai C. Y. C. Chen J. Biomol. Struct. Dyn. 2010 28 187 200
24. H. J. Huang K. J. Lee H. W. Yu C. Y. Chen C. H. Hsu H. Y. Chen F. J. Tsai C. Y. C. Chen J. Biomol. Struct. Dyn. 2010 28 23 37
25. C. Y. C. Chen J. Biomol. Struct. Dyn. 2010 27 627 640
26. C. Y. C. Chen J. Taiwan Inst. Chem. Eng. 2010 41 143 149
27. C. Y. Chen H. J. Huang F. J. Tsai C. Y. C. Chen J. Taiwan Inst. Chem. Eng. 2010 41 8 15
28. A. B. Burgin O. T. Magnusson J. Singh P. Witte B. L. Staker J. M. Bjornsson M. Thorsteinsdottir S. Hrafnsdottir T. Hagen A. S. Kiselyov L. J. Stewart M. E. Gurney Nat. Biotechnol. 2010 28 63 70
29. B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States S. Swaminathan M. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187 217
30. C. M. Venkatachalam X. Jiang T. Oldfield M. Waldman J. Mol. Graphics Modell. 2003 21 289 307
31. D. K. Gehlhaar G. M. Verkhivker P. A. Rejto C. J. Sherman D. B. Fogel L. J. Fogel S. T. Freer Chem. Biol. 1995 2 317 324
32. I. Muegge Y. C. Martin J. Med. Chem. 1999 42 791 804
33. M. Avriel, Nonlinear Programming: Analysis and Methods, Press: Dover Publishing, 2003
34. R. Fletcher C. M. Reeves Comput. J. 1964 7 149 154
35. http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/
36. G. L. Card L. Blasdel B. P. England C. Zhang Y. Suzuki S. Gillette D. Fong P. N. Ibrahim D. R. Artis G. Bollag M. V. Milburn S. H. Kim J. Schlessinger K. Y. Zhang Nat. Biotechnol. 2005 23 201 207
37. R. Aspiotis D. Deschenes D. Dube Y. Girard Z. Huang F. Laliberte S. Liu R. Papp D. W. Nicholson R. N. Young Bioorg. Med. Chem. Lett. 2010 20 5502 5505
38. K. Naganuma A. Omura N. Maekawara M. Saitoh N. Ohkawa T. Kubota H. Nagumo T. Kodama M. Takemura Y. Ohtsuka J. Nakamura R. Tsujita K. Kawasaki H. Yokoi M. Kawanishi Bioorg. Med. Chem. Lett. 2009 19 3174 3176
39. D. Rogers A. J. Hopfinger J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1994 34 854
40. V. N. Vapnik IEEE Trans. Neural Networks 1999 10 988 999
41. C. Cortes V. Vapnik Machine Learning 1995 20 273 297
42. M. Goodarzi M. P. Freitas R. Jensen Chemom. Intell. Lab. Syst. 2009 98 123 129
43. S. Riahi E. Pourbasheer M. R. Ganjali P. Norouzi Chem. Biol. Drug Des. 2009 73 558 571
44. A. J. Smola B. Scholkopf Stat. Comput. 2004 14 199 222
45. A. J. Hopfinger, Conformational properties of macromolecules, Academic Press, New York, 1973
46. D. T. Stanton P. C. Jurs Anal. Chem. 1990 62 2323 2329
47. R. H. Rohrbaugh P. C. Jurs Anal. Chem. 1987 59 1048 1054