Peptide inhibitors of the malaria surface protein, apical membrane antigen 1: Identification of key binding residues

Biopolymers

Volumn 95, Issue 5, 2011, Pages 354-364

  Lee, Erinna F ^a,b   Yao, Shenggen ^a,b   Sabo, Jennifer K ^a,b   Fairlie, W Douglas ^a,b   Stevenson, Rachel A ^a,b   Harris, Karen S ^c   Anders, Robin F ^c   Foley, Michael ^c   Norton, Raymond S ^a,b,d  

^a WALTER AND ELIZA HALL INSTITUTE OF MEDICAL RESEARCH   (Australia)

^b UNIVERSITY OF MELBOURNE   (Australia)

^c LA TROBE UNIVERSITY   (Australia)

^d MONASH UNIVERSITY   (Australia)

Author keywords

Apical membrane antigen 1; Dynamics; Malaria; NMR; Peptide expression; Plasmodium falciparum; Structure

Indexed keywords

APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1; MALARIA; NMR; PLASMODIUM FALCIPARUM; STRUCTURE;

AMIDES; AMINO ACIDS; ANTIGENS; BINDING SITES; BROMINE COMPOUNDS; CHEMICAL SHIFT; CONFORMATIONS; ENZYME ACTIVITY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

PEPTIDES;

APICAL MEMBRANE ANTIGEN 1;

ARTICLE; BINDING SITE; LIGAND BINDING; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN BINDING; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN STRUCTURE; SITE DIRECTED MUTAGENESIS;

AMINO ACID SEQUENCE; AMINO ACID SUBSTITUTION; ANIMALS; ANTIGENS, PROTOZOAN; ANTIMALARIALS; BINDING SITES; DRUG DESIGN; ERYTHROCYTES; HUMANS; MEMBRANE PROTEINS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PEPTIDE LIBRARY; PEPTIDES; PLASMODIUM FALCIPARUM; PROTEIN CONFORMATION; PROTOZOAN PROTEINS; RECOMBINANT PROTEINS; VIRULENCE;

PLASMODIUM FALCIPARUM;

EID: 79952205663     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.21582     Document Type: Article

References (55)

