Mathematical criteria to observe mesoscopic emergence of protein biochemical properties

Journal of Mathematical Chemistry

Volumn 49, Issue 3, 2011, Pages 643-665

  Banerji, Anirban ^a   Ghosh, Indira ^b  

^a UNIVERSITY OF PUNE   (India)

^b JAWAHARLAL NEHRU UNIVERSITY   (India)

Author keywords

Biochemical properties; Emergence; Mesoscopic origin; Non linear differential equations; Observability; Predictive mathematical framework

Indexed keywords

EID: 79651469614     PISSN: 02599791     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/s10910-010-9760-9     Document Type: Article

References (73)

1. Vendruscolo M., Dokholyan N. V., Paci E., Karplus M.: Phys. Rev. E. 65, 061910 (2002).
2. Kaya H., Chan H. S.: Phys. Rev. Lett. 85, 4823-4826 (2000).
3. Fitzkee N. C., Fleming P. J., Gong P. J., Panasik N. Jr., Street T. O., Rose G. D.: Trends Biochem. Sci. 30, 73-80 (2005).
4. Tissen J., Fraaije J., Drenth J., Berendsen H.: Acta Cryst. D 50, 569-571 (1994).
5. Phillips J. C.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106, 3107-3112 (2009).
6. Phillips J. C.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106, 3113-3118 (2009).
7. Banerji A., Ghosh I.: Eur. Biophys. J. 38, 577-587 (2009).
8. Rother K., Preissner R., Goede A., Frömmel C.: Bioinformatics 19, 2112-2121 (2003).
9. Reuveni S., Granek R., Klafter J.: Phys. Rev. Lett. 100, 208101 (2008).
10. MacDonald M., Jan N.: Can. J. Phys. 64, 1353-1355 (1986).
11. Li H., Chen S., Zhao H.: Biophys. J. 58, 1313-1320 (1998).
12. Helman J. S., Coniglio A., Tsallis C.: Phys. Rev. Lett. 53, 1195-1197 (1984).
13. Millhauser G. L., Salpeter E. E., Oswald R. E.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85, 1503-1507 (1988).
14. Dewey T. G.: Phys. Rev. E 60, 4652-4658 (1999).
15. Enright M. B., Leitner D. M.: Phys. Rev. E 71, 011912 (2005).
16. Banerji A., Ghosh I.: PLoS ONE 4(10), e7361 (2009). doi: 10. 1371/journal. pone. 0007361.
17. Peterson K. A., Zimmt M. B., Linse S., Domingue R. P., Fayer M. D.: Macromolecules 20, 168-175 (1987).
18. Annunziata O., Buzatu D., Albright J. G.: Langmuir 21, 12085-12089 (2005).
19. Lazaridis T., Karplus M.: Biophys. Chem. 100, 367-395 (2003).
20. W. Bialek, R. Ranganathan, arXiv: 0712. 4397v1 (2007).
21. Socolich M., Lockless S. W., Russ W. P., Lee H., Gardner K. H., Ranganathan R.: Nature 437, 512-518 (2005).
22. Brooks B., Karplus M.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80, 6571-6575 (1983).
23. Teeter M. M., Case D. A.: J. Phys. Chem. 94, 8091-8097 (1990).
24. Go N., Noguti T., Nishikawa T.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80, 3696-3700 (1983).
25. Levitt M., Sander C., Stern P. S.: J. Mol. Biol. 181, 423-447 (1985).
26. Yang H., Luo G., Karnchanaphanurach P., Louie T. M., Rech I., Cova S., Xun L., Xie X. S.: Science 302, 262-266 (2003).
27. Whitten S. T., Garci{dotless}a-Moreno B., Hilser V. J.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 4282-4287 (2005).
28. Starkov K. E.: J. Math. Sci. 78, 433-496 (1996).
29. Miroshnik I., Nikiforov V., Fradkov A.: Nonlinear and Adaptive Control of Complex Systems. Kluwer, Dordrecht (1999).
30. Kartsatos A. G.: Advanced Ordinary Differential Equations. Mariner publishing company, Tampa, FL (1980).
31. Gauthier J. P., Kupka I. A. K.: SIAM J. Control Optim. 32, 975-994 (1994).
32. Yamamoto Y., Sugiura I.: J. Optim. Theor. Appl. 13, 660-669 (1974).
