Neutral and positively charged new purine tetramer structures: A computational study of xanthine and uric acid derivatives

New Journal of Chemistry

Volumn 35, Issue 1, 2011, Pages 119-126

  Paragi, Gábor ^a   Kovács, Lajos ^a   Kupihár, Zoltán ^a   Szolomájer, János ^a   Penke, Botond ^a   Fonseca Guerra, Célia ^b   Bickelhaupt, F Matthias ^b  

^a UNIVERSITY OF SZEGED   (Hungary)

^b VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GUANINE; GUANINE QUADRUPLEX; INTERCALATING AGENT; METHYLXANTHINE; PURINE; TETRAMER; URIC ACID DERIVATIVE; XANTHINE;

ARTICLE; CHEMICAL BINDING; CHEMICAL INTERACTION; CHEMICAL STRUCTURE; COMPUTATIONAL FLUID DYNAMICS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; HYDROGEN BOND; INTERCALATION COMPLEX; PRIORITY JOURNAL;

EID: 78650447477     PISSN: 11440546     EISSN: 13699261     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0nj00613k     Document Type: Article

References (49)

1. S. Burge G. N. Parkinson P. Hazel A. K. Todd S. Neidle Nucleic Acids Res. 2006 34 5402 5415
2. J. T. Davis G. P. Spada Chem. Soc. Rev. 2007 36 296 313
3. S. Lena S. Masiero S. Pieraccini G. P. Spada Chem.-Eur. J. 2009 15 7792 7806
4. Quadruplex nucleic acids, ed., S. Neidle, and, S. Balasubramanian,, The Royal Society of Chemistry, Cambridge, 2006
5. A. Taylor J. Taylor G. W. Watson R. J. Boyd J. Phys. Chem. B 2010 114 9833 9839
6. S. Borman Chem. Eng. News 2009 87 28 30
7. M. Franceschin Eur. J. Org. Chem. 2009 2225 2238
8. S. Martic X. Y. Liu S. N. Wang G. Wu Chem.-Eur. J. 2008 14 1196 1204
9. T. van der Wijst B. Lippert M. Swart C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 2010 15 387 397
10. C. Fonseca Guerra T. van der Wijst J. Poater M. Swart F. M. Bickelhaupt Theor. Chem. Acc. 2010 125 245 252
11. B. C. Pan K. Shi M. Sundaralingam J. Mol. Biol. 2006 363 451 459
12. F. C. Meng X. Zhao THEOCHEM 2008 869 94 97
13. J. Emsley Chem. Soc. Rev. 1980 9 91 124
14. W. Pfleiderer G. Nübel Justus Liebigs Ann. Chem. 1961 647 155 160
15. S. Gogia A. Jain M. Puranik J. Phys. Chem. B 2009 113 15101 15118
16. W. Pfleiderer Justus Liebigs Ann. Chem. 1974 2030 2045
17. D. Gningue J. J. Aaron Talanta 1985 32 183 187
18. E. Kulikowska B. Kierdaszuk D. Shugar Acta Biochim. Pol. 2004 51 493 531
19. R. C. Smith J. Z. Gore M. McKee H. Hargis Microchem. J. 1988 38 118 124
20. ChemAxon, Marvin 5.2.6, 2009.10.19, 2009
21. D. Lichtenberg F. Bergmann Z. Neiman J. Chem. Soc. C 1971 1676 1682
22. S. S. Massoud N. A. Corfu R. Griesser H. Sigel Chem.-Eur. J. 2004 10 5129 5137
23. J. J. Christensen J. H. Rytting R. M. Izatt Biochemistry 1970 9 4907 4913
24. E. J. Baerends, et al., ADF2008.01, Amsterdam, 2008
25. E. J. Baerends D. E. Ellis P. Ros Chem. Phys. 1973 2 41 51
26. E. J. Baerends P. Ros Chem. Phys. 1975 8 412 418
27. E. J. Baerends P. Ros Int. J. Quantum Chem. 1978 169 190
28. P. M. Boerrigter G. T. Velde E. J. Baerends Int. J. Quantum Chem. 1988 33 87 113
29. C. Fonseca Guerra, O. Visser, J. G. Snijders, G. te Velde and E. J. Baerends, in Methods and Techniques for Computational Chemistry, METECC-5, ed., E. Clementi, and, G. Corongiu,, Cagliari, 1995, pp. 305-395
30. C. Fonseca Guerra J. G. Snijders G. te Velde E. J. Baerends Theor. Chem. Acc. 1998 99 391 403
31. J. Krijn and E. J. Baerends, Fit-functions in the HFS-method, Vrije Universiteit, Amsterdam, 1984
32. J. G. Snijders, P. Vernooijs and E. J. Baerends, in At. Data Nucl. Data Tables 26, 1981, pp. 483-509
33. G. T. Velde E. J. Baerends J. Comput. Phys. 1992 99 84 98
34. G. T. Velde F. M. Bickelhaupt E. J. Baerends C. Fonseca Guerra S. J. A. Van Gisbergen J. G. Snijders T. Ziegler J. Comput. Chem. 2001 22 931 967
35. L. Versluis T. Ziegler J. Chem. Phys. 1988 88 322 328
36. M. Swart F. M. Bickelhaupt Int. J. Quantum Chem. 2006 106 2536 2544
37. M. Swart F. M. Bickelhaupt J. Comput. Chem. 2008 29 724 734
38. A. D. Becke Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1988 38 3098 3100
39. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B: Condens. Matter 1988 37 785 789
40. C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt Angew. Chem., Int. Ed. 1999 38 2942 2945
41. C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt J. G. Snijders E. J. Baerends J. Am. Chem. Soc. 2000 122 4117 4128
42. T. Ziegler A. Rauk Theor. Chim. Acta 1977 46 1 10
43. F. M. Bickelhaupt E. J. Baerends Rev. Comput. Chem. 2000 15 1 86
44. F. M. Bickelhaupt N. J. R. V. Hommes C. Fonseca Guerra E. J. Baerends Organometallics 1996 15 2923 2931
45. C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt J. G. Snijders E. J. Baerends Chem.-Eur. J. 1999 5 3581 3594
46. C. Fonseca Guerra J. W. Handgraaf E. J. Baerends F. M. Bickelhaupt J. Comput. Chem. 2004 25 189 210
47. G. Paragi E. Szajli F. Bogar L. Kovacs C. Fonseca Guerra F. M. Bickelhaupt New J. Chem. 2008 32 1981 1987
48. R. Otero M. Schock L. M. Molina E. Laegsgaard I. Stensgaard B. Hammer F. Besenbacher Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 2270 2275
49. G. Gilli F. Bellucci V. Ferretti V. Bertolasi J. Am. Chem. Soc. 1989 111 1023 1028