1. Snow, R. W.; Guerra, C. A.; Noor, A. M.; Myint, H. Y.; Hay, S. I. Nature 2005, 434, 214-217.
2. Crewther, P. E.; Culvenor, J. G.; Silva, A.; Cooper, J. A.; Anders, R. F. Exp Parasitol 1990, 70, 193-206.
3. Collins, W. E.; Pye, D.; Crewther, P. E.; Vandenberg, K. L.; Galland, G. G.; Sulzer, A. J.; Kemp, D. J.; Edwards, S. J.; Coppel, R. L.; Sullivan, J. S., Morris, C. L.; Anders, R. F. Am J Trop Med Hyg 1994, 51, 711-719.
4. Crewther, P. E.; Matthew, M. L.; Flegg, R. H.; Anders, R. F. Infect Immun 1996, 64, 3310-3317.
5. Anders, R. F.; Crewther, P. E.; Edwards, S.; Margetts, M.; Matthew, M. L.; Pollock, B.; Pye, D. Vaccine 1998, 16, 240-247.
6. Anders, R. F.; Adda, C. G.; Foley, M.; Norton, R. S. Hum Vaccine 2010, 6, 39-53.
7. Peterson, M. G.; Marshall, V. M.; Smythe, J. A.; Crewther, P. E.; Lew, A.; Silva, A.; Anders, R. F.; Kemp, D. J. Mol Cell Biol 1989, 9, 3151-3154.
8. Narum, D. L.; Thomas, A. W. Mol Biochem Parasitol 1994, 67, 59-68.
9. Howell, S. A.; Withers-Martinez, C.; Kocken, C. H.; Thomas, A. W.; Blackman, M. J. J Biol Chem 2001, 276, 31311-31320.
10. Mitchell, G. H.; Thomas, A. W.; Margos, G.; Dluzewski, A. R.; Bannister, L. H. Infect Immun 2004, 72, 154-158.
11. Besteiro, S.; Michelin, A.; Poncet, J.; Dubremetz, J. F.; Lebrun, M. PLoS Pathog 2009, 5, e1000309.
12. Collins, C. R.; Withers-Martinez, C.; Hackett, F.; Blackman, M. J. PLoS Pathog 2009, 5, e1000273.
13. Richard, D.; MacRaild, C. A.; Riglar, D. T.; Chan, J. A.; Foley, M.; Baum, J.; Ralph, S. A.; Norton, R. S.; Cowman, A. F. J Biol Chem 2010, 285, 14815-14822.
14. Alexander, D. L.; Mital, J.; Ward, G. E.; Bradley, P.; Boothroyd, J. C. PLoS Pathog 2005, 1, e17.
15. Alexander, D. L.; Arastu-Kapur, S.; Dubremetz, J. F.; Boothroyd, J. C. Eukaryot Cell 2006, 5, 1169-1173.
16. Narum, D. L.; Nguyen, V.; Zhang, Y.; Glen, J.; Shimp, R. L.; Lambert, L.; Ling, I. T.; Reiter, K.; Ogun, S. A.; Long, C.; Holder, A. A.; Herrera, R. Infect Immun 2008, 76, 4876-4882.
17. Morahan, B. J.; Sallmann, G. B.; Huestis, R.; Dubljevic, V.; Waller, K. L. Exp Parasitol 2009, 122, 280-288.
18. Triglia, T.; Healer, J.; Caruana, S. R.; Hodder, A. N.; Anders, R. F.; Crabb, B. S.; Cowman, A. F. Mol Microbiol 2000, 38, 706-718.
19. Marshall, V. M.; Peterson, M. G.; Lew, A. M.; Kemp, D. J. Mol Biochem Parasitol 1989, 37, 281-283.
20. Peterson, M. G.; Nguyen-Dinh, P.; Marshall, V. M.; Elliott, J. F.; Collins, W. E.; Anders, R. F.; Kemp, D. J. Mol Biochem Parasitol 1990, 39, 279-283.
21. Waters, A. P.; Thomas, A. W.; Deans, J. A.; Mitchell, G. H.; Hudson, D. E.; Miller, L. H.; McCutchan, T. F.; Cohen, S. J Biol Chem 1990, 265, 17974-17979.
22. Waters, A. P.; Thomas, A. W.; Mitchell, G. H.; McCutchan, T. F. Mol Biochem Parasitol 1991, 44, 141-144.
23. Hodder, A. N.; Crewther, P. E.; Matthew, M. L.; Reid, G. E.; Moritz, R. L.; Simpson, R. J.; Anders, R. F. J Biol Chem 1996, 271, 29446-29452.
24. Nair, M.; Hinds, M. G.; Coley, A. M.; Hodder, A. N.; Foley, M.; Anders, R. F.; Norton, R. S. J Mol Biol 2002, 322, 741-753.
25. Feng, Z. P.; Keizer, D. W.; Stevenson, R. A.; Yao, S.; Babon, J. J.; Murphy, V. J.; Anders, R. F.; Norton, R. S. J Mol Biol 2005, 350, 641-656.
26. Pizarro, J. C.; Vulliez-Le Normand, B.; Chesne-Seck, M. L.; Collins, C. R.; Withers-Martinez, C.; Hackett, F.; Blackman, M. J.; Faber, B. W.; Remarque, E. J.; Kocken, C. H.; Thomas, A. W.; Bentley, G. A. Science 2005, 308, 408-411.
27. Bai, T.; Becker, M.; Gupta, A.; Strike, P.; Murphy, V. J.; Anders, R. F.; Batchelor, A. H. Proc Natl Acad Sci USA 2005, 102, 12736-12741.