33. Sontag E. D.: Eur. J. Control 11, 396-435 (2005).
34. Eisenberg D., Weiss R. M., Terwilliger T. C.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81, 140-144 (1984).
35. Kuhn L. A., Swanson C. A., Pique M. E., Tainer J. A., Getzoff E. D.: Prot. Str. Fun. Gen. 23, 536-547 (1995).
36. Southall N. T., Dill K. A.: J. Phys. Chem. B 104, 1326-1331 (2000).
37. Cheng Y. K., Rossky P. J.: Nature 392, 696-699 (1998).
38. Lazaridis T.: Acc. Chem. Res. 34, 931-937 (2001).
39. Shimizu S., Chan H. S.: J. Chem. Phys. 113, 4683-4700 (2000).
40. Wood R. H., Thompson P. T.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 946-949 (1990).
41. Sacco A., Holz M.: J. Chem. Soc. Faraday Trans. 93, 1101-1104 (1997).
42. Blokzijl W., Engberts J. B. F. N.: Angewandte Chemie (international edn in English) 32, 1545-1579 (1993).
43. Ludemann S., Abseher R., Schreiber H., Steinhauser O.: J. Am. Chem. Soc. 119, 4206-4213 (1997).
44. van Belle D., Wodak S. J.: J. Am. Chem. Soc. 115, 647-652 (1993).
45. Hummer G., Garde S., Garcia A. E., Paulatis M. E., Pratt L. R.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 1552-1555 (1998).
46. Warshel A.: Biochemistry 20, 3167-3177 (1981).
47. Antosiewicz J., McCammon J. A., Gilson M. K.: Biochemistry 35, 7819-7833 (1996).
48. Schutz C. N., Warshel A.: Proteins 44, 400-417 (2001).
49. Forsyth W. R., Antosiewicz J. M., Robertson A. D.: Proteins 48, 388-403 (2002).
50. Simonson T., Carlsson J., Case D. A.: J. Am. Chem. Soc. 126, 4167-4180 (2004).
51. Denisov V. P., Schlessman J. L., Garci{dotless}a-Moreno B., Halle B.: Biophys. J. 87, 3982-3994 (2004).
52. Song X. J.: J. Chem. Phys. 116, 2 (2002).
53. Talley K., Ng C., Shoppell M., Kundrotas P., Alexov E.: PMC Biophys. 1, 2 (2008).
54. Simonson T., Brooks C. L.: J. Am. Chem. Soc. 118, 8452-8458 (1996).
55. Pitera J. W., Falta M., van Gunsteren W. F.: Biophys. J. 80, 2546-2555 (2001).
56. Honig B., Nicholls A.: Science 268, 1144-1149 (1995).
57. Bashford D., Case D. A.: Ann. Rev. Phys. Chem. 51, 129-152 (2000).
58. Partenskii M. B., Jordan P. C.: J. Phys. Chem. 96, 3906-3910 (1992).
59. Tolman J. R., Flanagan J. M., Kennedy M. A., Prestegard J. H.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 9279-9283 (1995).
60. Tolman J. R., Al-Hashimi H. M., Kay L. E., Prestegard J. H.: J. Am. Chem. Soc. 123, 1416-1424 (2001).
61. Tolman J. R., Flanagan J. M., Kennedy M. A., Prestegard J. H.: Nat. Struct. Biol. 4, 292-297 (1997).
62. Kay L. E.: Nat. Struct. Biol. 5, 513-517 (1998).
63. Foster M. P., McElroy C. A., Amero C. D.: Biochemistry 46, 331-340 (2007).
64. Vogeli B., Yao L.: J. Am. Chem. Soc. 131, 3668-3678 (2009).
65. Clore G. M., Gronenborn A. M.: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 5891-5898 (1998).
66. Clore G. M., Garrett D. S.: J. Am. Chem. Soc. 121, 9008-9012 (1999).
67. Vigers G. P. A., Rizzi J. P.: J. Med. Chem. 47, 80-89 (2004).
68. Hawkins P. C. D., Skillman A. G., Nicholls A.: J. Med. Chem. 50, 74-82 (2007).
69. Warren G. L. et al.: J. Med. Chem. 49, 5912-5931 (2006).
70. Maiorov V., Sheridan R. P.: J. Chem. Inf. Model. 45, 1017-1024 (2005).
71. Marsden P. M., Puvenendrampillai D., Mitchell J. B. O.: Org. Biomol. Chem. 2, 231-237 (2004).
72. Schulz-Gasch T., Stahl M.: J. Mol. Mod. 9, 47-57 (2003).
73. Jacobsson M., Karlen A.: J. Chem. Inf. Mod. 46, 1334-1343 (2006).