28. Coley, A. M.; Gupta, A.; Murphy, V. J.; Bai, T.; Kim, H.; Foley, M.; Anders, R. F.; Batchelor, A. H. PLoS Pathog 2007, 3, 1308-1319.
29. Henderson, K. A.; Streltsov, V. A.; Coley, A. M.; Dolezal, O.; Hudson, P. J.; Batchelor, A. H.; Gupta, A.; Bai, T.; Murphy, V. J.; Anders, R. F.; Foley, M.; Nuttall, S. D. Structure 2007, 15, 1452-1466.
30. MacRaild, C. A.; Anders, R. F.; Foley, M.; Norton, R. S. Curr Topics Med Chem, in press.
31. Li, F.; Dluzewski, A.; Coley, A. M.; Thomas, A.; Tilley, L.; Anders, R. F.; Foley, M. J Biol Chem 2002, 277, 50303-50310.
32. Keizer, D. W.; Miles, L. A.; Li, F.; Nair, M.; Anders, R. F.; Coley, A. M.; Foley, M.; Norton, R. S. Biochemistry 2003, 42, 9915-9923.
33. Harris, K. S.; Casey, J. L.; Coley, A. M.; Masciantonio, R.; Sabo, J. K.; Keizer, D. W.; Lee, E. F.; McMahon, A.; Norton, R. S.; Anders, R. F.; Foley, M. Infect Immun 2005, 73, 6981-6989.
34. Treeck, M.; Zacherl, S.; Herrmann, S.; Cabrera, A.; Kono, M.; Struck, N. S.; Engelberg, K.; Haase, S.; Frischknecht, F.; Miura, K.; Spielmann, T.; Gilberger, T. W. PLoS Pathog 2009, 5, e1000322.
35. Fairlie, W. D.; Uboldi, A. D.; De Souza, D. P.; Hemmings, G. J.; Nicola, N. A.; Baca, M. Protein Expr Purif 2002, 26, 171-178.
36. Hodder, A. N.; Crewther, P. E.; Anders, R. F. Infect Immun 2001, 69, 3286-3294.
37. Saul, A.; Lawrence, G.; Allworth, A.; Elliot, S.; Anderson, K.; Rzepczyk, C.; Martin, L.; Taylor, D.; Eisen, D. P.; Irving, D. O.; Pye, D.; Crewther, P. E.; Hodder, A. N.; Murphy, V. J.; Anders, R. F. Vaccine 2005, 23, 3076-3082.
38. Wishart, D. S.; Bigam, C. G.; Yao, J.; Abildgaard, F.; Dyson, H. J.; Oldfield, E.; Markley, J. L.; Sykes, B. D. J Biomol NMR 1995, 6, 135-140.
39. Yao, S.; Howlett, G. J.; Norton, R. S. J Biomol NMR 2000, 16, 109-119.
40. Yao, S.; Babon, J. J.; Norton, R. S. Biophys Chem 2008, 136, 145-151.
41. Farrow, N. A.; Muhandiram, R.; Singer, A. U.; Pascal, S. M.; Kay, C. M.; Gish, G.; Shoelson, S. E.; Pawson, T.; Forman-Kay, J. D.; Kay, L. E. Biochemistry 1994, 33, 5984-6003.
42. Ludvigsen, S.; Andersen, K. V.; Poulsen, F. M. J Mol Biol 1991, 217, 731-736.
43. Herrmann, T.; Güntert, P.; Wüthrich, K. J Mol Biol 2002, 319, 209-227.
44. Schwieters, C. D.; Kuszewski, J. J.; Tjandra, N.; Clore, G. M. J Magn Reson 2003, 160, 65-73.
45. Laskowski, R. A.; Rullmannn, J. A.; MacArthur, M. W.; Kaptein, R.; Thornton, J. M. J Biomol NMR 1996, 8, 477-486.
46. Koradi, R.; Billeter, M.; Wüthrich, K. J Mol Graph 1996, 14, 51-55, 29-32.
47. Kay, L. E.; Torchia, D. A.; Bax, A. Biochemistry 1989, 28, 8972-8979.
48. Yao, S.; Hinds, M. G.; Norton, R. S. J Magn Reson 1998, 131, 347-350.
49. Lipari, G.; Szabo, A. J Am Chem Soc 1982, 104, 4546-4559.
50. Lipari, G.; Szabo, A. J Am Chem Soc 1982, 104, 4559-4570.
51. Merutka, G.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. J Biomol NMR 1995, 5, 14-24.
52. Low, A.; Chandrashekaran, I. R.; Adda, C. G.; Yao, S.; Sabo, J. K.; Zhang, X.; Soetopo, A.; Anders, R. F.; Norton, R. S. Biopolymers 2007, 87, 12-22.
53. Yang, X.; Adda, C. G.; Keizer, D. W.; Murphy, V. J.; Rizkalla, M. M.; Perugini, M. A.; Jackson, D. C.; Anders, R. F.; Norton, R. S. J Pept Sci 2007, 13, 839-848.
54. Yang, X.; Adda, C. G.; Macraild, C. A.; Low, A.; Zhang, X.; Zeng, W.; Jackson, D. C.; Anders, R. F.; Norton, R. S. Biochimie 2010, 92, 1287-1295.
55. Harris, K. S.; Casey, J. L.; Coley, A. M.; Karas, J. A.; Sabo, J. K.; Tan, Y. Y.; Dolezal, O.; Norton, R. S.; Hughes, A. B.; Scanlon, D.; Foley, M. J Biol Chem 2009, 284, 9361-9371.